Sirvi Autor "Piirsoo, Marko, juhendaja" järgi

Nüüd näidatakse 1 - 7 7

BDNF-i geeni regulatsioon Schwanni rakkude arengus
(2005) Tamm, Karin; Piirsoo, Marko, juhendaja; Timmusk, Tõnis, 1959-, juhendaja; Kärner, Jüri, 1940-, juhendaja
cAMP-sõltuva kinaasi mõju inimese papilloomiviiruse tüüp 5 replikatsioonile
(Tartu Ülikool, 2021) Lototskaja, Elina; Piirsoo, Alla, juhendaja; Piirsoo, Marko, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Inimese papilloomiviirused on kaheahelalise DNA genoomiga viirused, mis nakatavad naha ja limaskesta basaalkihi keratinotsüüte. Mõned HPV-d võivad põhjustada pahaloomuliste kasvajate teket. HPV elutsükli üksikasjalik uurimine aitaks töötada välja efektiivseid ravi strateegiaid. HPV replikatsioon sõltub viiruse E1 ja E2 valkudest, mille bioloogilist aktiivsust kontrollivad mitmed rakkulised valgud, sealhulgas ka proteiinkinaasid. Käesolev magistritöö raames leiti, et cAMP-sõltuv proteiinkinaas (PKA) reguleerib negatiivselt HPV tüüp 5 replikatsiooni U2OS rakkudes. PKA signaaliraja aktivatsioon erinevate farmakoloogiliste ainete (IBMX, forskoliin) lisamisel põhjustas HPV5 E2 valgu viimist proteasoomsele degradatsioonile.
Characterization of the high-risk human papillomavirus 18 genome replication and transcription in different cellular models
(Tartu Ülikool, 2023) Babok, Sofiya; Piirsoo, Marko, juhendaja; Piirsoo, Alla, juhendaja
Human papillomavirus (HPV) is responsible for approximately 30% of infection-caused cancers worldwide. The development of antiviral drugs requires a thorough understanding of the viral life cycle and its interactions with host cells. Replication of HPV genomes is restricted to a very limited number of human cell lines, and the reasons for this limitation are unknown. Human primary keratinocytes and osteosarcoma U2OS cells are widely used cellular model systems in HPV-related research. Conversely, it has been established that viral proteins, namely helicase E1 and transcription factor E2, can trigger the replication from the origin of replication if expressed from separate plasmids in almost all other cell types studied so far. This suggests that a deficiency in at least one of these viral factors may be a reason for the lack of replication of the viral genome in most cell lines. To test this hypothesis, the transcription, translation, and replication of the oncogenic HPV type 18 genome were studied in two different types of cells: embryonic kidney cells 293FT, which are not permissive for HPV replication, and well-described HPV host U2OS cells. The results obtained in the present thesis show that expression levels of all early viral genes, including E1 and E2, are very low in 293FT cells, and the absence of the E1 and E2 proteins causes the lack of viral replication. Additionally, it has been shown that in epithelial cells, such as keratinocytes HaCaT and squamous cervical cancer C33A cells, replication of HPV18 may be restored in the absence of the E8^E2 viral transcriptional repressor, which is expressed from an alternative viral promoter and counteracts E2 activities. However, this effect was not observed in 293FT cells and only exogenously added E1 protein was able to trigger replication of the HPV18 genome in these cells. These results suggest that different cell type-specific mechanisms may be employed to restrict replication of the HPV genome.
Cloning and analysis of human papillomavirus type 18 codon optimized Flag-tagged E2 protein
(Tartu Ülikool, 2018) Orlova, Kristina; Piirsoo, Marko, juhendaja; Piirsoo, Alla, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Human papillomaviruses (HPVs) are highly prevalent pathogens, which are associated with wide variety of disorders. HPVs encode nine proteins. E2 protein is a key regulator of HPV life cycle. The E2 proteins function in initiation of DNA replication, transcriptional regulation and partitioning of viral genome. However, E2 proteins are expressed at very low level, which significantly complicates studies of these proteins. In order to increase expression of HPV18 E2 protein, codon optimized sequence of E2 was inserted to the pCMV-Flag-4 vector, which contains Flag epitope. Flag-tag potentially may influence E2 protein properties and expression level. Results have shown that codon optimization of E2 protein encoding sequence increased the expression level of HPV18 E2 proteins in 293FT cells; codon optimized E2-Flag protein supported replication of HPV18 E2- deficient genome in U2OS cells. New HPV18 E2c.o.pCMV-Flag construct is functional.
Identification of inhibitors of the Human Papillomavirus type 5 replication using high-throughput screening and machine learning
(Tartu Ülikool, 2023) Ibragimov, Ruslan; Piirsoo, Marko, juhendaja; Piirsoo, Alla, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Tehnoloogiainstituut
Human papillomaviruses (HPVs) have been known to cause a wide variety of health complications from warts to cancer. Although vaccination against several high-risk types of HPVs is available, there is currently no treatment method that would target already established infections. The focus of this study is to perform high-throughput screening of 1584 randomly selected chemicals in order to identify potential inhibitors of the HPV type 5 replication, and then use machine learning to predict interactions between those compounds and proteins expressed in basal keratinocytes, the only cell type that supports HPV replication. At the end of this study, several potential inhibitors were discovered and connections were made to proteins and pathways absolutely necessary for the replication of the viral genome or occurrence of the cancer.
Inimese papilloomiviiruse tüüp 5 replikatsiooniks vajalike valkude puhastamine ja fosforüleerimise uurimine
(Tartu Ülikool, 2021) Liblekas, Lisett; Piirsoo, Alla, juhendaja; Piirsoo, Marko, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Papilloomiviirused on väikesed DNA viirused, mis nakatavad koe- ja liigispetsiifiliselt epiteelkihi keratinotsüüte. Inimese papilloomiviirused jaotatakse vastavalt onkogeensele potentsiaalile kõrge ja madala riskiga viirusteks. Madala riskiga tüübid põhjustavad healoomulisi vohandeid nahal, kõrge riskiga tüüpe seostatakse peamiselt emakakaelavähiga. Viiruse helikaas E1 ja transkriptsioonifaktor E2 on fosfovalgud, millel on oluline roll viiruse elutsüklis. Proteiinkinaasid modifitseerivad oma märklaudvalkude aktiivsust, reguleerides mitmeid bioloogilisi protsesse, sealhulgas HPV elutsüklit. Käesoleva magistritöö eesmärk oli konstrueerida HPV5 E1 ja E2 valkude ekspressiooniplasmiidid, et analüüsida nende fosforüleerimist proteiinkinaas A (PKA) poolt ning leida põhjus PKA poolt põhjustatud E2 valgu degradatsioonile
Proteiinkinaaside roll HPV E1 valgu funktsioonide regulatsioonil
(Tartu Ülikool, 2020) Laanemets, Annika; Piirsoo, Alla, juhendaja; Piirsoo, Marko, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
HPVd on väikesed DNA viirused, mis nakatavad naha-ja limaskestade epiteelkoe keratinotsüüte. Mõnikord kaasneb HPV nakkusega healoomuliste või pahaloomuliste kasvajate teke. Vastavalt kasvaja tekke riskile eristatakse madala ja kõrge riskiga HPV tüüpe. Madala riskiga HPV tüübid on nt HPV11, HPV6, HPV8. Kõrge riskiga HPV tüübid on nt HPV16, HPV18, HPV31, HPV45. PVde replikatsiooniks ja transkriptsiooniks vajalikud viirusvalgud E1 ja E2 on fosfoproteiinid ehk proteiinkinaasid osalevad nende stabiilsuse, aktiivsuse ja rakusisese lokalisatsiooni regulatsioonis. Käesolev magistritöö keskendub HPV11 ja HPV18 E1 valkudes olevate konserveerunud fosforüülitud seriinide funktsiooni uurimisele ja HPV18 E1 valku fosforüülivate kinaaside leidmisele