Sirvi Autor "Rosendahl, Sirli" järgi

Nüüd näidatakse 1 - 2 2

Fitness effects of chromosomal toxin-antitoxin systems in Pseudomonas putida
(2023-06-05) Rosendahl, Sirli; Hõrak, Rita, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Enamiku bakterite kromosoomides leidub mitmeid toksiin-antitoksiin (TA) lookusi, mis kodeerivad bakterile kahjulikku toksiini ning seda neutraliseerivat antitoksiini. Selliste potentsiaalselt surmavate geenide laialdane levik bakterite genoomides on üllatav ning võiks viidata, et TA süsteemid on bakterile mingit moodi kasulikud. Kuigi TA süsteeme on põhjalikult uuritud, pole seni jõutud üksmeelele nende tähtsuses bakteritele. On näidatud, et mõned TA süsteemid stabiliseerivad genoomis leiduvat mobiilset DNA-d, samas kui teised kaitsevad baktereid faagirünnaku korral. Arvatakse, et mõned TA süsteemid võivad olla olulised bakteri stressivastuses. Samas leidub ka uuringuid, mis viitavad, et TA süsteemid võivad olla isekad DNA elemendid, millest pole bakterile mingit kasu. Käesolev doktoritöö keskendub mullabakteri Pseudomonas putida kromosoomis leiduvatele TA süsteemidele, millest kõige põhjalikumalt on seni uuritud GraTA süsteemi. Toksiin GraT on vaid mõõdukalt toksiline ribosoom-sõltuv mRNaas, mis põhjustab külmatundlikku kasvu- ja ribosoomi biogeneesi defekti. Üllatuslikult leiti, et GraT põhjustatud ribosoomi biogeneesi defekti mõjutab bakteri peamine šaperonvalk DnaK, kuid varasemates katsetes jäi DnaK täpne roll selgusetuks. Kuigi GraT on funktsionaalne toksiin ja mõjutab antitoksiini GraA puudumisel P. putida stressitaluvust, ei ole kogu TA süsteemi deleteerimisel P. putida’le mingit efekti. See tõstatas küsimuse, et milline on graTA lookuse ning teiste TA süsteemide tähtsus P. putida’le. Kasutades proteoomi analüüsi, kirjeldab käesolev doktoritöö P. putida vastust toksiinile GraT. Samuti selgitati DnaK šaperoni rolli GraT toksilisuse reguleerimisel. Selgus, et DnaK soodustab GraT toksilisust, abistades ilmselt GraT-d voltumisel. Doktoritöö näitab, et uuritud tingimustes pole 13 TA süsteemist P. putida’le kasu. Pigem võivad nad teatud tingimustes, nagu konkurentsikatsetes ja faagirünnaku korral, bakteri kohasust vähendada. Käesoleva doktoritöö tulemused avardavad teadmisi TA süsteemide bioloogilise tähtsuse kohta ja viitavad selgelt TA süsteemide isekale olemusele.
Isolation and characterization of a phage collection against Pseudomonas putida
(2024-06-11) Brauer, Age; Rosendahl, Sirli; Kängsep, Anu; Lewańczyk, Alicja Cecylia; Rikberg, Roger; Hõrak, Rita; Tamman, Hedvig
The environmental bacterium, Pseudomonas putida, possesses a broad spectrum of metabolic pathways. This makes it highly promising for use in biotechnological production as a cell factory, as well as in bioremediation strategies to degrade various aromatic pollutants. For P. putida to flourish in its environment, it must withstand the continuous threats posed by bacteriophages. Interestingly, until now, only a handful of phages have been isolated for the commonly used laboratory strain, P. putida KT2440, and no phage defence mechanisms have been characterized. In this study, we present a new Collection of Environmental P. putida Phages from Estonia, or CEPEST. This collection comprises 67 double-stranded DNA phages, which belong to 22 phage species and 9 phage genera. Our findings reveal that most phages in the CEPEST collection are more infectious at lower temperatures, have a narrow host range, and require an intact lipopolysaccharide for P. putida infection. Furthermore, we show that cryptic prophages present in the P. putida chromosome provide strong protection against the infection of many phages. However, the chromosomal toxin–antitoxin systems do not play a role in the phage defence of P. putida. This research provides valuable insights into the interactions between P. putida and bacteriophages, which could have significant implications for biotechnological and environmental applications.