Sirvi Kuupäev , alustades "2013-03-05" järgi

Filtreeri tulemusi aasta või kuu järgi

Nüüd näidatakse 1 - 3 3

Probiotic lactobacilli in experimental persistent Salmonella infection
(2013-03-05) Truusalu, Kai
Salmonella enterica serovar Typhi võib põhjustada persisteeriva infektsiooni ja püsida granuloomidena maksakoes. Kuigi kõhutüüfuse esinemissagedus Eestis on madal, on see ohuks arengumaadesse reisijatele. Kuna S. Typhi tekitab kõhutüüfust ainult inimestel, siis kasutatakse selle uurimiseks eksperimentaalset mudelit, nakatades hiiri Salmonella Typhimuriumiga ja põhjustades kõhutüüfusele sarnase haiguse. Laktobatsillid kuuluvad inimese soole normaalsesse mikroobikooslusesse. Neid kasutatakse probiootikumidena, mis sobivates annustes mõjuvad tervisele kasulikult. Probiootiliste laktobatsillide toimemehhanismid on tüvespetsiifilised: otsene antagonistlik mõju patogeenidele seoses vesinikperoksiidi, piimhappe ja/või bakteriotsiinide tekkega, konkurents toitainetele, adhesioon ning immuunsuse modulatsioon. Kuid toimemehhanism persisteerivate infektsioonide puhul pole teada. Töö eesmärgiks oli selgitada laktobatsillide võimalikku toimet Salmonella persisteeriva infektsiooni korral hiire mudelis mikrobioloogiliste, histoloogiliste, biokeemiliste ja immunoloogiliste uuringutega ja teha kindlaks probiootilise Lactobacillus plantarum Inducia DSM 21379 mõju soole immuunsüsteemile. Salmonella Typhimuriumi ja laktobatsillide mikrobioloogilisteks uuringuteks tehti külvid verest, maksast, põrnast, peen- ja jämesoolest. Samade kudede morfoloogia määramiseks värviti koelõigud hematoksüliin eosiiniga. Oksüdatiivse stressi markerid: LPO, GSSG/GSH ja raua hulk ning tsütokiinide INF-γ, TNF-α ja IL-10 konsentratsiooni mõõdeti soole limaskestast ja maksast. Tulemused näitasid, et: 1. Persisteeriva S.Typhimurium infektsiooni korral leiti S. Typhimurium verest ja uuritud organitest; granuloomid maksast ja põrnast, kõrgenenud olid oksüdatiivse stressi näitajad ning proinflammatoorsed tsütokiinid INF-γ ja TNF-α sooles ja maksas. 2. Kahe in vitro kõrgete antimikroobsete ja antioksüdantsete omadustega inimpäritolu laktobatsilli tüve L. fermentum ME-3 ja L. acidophilus E-1 koosmanustamine 10 päeva jooksul ei eemaldanud S.Typhimuriumi, kuid vähendas oksüdatiivse stressi näitajaid kudedes. 3. Probiootilist bakterit L. plantarum Induciat sisaldava juustu manustamine hiirtele ühe kuu jooksul põhjustas laktobatsillide üldhulga tõusu ning peen- ja jämesoole lümfifolliikulite hüperplaasia. 4. Kombineeritud ravi ofloksatsiini ja L. fermentum ME-3-ga vähendas hiirtel S. Typhimuriumi hulka ja granuloomide teket maksas, samuti oksüdatiivse stressi näitajaid ja vähendas 10 päeva pärast nakatamist INF-γ hulka maksas ja sooles ning suurendas põletikuvastase tsütokiini IL-10 hulka maksas. Maksa granuloomide puudumine oli seotud kõrge laktobatsillide hulgaga sooles. Seega soodustab probiootikum L. fermentum ME-3 persisteeriva Salmonella sp. infektsiooni antimikroobse ravi korral oluliselt haigustekitaja eemaldamist oma antagonistliku aktiivsuse, antioksüdantse ja immuunmoduleeriva toime kaudu.
Towards a more productive Java EE ecosystem
(2013-03-05) Kabanov, Jevgeni
Alates Java programmeerimiskeele loomisest 1995. a. on selle üks kõige olulisemaid kasutusvaldkondi veebirakenduste programmeerimine. Java populaarsuse põhjuseks ei olnud ainult keeledisainilised omadused nagu objektorienteeritus ja range tüübisüsteem, vaid ennekõike platvormist sõltumatus ja standardiseeritud teekide rohkus, mis tegi tavaprogrammeerijatele veebirakenduste programmeerimise jõukohaseks. Kümme aastat hiljem oli olukord muutunud märkimisväärselt. Java oli kaotamas oma liidripositsiooni uutele, nn. dünaamilistele keeltele nagu PHP, Ruby ja Python. Seejuures polnud põhjuseks mitte see, et need keeled ise oleksid tunduvalt Javast paremad, vaid Java ökosüsteemi areng oli väga konservatiivne ja aeglane. Antud kontekstis alustasime aastal 2005 oma uuringuid eesmärgiga parandada suurimad probleemid Java ökosüsteemis ja viia see vähemalt samale tasemele ülalmainitud keeltega. Käesaolevas dissertatsioonis on esitatud vastavate uuringute tulemused. Dissertatsioon põhineb neljal publikatsioonil—kolmel eelretsenseeritud teadusartiklil ja ühel patendil. Esimeseks katseks oli uue veebiraamistike integreerimisraamistiku “Aranea” loomine. Antud hetkel oli Javas üle kolmekümne aktiivselt arendatavat veebiraamistikku, mistõttu otsustasime fokuseeruda kahele võtmeprobleemile: raamistike taaskasutatavuse lihtsus ja koostöövõime. Selleks töötasime välja uudse komponentmudeli, mis võimaldab kirjeldada süsteemi teenus- ja kasutajaliideskomponentide hierarhilisi seoseid, ja realiseerisime eri raamistike adapterid komponentmudelisse sobitumiseks. Järgmise probleemina käsitlesime andmete haldamiskihi kirjeldamist. Lähtusime eeldusest, et relatsioonilistes andmebaasides on SQL kõige enamlevinud andmete kirjelduskeel, ja efektiivne admehalduskiht peab võimaldama Javas lihtsasti esitada SQL päringuid, samas garanteerima konstrueeritavate päringute süntaktilise korrektsuse. Senised lahendused baseerusid reeglina SQL päringute programsel konstrueerimisel sõnedena, mistõttu päringute korrektsuse kontroll oli raskendatud. Lahenduseks töötasime välja nn. rakendispetsiifilise keele (i.k. domain-specific language, DSL) SQL päringute esitamiseks kasutades Java keele tüübisüsteemi vahendeid nende korrektsuse kompileerimisaegseks valideerimiseks. Töö käigus identifitseerisime üldised tarkvara disainimustrid, mis lihtsustavad analoogiliste tüübikindlate DSLide loomist, ja kasutasime neid kahe uue eksperimentaalse tüübikindla DSLi loomisel - Java klasside täitmisaegseks loomiseks ja manipuleerimiseks ning XMLi parsimiseks ja genereerimiseks. Kolmanda ülesandena pühendusime ühele olulisemale Java platvormi puudusele võrreldes dünaamiliste keeltega. Kui PHP’s või Ruby’s saab programmi koodi otseselt muuta ja tulemust koheselt näha, siis Java rakendusserverid nõuavad rakenduse “ehitamist” (i.k. build) ja “paigutamist” (i.k. deploy), mis suurte rakenduste korral võib võtta mitmeid või isegi kümneid minuteid. Probleemi lahenduseks töötasime välja uudse ja praktilise meetodi koodi ümberlaadimiseks Java platvormil, mille põhjal arendasime ja lasime välja toote “JRebel”. See kasutab Java baitkoodi laadimisaegset modifitseerimist koos spetsiaalse ümbersuunamiskihiga kutsekohtade, meetodite ja meetodikeha vahel, mis võimaldab hallata koodi erinevaid versioone ning täitmisajal suunata väljakutsed viimasele versioonile. Täna, rohkem kui seitse aastat pärast uuringute algust, tuleb tõdeda, et meie töö veebiraamistikega lõi küll eduka platvormi erinevate eksperimentaalsete ideede uurimiseks ja katsetamiseks, kuid reaalses tarkvaratööstuses ei ole leidnud laialdast kasutust. Töö tüübikindlate DSLidega oli edukam, sest see mõjutas otseselt edaspidiseid uuringuid antud teemal ning selle elemendid leidsid rakendust viimases JPA standardi spetsifikatsioonis. Kõige suurem mõju tarkvaratööstusele on meie dünaamiline koodiümberlaadimise lahendus, mis on tänapäeval Java kogukonnas laialdaselt kasutusel ning mida kasutavad igapäevaselt rohkem kui 3000 erinevat organisatsiooni üle maailma.
Design of GalR2 subtype specific ligands: their role in depression-like behavior and feeding regulation
(2013-03-05) Saar, Indrek
Galaniin on 29 aminohappe pikkune neuropeptiid, mis avastati ligi 30 aastat tagasi Stockholmis, Karolinska Instituudis Viktor Muti ja tema kolleegide poolt. Galaniin reguleerib kolme spetsiifilise G-valguga seotud retseptori (GPCR) alatüüpide (GalR1-GalR3) interaktsioonide abil mitmeid bioloogilisi funkt¬sioone nagu depressioon, ärevus, alkoholisõltuvus, ainevahetuse häired ja valu. Kõik kolm retseptori alatüüpi on galaniini suhtes kõrge afiinsusega, omades seejuures erinevaid funktsionaalseid omadusi ja signaaliülekande radasid. Seetõttu on neil täita erinevad ülesanded mitmesuguste haiguste ja pato¬loogi¬liste seisundite reguleerimisel, muutes galaniini ja tema spetsiifilised retseptorid olulisteks farmakoloogia märklaudadeks ning uurimisobjektideks neuro¬teaduses. Hoolimata sellest on retseptorite alatüüpide seotus erinevate haigus¬tega senini täielikult määratlemata, mis on suurel määral põhjustatud galaniini retseptorite alatüüp-spetsiifiliste ligandide puuduse tõttu. Käesoleva doktoritöö peamiseks eesmärgiks on galaniini alatüübile 2 (GalR2) spetsiifiliste ligandide disainimine, süntees ja omaduste uurimine nii in vitro kui ka in vivo tingimustes.