Sirvi Autor "Pervjakova, Natalia" järgi

Nüüd näidatakse 1 - 3 3

Genomic imprinting in complex traits
(Tartu : University of Tartu Press, 2018-06) Pervjakova, Natalia
Genomic imprinting in complex traits
(2018-05-17) Pervjakova, Natalia; Mägi, Reedik, juhendaja; Metspalu, Andres, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Juba 1980. aastate alguses läbi viidud katsed loomade rakutuumade siirdamisega tõid esile epigeneetilise nähtuse, mida hakati nimetama geneetiliseks vermimiseks (genomic imprinting). Selle fenomeni tõttu tekivad vanemaspetsiifilised erinevused geenide ekspressioonis. Diploidses organismis ekspresseeruvad tavaliselt mõlemalt vanemalt päritud geenikoopiad. Vermitud geenide puhul ekspresseerub ainult üks geenikoopia, samas kui teine koopia on inaktiveeritud. Nüüdseks on inimestel leitud juba peaaegu 150 vermitud geeni. Kuna geneetilise vermimise eeldused tekivad sugurakkudes, arvati pikka aega, et see muster püsib sarnasena kõikides kudedes. Uuemad tööd, milles on kasutatud inimeste ja katseloomade erinevaid rakke on siiski näidanud, et vermitud geenide ekspressioonimuster sõltub nii koest kui ka organismi arengujärgust. Enamik vermitud geene on leitud platsentast või embrüonaalsetest kudedest ning on vähe informatsiooni samade geenide ekspressioonimustrite kohta täiskasvanud organismi kudedes. Seetõttu on oluline uurida iga vermitud geeni vermimismudelit erinevates kudedes, et oleks võimalik hinnata selle geeni mõju haigusele. Käesoleva töö raames uurisime vermitud geenide ning nendega seotud kontrollregioonide metülatsioonimustreid, kasutades selleks täiskasvanud inimese somaatilisi kudesid. Koeproovide uurimisel leidsime, et vermitud geene iseloomustab promootori-spetsiifilises piirkonnas suurema arvu poolmetüleeritud nukleotiidide esinemine, mis võib viidata vanema-spetsiifilisele metülatsioonile. Lisaks tuvastasime, et ICR-id geeniregioonides, mis olid algselt vermitud sugurakkudes ehk ootsüütides ja spermatosoidides, võivad hiljem somaatilistes rakkudes oma poolmetüleeritud oleku kaotada. Hilisemad uuringud on seostanud poolmetüleeritud oleku kadu geenide bialleelse ekspressiooniga. Seetõttu on alust oletada, et, platsentas vermitud geenid võivad hilisemates arengustaadiumites omada bialleelset ekspressiooni.
Imprinted genes and imprinting control regions show predominant intermediate methylation in adult somatic tissues
(Epigenomics, 2016-03) Pervjakova, Natalia; Kasela, Silva; Morris, Andrew P; Kals, Mart; Metspalu, Andres; Lindgren, Cecilia M; Salumets, Andres; Mägi, Reedik
Genomic imprinting is an epigenetic feature characterized by parent-specific monoallelic gene expression. The aim of this study was to compare the DNA methylation status of imprinted genes and imprinting control regions (ICRs), harboring differentially methylated regions (DMRs) in a comprehensive panel of 18 somatic tissues. The germline DMRs analyzed were divided into ubiquitously imprinted and placenta-specific DMRs, which show identical and different methylation imprints in adult somatic and placental tissues, respectively. We showed that imprinted genes and ICR DMRs maintain methylation patterns characterized by intermediate methylation levels in somatic tissues, which are pronounced in a specific region of the promoter area, located 200–1500 bp from the transcription start site. This intermediate methylation is concordant with gene expression from a single unmethylated allele and silencing of a reciprocal parental allele through DNA methylation. The only exceptions were seen for ICR DMRs of placenta-specific imprinted genes, which showed low levels of methylation, suggesting that these genes escape parent-specific epigenetic regulation in somatic tissues.