Sirvi Autor "Tedersoo, Leho, juhendaja" järgi

Nüüd näidatakse 1 - 20 29

Development of a multi-platform metabarcoding bioinformatics software with an easy-to-use graphical user interface
(Tartu Ülikool, 2024) Metsoja, Martin; Anslan, Sten, juhendaja; Tedersoo, Leho, juhendaja; Remm, Maido, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Metabarcoding, a widely adopted technique in molecular ecology, enables the simultaneous identification of organisms from environmental samples. However, the sheer volume of sequencing data generated by metabarcoding, diverse DNA markers and sequencing platforms introduces complexity during downstream bioinformatic processing. Existing bioinformatic tools for metabarcoding data analysis often operate via command line interfaces, involve intricate installation procedures and lack cross-platform compatibility. To address these challenges, we introduce PipeCraft2, a novel software package developed using state-of-the-art tools such as Docker, Electron, and Vue.js. Key features of PipeCraft2 include straightforward installation, cross-platform support, an intuitive graphical user interface, four distinct pipelines, and a range of individual modules.
Ecology of ericoid mycorrhizal fungi
(2018-09-25) Kohout, Petr; Tedersoo, Leho, juhendaja; Kõljalg, Urmas, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Sümbioos mükoriisa ehk seenjuure vahendusel on üks vanimaid ja enim levinud mutualismivorme maailmas. Mükoriissetes suhetes seenpartner varustab taime vees lahustunud mineraalainetega ning saab taimelt vastu suhkruid. Erikoidne mükoriisa (ErM) on arbuskulaarse mükoriisa ja ektomükoriisa kõrval evolutsiooniliselt noorim mükoriisatüüp. Taimed sugukonnast kanarbikulised (Ericaceae), kuhu kuuluvad ka mustikas, pohl ja kanarbik, moodustavad ErM sümbioosi mitmete rühmade mullas ja juurtes elavate endofüütsete seentega. Seenehüüfid kasvavad taime juurerakkudesse sisse ja moodustavad paunakesi – ajukujulisi struktuure, kus taime rakumembraani ja seeneraku piirpind on oluliselt suurenenud toitaainete vahetuse soodustamiseks. Kanarbikulised esinevad sageli vaestel happelistel muldadel, kus toitained on peamiselt orgaanilisel kujul ja raskesti taimedele omastatavad. Kanarbikuliste peamine ökoloogiline kohastumus ongi mükoriisaseente abil makro- ja mikroelementide kättesaamine. Kanarbikulised on metsanduse ja põllumajanduse aspektist väheolulised, mistõttu ErM ökofüsioloogia ja sellega seotud seente elurikkust on vähe uuritud võrreldes teiste mükoriisatüüpidega. Senised elurikkuse uuringud ja mükoriisa sünteesi katse näitavad, et ErM moodustavad seened kuuluvad mitmesse kottseente (Helotiales, Chaetothyriales) ja kandseente (Sebacinales, Hymenochaetales) seltsidesse. Oma väitekirjas keskendun erinevatele aspektidele ErM seente elurikkuses ja ökoloogias, eelkõige keskkonnaparameetritele, mis mõjutavad seenekooslusi. ErM seente tuvastamiseks isoleerisin kanarbikuliste ja hariliku kuuse juurtes kasvavad seened puhaskultuuri Tsehhimaa ja Norra metsadest ning viisin läbi mükoriisa sünteesi katsed laboris. Välitööde käigus kogusime kanarbikuliste juuri Mount Wilhelmi mäelt Paapua Uus-Guineas ja Drakensbergi mägedest Lõuna-Aafrika Vabariigis. Kasutasin Roche 454 pürosekveneerimise tehnoloogiat sealt kogutud juurtelt seente määramiseks. Leidsin, et senimääramata kandseente haru moodustab erikoidset mükoriisat, kus taimerakkude pinnal areneb õhuke seeneniidistiku kiht ja seen soodustab mustika kasvu ning lagundab aromaatseid polümeere. Kuusejuurtelt isoleeritud kottseened Pezoloma ericae liigikompleksist on võimelised moodustama erikoidsele mükoriisale iseloomulikke struktuure mustika juurerakkudes. Kottseeneliik Acephala macrosclerotiorum moodustab ektomükoriisat hariliku kuusega ja erikoidset mükoriisat mustikaga laboritingimustes. Kanarbikuliste seenekooslusi mõjutavad paljud keskkonnaparameetrid, eelkõige kõrgus üle merepinna, peremeestaime liik ning mikroelupaik niiskuse gradiendil. Erikoidset mükoriisat moodustavad seened erinevad tugevasti oma leviku poolest.
Ectomycorrhizal diversity in tropical South America particularly in Yasuni National Park, Northeast Ecuador
(Tartu Ülikool, 2009) Sadam, Ave; Tedersoo, Leho, juhendaja
Ektomükoriissete taimede biogeograafia
(Tartu Ülikool, 2014) Sooväli, Gert; Tedersoo, Leho, juhendaja; Hiiesalu, Indrek, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Botaanika osakond
Insights into the ecology of the Ceratobasidium-Thantephorus complex based on phylogeny reconstruction using all publicly available ITS sequences
(Tartu Ülikool, 2011) Veldre, Vilmar; Abarenkov, Kessy, juhendaja; Tedersoo, Leho, juhendaja
Interactions between invasive pathogens and resident mycobiome in the foliage of trees
(2023-03-07) Agan, Ahto; Drenkhan, Rein, juhendaja; Tedersoo, Leho, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Kliimamuutuste ja ulatusliku globaalse kaubanduse tagajärjel on Euroopas üha enam probleeme invasiivsete haigustekitajatega. Invasiivsetest seenhaigustest olulisimat kahju on põhjustanud saaresurma tekitav Hymenoscyphus fraxineus, kes on Kaug-Ida päritolu ja oma looduslikus levilas mandžuuria saarel (Fraxineus mandshurica) tagasihoidlik lehtede patogeen. Euroopas on aga seen ohtlik, vaid 5% siinsetest puudest on haigusele resistentsed. Doktoritöös selgus, et H. fraxineus osakaal saare lehtedes muutub kogu kasvuperioodi jooksul ja on suurim kasvuperioodi lõpus sügisel, kui saarelehtede kaitsevõime on madal. Euroopas samuti saare lehtedel elav lagundajaseen Hymenoscyphus albidus on ohutu saare lehtedele, kuid selle liigi arvukus on agressiivse võõrliigi H. fraxineus tõttu vähenenud. Siiski selgus, et ka H. albidus on võimeline sügisel kahjustama saare lehti. Olulise tulemusena leiti invasiivset seenpatogeeni H. Fraxineus 1978. ja 1992. aasta Tallinna botaanikaaia võõramaiste saareliikide herbaareksemplaridelt, mis näitab, et liik oli Euroopas olemas vähemalt 14 aastat enne oluliste kahjustuste ilmnemist Poolas ja Leedus ning 19 aastat enne seene senist esmaleidu Eestis. Erinevate seenpatogeenid kahjustavad ka harilikku mändi (Pinus sylvestris). Olulisemateks männiokkas elavateks haigustekitajateks on punavöötaudi tekitaja (Dothistroma septosporum) ja männi-pudetõve tekitaja (Lophodermium seditiosum). Uurides selgus, et punavöötaudi tekitaja osakaal on suurim suvel võrreldes kevadel ja sügisel kogutud okastega. See kinnitab, et liigi eosed levivad alates kevadest ja tõrjuda saab haigustekitajat ennetavalt samuti alates kevadest. Männi-pudetõbe esines okastes vähe, kuna polnud liigi puhanguaastat. Kumbki patogeen seente liigirikkust okastes oluliselt ei mõjutanud, kuid üllatuslikult mõjutas okkal elav seen Lophodermium conigenum okastes elavate seente liigirikkust. Seose olulisus männiokaste seeneelustikus vajab edasisi uuringuid. Doktoritöö tulemused kinnitavad, et erinevate haigustekitajate tõrjel ning seire metoodikate arendamisel tuleb arvestada liigi bioloogiast tulenevate eripäradega.
Investigation of diazotrophic bacteria association with plants
(2022-07-08) Rahimlouye Barabi, Saleh; Tedersoo, Leho, juhendaja; Bahram, Mohammad, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Lämmastik on hädavajalik enamiku orgaaniliste ühendite biosünteesiks. Kolm peamist bakterirühma – tsüanobakterid (Nostocaceae), mügarbakterid (Rhizobiaceae ja Burkholderiaceae sugukondade proteobakterid) ja Frankia „kiirikseened“ (Frankiaceae aktinobakterite sugukond) – seovad õhulämmastikku nii iseseisvalt kui ka taimejuurtega sümbioosis olles. Käesolevas doktoritöös tutvustan morfoloogilistel ja fülogeneetilistel tõenditel põhinevat lämmastikku siduvate taimede andmebaasi NodDB. Geenijärjestusi kasutades uurisin varem kirjeldatud juuremügaraid moodustavate proteobakterite perekondade nod-faktorit ja hindasin sümbioosi arengut fülogenoomika põhjal. Prognoosisin, et mügarbakterite süsinikku siduv sümbioos arenes Rhizobiaceae sugukonnas ligi 51 miljonit aastat tagasi ja kandus horisontaalselt edasi mitmele α- ja β-proteobakteri taksonile. Kogusin ebatüüpilisi juurenooduleid moodustavate liikide Tribulus terrestris (seiglehelised, Zygophyllaceae) juureproove Lähis-Idast ja Roystonea regia (palmilised, Arecaceae) juureproove Kariibi mere saartelt. Pindsteriliseeritud juurenoodulitest eraldati ja sekveneeriti viie bakteritüvi genoomid ning metagenoomi andmed loodi 14 liikide T. terrestris ja R. regia juurenooduli proovile. Fülogenoomiline analüüs näitab, et taimeliikide T. terrestris ja R. regia proovidest eraldatud peamised bakteritaksonid on vastavalt Klebsiella ja Kosakonia (γ-proteobakterid). Taimeliigi T. terrestris juurenoodulite proovidest leidsin amplifitseerimise ja sekveneerimise tulemusel Sinorhizobium meliloti struktuurseid nod/nif geene. Erinevalt varasematest töödest ma ei tuvastatud metagenoomi andmete analüüsi põhjal T. terrestris juurenoodulites tsüanobakteriaalset infektsiooni. Järeldan, et taimeliikidel T. terrestris ja R. regia arenes loomulike “tühjade noodulite” teke rakusisese mügarbakterite infektsioonita. Taimeliikidel T. terrestris ja R. regia esineva bioloogilise lämmastiku sidumist võib seostada vastavalt S. meliloti ja K. sacchari bakteritega, mis hõivavad noodulilaadseid struktuure epi- või endofüütidena – kasvades kudedes sees või kudede pinnal. Selle töö tulemused lükkavad ümber hüpoteesi, mille kohaselt nodulatsiooni teke või selle eelsoodumus arenes teadaolevate lämmastikku siduvate katteseemnetaimede klaadi ühisel esivanemal ainult ühel korral. Pigem tekkis juursümbiontide toel õhulämmastiku sidumine õistaimedel korduvalt.
ITS regiooni kasutatavus hooghännaliste (Collembola) määramisel
(Tartu Ülikool, 2013) Anslan, Sten; Tedersoo, Leho, juhendaja; Tartu Ülikool. Botaanika osakond; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond
Jäme lagupuit - lagunemist kontrollivad faktorid ning tähtsus metsaökosüsteemides
(Tartu Ülikool, 2011) Anslan, Sten; Tedersoo, Leho, juhendaja
Kandseente perekonna Amphinema süstemaatika ja ökoloogia
(Tartu Ülikool, 2011) Sadam, Ave; Kõljalg, Urmas, juhendaja; Tedersoo, Leho, juhendaja
Lagupuidu teke ja roll suktesessioonis
(Tartu Ülikool, 2011) Veedla, Mairit; Tedersoo, Leho, juhendaja
Methods for studying plant-fungal interactions – reflecting on the old, the new and the upcoming
(2024-01-08) Färkkilä, Sanni, juhendaja; Tedersoo, Leho, juhendaja; Jaaniso, Raivo, juhendaja; Mäeorg, Uno, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Muld kubiseb inimeluks vajalikest organismidest, mille uurimist takistab nende väiksus ja ligipääsmatus. Paljud bakterid, seened ja pisiloomad elavad koos taimejuurtega mullas. Nende organismide hulgas on eriti olulised juursümbiontsed seened. Meedias populaarseks saanud puudevahelise suhtlusvõrgustiku (i.k. wood-wide-web) kontseptsioon viitab sellele, et metsad on omavahel seotud mullaseente kaudu, mis võimaldavad puudel omavahel suhelda. Teaduslik kriitika seab aga selle võrgustiku leviku ja olulisuse kahtluse alla. Väidetakse, et varem kasutatud meetodid ei suuda tõestada et puudevahelise suhtlusvõrgustiku olemasolu. Käesolevas doktoritöös käsitleti uue meetodi - fluorestseeruvate nanoosakeste - kasutamist. Selleks hinnati erinevate bioloogiliste ja keskkonnauuringute tulemused. Laboratoorsed katsed näitasid, et nende osakeste rakendamine keeruliste looduslike süsteemide, nagu näiteks puudevaheline võrgustik, uurimisel on praegu väga keeruline. Nanoosakeste, seente ja mullaosakeste vastasmõju kohta on siiani väga vähe teada. Kuigi süsinikupõhised osakesed olid lihtsas neeldumiskatses paljulubavad, on varasemad meetodid praegu puudevahelise võrgustik ja seeneniidistiku uurimiseks sobivamad. Doktoritöö sisaldab ka eksperimentaalset uuringut, milles kasutati molekulaarseid meetodeid seente määramiseks mullast. Tuvastati, kuidas taimeindiviidide vahelised geneetilised erinevused mõjutavad juurtes elavate seente elurikkust ja suhtelist arvukust, paljastades indiviidide erinevusi nende võimes olla mükoriissetele juureseentele peremeestaimeks. Eri laiuskraadidelt pärit populatsioonide vahel nendes võimetes erinevusi ei olnud. Need tulemused näitavad, kuidas mullas elavad seened võivad avaldada mõju puude konkurentsivõimele ja seega tuleks arvesse võtta geneetilisi tegureid ka puude võrgustiku uuringutes. Doktoritöö panustab puudevahelise võrgustiku arutellu, rõhutades metodoloogilisi kaalutlusi.
Molecular identification of Collembola and their fungal associates
(2017-10-20) Anslan, Sten; Tedersoo, Leho, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Muld on mitmekesine elupaik, mis hõlmab suurt mikroobide ja loomade liigirikkust. Rikkalik mullaelustik on olulisel kohal paljudes looduslikes protsessides alates mulla kujundamisest ja lagundamisprotsessidest kuni mikrokliima reguleerimiseni. Molekulaarsete identifitseerimismeetodite areng on kaasa aidanud mullaorganismide tuvastamisele, mis võimaldavad määrata liike nii indiviidi kui ka koosluste tasemel. Oma doktoritöös uurisin ITS2 rakendatavust hooghännaliste (Collembola) määramisel, kuna vastava DNA lõiguga on potentsiaalselt võimalik mullaproovidest määrata samaaegselt mitmesugused eukarüootide rühmad liigi tasemele. Kuna hooghännalised on tihedalt seotud seenekooslustega (seened moodustavad olulise osa nende toidust), siis uurisin oma doktoritöös ka hooghännalistega seotud seenekoosluste ruumilist ja ajalist struktuuri kasutades nii seente kultuurides kasvatamise kui ka mass-sekveneerimise (HTS) meetodit. Vastavate HTS andmete lihtsaks ja kiireks bioinformaatiliste analüüside teostamiseks oli vaja välja töötada mass-sekveneerimisandmete töötlemise töölaud. Doktoritöö peamised tulemused ja järeldused on järgmised: 1) ITS2 lõik omab piisavat liikidevahelist erinevust, et eristada hooghännaliste liike; 2) hooghännalistega seotud seeneliikide tuvastamine on tõhusam mass-sekveneerimise meetodiga, mis tõi esile, et hooghännalised on seotud palju rohkemate seeneliikidega kui seni traditsiooniliste meetoditega kindlaks määratud; 3) tulenevalt seenekoosluste suktsessioonist on hooghännalistega seotud seenekoosluste struktuur ja liigirikkus mõjutatud nii sesoonist kui aastast; 4) töös kasutatud hooghännaliste liikide vahel ei tuvastatud toitumiseelistusi seente osas; 5) koostatud HTS andmete töötlemise programm võimaldas kiiret ja tõhusat DNA järjestuste töötlust.
Mükoriisavõrgustikud ja nende kaudu toimuv taimedevaheline toitainete ülekanne
(Tartu Ülikool, 2010) Hiiesalu, Indrek; Tedersoo, Leho, juhendaja; Suvi, Triin, juhendaja
Mullaseente ja ripsloomade mitmekesisuse mustrid niiskusgradiendil toitainevaestes kasvukohatüüpides
(Tartu Ülikool, 2014) Hiiesalu, Indrek; Tedersoo, Leho, juhendaja; Tartu Ülikool. Botaanika osakond; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond
Musta hallituse (Stachybotrys chartarum) määramise võimalused biosensoriga
(Tartu Ülikool, 2021) Laidma, Rain; Rinken, Toonika, juhendaja; Tedersoo, Leho, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Käesolevas töös konstrueeriti antikeha – antigeen reaktsioonil põhinev biosensor musta hallituse (Stachybotrys chartarum) tuvastamiseks. Must hallitus on saprofüütiline organism, mis kasvab veekahjustusega ja kõrge tselluloosi sisaldusega materjalil, nagu kipsplaadi kattepaber ja puit ning on võimeline tootma inimestele kahjulikke mükotoksiine. Kujutades ohtu inimeste tervisele on oluline määrata musta hallituse olemasolu siseruumides, vältides seeläbi ohtu inimeste tervisele. Biosensorite kasutuselevõtt võimaldab tuvastada musta hallituse kiiresti ning selektiivselt, elimineerides aeganõudvate määramismeetodite kasutamise vajaduse.
Mütseeli elektrofüsioloogia mitteinvasiivse mõõtesüsteemi prototüüp
(Tartu Ülikool, 2022) Geara, Hana; Valdur, Kadri-Ann, juhendaja; Tedersoo, Leho, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Seente ainulaadne eluvorm – keerukas membraaniga ümbritsetud mikrofluiidika süsteem – võimaldab mütseelis infol levida sarnaselt neuraalvõrgustikega – elektriliste impulssidena. Selle bakalaureusetöö teoreetiline osa annab ülevaate mütseeli anatoomilistest eripäradest ja füsioloogilistest protsessidest, mis panustavad seente elektrilisse aktiivsusesse. Käsitletakse ka bioloogilise elektri mõõtemeetodeid ja mõõtetulemuste interpreteerimise võimalusi. Töö eksperimentaalosa pakub välja mõõterakkude prototüübi agarsöötmel kasvava mütseeli elektrilise aktiivsuse mõõtmiseks. Prototüübi testimiseks kasvatati mõõterakkudel austerserviku, Pleurotus ostreatus isolaate ja mõõdeti avatud ahela pinget. Mõõtmiste tulemusena tuvastati keskmiselt 20 tunni perioodiga tsüklilisus, mis viitab tsirkadiaanrütmile.
Ökoloogilised võrgustikud mullaseente kooslustes
(Tartu Ülikool, 2015) Harend, Helery; Tedersoo, Leho, juhendaja; Bahram, Mohammad, juhendaja; Tartu Ülikool. Botaanika osakond; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond
PCR praimerid taimede seenpatogeenide tuvastamiseks
(Tartu Ülikool, 2014-06-17) Riit, Taavi; Tedersoo, Leho, juhendaja; Drenkhan, Rein, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Perekonna pilvik (Russula) sektsiooni Xeramplinae liigid ja peremeestaimed Eestis
(Tartu Ülikool, 2007) Jairus, Teele; Kõljalg, Urmas, juhendaja; Tedersoo, Leho, juhendaja