Sirvi Autor "Varjak, Margus" järgi

Nüüd näidatakse 1 - 1 1

Functional analysis of viral and host components of alphavirus replicase complexes
(2013-10-21) Varjak, Margus
Semliki Forest viirus (SFV) kuulub alfaviiruste perekonda, sugukond Togaviridae. Alfaviirused on olulised patogeenid ning võivad põhjustada erinevaid vaevusi nii loomadele kui ka inimestele. Looduses levivad nad valdavalt sääskede vahendusel. Lisaks oma tähtsusele patogeensuse tõttu on alfaviirused kasutusel ka bio- ning geenitehnoloogias. Alfaviirustel on positiivse polaarsusega RNA genoom, millelt transleeritakse nakatunud rakkudes polüproteiinina viiruse mittestruktuursed valgud (nsP1-nsP4), mis protsessitakse iseseisvateks valkudeks ja mis on vajalikud viiruse replikatsioonikomplekside moodustamiseks. Antud töö tulemusena leiti, et üks viiruse mittestruktuurne valk nsP3 omab oma karboksüterminaalses otsas degradatsioonisignaali, mis kattub piirkonnaga, mis on vajalik äratundmisjärjestus viiruse mitte-struktuurse polüproteiini protsessingus, et vabastada nsP3 küljest nsP4. Lisaks leiti, et eespool degradatsioonisignaali on alfaviirustel konserveerunud kahes koopias motiiv. Edasine analüüs näitas, et vähemalt üks motiividest on vajalik, et tagada edukas nsP3-poolne G3BP1 ja G3BP2 sidumine. Antud valgud on rakus stressi graanulite moodustamiseks vajalikud komponendid, stressi graanulid on rakulisi RNAsid talletavad struktuurid ja tekivad siis, kui tingimused on rakkudele ebasoodsad. Alphaviirustega nakatunud rakud kaotavad võime moodustada stressi graanuleid ning üks mehhanismidest, kuidas see johtub, ongi nsP3 poolne G3BP1 ja G3BP värbamine viiruse replikatsioonikompleksidele. Kuigi teame, et G3BP1 ja G3BP2 seonduvad SFV replikatsioonikompleksile, on vähe teadmisi teistest raku valkudest, mis seda samuti teevad. SFV replikatsioonikompleksid on seondunud lüsosoomidele. Söötes rakkudesse dekstraaniga kaetud magneetilised nanopartiklid jõuavad partiklid lüsosoomidesse, misjärel on võimalik korjata magneetilise sortimise läbi kokku nood rakulised vesiikulid. Kasutades kvantitatiivse proteoomika võimalusi, õnnestus tuvasta 80 valku, mis olid üleesindatud fraktsioonis, mis pärit nakatunud rakkudest. Neli valku (PCBP1, hnRNP M, hnRNP C, hnRNP K) valiti, et kinnitada metoodikat töötamist. Kõik neli kolokaliseerusid SFV replikatsioonikompleksiga. Kasutades siRNA vahendatud ekspressiooni allasurumist, ilmnes, et hnRNP M ja hnRNP C allasurumine võimendas viiruse paljunemist, kuid PCBP1 allasurumine vähendas viirusvalkude translatsiooni ning hnRNP K allasurumine suurendas viiruse RNA sünteesi.Interaktsioonipartnerite kindlaks tegemine võimaldab asuda järgmises etapis asuda leidma mooduseid, kuidas ravida alphaviiruste põhjustatud haigusi.