Browsing by Author "Rootsi, Siiri, juhendaja"

Now showing 1 - 5 of 5

Genetic history of the Uralic-speaking peoples as seen through the paternal haplogroup N and autosomal variation of northern Eurasians
(2019-10-15) Ilumäe, Anne-Mai; Rootsi, Siiri, juhendaja; Villems, Richard, juhendaja; Tambets, Kristiina, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Euroopast Lääne-Siberini levinud uurali keelkond postuleeriti enam kui saja aasta eest. Mitme põlvkonna eri teadusvaldkondade teadlaste töö tulemusena on kogutud aukartustäratav andmestik selle keelkonna rahvaste kohta, kuid erilise huvi objektiks on jäänud küsimus nende ühisest päritolust, võimalikust algkodust ja rändeteedest, mille kohta on välja pakutud arvukalt huvitavaid hüpoteese. Eelkõige geograafiast sõltuvas isalt pojale päranduvate Y-kromosoomi variantide ehk isaliinide jaotusmustris eristub selgelt haplogrupp N, mis seob nii Euroopa kui Aasia põhjaaladel elavaid rahvaid ning iseloomustab ka suurt osa uurali keeli kõnelevatest meestest. Käesoleva doktoritöö eesmärgiks oli esiteks rakendada kaasaegseid DNA järjestustehnoloogiaid hindamaks haplogrupi N fülogeneetilise puu sisestruktuuri ja alamklaadide ekspansiooniaegu ning levikut Põhja-Euraasias. Teiseks testida uusimate statistiliste meetoditega võimaliku geneetilise ühisosa olemasolu uurali keelesugulaste vahel, tuginedes ülegenoomsetele genotüpiseerimisandmetele. Selgus, et haplogrupp N on tõenäoliselt algselt pärit Põhja-Hiinast või mandrilisest Kagu-Aasiast ning haplogrupi sisemine struktuur koosneb mitmest piiritletud geograafilise levikuga alamklaadist. Ühel neist, haplogrupi N3 alamklaad N3a3’6, mille levikuaja algus jääb umbes 5000 aasta tagusesse aega, on tähelepanuväärselt lai geograafiline levik, mis ulatub Läänemere idakaldalt kuni Mongoolia ja Vene Beringiani ning hõlmab märkimisväärse osa kõikidesse suurematesse Põhja-Euraasia keelkondadesse kuuluvatest meestest. Ülegenoomsete andmete põhjal on enamusel uurali keeli kõnelejatest piiratud, kuid tuvastatav hiljutine tõenäoliselt Siberi päritolu geneetiline ühisosa, mis vihjab keelte levikuga kaasas käinud inimeste rändele. Samas on see ühine geneetiline komponent seotud ulatuslikumate ida poolt lähtunud mõjutustega Kirde-Euroopa kaasaegsete rahvaste geenifondile, mis tõenäoliselt ei piirdunud ainult uurali keeli rääkinud inimeste sisserändega.
Inimese Y-kromosomaalse haplogrupi R1a sisestruktuuri ja fülogeograafia täpsustamine
(Tartu Ülikool, 2013) Appo, Maarja; Rootsi, Siiri, juhendaja; Metspalu, Ene, juhendaja; Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Overview of the phylogeny and phylogeography of the Y-chromosomal haplogroup N in northern Eurasia and case studies of two linguistically exceptional populations of Europe – Hungarians and Kalmyks
(2020-07-11) Post, Helen; Villems, Richard, juhendaja; Rootsi, Siiri, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Inimkonna evolutsioon ja demograafiline ajalugu on jätnud jälje põlvest-põlve päranduvasse genoomi. Geneetilisi andmeid on inimpopulatsioonide uurimisel kasutatud juba sadakond aastat, kuid alles viimase kümnekonna aasta tehnoloogilised arengud on avanud tee inimkonna genoomse varieeruvuse arengu terviklikkuse jälgimiseks. Käesolev töö uurib meeste Y-kromosoomi geneetilist varieeruvust. Y-kromosoomi täisjärjestustest rekonstrueeritakse meesliinide fülogeneetilisi puid ning hinnatakse liinide lahknemisaegu. Väitekiri keskendub Põhja-Euraasia meestel levinud Y-kromosoomi liini haplogrupp (hg) N uuringutele. Hinnatakse hg N alam-klaadide topoloogiat, lahknemisaegu, levikumustreid ja sagedusi erinevatel Põhja-Euraasia rahvastel. Eraldi analüüsitakse hg N olemasolu Kesk-Euroopas elavatel uurali keeli kõnelevatel ungarlastel ning geograafiliselt kaugetel Uurali mäestiku ümbruses elavatel populatsioonidel, k.a. keelesugulastel. Seni teadaolevalt oli geneetiline seos tänapäeva ungarlasete ja teiste uurali keeli rääkivate rahvaste vahel kasin. Leidsime, et siiski avaldub marginaalne seos Y-kromosoomi variandi N3a4 kaudu ja ungarlastel esinev N3a4 on kladistiliselt sama, mis ob-ugridel – hantide ja mansidel – ning mitmetel teistel Uurali/Lääne-Siberi rahvastel. Läänemere-soomlaste sõsarliinist lahknes antud liin umbes 4-5 aastatuhande eest. Lisaks analüüsime meesliine oirat-mongoli keelt rääkivatel kalmõkkidel, kelle esiisad ~400 aasta eest liikusid Lääne-Mongooliast Ida-Euroopa lauskmaa kaguossa. Kalmõkkide isaliine võrreldakse Mongoolias, Kõrgõzstanis ja Hiinas elavate keelesugulaste omadega. Neil hõimudel on levinud hg C3, mille fülogeneetilise puu topoloogia ja teiste hg-de sagedused viitavad kalmõkkide ning keelesugulaste geneetilisele sarnasusele sõltumata lahusolekust. Veidi esineb neil N3a varianti, mis on rohke mitmetel mongoli hõimudel. See näitab Holotseeni keskajast pärinevate meesliinide, kohati ulatuslikku kattuvust uurali ja mongoli keelte rääkijate vahel.
Perspectives from human Y chromosome – phylogeny, population dynamics and founder events
(2018-11-09) Karmin, Monika; Metspalu, Mait, juhendaja; Rootsi, Siiri, juhendaja; Kivisild, Toomas, juhendaja; Metspalu, Ene, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Rahvastikusündmused on jätnud oma jälje iga inimese genoomi. Täna suudame neid ’lugeda’ nii praegu elavate kui juba ammu surnud inimeste geneetilisest materjalist. Y-kromosoom on eriline genoomi osa, mis pärandub edasi vaid mööda isaliini, kõikide maailma isaliinide omavahlelist sugulust näitab nende ‘sugupuu’. Täna saame ka Y-kromosoomilt ohtralt DNA-lugemeid, mis võimaldavad võrratult täpsemalt hinnata inimese isaliinide mitmekesisust ning harude lahknemisaegu isaliinide puul. Doktoritöös uuriti mineviku rahvastikusündmusi peamiselt inimese Y-kromosoomi andmeid analüüsides. Töö tulemused näitasid, et inimese kõikide teadaolevate isaliinide viimane ühine eellane elas Aafrikas umbes 250 tuhat aastat tagasi, paljude liinide arvukuse kasv toimus aga viimase 15 tuhande aasta sees. Üllatuslikult leidsime ka, et 4–8 tuhat aastat tagasi kahanes järsult järglasi saavate meeste suhteline arv, samas kui naistel see arv ei muutunud. Kuna sigivate meeste arvukus vähenes samal ajal, kui muutusid inimeste eluviisid – mindi üle küttimiselt ja koriluselt põlluharimisele, võisid need kultuurilised muutused mõjutada meeste reproduktiivkäitumist. Lisaks näitasime, et Lõuna-Siberist pärit Baikali-äärse 24 000 aasta vanuse ülempaleoliitilise Malta kultuuri esindaja ema- ja isaliin ei ole tüüpilised tänased seal piirkonnas levinud Ida-Euraasia liinid, näidates geneetilise pärandi olulist muutumist läbi aja. Asutajasündmused, mil uus rahvakild tekib mingi algse grupi väikesest alamhulgast, jätavad uue grupi geneetilisse pärandisse iseloomuliku jälje. Neid analüüsisime Euroopa romi ja aškenaasi leviidi meeste seas. Lõuna-Aasia päritolu H1a1-M82 tüüpi isaliin on levinud ka Euroopa romide seas, viidates nende algkodule. Romide liinidele kõige sarnasemad on Loode- ja Põhja-India meeste seas levinud variandid, viidates võimalikule Romide päritolupiirkonnale. Tüüpiline aškenaasi leviitide isaliin R1a-Y2619 on kõige tõenäolisemalt pärit Lähis-Idast. Näitasime, et see kuulus aškenaasi leviitide asutajaliinide hulka, kuid selle levik oli seotud pigem aškenaasi juutide populatsiooni üldise laienemisega.
Y-kromosomaalse haplogrupi N osa uurali keeli kõnelevate populatsioonide geenitiigi kujunemisel
(Tartu Ülikool, 2014-06-17) Post, Helen; Reidla, Maere, juhendaja; Rootsi, Siiri, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut