Browsing by Author "Scheler, Ott"
Now showing 1 - 1 of 1
Results Per Page
Sort Options
Item The application of tmRNA as a marker molecule in bacterial diagnostics using microarray and biosensor technology(2012-05-15) Scheler, OttBakterite uurimiseks on traditsiooniliselt kasutatud erinevaid kultuuris kasvatamise meetodeid. Kuigi mainitud meetodid on töökindlad ja täpsed, on nad samas ka küllaltki töö- ja ajamahukad ning ei võimalda kõikide bakterite uurimist. Seetõttu kasutatakse tänapäeval tihti nende uurimiseks erinevaid molekulaarbioloogilisi meetodeid, mis põhinevad spetsiifiliste nukleiinhappe järjestuste tuvastamisel ja kirjeldamisel. Käesolevas töös tutvustatakse erinevaid tehnoloogiaid, mida kasutatakse nukleiinahappe põhises bakteriaalses diagnostikas. Põhirõhk on erinevatel nukleiinhapete paljundamise meetoditel ning hübridisatsiooni-põhistel detektsiooni tehnoloogiatel. Käsitletud on erinevate mikrokiibi ja biosensor tehnoloogiate põhimõtteid ning nende võimalikke kasutusviise bakterite tuvastamisel. Lisaks antakse ülevaade DNA ja RNA järjestustest, mida saab kasutada markerjärjestusena erinevate bakterite tuvastamisel ja üksteisest eristamisel. Pikemalt tutvustatakse tmRNA molekule, mida kasutatakse markerjärjestusena käesoleva doktoritöö raames välja töötatud diagnostiliste meetodite puhul. tmRNA on kõikides bakterites leiduv, keskmiselt 300-400 nukleotiidi pikkune spetsiifiline RNA molekul, mis abistab rakus valgusünteesi mehhanismi, ning mille molekuli järjestuse põhjal on võimalik tuvastada ning eristada erinevaid bakteriliike ja ka kõrgemaid taksonoomilisi üksusi. Töö praktilises osas kirjeldatakse kahte erinevat meetodit, kus tmRNA detektsiooni kaudu tuvastatakse erinevaid baktereid. Nendest esimene põhineb tmRNA molekulide spetsiifilisel paljundamisel NASBA tehnoloogia abil, millele järgneb märgistatud tmRNA molekulide tuvastatamine ja täpne identifitseerimine mikrokiibi tehnoloogia abil. Teise puhul toimub tmRNA-de detektsioon märkevaba reaal-ajas toimiva biosensor süsteemi abil, mis põhineb optilisel mikroring resonaator tehnoloogial. Kuigi mõlema meetodi puhul kasutati testsüsteemina erinevaid hingamisteede haigusi põhjustavaid baktereid ning nende vastavaid liigispetsiifilisi tmRNA molekule, on kirjeldatud tehnoloogiad lihtsasti rakendatavad ka teiste RNA järjestuste ning erinevate bakteri-liikide korral.