Browsing by Author "Molinaro, Ludovica"

Filter results by typing the first few letters
Now showing 1 - 1 of 1
  • Thumbnail Image
    Item
    Ancestry deconvolution of Estonian, European and Worldwide genomic layers: a human population genomics excavation
    (2022-05-18) Molinaro, Ludovica; Pagani, Luca, juhendaja; Montinaro, Francesco, juhendaja; Metspalu, Mait, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
    Tänapäeval eeldame sageli, et meie moodne eluviis on minevikust parem, ja et mida kaugemale me ajas tagasi läheme, seda enam heitlesid mineviku inimesed kehvade elutingimuste või küündimatu tehnoloogiaga. Pole üllatav, et ajaloolised ja arheoloogilised uuringud äratavad meist paljude uudishimu – nende tõttu oleme sunnitud oma tänapäevast uskumuste süsteemi ümber kujundama ning jahmuma sellest, kui palju mineviku populatsioonid tegelikult saavutada suutsid. Mineviku inimesed olid organiseerunud ühiskonnaks, nad liikusid, rändasid, jagasid ideid, kultuure ja tehnoloogiaid – ja me leiame ikka veel nende kokkupuudete jälgi. Käesoleva doktoritöö eesmärgiks mineviku kokkupuudete jälgede uurimine geneetilistes andmetes. Populatsioonide kokkupuudet nimetatakse segunemissündmuseks, mis tekitab segunenud populatsioone. Lähenemisviisiga, mida nimetatakse põlvnemise lahtiharutamiseks (Ancestry Deconvolution, AD), saame segunenud grupi geneetilist mosaiiki analüüsida, ajades segunemise osaliste jälgi, ja segunemissündmust täpsemalt iseloomustada. AD lähenemisviiside seas on meetodid, mida nimetatakse lokaalse põlvnemise tuletamiseks (Local Ancestry Inferences, LAI), mis võimaldavad tuletada antud päriliku lookuse põlvnemist. Sellistel kõrge lahutusastmega tuletustel on piirangud, mis mõnel juhul LAI tööriistade jõudlust tugevalt piiravad. Seega, rakendades LA-d segunenud populatsioonil, mida iseloomustab põlvnemine eri maailmajagudest, saame keskenduda tundmatute mineviku demograafiliste sündmuste avastamisele, kuid LA kasutamine maailmajao sisestel segunemistel, näiteks Euroopa populatsioonidel, nõuab metodoloogilist lähenemist, mis on kujundatud nii, et see võtab kõigepealt arvesse LA piiranguid. Lõpuks saame kasutada AD ja LAI lähenemisviise, et esitada küsimusi väljaspool demograafilisi uuringuid. Teatud fenotüübi väljakujunemise tõenäosust on võimalik osaliselt ennustada polügeensete skooride (Polygenic Scores, PS) abil. Kuid genoomile mõjuv tohutu hulk muutujaid on populatsioonispetsiifilised ja tuletused pole eriti ühelt populatsioonilt teisele üle kantavad, mis takistab PS-i rakendatavust vähem uuritud või segunenud populatsioonidele. Ma esitlen kolme uuringut, mis arutlevad AD ja LAI võimaluste ja piirangute üle. Uurisin segunemissündmust, milles said kokku väga erinevad populatsioonid eri maailmajagudest; väikesel skaalal segunemissündmuste, näiteks Euroopa rühmade puhul, lahtiharutamise piiranguid; ja lõpuks rakendasin kogutud teadmisi, ületamaks polügeensete skooride kasutamise piiranguid segunenud populatsioonidel.