Browsing by Author "Raitviir, Ain, juhendaja"

Filter results by typing the first few letters
Now showing 1 - 1 of 1
  • Thumbnail Image
    Item
    Application of ultrastructural and molecular data in the taxonomy of helotialean fungi
    (2016-10-11) Pärtel, Kadri; Raitviir, Ain, juhendaja; Põldmaa, Kadri, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond.
    Tiksikseened (Helotiales sensu auct., Leotiomycetes, Ascomycota) kujutavad endast ˂2 mm läbimõõduga erivärviliste kausjas-peekerjate viljakehadega seeni. Nad on eluviisilt saproobid, parasiidid või sümbiondid (endofüüdid, mükoriisaseened) erinevatel taimedel, aga ka mullas ja vees. Olles küll looduses sagedased organismid, on neid keeruline määrata, sest morfoloogilised kriteeriumid on ebaselged ja molekulaarseks määramiseks napib DNA referentsjärjestusi. Doktoritöö põhieesmärk oli panustada fülogeneesipõhise klassifikatsiooni loomisse selles väheuuritud seenerühmas. Fülogeneesi rekonstrueerimiseks sekveneeriti mitmeid geenilõike. Lisaks uuriti võrdlevalt valitud taksonite morfoloogiat, kaasates transmissioon-elektronmikroskoopia meetodeid. Tulemusena selgus, et monofüleetilised rühmad eristuvad üksteisest mitmete tunnuste kombinatsiooni, mitte üksikute tunnuste poolest, nagu eoskoti tipustruktuur. Viimastele ei peaks andma võtmetähendust, kuivõrd konvergents on selles seenerühmas laialt levinud. Heaks näiteks homoplaasia kohta on jahukirmelise vintske viljakeha välisilme alusel eristatud perekond Encoelia, mis fülogeneesi põhjal osutus polüfüleetiliseks. Kaheksa Encoelia liiki lahknesid fülogeneesipuul kuude sugukonda, kusjuures perekonna tüüpliigiga ei olnud suguluses ükski teine Encoelia liik. Fülogeneesipõhise klassifikatsiooni loomisel taaselustati kaks ajaloolist sugukonda, kirjeldati uusi perekondi ja liike ning avaldati taksonoomilised rekombinatsioonid. Multigeen-fülogeneesipuu klaadid eristusid enamasti ökoloogia poolest. Paljude tiksikseente taksonite kohta saadi olulist ökoloogilist lisateavet, analüüsides koos viljakehade ja keskkonnaproovide ITS rDNA järjestusi. See võimaldas anda nimetuse paljudele avaliku geeniandmebaasi keskkonnasekventside lähteorganismidele. Siinne töö julgustab taksonoome rohkem kasutama DNA triipkoodistamist, soodustamaks koostööd ökoloogidega, kes enamasti tuvastavad seente elutsükli varjatumat poolt – seeneniidistiku etappi.