Sirvi Autor "Takkis, Kalev" järgi

Nüüd näidatakse 1 - 2 2

HIV-1 proteaassi inhibiitorite modelleerimine
(2007-05-22T09:43:09Z) Takkis, Kalev
HIV-1 proteaasi inhibiitoritest koosnevat andmekomplekti analüüsiti kvantitatiivsete struktuuromadus sõltuvuste (QSAR) meetodiga. Kasutatud struktuurid põhinesid kuue- ja seitsmelülilisel tsüklilisel uureal, mis jagati treening- ja testkomplekti vahel. Modelleerimiseks kasutati teoreetilisi molekulaardeskriptoreid ja multilineaarse regressiooni (MLR) tehnikat. Saadud mudel oli heade statistiliste näitajatega ning suutis ennustada testkomplekti ühendite aktiivsusi samaväärse kvaliteediga nagu treeningkomplekti ühendite aktiivsusi. Molekuli suurust, kuju ja laengujaotust kirjeldavad deskriptorid leiti olevat inhibeerimisomaduste kirjeldamisel suurima tähtsusega. Senisest suurema ja mitmekesisema andmekomplekti kasutamine tõstis esile ka mittelineaarseid seoseid deskriptorite ja aktiivsuse vahel.
Virtual screening of chemical databases for bioactive molecules
(2012-03-13) Takkis, Kalev
Keemiliste ühendite digitaalsete andmebaaside kasutuselevõtuga kaasneb vajadus leida neist arvutuslikke vahendeid kasutades sobivate omadustega molekule. Probleem on eriti huvipakkuv ravimitööstuses, kus aja- ja ressursimahukate katsete asendamine arvutustega, võimaldab märkimisväärset säästu. Kuigi tänapäevaste arvutusmeetodite piiratud võimsuse tõttu ei ole lähemas tulevikus võimalik kogu ravimidisaini protsessi algusest lõpuni arvutitesse ümber kolida, on lugu teine, kui vaadelda suuri andmekogusid. Arvutusmeetod, mis töötab teadaoleva statistilise vea piires, visates välja mõne sobiva ühendi ja lugedes mõni ekslikult aktiivseks, tihendab lõppkokkuvõttes andmekomplekti tuntaval määral huvitavate ühendite suhtes. Seetõttu on ravimiarenduse lihtsamate ja vähenõudlikkumade etappide puhul, nagu juhtühendite või ravimikandidaatide leidmine, edukalt võimalik rakendada arvutuslikke vahendeid. Selline tegevus on tuntud virtuaalsõelumisena ning käesolevasse töösse on sellest avarast ja kiiresti arenevast valdkonnast valitud mõningad suunad, ning uuritud nende võimekust ja tulemuslikkust erinevate projektide raames. Töö tulemusena on valminud arvutusmudelid teatud tüüpi ühendite HIV proteaasi vastase aktiivsuse ja tsütotoksilisuse hindamiseks; koostatud uus sõelumismeetod; leitud potentsiaalsed ligandid HIV proteaasile ja pöördtranskriptaasile; ning kokku pandud farmakokineetiliste filtritega eeltöödeldud andmekomplekt – mugav lähtepositsioon edasisteks töödeks.