Sirvi Autor "Truu, Jaak, juhendaja" järgi

Nüüd näidatakse 1 - 13 13

Antibiotic resistance in connected engineered and natural aquatic environments
(2021-11-29) Tiirik, Kertu; Truu, Jaak, juhendaja; Nõlvak, Hiie, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Antibiootikumid on kõige olulisemad bakteriaalsete infektsioonide ravimiseks mõeldud ained, kuid kõikide antibiootikumide vastu tekib bakteritel ühel hetkel resistentsus, st et antibiootikum ei suuda enam bakterit tappa. Nii on antibiootikumiresistentsusest kujunenud tänapäeval üks suurimaid tervishoiuprobleeme maailmas. See ei ole siiski ainult meditsiinisektori probleem, vaid selle tekke ja leviku taga on ka antibiootikumide kasutamine põllumajanduses ja loomakasvatuses. Reoveepuhastusjaamade heitvesi on üks peamisi teid, kuidas resistentsus tehiskeskkonnast looduslikku keskkonda pääseb, kuna reoveepuhastuse käigus ei eemaldata kõiki antibiootikumijääke, resistentseid baktereid ega ka antibiootikumiresistentsust põhjustavaid geene. Kuna reoveepuhastusjaamade heitvesi juhitakse enamasti looduslikesse veekogudesse, näiteks ojadesse või jõgedesse, suureneb resistentsusnäitajate arv reoveepuhasti väljavoolust allavoolu jäävatel aladel. Antibiootikumiresistentsed bakterid ja resistentsusgeenid võivad kanduda edasi põhjavette, jõgedesse ja lõpuks ka merre. Sealt võivad need omakorda inimesele tagasi kanduda, näiteks saastunud vett juues, mereande süües või ujudes. Siinse doktoritöö eesmärgiks oli kirjeldada, kuidas reoveepuhastusjaamast pärinevad antibiootikumiresistentsusgeenid levivad allavoolu jäävasse ojja, sealt edasi jõkke ning viimaks Läänemerre. Töö tulemustest selgus, et reoveepuhastusjaamal on kõige suurem mõju vahetus läheduses (0,3 kilomeetrit) oleva veekeskkonna mikroobikoosluse struktuurile ja antibiootikumiresistentsusgeenide arvukusele. Samas juba 3,7 kilomeetrit eemal oli jõe bakterikooslus võrreldav reoveepuhastist ülesvoolu jääva alaga. Siiski tulenevalt Läänemere eripäradest – suur reostuskoormus, tihe rannikuala asustatus, suur valgala, aeglane veevahetus, madal vesi – on merekeskkond väga tundlik antibiootikumiresistentsusgeenide reostuse suhtes.
Biogas production under co-digestion of food waste with sewage sludge
(Tartu Ülikool, 2013) Kanger, Kärt; Truu, Jaak, juhendaja; Ebner, Christian, juhendaja; University of Tartu. Faculty of Science and Tehnology; University of Tartu. Department of Geography
Biosöe mõju horisontaalvoolulise pinnasfiltersüsteemi toimimise efektiivsusele
(Tartu Ülikool, 2017) Sarjas, Jürgen; Truu, Jaak, juhendaja; Kasak, Kuno, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Biotervendusmeetodite kasutamine saasteainete biodegradatsiooni võimendamiseks poolkoksis
(2006) Kärme, Liis; Truu, Jaak, juhendaja
Forest soil bacterial community analysis using high-throughput amplicon sequencing
(2017-10-10) Preem, Jens-Konrad; Truu, Jaak, juhendaja; Mander, Ülo, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Muldade rikkalike mikroobikoosluste uurimist on siiani palju takistanud tõsiasi, et enamik mulla mikroobe on kultiveerimatud. Seda kitsaskohta aitab leevendada lähenemine nimega metagenoomika, mis tähistab uurimistööd otse keskkonnaproovidest eraldatud geneetilise materjaliga. Selliste andmete kasutamiseks on levinud meetodid, mille abil grupeeritakse (klasterdatakse) kogutud DNA järjestused ad-hoc taksonoomilistesse üksustesse nn. OTU-desse (Operational Taxonomic Unit). Nii võib OTU-desse klasterdatud järjestusi kasutades hinnata bakterikoosluste mitmekesisust ja liigilist koostist. Saadud OTU-de arvukuse numbreid annab kasutada mitmesugustes erinevates analüüsides kui asendajaid tavapärasematele taksonoomilistele üksustele. Niisama kiire, kui on olnud uute sekveneerimistehnoloogiate areng, on ka olnud uute tööriistade arvu kasv – viimase kümnendi jooksul on loodud hulk programme, mis on mõeldud eelpoolmainitud OTU-de moodustamiseks DNA järjestuste andmetest. Antud doktoritöö töö keskendub sellele, kuidas mõjutavad erinevad OTU loomise meetodid edasisi analüüse ning järeldusi. Selleks kasutati järjestusandmeid artiklist “Bacterial community structure and its relationship to soil physico-chemical characteristics in alder stands with different management histories” ning erinevaid OTU klasterdamise meetodeid. OTU-d loodi erinevate programmide abil (Mothur,CROP,UCLUST,Swarm) – seejärel viidi läbi koosluste mitmesugused statistilised analüüsid. OTU andmete analüüs andis üldjoontes samasuguseid tulemusi. Seda visualiseerivad hästi töös olevad joonised. OTU arvude ja mitmekesisusindeksi statistilised testid ei leidnud statistiliselt olulist erinevust eri klasterdusmeetodite vahel. Kasutatud klasterdamismeetoditest jäid parimaina silma paistma CROP ja UCLUST meetodid.Lisaks näitasid analüüsid ka osade statistiliste meetodite eeliseid teiste ees sedasorti OTU andmete käsitlemisel
Impact of management on peatland microbiome and greenhouse gas emissions
(2017-10-10) Espenberg, Mikk; Truu, Marika, juhendaja; Truu, Jaak, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Turbaalad leiavad rakendust põllumajanduses, metsanduses, energiatootmises, reoveekäitluses ja ka teistes valdkondades. Kui võtta arvesse üha suurenevat inimmõjutuste ja kliimamuutuste survet neile aladele, siis on turbaalade süsiniku- ja lämmastikuringe väga olulised nii keskkondlikust, ökoloogilisest kui ka majanduslikust vaatevinklist. Käesoleva doktoritöö eesmärk oli uurida erinevate majandusmeetmete mõju turbaalade mikrobioomile ja kasvuhoonegaaside emissioonile. Põhjapoolkera parasvöötme turbaalade kuivendamisel väheneb CH4 emissioon, kuid selle mõju on CH4 emissioonile väiksem rabades võrreldes madalsoodega. Kuivendamine avaldab suurt mõju ka troopilise turbaala gaasiemissioonidele ja selle mikroobikooslusele. Kuigi CH4 ja potentsiaalse N2 emissioonid kahanesid troopilise turbaala kuivendamisel, siis N2O voog atmosfääri suurenes. Troopilise turbaala kuivendamine muutis lisaks bakterite ja arhede arvukusele ning liigilisele koosseisule oluliselt ka erinevaid lämmastikuringe protsesse läbiviivate mikroorganismide arvukusi. Kuivendamise tulemusena vähenes denitrifikatsiooni ja N2 fikseerimise potentsiaal troopilise turbaala pinnases. Põhjapoolkera parasvöötme häiritud turbaalade taassoostamine suurendab CH4 emissiooni. Mahajäetud turbakaevandusalade taimestamine päiderooga bioenergia tootmise eesmärgil vähendas CH4 emissiooni, kuigi metanogeenide arvukus turba erinevates kihtides jäi ligikaudu samale tasemele või siis isegi suurenes katseperioodi jooksul. Lisaks sellele on turbaalasid sooderikastes piirkondades võimalik kasutada reovee puhastamiseks, et kaitsta veekogude ökosüsteeme reoainete eest. Turbaalapuhastites on oluline roll ka taimedel, mis võivad olla läbi erinevate mehhanismide efektiivseteks reoainete eemaldajateks veest.
Käärimisjäägi mõju põllumajandusliku rohumaa mulla antibiootikumresistentsusgeenide sisaldusele
(Tartu Ülikool, 2015) Kanger, Kärt; Nõlvak, Hiie, juhendaja; Truu, Jaak, juhendaja
Microbes and climate change: insights from plant-microbe interactions in rice phyllosphere and soil microbiomes in subarctic grasslands
(2024-07-12) Devarajan, Arun Kumar; Truu, Marika, juhendaja; Truu, Jaak, juhendaja; Ostonen, Ivika, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Inimtegevuse, eriti fossiilsete kütuste põletamise ja tööstuse tõttu, on kasvuhoonegaasid tase atmosfääris märkimisväärselt suurenenud. See põhjustab kliimamuutusi, nagu globaalne soojenemine, põud ja ekstreemsed ilmastikunähtused. Prognoosid näitavad, et 2100. aastaks võib globaalne temperatuur tõusta 3–5 °C, millel võivad olla pöördumatud tagajärjed ökosüsteemidele. Kliimamuutuste tagajärjel väheneb paljudes maailma piirkondades sademete hulk ja õhuniiskus, mis viib mulla niiskuse vähenemiseni ja seega põllukultuuride, eriti teraviljade, saagikuse vähenemiseni. Mikroorganismid on olulised ökosüsteemide funktsioneerimisel, osaledes ainete ringes ja säilitades mulla stabiilsust. Taimede ja mikroorganismide kooseksisteerimine hõlmab nii mutualistlikke kui ka parasiitlikke suhteid. Mikroorganismid elavad nii lehtede pinnal (epifüütsed mikroobid) kui ka taime sees (endofüüdid) ja juurte ümbruses (risosfääri mikroobid). Reaktsioon kliimamuutustele ei toimu taim-mikroob-muld süsteemis sünkroonselt, sest muutused mõjutavad taimi ja mulda erinevalt. Doktoritöö eesmärk oli uurida taimedega seotud mikroobikoosluste omadusi kliimamuutuste kontekstis. Töö tulemused põhinevad kahel kompleksel uurimusel. Esimene uuring keskendus põuakindla riisi lehtedelt eraldatud bakterite võimele suurendada riisitaimede osmotolerantsust ja saagikust põua tingimustes. Uuringute tulemused näitasid, et kõrge osmotolerantsus oli iseloomulik peamiselt Bacillus perekonda kuuluvatele bakteritele, mis säilitasid taimedele kasulikul tasemel taimehormoonide sünteesi osmootse stressi tingimustes. Eriti efektiivne oli Bacillus megaterium tüvi PB50, mis parandas taimede stressitaluvust. Teises uuringus uuriti mulla soojenemise mõju risosfääri ja juurevaba mulla mikroobikooslustele subarktilistel rohumaadel. Leiti, et mulla soojenemine mõjutas oluliselt mikroobikoosluse struktuuri ja funktsioneerimist. Pikemal soojenemisel täheldati muutusi denitrifikatsiooniga seotud geenide osakaalus nii risosfääris kui juurevabas mullas, mis võib suurendada N₂O emissiooni mullast. Need uuringud aitavad paremini mõista kliimamuutuste mõju taim-mikroob-muld süsteemidele ja võimaldavad ennustada ning vähendada kliimamuutuste negatiivseid mõjusid põllumajandusele.
Microbial community and its relationship with pollutant removal in treatment wetlands
(2018-11-08) Oopkaup, Kristjan; Truu, Jaak, juhendaja; Truu, Marika, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Tehismärgalasid (TM) on viimase poole sajandi jooksul kasutatud reovee puhastumise alternatiivse meetodina konventsionaalsete puhastite kõrval. TM erinevad omadused, sealhulgas filtermaterjali tüüp, tööparameetrid ning samuti taimestiku olemasolu, mõjutavad mikroobikoosluste struktuuri, ruumilist jaotust ja aktiivsust süsteemis. Kuna mikroobsed protsessid on TM reovee puhastusel olulise tähtsusega, aitavad uuringud mikroobiökoloogias laiendada teadmisi mikroobikoosluse kujunemisest ja seostest TM tööparameetritega, võimaldades seeläbi luua stabiilse ja metaboolselt aktiivse mikroobikoosluse jaoks sobiliku TM keskkonna ja selle kaudu tõsta erinevate reoainete puhastamise efektiivsust. Käesoleva doktoritöö eesmärgiks oli uurida eri tüüpi TM mikroobikoosluse arvukust ja struktuuri ning kuidas mikroobikoosluse parameetrid on seotud TM puhastusefektiivsusega ja millised keskkonnafaktorid mõjutavad mikroobikoosluse stabiliseerumist uuritavates süsteemides. Uurimisobjektideks olid kolm eri tüüpi TM, millest kaks olid vastrajatud eksperimentaalset TM ja üks üle 15 aasta kasutuses olnud vabaveeline jõevett puhastav TM kompleks. Saadud tulemused näitasid, et reovee koostis, TM tüüp ja töörežiim mõjutavad bakterikoosluse kujunemist ja struktuuri tehismärgalas. Mikroobikoosluse struktuuri kujunemisel oli näha sarnast ajalist suktsessiooni kahe eksperimentaalse TM vahel. Mikroobikoosluse mitmekesisus tõusis märgatavalt mõlema süsteemi esimese kolme kuu jooksul ja seejärel stabiliseerus, sealhulgas olid algsed muutused mikroobikoosluse kujunemisel suurema varieeruvusega kui pärast stabiliseerumist. Nii mikroobikoosluse mitmekesisus kui ka teatud bakteriperekondade osakaalud olid seotud nende süsteemide puhastusefektiivsustega. Töö tulemused kinnitasid mitmete koosesinevate bakterirühmade mõju nii lämmastiku kui orgaaniliste ühendite eemaldamisele reoveest. Uuritavates TM olid peamisteks lämmastikuärastuse protsessideks autotroofne ja heterotroofne nitrifikatsioon ning denitrifikatsioon ning vähemal määral anaeroobne ammooniumi oksüdeerimine, eelkõige vabaveelises tehismärgalas. Käesoleva doktoritöö tulemuste põhjal saab teha järelduse, et erinevate reoainete parimaks eemaldamiseks tuleks TM konstrueerida ja opereerida meetodil, mis loovad sobiva keskkonna mitmekesise ja kõrge metaboolse aktiivsusega mikroobikoosluse kujunemiseks.
Naftareostus ja naftasaaduste biolagunemine meres
(Tartu Ülikool, 2018) Blankin, Marite; Truu, Jaak, juhendaja; Tiirik, Kertu, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Töö teoreetilises osas antakse ülevaade järgmistest teemadest: naftareostuste allikad meres, naftareostus merekeskkonnas, naftareostuse mõju mereelustikule ning naftareostuse likvideerimise meetodid. Lisaks kirjeldatakse täpsemalt nafta biolagunemist meres – seletatakse lahti protsessi olemus ning tuuakse välja erinevad tegurid, mis seda mõjutavad. Käesoleva töö eksperimentaalse osa eesmärgiks oli hinnata nafta biolagunemist arktilises merevees ning analüüsida, kas NPK väetise lisamine suurendab nafta biolagunemise efektiivsust. Katse läbiviimisel valmistati Teravmägede lähedalt, Põhja-Jäämerest kogutud mere pinnaveest erinevaid mikrokosme (naftamikrokosmid, kontrollmikrokosmid ja biostimuleeringuga mikrokosmid) ning analüüsiti arhede ja bakterite arvukuse muutust mikrokosmides 4 ja 8 kuu jooksul. Arhede ja bakterite üldarvukus määrati kasutades qPCR (kvantitatiivne polümeraasi ahelreaktsioon) meetodit. Töö tulemustest selgus, et NPK väetise lisamine suurendas bakterite üldarvukust, kuid stimuleeris nafta biolagunemist vaid vähesel määral. Katsest järeldus, et naftareostuse biolagunemine sõltub oluliselt lisaks toitainete kättesaadavusele ka muudest faktoritest (näiteks temperatuur ja nafta lahustuvus).
Naftareostuse mõju rannikule ja ranniku puhastamise meetodid
(Tartu Ülikool, 2018) Uisk, Christof; Truu, Jaak, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Lähitulevikus ei vabane maailm täielikult naftasaaduste kasutamisest ja kuigi laevaõnnetuste hulk pidevalt langeb, on naftalekete juhtumine meretranspordi käigus paratamatu. Õnnetuste poolt tekitatud loodusliku ja majandusliku kahju vähendamiseks on välja töötatud hulgaliselt füüsikalisi, keemilisi ja bioloogilisi meetodeid, mis teadlikul kombineerimisel suudavad pea täielikult naftareostuse keskkonnast likvideerida. Lõpliku reostuse eemaldamise meetodi valimine sõltub naftast ja naftareostuse kogusest, saastatud pinnasest, endeemsest elustikust, ala ligipääsetavusest, ning meetodi intrusiivsusest ja majanduslikust kulust. Mikroorganismid, kes suudavad naftasaadusi lagundada elavad kõikides merekeskkondades - ka külmas, kõrge rõhu ja väheste toitainetega ookeani kihtides. Biolagundamist piiravateks teguriteks on tavaliselt hapnik ja teiste toitainete (P, N) kontsentratsioonid. Teades reostunud keskkonna ja mikroobikoosluse eripärasid suudetakse stimuleerida biolagunemise kiirust, kas toitainete või mikroorganismidega, sealjuures vältides keskkonnale lisakahju tegemist. Antud töö eksperimentaalse osa tulemuste põhjal saab teha järelduse, et laevakütusega saastunud keskkonnaproovidest DNA eraldamiseks on sobiv kasutada biokile-spetsiifilist Dneasy PowerBiofilm Kit põhinevat meetodit. Selle meetodi puhul on suurem DNA saagis ja kõrgem 16S rRNA geeni amplifikatsiooni efektiivsus kui PowerSoil DNA Isolation Kit kasutades. Dneasy PowerBiofilm Kit puhul olid suuremad ka hinnangud bakterite 16S rRNA geeni arvukuse osas. Käesoleva töö tulemusi saab kasutada Horisont 2020 projekti GRACE raames Gröönimaal 2017 aastal läbiviidud nafta biolagunemiskatse proovidest DNA eraldamiseks.
Sulfoonamiidi resistentsus prügila metaanilagunduskattes
(Tartu Ülikool, 2025) Muromägi, Aap; Truu, Jaak, juhendaja; Tiirik, Kertu, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Antibiootikumiresistentsus prügilates on oluline osa resistentsuse üldisest levikust, kuna prügilad toimivad antibiootikumiresistentsusgeenide (ARG) reservuaaridena, olles sobilik keskkond ARG-ide kogunemiseks, paljunemiseks ja levimiseks. Käesolevas töös uuritakse sulfoonamiidi resistentsusgeenide (sul1, sul2 ja sul3) arvukust ja osakaalu prügilakatte erinevates sügavustes ja looduslikus foonis ning tulemusi võrreldakse omavahel. Samuti töötatati välja sobiv praimeripaar sul3 geeni kvantifitseerimiseks.
Suuremahulise terraariumi vee puhastamise võimalused
(Tartu Ülikool, 2015) Sarjas, Jürgen; Truu, Jaak, juhendaja