Sirvi Kuupäev , alustades "2013-08-30" järgi

Filtreeri tulemusi aasta või kuu järgi

Nüüd näidatakse 1 - 2 2

Beneficial effects of vitamin D and angiotensin II receptor blocker on arterial damage
(2013-08-30) Salum, Erik
Vitamiin D biofunktsioonidest on viimastel aastatel palju tähelepanu pööratud toimetele, mis pole otseselt seotud kaltsiumi ainevahetusega. Nii on leitud, et madal vitamiin D tase, mis on levinud kliiniline probleem Põhja-Euroopas, on seotud kõrgema südame- ja veresoonkonna haiguste riskiga. Suurte arterite (sh. aordi) seinte jäigenemine on organismi vananemise ja südame- ja veresoonkonna haigustega kaasnev protsess, mille aluseks on arterite struktuursed-funktsionaalsed muutused. Diabeedi korral on oluliselt tõusnud risk arterite kahjustuste tekkeks, mille varane tuvastamine ja leevendamine on diabeedi konventsionaalses ravis määrava tähtsusega. Püsivalt kõrge veresuhkru tase soodustab kudedes, sealhulgas arterite seintes, valkude pöördumatut glükeerimist. See halvendab põhiliste struktuursete valkude, kollageeni ja elastiini, biomehaanilisi omadusi ja tõstab arterite jäikust. Valkude glükeerimist süvendab tugev kestev oksüdatiivne stress. Diabeediga kaasneb ka liigne reniin-angiotensiin süsteemi aktivatsioon, mis tõstab arteriaalset vererõhku ning pikas perspektiivis süvendab arterite remodelleerumist ja jäigenemist. Me leidsime, et eksperimentaalses diabeedimudelis oli arterikahjustuste varajasteks tunnusteks suurenenud aordi jäikus ning halvenenud elastsete kiudude struktuurne terviklikkus. Aordiseinas olid kuhjunud glükeerimise lõpp-produktid, millega kaasnes oluline oksüdatiivse stressi taseme tõus ning süsteemse antioksüdantse vastuse nõrgenemine. Vitamiin D lisamanustamisel paranesid aordiseina struktuursed kahjustused, vähenes koevalkude glükeerimine ja oksüdatiivse stressi tase ning paranes antioksüdantne vastus. Samal määral vähendas diabeedimudelis aordiseina struktuurseid muutuseid angiotensiin II retseptori blokaatori telmisartaani manustamine, mis lisaks langetas aordi jäikust.
Distribution and phylogeny of the bacterial translational GTPases and the Mqsr/YgiT regulatory system
(2013-08-30) Margus, Tõnu
Valgud on raku ehituskivideks ja eluks vajalike reaktsioonide katalüüsijateks. Bioinformaatika on meid varustanud võimsate järjestuste analüüsi vahenditega. Järjestuse sarnasuse alusel grupeeruvad valgud perekondadeks. Valguperekonna moodustavad homoloogsed järjestused ehk siis järjestused, mis pärinevad samast eellasjärjestusest. Tihti omavad samasse perekonda kuuluvad valgud ka sama või üksteisele lähedast funktsiooni. Meie teadmised valkude funktsioonidest pärinevad üksikutelt mudelorganismidelt. Tihti huvitab teadlasi kui universaalne või spetsiifiline on üks või teine kirjeldatud funktsioon. Kuidas ja millal evolutsiooni käigus tekib olemasolevast materjalist uute omadustega (uue funktsiooniga) valk läbi geeniduplikatsiooni? Kui tihti on sellised sündmused evolutsioonilises ajaskaalas aset leidud? Oma töös olen ma analüüsinud bakterite translatsioonilisi GTPaase (trGTPaas) ja mqsR/ygiT toksiin-antitoksiin (TA) süsteemi valke. Ühiseks nime¬¬tajaks mõlemale on valgusünteesi aparaat – mõlemad on seotud ribosoomiga ja sealtkaudu raku võimega sõltuvalt vajadusele toota valke. Küsimused, mida selles kontekstis on küsitud, saab laias laastus jagada kaheks: a) valguperekonna esindatusega seotud ja b) valguperekonna evolutsiooni ja funktsionaalse innovatsiooniga seotud. Translatsiooniliste GTPaaside puhul bakterites saame rääkida üheksast erinevast perekonnast – üheksast erinevast funktsioonide komplektist. Täisgenoomidele põhinev analüüs näitas, et üheksast trGTPaaside perekonnast on bakterites konserveerunud neli: IF2, EF-Tu, EFG ja LepA(EF4). Vaatamata sellele, et RF3’e on omistatud klassikalise valgusünteesi mudeli valguses kanooniline roll translatsiooni lõpetamisel, puudus RF3 geen ligikaudu 40% analüüsitud bakteri genoomides. Samas aga ebaselge funktsiooniga LepA osutus bakterite spetsiifiliseks trGTPaasiks. Eelnev analüüs tõi ka välja EFG paraloogide laia esinemise – paljud bakteri¬genoomid sisaldasid 2–3 üksteisest küllaltki erinevat (divergeerunud) EFG geeni. Lähem analüüs tõi välja, et kogu varieeruvuse EFG perekonnas võib jagada neljaks alamperekonnaks: EFG I, spdEFG1, spdEFG2 ja EFG II. Eksperimentaalselt on hästi iseloomustatud EFG I. Uuritud on ka spdEFG’sid ja leitud, et esimene neist omab translokaasi aktiivsust translatsioonil ja teine osaleb ribosoomide retsükleerimisel. Laialt levinud EFG II alamperekond on aga halvasti uuritud. Fülogeneetiline analüüs võimaldab püstitada hüpoteesi nelja EFG alamperekonna iidsest päritolust, st. nad on tekkinud ajalises skaalas enne (või samaaegselt) eukarüootse rakuvormi lahknemist arhedest ja bakteritest. Funktsionaalse innovatsiooni kandjaks EFG II valgus võib pidada eelkõige 12 positsiooni, mis on spetsiifiliselt konserveerunud just EFG II alamperekonnal. EFG II’e iseloomulikus kõrge divergentsuse taustal tõusevad need positsioonid esile GTPaasi domäänis, domäänis II ja neljandas domäänis. Konserveerunud muutused GTPaasi domäänis, millest osad on GTP’d siduvas G1 motiivis, võimaldavad teha järeldusi muutunud GTP sidumise ja hüdrolüüsi tingimuste kohta. Suurenenud laeng neljanda domääni lingu otsas, mis E. coli EFG’l siseneb A-saiti, võimaldab spekuleerida muutuse üle translokatsiooni keskkonnas. Konserveerunud muutused domään II piirkonnas viitavad muutunud interaktsioonile ribosoomi, domään I ja domään III vahel. EFG II alamperekonna fülogeneetiline ja järjestuste analüüs näitab selgelt hõimkonna/klassi spetsiifiliste alam-alamgruppide olemasolu. Need alam-alamgrupid erinevad teineteisest G2 motiivi konserveeruvuse ja insertsioonide/deletsioonide mustri alusel. See teine tase kirjeldab EFG II kui hõimkonna/klassi spetsiifilist faktorit. Mis on EFG II roll tegelikult ja kuidas ning millistes tingimustes ta komplementeerib EFG I, ootab alles vastuseid. Antud töö on loonud raamistiku tulevaste eksperimentide tarvis.