Browsing by Author "Remme, Jaanus, juhendaja"

Now showing 1 - 19 of 19

Antibiootikumide klooramfenikool ja erütromütsiin mõju ribosoomide assambleerumisele eubakteris Escherichia coli
(2005) Siibak, Triinu; Peil, Lauri, juhendaja; Remme, Jaanus, juhendaja
Escherichia coli 16S rRNA positsioonid, mis mängivad olulist rolli 70S ribosoomi assotsiatsioonis
(2005) Pulk, Arto; Remme, Jaanus, juhendaja
Escherichia coli 23S rRNA heeliks 69 roll ribosoomis
(2004) Karitkina, Diana; Remme, Jaanus, juhendaja; Liiv, Aivar, juhendaja
Finding novel factors affecting the mutation frequency: a case study of tRNA modification enzymes TruA and RluA
(2022-11-02) Tagel, Mari; Kivisaar, Maia, juhendaja; Ilves, Heili, juhendaja; Remme, Jaanus, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Bakterid suudavad elada kõikjal, kuid karmide ja muutlike keskkonnatingimustega kohanemiseks on aga vaja geneetilist varieeruvust. Bakterites on selle põhiliseks allikaks mutatsioonid. Evolutsiooni mõistmiseks on vaja selgitada molekulaarseid mehhanisme, mis mõjutavad mutatsioonide tekkesagedust. Käesolevas töös kirjeldasin ja analüüsisin uut testsüsteemi, mis võimaldab tuvastada mutatsioonisagedust mõjutavaid faktoreid bakteriperekonnas Pseudomonas. Kirjeldatud testsüsteemi abil õnnestus mullabakteris Pseudomonas putida tuvastada nii varem kirjeldatud kui ka uusi mutatsioonisagedust mõjutavaid geene. Üllatavaim leid oli tRNA modifikatsiooniensüümide TruA ja RluA mõju mutatsioonisagedusele. tRNAd on väikesed molekulid, mis valgusünteesil kannavad valkude ehituskive ribosoomi. Selleks, et paremini oma funktsiooni täita, on paljud nukleotiidid tRNAdes modifitseeritud. Modifikatsioonidel võib olla palju ülesandeid, näiteks aitavad modifikatsioonid tRNAdel saavutada õiget struktuuri või suurendavad translatsiooni täpsust. TruA ja RluA modifitseerivad U nukleotiidi pseudouridiiniks, tehes seda erineval poolel tRNA antikoodonist. Näitasime, et TruA ja RluA tehtud modifikatsioonide puudumisel suureneb P. putidas mutatsioonisagedus. Mõistmaks paremini nende ensüümide olulisust, analüüsisime translatsiooni täpsust, stressi taluvust, proteoomi ja üldist elulemust P. putida TruA ja RluA defektsetes tüvedes. Lisaks sellele selgitasime võrdlevalt TruA ja RluA rolle ka Pseudomonas aeruginosa ja Escherichia coli rakkudes. Saadud tulemustest on näha, kuidas konserveerunud funktsiooniga valgud võivad põhjustada erinevates bakterites erinevaid fenotüüpe. Samuti ilmestab käesolev töö, kuivõrd mitmekesised ja ootamatud tegurid võivad mõjutada DNAs mutatsioonide teket.
Functions and regulation of the mammalian pseudokinase TRIB3
(2016-04-25) Örd, Tiit; Örd, Tõnis, juhendaja; Remme, Jaanus, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond.
Tribbles homoloog 3 (TRIB3) on imetajate geen, mille avaldumistase suureneb mitmesuguste rakustresside, näiteks glükoosi- või aminohappepuuduse, endoplasmaatilise retiikulumi stressi, hüpoksia või oksüdatiivse stressi korral. Selle geeni poolt kodeeritav valk TRIB3 on pseudokinaas – valk, mis primaarjärjestuselt sarnaneb proteiinikinaasile, kuid sisaldab asendusi katalüütiliselt kriitilistes aminohappejääkides. TRIB3 reguleerib rakus toimuvad protsesse valk-valk interaktsioonide kaudu. Kirjeldatud on tema seondumist mitmete transkriptsioonifaktoritega, kinaasidega, ubikvitiini ligaasidega ja muud tüüpi valkudega ning sel moel mõjutab TRIB3 raku stressivastust ja rakusurma, arengulisi protsesse, põletikku ja ainevahetust. Käesolevas doktoritöös uuriti mitmeid TRIB3 geeni toimimisega seotud küsimusi nii raku kui ka organismi tasemel, rakendades muuhulgas meie töörühma poolt loodud hiireliini, mille genoomist on eemaldatud Trib3 geen (Trib3−/− hiired). Töös saadud tulemused näitavad, et inimese maksakasvaja rakuliinis muutub rakustressi korral TRIB3 mRNA isovormide hulgas domineerivaks variant, millel on lühenenud 5′-liiderjärjestus, mis võimaldab efektiivsemat valgutootmist. Nuumrakud on immuunrakud, mis viivad ellu allergilisi reaktsioone. Uurides Trib3 rolli hiire nuumrakkude kultuurides, selgus, et Trib3 avaldumist nendes rakkudes suurendab kasvufaktor interleukiin-3 ning Trib3 puudumine vähendab nuumrakkude võimet teostada immunoloogilisi reaktsioone in vitro. Analüüsides Trib3 avaldumist hiire peaajus, tuvastati, et mRNA arvukus kasvab aju lootelise arengu käigus ja sööda tarbimisel, milles puudub asendamatu aminohape. Trib3−/− hiirte aju uurimisel ilmnes, et neil on suurenenud külgmised ajuvatsakesed, kuid muid olulisi erinevusi aju ehituses ei täheldatud ning käitumiskatsete tulemused näitasid, et Trib3−/− hiirtel on tüüpiline pikaajaline ruumimälu, hirmumälu ja võimekus tunnetada sööda aminohappelist koostist. Selgitamaks TRIB3 tähtsust glükoosipuuduse korral teostati ülegenoomne geeniekspressiooni uuring ning leiti, et TRIB3 pidurdab oluliselt IGFBP2 geeni avaldumise mahasurumist glükoosipuuduse käes kannatavates rakkudes, mis on varasemalt kirjeldamata mehhanism toitainepuudusest tingitud rakusurma takistamiseks.
GBV-C esinemine, genotüübid ja mõju HIV-1 nakatumisele Eesti süstivate narkomaanide populatsioonis
(Tartu Ülikool, 2013) Jõgeda, Ene-Ly; Huik, Kristi, juhendaja; Avi, Radko, juhendaja; Remme, Jaanus, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Investigating Ribosomal Catalysis: Optimizing Assays with Thermostable Bacterial Ribosomes for Defining Minimal Components Necessary for Peptidyl Transferase Activity
(Tartu Ülikool, 2024) Novoshinskaia, Mariia; Forster, Anthony, juhendaja; Bao, Letian, juhendaja; Remme, Jaanus, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Tehnoloogiainstituut
Ribosomes are cellular molecular machinery, facilitating the peptidyl transferase activity – a crucial reaction for the elongation of the peptidyl chain during translation. The process of how exactly ribosome catalyzes peptidyl transferase activity remains a subject of study. Researchers are determined to establish the minimal ribosomal components essential for ribosomal activity. Studies with E. coli 70S ribosome showed that only large ribosomal subunit 50S is essential for performing the peptidyl transferase activity. Later, it was discovered that only one of 50S rRNAs, 23S rRNA, is essential, as it contains the peptidyl transferase center. Later studies with more thermophilic bacteria species paved the way to create a minimal synthetic ribosome reconstructed from the in vitro synthesized ribosomal rRNAs. This project aims to create a minimal Thermus thermophilus ribosome from in vitro transcribed (IVT) rRNAs and naturally extracted 50S total protein components and assay its peptidyl transferase activity with fragment reaction to test the functionality of the reconstructed large ribosomal subunit. For this purpose, a new assay with f[35S]Met-tRNAfMet was assembled. The results of this work show that using [35S] radiolabel leads to more sensitive peptidyl transferase activity detection. On the other hand, the detected activity of the reconstructed Thermus thermophilus 50S subunit is still low, which significantly differs from studies with closely related bacteria species. That opens a question of whether post-translational modifications matter for the activity of Thermus thermophilus ribosomes.
Pagaripärmi Saccharomyces cerevisiae ribosoomi subühikute vahelise silla eB12 komponendi L19e mutantide iseloomustamine
(Tartu Ülikool, 2013) Andrijako, Anastassija; Tamm, Tiina, juhendaja; Remme, Jaanus, juhendaja; Taru Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Physiological effects of the Pseudomonas putida toxin GraT
(2018-09-13) Ainelo, Andres; Hõrak, Rita, juhendaja; Remme, Jaanus, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Looduses peavad bakterid olema võimelised toime tulema keskkonnatingimuste muutumisega üpris laiades piirides. Selles on bakteritele abiks paljud raku elutegevust ja kasvu kontrollivad süsteemid. Eriti omapärasteks bakteri kasvu regulaatoriteks arvatakse olevat toksiin-antitoksiin (TA) süsteemid. Enamasti koosnevad need kahest väikesest valgust: toksiin on võimeline inhibeerima bakteri elutähtsaid protsesse, kuid tavatingimustel takistab seda temaga seondunud antitoksiin. Selleks, et mõista konkreetse TA süsteemi olulisust ja mõju bakterile, on vaja kirjeldada nii toksiini otsest sihtmärki rakus kui ka bakteri füsioloogilist vastust toksiini toimele. Selle töö eesmärgiks oli tuvastada mullabakteri Pseudomonas putida ühe TA toksiini, GraT, sihtmärk rakus ning kirjeldada toksiini mõju raku elutegevusele. GraT on omapärane toksiin, kuna selle efekt on temperatuuritundlik ning süveneb külmas. Töö tuvastas, et GraT lagundab transleeritavaid mRNA-sid. GraT struktuuri analüüs viitab, et toksiinidele ebatüüpiliselt on valgu esimene viiendik paindlik ja ilma kindla struktuurita. Samuti tuvastati, et GraT toksilisust võimendab teiste valkude voltumist abistav šaperonvalk DnaK, mis võib olla seotud GraT paindliku regiooni voltumisega. GraT füsioloogilisi efekte jälgiti mudelsüsteemis, kus toksiini toodetakse looduslikust genoomsest lookusest, millest puudub antitoksiin. Võrreldes tihti rakendatavate toksiini kunstliku ületootmise süsteemidega, on kasutatud mudel paremaks lähenduseks toksiini loomulikule aktivatsioonile. GraT mõjul täheldati kahetist efekti bakteri stressitaluvusele: mõningate stressiallikate puhul see suureneb, kuid teiste puhul väheneb. Lisaks häirib GraT ribosoomide biogeneesi, mida pole sarnaste toksiinide kohta varem kirjeldatud. GraT mõju all kasvavate rakkude valgulise koostise analüüs näitas, et bakter üritab GraT toksilisust leevendada, suurendades ribosoomide biosünteesi abivalkude hulka ja vähendades süsinikumetabolismi intensiivsust. Kuigi GraT roll P. putida elus ei ole endiselt selge, kirjeldati GraT puhul mitmeid TA toksiinidele ebaharilikke omadusi, mis täiendavad meie arusaamu nende ebatavaliste regulaatorite mitmekesisusest.
The pleiotropic functions of ribosomal proteins eL19 and eL24 in the budding yeast ribosome
(2019-07-08) Kisly, Ivan; Remme, Jaanus, juhendaja; Tamm, Tiina, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Valkude biosüntees on kõige enam energiat tarbiv protsess rakus. Seetõttu on loogiline, et häired selles protsessis mõjutavad raku füsioloogiat negatiivselt ja põhjustavad mitmesuguseid haigusi. Valke sünteesivad suured makromolekulaarsed kompleksid – ribosoomid. Kuigi nende ülesehituse ja toimimise põhimõtteid on kaua uuritud, on paljud ribosoomidega seotud aspektid veel ebaselged. Struktuuriuuringud näitavad, et ribosoomid koosnevad kõikides eluslooduse domeenides (Bacteria, Archaea ja Eukarya) RNA-st ja valkudest, mis moodustavad väikese ja suure ribosomaalse alaühiku. Eukarüoodi ribosoomi iseloomustab ulatuslik valkude vaheliste interaktsioonide võrgustik. Selle oluline osa on kontaktid ribosomaalsete alaühikute vahel: sillad, mis tagavad alaühikute liikumise valgusünteesi käigus ning seega kindlustavad ribosoomi optimaalse funktsioneerimise. Käesoleva uurimistöö raames uuriti kahte interaktsioonide võrgustikku kuuluvat ribosomaalset valku - eL19 ja eL24. Mõlemad valgud koosnevad kolmest struktuursest domeenist, mida saab jagada esiteks arhe- ja eukarüoodispetsiifilisteks ning teiseks eukarüoodispetsiifilisteks. Valkude eL19 ja eL24 mutatsioonianalüüsil selgus, et nende arhele ja eukarüoodile eriomased domeenid tagavad suure ribosomaalse alaühiku struktuuri korrektse moodustamise. Eukarüoodile eriomased domeenid ulatuvad suurest alaühikust kaugele ja osalevad alaühikutevaheliste sildade eB12 ja eB13 moodustamisel. Käesolevas töös näidatakse esmakordselt, et need sillad toetavad efektiivset valgusünteesi, stabiliseerides ribosomaalsete alaühikute koospüsimist. Kokkuvõtteks saab järeldada, et valkude eL19 ja eL24 funktsioonid on jagatud nende struktuursete domeenide vahel. Saadud tulemused laiendavad meie teadmisi sellest, kuidas ribosoomi ülesehitus on seotud tema funktsiooniga.
Quantity, stability and disparity of ribosomal components in Escherichia coli stationary phase
(2023-11-01) Reier, Kaspar; Liiv, Aivar, juhendaja; Remme, Jaanus, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Ribosoomid on molekulaarsed kompleksid, mis esinevad kõikides elusorganismides. Ribosoomide ülesandeks eluslooduses on valkude süntees. Valgud on aminohapetest koosnevad polümeerid, mis viivad läbi mitmeid funktsioone bioloogias. Osadel valkudel on katalüütiline aktiivsus, samas teistel on mehhaaniline või struktuurne roll eluslooduses. Huvitaval kombel koosnevad ribosoomid ise valkudest, ergo nende peamise funktsiooni, valgusünteesi produkt, on vajalik nende endi efektiivseks funktsioneerimiseks. R-valkude uurimine on hädavajalik selleks, et mõista molekulaarseid mehhanisme, nagu näiteks antibiootikumide resistentsus, valgusünteesi regulatsioon & kontroll ning ribosoomide kokkupanemine & lagundamine. Selles töös uuriti ribosoomide stabiilsust ning võimekust valke sünteesida statsionaarses kasvufaasis, ennekõike keskendudes r-valkudele. Statsionaarne kasvufaas kirjeldab bakterite elutsükli osa, kus nende kasv on piiratud. Töös on näidatud kuidas mudelorganismi Soolekepikese ribosoomide valguline koostis muutub üleminekul statsionaarsesse kasvufaasi. Huvitaval kombel muutub ribosoomide valguline koostis mitte ainult statsionaarse kasvufaasi alguses, vaid ka statsionaarse kasvufaasi süvenedes. Korrelatsioonis ribosoomi valgulise koostise muutusega, näeme ka ribosoomi valgu sünteesi aktiivsuse muutust statsionaarse kasvufaasi käigus. Lisaks sellele näitame kuidas erineb individuaalsete r-valkude stabiilsus statsionaarses kasvufaasis. Stabiilsuse põhjal jagunevad r-valgud kahte gruppi: 30 stabiilset r-valku ning 21 ebastabiilset r-valku. Saadud tulemused täiendavad meie teadmisi ribosoomide ning nende poolt läbi viidava valgusünteesi kohta mitte-optimaalsetes kasvu tingimustes.
Ribosooomide variatsioonid ja seos antibiootikumide tundlikkusega
(Tartu Ülikool, 2014-06-11) Torp, Kadri; Remme, Jaanus, juhendaja; Virumäe, Kai, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
The role of S4-like RNA-binding and catalytic domains in the activity and specificity of bacterial pseudouridine synthases RluC and RluD in vitro
(Tartu Ülikool, 2015) Aid, Jekaterina; Remme, Jaanus, juhendaja; Leppik, Margus, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Saccharomyces cerevisiae ribosoomi subühikute vahelise silla eB12 funktsionaalne analüüs
(Tartu Ülikool, 2014-06-16) Kisly, Ivan; Tamm, Tiina, juhendaja; Remme, Jaanus, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Studies on the structure-function relationship of the bacterial ribosome
(2004) Maiväli, Ülo; Remme, Jaanus, juhendaja
The effect of tRNA modification enzymes TrmA and TruB on aminoacylation of in vitro transcribed tRNA
(2006) Ero, Rya; Remme, Jaanus, juhendaja
Transkriptsioonifaktori ATF4 seosed kaltsitoniini perekonna geenide CALCB ja ADM2 ekspressiooni regulatsiooniga imetajarakus.
(Tartu Ülikool, 2014-06-11) Kala, Martin; Örd, Tiit, juhendaja; Remme, Jaanus, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Translatsiooni moduleerivate geenide roll bakteri antibiootikumitundlikkuses
(2006) Luidalepp, Hannes; Tenson, Tanel, juhendaja; Remme, Jaanus, juhendaja
tRNA 3`-CCA rollist translatsioonil ja aminohappe rollist aminoatsüül-tRNA selektsioonil
(2005) Virumäe, Kai; Remme, Jaanus, juhendaja