Browsing by Author "Tamm, Heidi"

Filter results by typing the first few letters
Now showing 1 - 1 of 1
  • Thumbnail Image
    Item
    Comprehending phylogenetic diversity – case studies in three groups of ascomycetes
    (2013-05-17) Tamm, Heidi
    Paljusid seenerühmi iseloomustab taksonoomiline korratus. Selle põhjuseks on selliste morfoloogiliste tunnuste vähesus, mida saaks kasutada taksonite piiritlemiseks. Vaieldavaks on osutunud ka kottseente suurimate seltside Pezizales, Hypocreales ja Helotiales süstemaatika. Töö käigus uuriti geneetilist varieeruvust ja eri tasemel taksonite piire kolmes seenerühmas: perekonna Hypomyces (Hypocreales) väikses lähedaste liikide rühmas liigi tasemel, perekonnas Geopora (Pezizales) liigi ja perekonna tasemel ning perekonnas Encoelia (Helotiales) sugukonna tasemel kättesaadavate liikide piires. Fülogeneetilisteks analüüsideks kasutati nii rDNA kui ka erinevate valgugeenide järjestusi. Hypomyces rosellus osutus parafüleetiliseks, sisaldades mitut juba kirjeldatud liiki kui ka morfoloogiliselt eristamatuid rühmi erineva peremehe-eelistuse ja geograafilise levikuga. Enamik seenekasvandusi laastavatest selle perekonna parasiitsetest tüvedest kuuluvad liiki Hypomyces odoratus. Perekond Geopora leiti olevat parafüleetiline. Suletud ja avatud viljakehadega liigid moodustasid kaks tugeva toetusega monofüleetilist rühma, mida soovitame tunnustada eraldi perekondadena. Monofüleetilisteks liikideks osutusid G. arenicola, G. tenuis, G. sepulta ja G. tolucana. Perekond Encoelia osutus polüfüleetiliseks. Perekonna tüüpliik E. furfuracea kuulub sugukonna Hemiphacidiaceae sõsarrühma. Vaid kaks liiki paigutusid kindlalt monofüleetilistesse sugukondadesse Sclerotiniaceae ja Rutstroemiaceae. Kolm liiki kuuluvad monofüleetilisse rühmitusse ’Encoelioideae’ sensu Peterson & Pfister. rDNA ITS regiooni lahutusvõime perekondades Geopora ja Encoelia on piisav võimaldamaks selle kasutamist liikide tuvastamiseks. Perekonna Hypomyces uuritud liikide rühmas jääb ITS regiooni lahutusvõime liikide eristamisel liiga nõrgaks. Valgugeenide kasutamine fülogeneetilistes analüüsides annab parema lahutuse ja tugevamad toetused harudele. Töö käigus kogutud DNA järjestused, mis on eraldatud usaldusväärselt määratud viljakehadest, aitavad määrata keskkonna- ja põllumajanduslikest proovidest seeneliike.