Browsing by Author "Oja, Marek, juhendaja"

Now showing 1 - 11 of 11

AdherenceFromOMOP: tarkvarapakett sekundaarse ravijärgimuse mõõtmiseks OMOP andmeformaadis terviseandmetel
(Tartu Ülikool, 2023) Holm, Johannes; Kolde, Raivo, juhendaja; Oja, Marek, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Arvutiteaduse instituut
Ravijärgimus on kontseptsioon, mis näitab, kui korralikult inimene tarvitab temale määratud ravimeid. Eriti oluline on järgimus krooniliste haiguste korral, kus ravi tulemuslikkus sõltub suuresti tarvitamise järjepidevusest ja püsivusest. Madal populatsiooni üldine ravijärgimus on multidimensionaalne probleem, mis mõjutab suurel määral nii rahvatervist kui ka globaalset majandust. Probleemi lahendamiseks on eelnevalt vajalik standardiseerida ravijärgimuse mõõtmine, mis võimaldaks tuvastada probleemi suurust ning mõõta lahenduse mõju. Metoodikaid ravijärgimuse mõõtmiseks on erinevaid, kuid arvestades terviseandmete digitaliseerimise aktuaalsust viimase kümnendi jooksul, võiks suure valimi järgimuse mõõtmiseks rakendada sekundaarset andmebaasianalüüsi kasutades standardiseeritud elektroonilisi tervishoiu andmeid. Üks terviseandmete standard on OMOP (ingl Observational Medical Outcomes Partnership) ühtne andmemudel, mille globaalne lai levik aitab erinevatel institutsioonidel lihtsamini koostöös uurimusi läbi viia. Käesoleva töö põhiline eesmärk oli luua tarkvara pakett, mis võimaldab mõõta valimi ravijärgimust, kasutades OMOP standardiseeritud terviseandmeid. Sekundaarne töö eesmärk oli kasutada loodud paketti, et leida ravijärgimuse hetkeolukord Eestis, kasutades juhuvalimiga saadud 10% Eesti populatsiooni retseptide väljaostu kirjeid aastatest 2016-2019. Sekundaarsest eesmärgist lähtuvalt võrreldi järgimust soo, vanuserühmade ja tarvitatud ravimrühmade kaupa. Kõik vaadeldud tunnused mängisid statistiliselt olulist rolli ravijärgimuse määramisel. Naiste ravijärgimus oli statistiliselt kõrgem ning vanus mõjus järgimusele samuti positiivselt ja seda kuni väga kõrge eani. Ühtlasi vaadeldi paketi võimaluste näitlikustamiseks lühikese vaatlusperioodi jooksul ravijärgimuse muutust ajas ning võrreldi depressiooni diagnoosiga ning ilma diagnoosita inimeste ravijärgimust. Loodud pakett on funktsionaalne ning loob eeldused edasiseks ravijärgimuse uurimiseks Tartu Ülikooli terviseinformaatika töörühmas ning loodetavasti leiab tulevikus rakendust ka teiste institutsioonide OMOP andmetel.
Eesnäärmevähi ravitrajektoorid Eestis 2012.–2019. a tervisedokumentide põhjal
(Tartu Ülikool, 2022) Kannus, Alari; Kolde, Raivo, juhendaja; Oja, Marek, juhendaja; Tamm, Sirli, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Arvutiteaduse instituut
Töös kasutati Eesti terviseandmekogude (Haigekassa, retseptikeskus, terviseinfosüsteem) 10% juhuvalimi andmeid aastatest 2012-2019, et uurida eesnäärmevähi ravimeetodite kasutamist esmase diagnoosiga patsientide riskirühmades, meetodite kasutamise osakaalude ja järjestuse alusel moodustuvates ravitrajektoorides. Andmestik oli transformeeritud OHDSI OMOP ühtsele andmemudelile. Riskikohorte kirjeldavaks andmeanalüüsiks kasutati OHDSI Atlas veebitööriistu ja MS Excel statistika funktsioone. Andmestikust leiti 778 esmase diagnoosiga isikut. Riskirühmade ja staadiumi määramine oli võimalik 52% kaasatutest. Lokaalse ravi meetoditest kasutati kirurgilist ravi 46% ja kiiritusravi 37%. Hormoonravi kasutas 63% patsientidest ning nendest enamik kasutas ainult ühte ravimit, teises reas said hormoonravi 28% patsientidest. Rahvusvahelistele ravijuhenditele baseeruvad ravitrajektoorid on, kasutatud terviseandmekogude põhjal, samalaadsed ka Eestis.
Emakakaela vähieelsete muutuste avastamine ja jälgimine Eestis aastatel 2012–2019
(Tartu Ülikool, 2022) Mooses, Kerli; Kolde, Raivo, juhendaja; Oja, Marek, juhendaja; Tamm, Sirli, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Arvutiteaduse instituut
Emakakaelavähk on üks levinumaid pahaloomulisi kasvajaid naistel, mis on varajase avastamise ja vaktsineerimisega olulisel määral välditav. Töö eesmärk oli hinnata emakakaela vähieelsete seisundite avastamisele suunatud uuringute kasutamist Eestis ning nende vastavust ravijuhendile. Analüüsist selgus, et 21–65-aastastest naistest on aastatel 2012–2019 teinud vähemalt ühe PAP või HPV testi 85,1%. Samas 13,7%-l naistest oli kahe PAP testi vaheline aeg üle soovitusliku 3,5 aasta. Võrreldes ravijuhendi 2. versiooniga (2012–2014) vähenes ravijuhendi 3. versiooni perioodil (2016–2019) oluliselt PAP testide arv 16–44-aastaste ja 55–65-aastaste seas ning suurenes HPV testide arv üle 30-aastaste seas (p < 0,05). HPV suhtes testitud 21–24-aastaste ja 25–29-aastaste naiste seas oli nii eelneva PAP testita naisi (vastavalt 5,1% ja 7,7%) kui ka naisi, kelle eelnev PAP testi tulemus ei vajanud ravijuhendi kohaselt järgnevat HPV testi (vastavalt 46,4% ja 47,3%). HSILi diagnoosiga naistest 74,4%-le teostati kolposkoopia kaheteist kuu jooksul peal HSIL diagnoosi saamist. Kokkuvõtlikult võib hinnata, et kuigi esineb mõningast liigtestimist, on üldiselt ravijuhendi järgimine Eestis hea. Emakakaelavähi ennetuse seisukohalt on kindlasti oluline pöörata enam tähelepanu naistele, kes ei käi üldse või käivad ebaregulaarselt kontrollis.
Laborianalüüside puhastamise töövoo kvaliteedikontroll
(Tartu Ülikool, 2024) Vinogradov, Egert; Oja, Marek, juhendaja; Tamm, Sirli, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Arvutiteaduse instituut
The standardisation of laboratory analyses has been more actively pursued in Estonia since 2008, when health care providers were given the opportunity to transmit the results of their analyses to the founded national electronic health record system Tervise Infosüsteem (TIS). In 2011, Estonia started to introduce a standard for laboratory analyses (LOINC), which was first adopted in 2016. Over time, a large amount of non-standardised and heterogeneous laboratory analysis information has been sent to the TIS. Standardisation of data is important, for example, for secondary data use when conducting various population studies using real-life data. The Health Informatics Research Group at the University of Tartu has developed a workflow for the Estonian health dataset, which cleans the laboratory analyses from the documents submitted to TIS and adds LOINC codes. So far, we do not know how well the addition of LOINC codes to the analyses has worked. The main objective of this work was to set up quality controls for the analyses cleaning workflow and, based on this, to assess how well the workflow has performed in assigning LOINC codes. Based on the software created, at least 85.7% of all analyses were correctly assigned a LOINC code across the entire dataset. The software created can be used in further research by the Health Informatics Research Group at the University of Tartu.
Punase fosfoori K2SiF6 : Mn4+ luminestsentsomaduste uurimine
(Tartu Ülikool, 2019) Märtens, Mihkel; Kirm, Marko, juhendaja; Oja, Marek, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Füüsika instituut
Ravijärgimus metoprolooli kasutavate kõrgvererõhktõve pat-sientide hulgas kasutades Retseptikeskuse retseptide andmeid
(Tartu Ülikool, 2022) Kuusik, Ulvi; Oja, Marek, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Arvutiteaduse instituut
Ravi tulemuslikkus sõltub sellest, kuidas patsient jälgib raviskeemi- tarvitab ravimeid ja jälgib arsti poolt antud soovitusi. Eriti oluline on see krooniliste haiguste puhul, kus ravi-meid tuleb võtta pikaajaliselt. Käesolevas töös uuriti kõrgvererõhktõve patsientide ravijär-gimust Retseptikeskuse 2012- 2019 aasta retseptide andmete põhjal analüüsides metopro-looli retseptide väljaostmise määrasid. Valimis oli 7631 patsienti, kellele oli I10 diagnoosiga metoprolooli välja kirjutatud, neist 66 % olid naised ja 34% mehed. Töö tulemustest selgus, et hea ravijärgimusega patsientide ehk ravijärgijate osakaal on 63,6%. Ravijärgimust mõju-tavate tegurite uurimisel võeti aluseks WHO raamistik, mis jaotab tegurid viide valdkonda: sotsiaalmajanduslikud, arstiabi osutajatest ja meditsiinisüsteemist lähtuvad tegurid, haigus-seisundi iseloomuga seotud tegurid, ravimeetodi iseloomuga seotud tegurid ja konkreetse patsiendiga seotud tegurid. Tulemustest selgus, et vanus mõjutab ravijärgimust positiivselt, samas seos muutub kõrges vanuses - üle 80 aastate patsientide ravijärgimus on madalam kui 61- 80 aastaste patsientide ravijärgimus. Naiste ravijärgimus oli statistiliselt oluliselt parem meeste ravijärgimusest. Ravi kestus mõjutas ravijärgimust positiivselt. Statistiliselt oluline seos leiti nii ravi pikkusega (kestus kuudes) kui ka retseptide arvuga. Patsiendi diagnooside arv ei mõjutanud antud uuringus ravijärgimust. Ravijärgimus sõltub retseptile märgitud diagnoosist. Statistiliselt oluline erinevus leiti ravijärgimuses kahe grupi vahel, neil patsien-tidel, kellel on diagnoositud ainult tüsistusteta kõrgvererõhktõbi (I10) on metoprolooli väl-jaostumäärade põhjal madalam ravijärgimus kui neil, kellel on I10 diagnoos muutunud I11 diagnoosiks ja tekkinud tüsistused. Patsientidel, kelle ravijärgimus on kõigi teiste toimeai-nete puhul parem, on väljaostumäär kõrgem ka toimeaine metoprolooli puhul.
Ravimi kõrvaltoimete tuvastamine digiretsepti andmete põhjal
(Tartu Ülikool, 2024) Käiro, Kairi; Oja, Marek, juhendaja; Tamm, Sirli, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Arvutiteaduse instituut
Käesolevas töös uuriti, kas digiretsepti andmete põhjal on võimalik tuvastada potentsiaalseid ravimite kõrvaltoimeid. Kasutatud andmestik sisaldas 10% juhuslikult valitud Eesti elanikkonnast, täpsemalt 139 987 patsiendi andmeid, kes on aastatel 2012–2019 välja ostnud 7 207 212 retsepti. Võimalike kõrvaltoimet põhjustavate ja neid potentsiaalselt leevendavate toimeaine paaride moodustamisel lähtuti põhimõttest, et ravimite välja ostmise periood jääks 90 päeva sisse. Töö tulemustest selgus, et kõige sagedamini kirjutati välja vererõhu- ja südameravimit toimeainega metoprolool ja seda enamasti vanuserühmas 51+, mille puhul tuvastati andmestikus ka kõige rohkem erinevatesse gruppidesse kuuluvaid tõenäolisi kõrvaltoimeid (kesknärvisüsteem, kopsuhaigused, psühhiaatriline, seedetrakt ning immuunmoduleeritud reaktsioonid). Vanuserühmas 31+ võisid tekitada potentsiaalseid kõrvaltoimeid erinevad antidepressandid ja rahustid, mille kõrvaltoimeks võisid olla unehäireid või ravimi tarvitamise järsul lõpetamisel võõrutusnähud, mille leevendamiseks kirjutati välja unerohtusid. Töös kasutatud metoodika võimaldas tuvastada andmestikust palju paare, mille vahel esines tõenäoline seos, kuid sellest olenemata võis registreeritud juhtude hulka sattuda selliseid kombinatsioone, kus kõrvatoimet siiski polnud, sest ravimid sattusid ajaaknasse juhuslikult või neid tarvitati kombinatsioonina. Üksnes ravimite pakendi infolehtede järgi võimalikke kõrvaltoimeid põhjustavaid ja neid leevendavaid toimeaine paare andmestikust korrektselt kõikidel juhtudel tuvastada ei saa. Töös kasutatud meetodi puhul on vajalik tulemused valideerida ning see eeldab meditsiinilise haridusega spetsialisti hinnangut. Meetodit tuleb edasipidi täiendada, võttes arvesse rohkem tegureid, näiteks kõrvaltoimete esinemissagedus, diagnoosikoodid ja kogutud teave epikriisi tekstidest.
Südame-veresoonkonna haiguste riskimudelite loomine Eesti elektroonilistel terviseandmetel
(Tartu Ülikool. Peremeditsiini ja rahvatervishoiu instituut, 2024) Ilves, Laura; Tillmann, Taavi, juhendaja; Oja, Marek, juhendaja; Tamm, Sirli, juhendaja; Tartu Ülikool. Meditsiiniteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Peremeditsiini ja rahvatervishoiu instituut
Täiskasvanute aktiivsus- ja tähelepanuhäire esinemine Eestis 2013–2019 terviseandmete põhjal
(Tartu Ülikool, 2024) Koido, Kati; Mooses, Kerli, juhendaja; Tamm, Sirli, juhendaja; Oja, Marek, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Arvutiteaduse instituut
Attention deficit hyperactivity disorder (ADHD) belongs to mental and behavioral disorders and is one of the most common neurodevelopmental disorders in childhood and adolescence (Weibel et al., 2020). In recent years, the study of ADHD in adults has emerged as a new research direction, as the persistence and presence of symptoms of this disorder in adults have been identified (Di Lorenzo et al., 2023; Song et al., 2021). The aim of this master's thesis is to investigate the number of primary ADHD diagnoses in Estonia in 2013–2019 and to find out whether there are differences in diagnoses and medications between adults with ADHD, depending on the confirmation of the diagnosis/treatment of ADHD in adulthood or in childhood and adolescence. According to the database containing Estonian health data, 0.07% of the number of persons in the database had been confirmed with primary diagnosis of ADHD as adult; 0.12% of the number of persons in the database had been confirmed with primary diagnosis of ADHD as child and adolescent. Of secondary psychiatric disorders, among ADHD confirmed as adult depression (47%) and anxiety disorders (37%) were more prevalent compared with those whose ADHD was confirmed as child and adolescent (16% and 9%, respecitvely) during the periods before ADHD diagnosis. When comparing the periods after ADHD diagnosis, more intellectual disability (22%) and specific developmental disorders (45%) were among ADHD confirmed as child and adolescent compared to acquiring ADHD as an adult (5% and 13%, respectively). In terms of medical treatment, there are differences in alprazolam, bupropion, escitalopram, diazepam, and zopiclone which are used for the treatment of depression, various anxiety disorders, and insomnia, where persons acquired ADHD as an adult (27%, 21%, 21%, 20%, 16%, respectively) used them more than persons who received ADHD as child and adolescent (< 5, 0%, < 5, 0%, 0%, respectively) during periods before ADHD.
Tervise infosüsteemi ja Tervisekassa andmete võrdlus perioodil 2012–2019 patsientide, diagnooside, ravitüübi ja teenuseosutajate lõikes
(Tartu Ülikool, 2024) Miller, Kristiina; Oja, Marek, juhendaja; Tamm, Sirli, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Arvutiteaduse instituut
Examining insurance claims and electronic health records is critical to improving the efficiency, quality, and effectiveness of health care delivery, while helping audits to simplify the work of health care professionals and prevent fraud. It is known that health care providers send fewer electronic health records to the Health Information System than they send insurance claims to the Health Insurance Fund, but the current researchers have looked into this issue so far based on aggregated health data. In this work, health data between 2012-2019 from the Health Insurance Fund's insurance claims and electronic health records from Health Information System are used to compare two data sources by patients, by diagnoses, types of treatment and service providers. Since those are two separate data sets, personalized pseudonymized data were used and transferred to the OMOP CDM data model. The purpose of the work, apart from comparing the data, is to find how much of the data overlaps between two data sources, whether the goal of one-time data entry and reuse is fulfilled, how big is the problem of data continuity in Estonian health data and how much has the obligation of health care providers to send data in the health information system improved. As a result of the work, it was found that even if the healthcare service provider has an obligation to send health documents to the Health Information System, this obligation was not fully fulfilled by the end of 2019. A large part of the data was available in the data of the Health Insurance Fund, but not in the Health Information System. In addition, it was found that for inpatient health records, the amount of health data is almost the same between the two data sources, and the difference comes in with outpatient health records. It was also found that most of the data related to diagnoses is duplicated between two data sources, which does not meet the goal of single data entry.
Veritsuse riskiga toimeainepaaride tarvitamine Eestis aastatel 2012–2019 ja nendega seotud veritsused
(Tartu Ülikool, 2024) Mägi, Grete; Oja, Marek, juhendaja; Tamm, Sirli, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Arvutiteaduse instituut
This study investigated the usage of interacting drug pairs with potential bleeding risk and the occurrence of bleeding diagnoses in patients who used these drug combinations. Specifically, it examined which drug pairs were used, how the usage trends of these ingredient pairs changed over time, the number of bleeding diagnoses received, and which ingredient pairs were involved. The data used in the study were sourced from three databases: the Health Insurance Fund Prescription Center (prescribed and dispensed medications), the claims data repository, and the Health Information System (discharge summaries and referral responses). The dataset included a random sample of 10% of all individuals in Estonia with a national ID number (n=150 824) and their health data from 2012–2019. Medications were purchased by 138,572 persons during this period. The results of the study showed that 14,901 patients (10,8% of all patients who purchased medications) used drug pairs associated with a bleeding risk, of which 651 received a bleeding diagnosis (4,4% of patients). Among the 651 patients who experienced bleeding, there were 2847 bleeding episodes. Bleeding was most frequently associated with the use of drug pairs involving warfarin combined with torsemide, omeprazole, and allopurinol. The average age at the time of the first bleeding episode was 72,1 years (SD ±12,5), and the risk of bleeding was higher in men. Age is a significant factor in the occurrence of bleeding, with the majority of bleeding events occurring in the 60+ age group.