Browsing by Author "Ruisu, Katrin"

Filter results by typing the first few letters
Now showing 1 - 3 of 3
  • Thumbnail Image
    Item
  • Thumbnail Image
    Item
    Qumanize rakenduse analüüs ja sellele veebiliidese loomine
    (Tartu Ülikool, 2020) Ruisu, Katrin; Salumets, Ahto, juhendaja; Adler, Priit, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Arvutiteaduse instituut
    This master thesis describes an application called Qumanize that was created to carry out a humanization process for non-human monoclonal antibodies. Monoclonal antibodies are used as therapeutics for various cancers and autoimmune diseases. They are credited for their high specificity and reduced side effects compared to other drugs. However, since they are discovered in non-human immune systems, their amino-acid composition may induce an immune response in the human body with severe consequences. Qumanize is a tool for humanizing antibody amino acid sequences discovered in various species. It was created as a command line application, so one part of this thesis project was to create a web interface to this application for better accessibility - this process is also described in detail.
  • Thumbnail Image
    Item
    The role of RIC8A in mouse development and its function in cell-matrix adhesion and actin cytoskeletal organisation
    (2016-07-05) Ruisu, Katrin; Pooga, Margus, juhendaja; Tõnissoo, Tambet, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond.
    Hulkrakse organismi normaalse elutegevuse tagamiseks on oluline, et rakud saaksid vahetada otseste või kaudsete suhtlusteede kaudu olulist infot. Transmembraansed G-valk-seoselised retseptorid ja nendega interakteeruvad G valgud (guaniin-nukleotiidi siduvad valgud) on üks levinumaid väliskeskkonnast saadava info kanaleid, mis osalevad mitmete arenguliste, füsioloogiliste ja käitumuslike protsesside reguleerimisel. G-valk-seoselised retseptorid on sihtmärgiks paljudele signaalmolekulidele nagu näiteks hormoonid, neurotransmitterid ja kasvufaktorid aktiveerides seeläbi G valgud, mis omakorda käivitavad rakusisese signaalikaskaadi. Sellisel viisil kutsutakse rakkudes esile vastus, milleks võib olla näiteks migratsioon, jagunemine, või aktsioonipotentsiaali tekkimine. RIC8A on nende signaalikaskaadide asendamatu komponent reguleerides G valkude aktiivsust (nukleotiidivahetusfaktori roll) ning tagades rakus G valkude piisava koguse ja membraanse asetuse (chaperon’i roll). Kuna G-valk-seoselised retseptorid on sihtmärgiks rohkem kui poolele tänapäeva ravimitest, võib ka RIC8A uurimine omada meditsiinilist perspektiivi. RIC8A funktsiooni kohta on imetaja organismis vähe teada ning selle asjaolu parandamiseks analüüsiti antud doktoritöös valgu rolli hiire organismis, täpsemalt embrüogeneesis ja närvisüsteemis. Uurimusest tehti kaks peamist järeldust: RIC8A puudus närvisüsteemis viib tugeva neuro-motoorse häire tekkeni ning RIC8A võib olla vajalik rakkude ja ekstratsellulaarse maatriksi vahelise kontakti saavutamiseks. Viimase hüpoteesi kinnitamiseks uurisime rakk-maatriks interaktsioone kasutades mudelina RIC8A puudulikke primaarseid hiire rakke.