Browsing by Author "Sillamaa, Sirelin"
Now showing 1 - 3 of 3
Results Per Page
Sort Options
Item Hmi1 helikaasi järjestuses konserveerunud aminohapete roll valgu funktsionaalsuses(Tartu Ülikool, 2018) Sillamaa, Sirelin; Sedman, Juhan, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutMitokondriaalse DNA säilimises mängivad olulist rolli mitokondriaalsed helikaasid. S. cerevisiae mitokondriaalne helikaas Hmi1 kuulub superperekonda 1 ja omab sarnaselt teistele helikaasidele iseloomulikke konserveerunud motiive. Järgneva magistritöö käigus näidatakse, et üksikahelalise DNA sidumisega seotud aminohapete muteerimine Hmi1 valgus mõjutab oluliselt mitokondriaalse DNA stabiilsust. Mutatsioonid aminohappelises järjestuses viivad aja jooksul respiratoorsete rakkude osakaalu vähenemiseni kultuuris, mis väljendab mitokondriaalse DNA ebastabiilsust. Samuti puhastatakse töö käigus nii metsiktüüpi Hmi1 valk, mis omab helikaasset aktiivsust ja mutantsed valgud, mis ei suuda hüdrolüüsida ATP molekule.Item Mitokondriaalse DNA helikaasi Irc3 funktsionaalne analüüs(Tartu Ülikool, 2016) Sillamaa, Sirelin; Sedman, Juhan; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutMitokonder omab eraldi genoomi, mille funktsioneerimises ja säilimises omavad olulist rolli erinevad valgud, nende hulgas ka helikaasid. S. cerevisiael on kirjeldatud kolm mitokondriaalset DNA helikaasi Pif1, Hmi1 ja Irc3. Irc3 on SF2 helikaas ja osaleb hargenud DNA metabolismis. Käesolevas bakalaureusetöös näidatakse, et RecG suudab osaliselt komplementeerida Irc3 deletsiooni. Analüüsisin samuti reaalaja qPCR-i kasutades Irc3 ja Cce1 deletsiooniga hüpersupressiivse a11 tüve mutante ja viisin läbi in silico katsed, mis näitavad, et bakteriofaag T4 helikaas UvsW on Irc3 kõige lähedasem homoloog.Item The role of helicases Hmi1 and Irc3 in yeast mitochondrial DNA maintenance(2024-05-16) Sillamaa, Sirelin; Sedman, Juhan, juhendaja; Jõers, Priit, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkondMitokonder on multifunktsionaalne rakuorganell, mille üheks olulisemaks ülesandeks on oksüdatiivne fosforüleerimine, mille tagab mitokondriaalne hingamisahel. Hingamisahel pannakse mitokondris kokku põhiliselt tuuma genoomi poolt sünteesitud valkudest, kuid väikene osa valke sünteesitakse ka mitokondri enda väikese genoomi poolt. Mitokondriaalse DNA säilitamine on oluline eukarüootse raku ellu jäämiseks ja ka väiksemad ümberkorraldused mitokondri genoomis viivad inimestel erinevate mitokondriaalsete haiguste tekkimiseni. Pagaripärm S. cerevisiae on eriline mudelorganism, kuna suudab fermentatiivsel süsinikuallikal ellu jääda ka ainult osalise või täielikult puuduva mitokondriaalse DNA-ta. See võimaldab uurida erinevate valkude puudumise mõju mitokondriaalse DNA säilimisele. Üheks selliseks valkude grupiks on helikaasid, mis kasutavad erinevate nukleiinhapete modifitseerimiseks ja lahti sidumiseks ATP hüdrolüüsi energiat. Käesolev doktoritöö keskendub kahe pärmi-spetsiifilise mitokondriaalse DNA helikaaside Hmi1 ja Irc3 funktsiooni uurimisele. Doktoritöö tulemused näitavad, et Irc3-laadsed helikaasid on olulised hargnenud DNA molekulide modifitseerimises, et vältida kahjustatud ja katki läinud DNA molekulide kuhjumist rakus, mis viiks aja jooksul mitokondriaalse DNA kadumiseni. Lisaks sellele on Irc3-laadse helikaasid tõenäoliselt olulised ka RNA metabolismis ja see funktsioon, võib mõjutada ka mitokondriaalse DNA säilimist. Hmi1 helikaas on hädavajalik funktsionaalse mitokondriaalse genoomi säilimiseks S. cerevisiae rakkudes. Erinevalt paljudest teistest helikaasidest ei ole ATP hürdolüüs hädavajalik Hmi1 funktsioneerimiseks. Doktoritöö tulemused näitavad, et Hmi1 omab mitokondris nii ATP hüdrolüüsist sõltuvat kui ka sõltumatut funktsiooni. Selle doktoritöö tulemused laiendavad meie arusaama mitokondriaalsete helikaaside mitmekülgsusest ja aitavad kaasa mitokondriaalse DNA säilimise komplekse süsteemi mõistmisele.