Sirvi Kuupäev , alustades "2010-05-19T09:21:47Z" järgi

Filtreeri tulemusi aasta või kuu järgi

Nüüd näidatakse 1 - 1 1

Functional analysis of gene lists, networks and regulatory systems
(2010-05-19T09:21:47Z) Reimand, Jüri
Kaasaegne biotehnoloogia võimaldab kirjeldada elu aluseid suuremahulistes eksperimentides. Näiteks saab mõõta tuhandete geenide avaldumistasemeid, otsida DNA-st mustreid või kirjeldada interaktsioonivõrgustikke. Andmete interpreteerimine hõlmab arvutuslikke väljakutseid. Käesolev doktoritöö sisaldab meetodeid, arvutuslikke eksperimente ja tarkvara geenigruppide, võrgustike ja regulatoorsete süsteemide analüüsiks. Funktsionaalne analüüs on tõlgenduslik ülesanne, mille käigus seostatakse eksperimentaalsed leiud faktidega bioloogilistest protsessidest, komponentidest, jne. Kuna teadmiste baas on ebatäielik, kasutatakse selleks statistilise rikastatuse hinnangut. Töö käigus on arendatud kolm tööriista: g:Profiler, GraphWeb ja KEGGanim on veebipõhised vahendid geenigruppide, -võrgustike ja radade tõlgendamiseks. Samuti on logistilise regressiooni põhjal loodud algoritm eGLM (Ensemble Generalised Linear Models), mis valib andmetest tugevaimaid ennustavaid efekte. Töö bioloogiline osa pühendub pagaripärmi S. cerevisiae regulatsiooni analüüsile. Esmalt koostati transkriptsioonifaktoreid (TF) kirjeldav andmestik ning valideeriti see funktsionaalse analüüsi teel. Seejärel rakendati andmestikul eGLM meetodit protsessispetsiifiliste TF-ide ennustamiseks. Arvutused hästikirjeldatud rakutsükli andmetelel näitavad, et eGLM valib välja kõik põhiregulaatorid ning edestab standardseid meetodeid. Vähetuntud statsionaarfaasi (G0) analüüsis leiti relevantseid funktsioone, s.h. vananemine ja metabolismi aeglustumine. Mõned ennustatud TF-id valideeruvad ka eksperimentaalselt: teatud pärmimutantidel on G0-s tervetest rakkudest oluliselt erinev elunevus.