Sirvi Autor "Peil, Kadri" järgi

Nüüd näidatakse 1 - 2 2

RNA polymerase II-dependent transcription elongation in Saccharomyces cerevisiae
(2016-07-01) Peil, Kadri; Kristjuhan, Arnold, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond.
Kõikides eukarüootsetes rakkudes viib valke kodeerivate geenide transkriptsiooni läbi RNA polümeraas II (RNAPII). Protsessi, mille käigus sünteesitakse mRNA, nimetatakse transkriptsioonitsükliks ning see tsükkel jaotatakse kolme etappi – transkriptsiooni initsiatsioon, elongatsioon ning terminatsioon. Käesolevas töös uurisin RNAPII elongatsiooni mehhanisme, kasutades mudelorganismina pagaripärmi Saccharomyces cerevisiae. Antud töö esmaseks eesmärgiks oli tekitada kõrgel tasemel transkribeeritava mudelgeeni sisse nn. vaigistavate valgukomplekside poolt heterokromatiinne ala ning uurida selle struktuuri mõju transkriptsiooni läbi viivale RNAPII kompleksile. Selgus, et elongatsiooni etapis olev RNAPII suudab transkribeerida läbi heterokromatiini ning see viib vaigistavate valgukomplekside eemaldamisele. Lisaks selgus, et heterokromatiini läbimiseks RNAPII poolt on vajalik histoon H3 56. positsioonis oleva lüsiinijäägi atsetüleerimine. Teiseks huvipakkuvaks küsimuseks oli, mis juhtub siis, kui kõrgel tasemel transkribeeritavasse mudelgeeni viia sisse replikatsiooni algusala (origin), millel moodustuvad pre-replikatiivsed kompleksid. Nägime, et elongatsiooni etapis olev RNAPII suudab eemaldada kodeerivas alas moodustunud pre-replikatiivsed kompleksid ilma, et selline kokkupuude häiriks toimuvat transkriptsiooniprotsessi. Lisaks taastatakse pärast transkriptsiooni lõppemist pre-replikatiivsed kompleksid inaktiveeritud replikatsiooni algusaladel ning sellised uuesti moodustunud kompleksid on järgnevas S-faasis funktsionaalsed. Lõpetuseks, eelnevates, terveid rakupopulatsioone hõlmavates katsetes oli näidatud, et RNAPII kompleksid jaotusid geenil ebaühtlaselt. Sellest tulenevalt oli käesoleva töö kolmandaks eesmärgiks uurida RNAPII komplekside jaotumist kõrgelt transkribeeritaval mudelgeenil ühe raku tasemel. Vastupidiselt eelnevatele tulemustele leidsime, et RNAPII kompleksid jaotusid ühtlaselt kogu geeni ulatuses.
Study on the importance of histone acetylation in the survival of Saccharomyces cerevisiae
(2020) Hudjakova, Darja; Peil, Kadri
In eukaryotes, chromosomal DNA is packaged into chromatin. The basic unit of chromatin is a nucleosome, consisting of DNA wrapped around a histone octamer. Histones can be modified by several post-translational modifications, such as acetylation, methylation, phosphorylation, etc. In S. cerevisiae, Taf14 protein associates with a number of different complexes, such as TFIID and TFIIF, the chromatin remodeling complexes SWI/SNF and INO80, and the histone acetyl transferase NuA3. It was found, that yeast cells lacking Taf14 protein can tolerate mutant histone H3, even when all five acetylatable lysine residues are changed to non-acetylatable arginines. However, mutant H4 histones that had two or more lysine replacements to arginines were not alive. It was also determined, that the presence of Taf14 protein in TFIID or NuA3 complex is not necessary for yeast cells to survive with mutant H4 histones. In estonian: Eukarüootides on kromosomaalne DNA pakitud kromatiiniks. Kromatiini esmaseks pakkimisühikuks on nukleosoom, mis omakorda koosneb ümber histoonide oktameeri keerdunud DNA-st. Histoone on võimalik post-translatsiooniliselt modifitseerida mitmel erineval moel, nagu näiteks atsetüleerimise, metüleerimise, fosforüleermisega. Pagaripärmis S. cerevisiae on Taf14 valk mitmete erinevate komplekside, nagu TFIID ja TFIIF, kromatiini remodelleerivate komplekside SWI/SNF ja INO80 ning histooni atsetüültransferaas NuA3 kompleksi, koostisosa. Leiti et pärmirakud, milles puudus Taf14 valk suudavad taluda mutantset H3 histooni isegi juhul, kui kõik viis atsetüleeritavat lüsiinijääki on muudetud mitte-atsetüleeritavateks arginiinijääkideks. Samas kahe või rohkema lüsiinijäägi asendamine arginiiniga H4 histooni puhul oli rakkudele letaalne. Samuti leiti, et mutantsete H4 histoonidega ellujäämiseks ei ole vaja Taf14 valgu funktsioneerimist TFIID või NuA3 kompleksis.