Sirvi Autor "Villems, Richard, juhendaja" järgi

Nüüd näidatakse 1 - 9 9

Delineating genetic ancestries of people of the Indus valley, Parsis, Indian jews and Tharu tribe
(2021-05-10) Pathak, Ajai Kumar; Villems, Richard, juhendaja; Chaubey, Gyaneshwer, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Käesolev on viies Tartu Ülikoolis valminud väitekiri Lõuna-Aasia rahvaste geneetilisest ajaloost. Asustatud kaasaegse inimese poolt märksa enne viimase jääaja maksimumi, elab tänapäeval selles regioonis üle 1.8 miljardi inimese – pea veerand inimkonnast. Seega ei ole võimalik süvitsi mõista kaasaegse inimese geneetise varieeruvuse kujunemist, sh eriti väljapool Sahara-alust Aafrikat, omamata detailsemat teadmist Lõuna-Aasia rahvaste geneetikast Väitekiri põhineb neljal ilmunud artiklil. Neist esimeses uurisime Kirde-Indiat asustavaid rahvaid seoses võimaliku pärinevusega Induse oru kultuurist ja järgnenud vedade ajastust. Teine ja kolmas artikkel on pühendatud migratsioonidele, mis tõid Indiasse religioosses mõttes uusi rahvagruppe: parsid Iraanist alates 7. sajandi lõpupoolelt ja juudid, kelle saabumine Indiasse on toimunud mitme lainena. Neljandas artiklis on vaatluse all Nepaalis, kuid ka India põhjapoolsetes osariikides elutsev rahvarohke tharu hõim. Esimes artikli huvitavamaks leiuks on usutavasti juba vedade ajastust tuntud Rori populatsiooni genoomis väljenduv suurem geneetiline afiinsus põhjapoolse stepivööndi rahvastega, samuti ka lääne-eurooplastega, mis räägib põhja-lõunasuunalistest migratsiooni(de)st eelajaloolisel ajal. Parside saabumist Lõuna-Aasiasse seostatakse Iraani islamiseerumisega 7. sajandil. Võrreldes parside genoome nende ajaloolises kontekstis leidsime ulatusliku segunemise Lõuna-Aasia rahvastega, sealjuures asümeetriliselt isa ja emaliinides. Sama saab väita ka Indias judaistliku traditsiooni elemente säilitanud erinevate kogukondade kohta, kelle genoomis on siiski selgelt säilunud Lähis- ja Kesk-Ida pärandit. Puudutavalt aga geneetiliselt ulatuslikult varieeruvat tharu hõimu, kelle hulgas on selgesti eristatav ka Ida-Aasia komponent, segunenuna Lõuna-Aasia pärandiga, paistab õigustatud olevat neid vaadelda esmajoones mitte sedavõrd deemilise, kuivõrd just kultuurilise konstruktsioonina.
Genetic history of the Uralic-speaking peoples as seen through the paternal haplogroup N and autosomal variation of northern Eurasians
(2019-10-15) Ilumäe, Anne-Mai; Rootsi, Siiri, juhendaja; Villems, Richard, juhendaja; Tambets, Kristiina, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Euroopast Lääne-Siberini levinud uurali keelkond postuleeriti enam kui saja aasta eest. Mitme põlvkonna eri teadusvaldkondade teadlaste töö tulemusena on kogutud aukartustäratav andmestik selle keelkonna rahvaste kohta, kuid erilise huvi objektiks on jäänud küsimus nende ühisest päritolust, võimalikust algkodust ja rändeteedest, mille kohta on välja pakutud arvukalt huvitavaid hüpoteese. Eelkõige geograafiast sõltuvas isalt pojale päranduvate Y-kromosoomi variantide ehk isaliinide jaotusmustris eristub selgelt haplogrupp N, mis seob nii Euroopa kui Aasia põhjaaladel elavaid rahvaid ning iseloomustab ka suurt osa uurali keeli kõnelevatest meestest. Käesoleva doktoritöö eesmärgiks oli esiteks rakendada kaasaegseid DNA järjestustehnoloogiaid hindamaks haplogrupi N fülogeneetilise puu sisestruktuuri ja alamklaadide ekspansiooniaegu ning levikut Põhja-Euraasias. Teiseks testida uusimate statistiliste meetoditega võimaliku geneetilise ühisosa olemasolu uurali keelesugulaste vahel, tuginedes ülegenoomsetele genotüpiseerimisandmetele. Selgus, et haplogrupp N on tõenäoliselt algselt pärit Põhja-Hiinast või mandrilisest Kagu-Aasiast ning haplogrupi sisemine struktuur koosneb mitmest piiritletud geograafilise levikuga alamklaadist. Ühel neist, haplogrupi N3 alamklaad N3a3’6, mille levikuaja algus jääb umbes 5000 aasta tagusesse aega, on tähelepanuväärselt lai geograafiline levik, mis ulatub Läänemere idakaldalt kuni Mongoolia ja Vene Beringiani ning hõlmab märkimisväärse osa kõikidesse suurematesse Põhja-Euraasia keelkondadesse kuuluvatest meestest. Ülegenoomsete andmete põhjal on enamusel uurali keeli kõnelejatest piiratud, kuid tuvastatav hiljutine tõenäoliselt Siberi päritolu geneetiline ühisosa, mis vihjab keelte levikuga kaasas käinud inimeste rändele. Samas on see ühine geneetiline komponent seotud ulatuslikumate ida poolt lähtunud mõjutustega Kirde-Euroopa kaasaegsete rahvaste geenifondile, mis tõenäoliselt ei piirdunud ainult uurali keeli rääkinud inimeste sisserändega.
Human mitochondrial DNA haplogroup J in Europe and Near East
(2004) Serk, Piia; Metspalu, Ene, juhendaja; Villems, Richard, juhendaja
Human Y-chromosomal variation in European populations
(2004) Rootsi, Siiri; Villems, Richard, juhendaja
Meandering along the mtDNA phylogeny; causerie and digression about what it can tell us about human migrations
(2019-09-06) Pennarun, Erwan; Villems, Richard, juhendaja; Metspalu, Mait, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Meie genoomidesse on kirjutatud kogu informatsioon, mida rakuline masinavärk inimolendi kokkupanekuks vajab. Ja mitte ainult. Kasutades ad hoc raamistikku on võimalik kaasaegsete inimeste genoomide alusel mineviku inimese migratsioone rekonstrueerida. Pikka aega on sellealaste uuringute musternäidiseks olnud mitokondriaalne DNA (mtDNA) ja Y-kromosoom, eelkõige seetõttu, et need on haploidsed ja mitterekombineeruvad - nende fülogeneesi on autosoomidega võrreldes lihtsam rekonstrueerida. Fülogeneesis kajastub paljude evolutsioonitegurite, sealhulgas migratsioonide mõju, seega – teoreetiliselt on võimalik fülogeneesi uurides inimese rännetega seotud küsimustele vastuseid leida. Üks tee antud küsimustele vastamiseks on uurida meid huvitavate populatsioonide üldist varieeruvust ja paigutada see laiemasse perspektiivi. Näiteks selgub meie tööst, et Euraasiale ja Aafrikale iseloomulike liinide üldine osakaal on Etioopia ja Jeemeni mtDNA geenitiigis peaaegu identne, suurem lahutusaste toob aga esile nende märkimisväärseid erinevusi. Prantsusmaa puhul ilmneb, et kui üldisel tasemel ei erineta lähedastest naabermaadest, siis geograafilist fookust kintsendades kerkivad esile Püreneedest põhjas või lõunas elavate baskide vahelised erinevused. Samuti tuleb esile, Bretagne´i administratiivüksuste seas on Finistère`l teistest tugevamad seosed Suurbritannia ja Skandinaaviaga. Kaugel ida pool, Kesk-Aasias Hindukuši Afganistaani-osa paljusid erinevaid etnilisi populatsioone uurides saime tuge seisukohale, et Kesk-Aasia on olnud paljude migratsioonilainete risteel ja nende mõjud on kaasaegsetesse populatsioonidesse jätnud märgatava jälje. Teise võimaluse küsimustele vastuseid leida andis fookuse suunamine üksikutele spetsiifilistele haplogruppidele. Haplogruppide M1 ja U6 fülogeneesi uurimine lükkas ümber varasema hüpoteesi nende samaaegsest levikust. Me ei leidnud ka kindlaid tõendeid seoste kohta nende haplogruppide ja afroaasia keelte leviku vahel.
Overview of the phylogeny and phylogeography of the Y-chromosomal haplogroup N in northern Eurasia and case studies of two linguistically exceptional populations of Europe – Hungarians and Kalmyks
(2020-07-11) Post, Helen; Villems, Richard, juhendaja; Rootsi, Siiri, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Inimkonna evolutsioon ja demograafiline ajalugu on jätnud jälje põlvest-põlve päranduvasse genoomi. Geneetilisi andmeid on inimpopulatsioonide uurimisel kasutatud juba sadakond aastat, kuid alles viimase kümnekonna aasta tehnoloogilised arengud on avanud tee inimkonna genoomse varieeruvuse arengu terviklikkuse jälgimiseks. Käesolev töö uurib meeste Y-kromosoomi geneetilist varieeruvust. Y-kromosoomi täisjärjestustest rekonstrueeritakse meesliinide fülogeneetilisi puid ning hinnatakse liinide lahknemisaegu. Väitekiri keskendub Põhja-Euraasia meestel levinud Y-kromosoomi liini haplogrupp (hg) N uuringutele. Hinnatakse hg N alam-klaadide topoloogiat, lahknemisaegu, levikumustreid ja sagedusi erinevatel Põhja-Euraasia rahvastel. Eraldi analüüsitakse hg N olemasolu Kesk-Euroopas elavatel uurali keeli kõnelevatel ungarlastel ning geograafiliselt kaugetel Uurali mäestiku ümbruses elavatel populatsioonidel, k.a. keelesugulastel. Seni teadaolevalt oli geneetiline seos tänapäeva ungarlasete ja teiste uurali keeli rääkivate rahvaste vahel kasin. Leidsime, et siiski avaldub marginaalne seos Y-kromosoomi variandi N3a4 kaudu ja ungarlastel esinev N3a4 on kladistiliselt sama, mis ob-ugridel – hantide ja mansidel – ning mitmetel teistel Uurali/Lääne-Siberi rahvastel. Läänemere-soomlaste sõsarliinist lahknes antud liin umbes 4-5 aastatuhande eest. Lisaks analüüsime meesliine oirat-mongoli keelt rääkivatel kalmõkkidel, kelle esiisad ~400 aasta eest liikusid Lääne-Mongooliast Ida-Euroopa lauskmaa kaguossa. Kalmõkkide isaliine võrreldakse Mongoolias, Kõrgõzstanis ja Hiinas elavate keelesugulaste omadega. Neil hõimudel on levinud hg C3, mille fülogeneetilise puu topoloogia ja teiste hg-de sagedused viitavad kalmõkkide ning keelesugulaste geneetilisele sarnasusele sõltumata lahusolekust. Veidi esineb neil N3a varianti, mis on rohke mitmetel mongoli hõimudel. See näitab Holotseeni keskajast pärinevate meesliinide, kohati ulatuslikku kattuvust uurali ja mongoli keelte rääkijate vahel.
t RNA-de seondumine prokarüoodi polüsoomidega in vivo
(Tartu : Tartu Riiklik Ülikool, 1986) Margus, Tõnu; Villems, Richard, juhendaja; Heinaru, Ain, juhendaja
Through the course of prehistory in India: tracing the mtDNA trail
(2005) Metspalu, Mait; Villems, Richard, juhendaja; Kivisild, Toomas, juhendaja
Towards the understanding of the origin of human genetic variation in Eurasia: mtDNA haplogroup H in Caucasus
(2004) Roostalu, Urmas; Loogväli, Eva-Liis, juhendaja; Villems, Richard, juhendaja