Sirvi Kuupäev , alustades "2015-07-06" järgi

Filtreeri tulemusi aasta või kuu järgi

Nüüd näidatakse 1 - 7 7

Biological characteristics and restoration of Atlantic salmon Salmo salar populations in the Rivers of Northern Estonia
(2015-07-06) Kesler, Martin
Lõhi arvukus on drastiliselt vähenenud praktiliselt kogu leviala ulatuses. Põhja-Eestis on lõhi ajalooliselt siginud üheteistkümnes jões, kuid 1990-ndate lõpuks olid populatsioonid säilinud neljas jões. Lõhi arvukuse taastamisel on suurt tähelepanu pööratud noorkalade asustamisele. Käesolevas töös uuriti kasvanduse päritolu lõhi laskujate ellujäämust ja merre rände ajastust võrrelduna looduslike laskujatega. Enamus kaheaastasena asustatud laskujatest rändas merre nädala jooksul peale asustamist. Kaheaastased laskujad asustati jõkke enne looduslikku laskumisperioodi ning nad jõudsid merre siis, kui loodusliku päritolu kalade laskumine merre alles algas. Asustatud üheaastaste laskujate merre ränne oli aeglasem ning selle ajastus kattus suuremal määral looduslikega. Kaheaastaste asustatud laskujate ellujäämus oli jõerände jooksul keskmiselt 44 %, üheaastastel seevastu vaid 19 %. Osa aastasena asustatud kaladest ei rännanud kohe merre, vaid jäid järgmise kevadeni jõkke ning laskusid siis üheaegselt koos looduslike kaladega. Klassikaliseks näiteks lõhi asurkondade kadumisest on Purtse jõgi. Jõe valgala asub põlevkivi kaevandamise ja töötlemise keskmes. Põlevkivitööstuse tulemusena suri kohalik lõhipopulatsioon välja. Veekvaliteet hakkas paranema 1990-ndatel ning esimest korda märgati Purtse jões kudevaid lõhisid 2005. aasta sügisel. 2006. aastal tabati Purtse jõest samasuvised tähnikuid, millest järeldub, et lõhi suutis jões looduslikult sigida. Uuringu tulemustest järeldub, et kui looduslike populatsioonide taastamisel tagatakse head sigimis- ja elutingimused on lõhi võimeline sigimisalad taasasustama. Jões elavad lõhitähnikud on enamasti paikse eluviisiga, talvitudes jõesuudmetes või jõega ühenduses olevates sobilikes järvedes ning laskudes alles piisava suuruse saavutamisel kevadeti merre toituma. Antud töös dokumenteeriti esmakordselt tähnikute sügisene allavoolu ränne Läänemere lõhijõgedes. Kuigi senine teaduskirjandus väidab, et sügiseti allavoolu rändavad tähnikud ei ole veel soolases merevees elamiseks kohastunud, näib, et riimveelise Läänemere lahtede madal soolsus ei ole lõhi noorjärkudele füsioloogiliseks takistuseks. Kirjeldatud nähtus on tõenäoliselt omane teistelegi Läänemere madala soolsusega piirkondadele. Viimases uuringus hinnati immuunreaktsiooni tugevust. Immuunreaktsiooni tugevuse ja tähniku suuruse vahel ilmnes oluline negatiivne korrelatsioon. See tulemus on mõnevõrra vastuolus üldise arusaamaga, et suurematel noorkaladel on parem ellujäämus ning üldine kohasus. Uuringust tuleneb, et tulevikus jõgedesse asustatavate noorkalade käitumine ja mõõtmed võiks olla sarnased kohalike looduslike kaladega.
Water mediated solid state transformations of a polymorphic drug – effect on pharmaceutical product performance
(2015-07-06) Lust, Andres
Raviained võivad esineda erinevate tahke aine vormidena (polümorfsed vormid, solvaatvorm, amorfne aine). Kuna erinevatel tahke aine vormidel on erinev molekulide paigutus struktuuris, siis võivad neil esineda erinevad füsikokeemilised omadused nagu lahustuvus, lahustumiskiirus ja füüsikaline stabiilsus. Käesoleva uurimistöö eesmärgiks oli uurida halva vesilahustuvusega polümorfse raviaine piroksikaami (PRX) erinevate tahke aine vormide omadusi. Samuti tehti kindlaks vee mõjul toimuvad tahke aine vormide omavahelised üleminekud ning uuriti antud üleminekute biofarmatseutilist mõju. Kasutatud mudelraviaine lahustuvus ja lahustumiskiirus sõltusid kasutatud tahke aine vormist. PRX-I tahke aine vormidest vabanes in vitro dissolutsioonikatsetes kapslitest kõige kiiremini amorfse tahke dispersioonina valmistatud PRX (SD). Raviaine vabanemiskiiruselt paremuselt teine tulemus saadi PRX-i veevaba esimese polümorfse vormiga (AH) ja kõige aeglasem vabanemiskiirus oli piroksikaam monohüdraadil (MH). Kasutades Raman spektroskoopiat tuvastati, et MH jäi lahustumiskeskkonnas stabiilseks, samas kui AH ja SD kristalliseerusid vastavalt 220 ja 10 minuti jooksul MH-na. Samuti tuvastati, et amorfse PRX kasutamine SD-na parandas märgatavalt raviaine biosaadavust võrreldes kristalliliste tahke aine vormidega (AH ja MH). PRX säilitas amorfse vormi SD-s kuue kuu jooksul, kui teda säilitati madala õhuniiskuse juures. Kõrgema õhuniiskuse juures (40% ja 75% suhtelist õhuniiskust) toimus raviaine kristalliseerumine AH ja MH-na vastavalt ühe ja kolme kuu jooksul. Raman spektroskoopia võimaldas uurida vee mõjul toimuvaid PRX-i tahke aine vormide muutuseid pelletite katmise ajal. Katse käigus tuvastati, et AH ja MH säilitavad oma algse tahke aine vormi, samas kui amorfne piroksikaam SD-s kristalliseerus 10 minuti jooksul MH-na.
Analysis and visualisation of large scale microarray data
(2015-07-06) Adler, Priit
Viimase paari aastakümne jooksul on genereeritud hulgaliselt suuremahulisi geeniekspressiooni andmestikke. Sellised andmestikud on hinnalised ja neid säilitatakse suurtes andmebaasides nagu näiteks GEO või Arrayexpress. Geenide, valkude, metaboliitide ja ensüümide omavahelised koostoimimised ja reaktsioonid on kokku kogutud ja süstematiseeritud bioloogiliste radade andmebaasidesse nagu KEGG ja Reactome. Suuremahuliste ekspressiooniandmete ja bioloogiliste radade ühildamine võimaldab kirjeldatud protsesse paremini analüüsida ja mõista. Väitekiri kirjeldab KEGGanim tööriista, mis ühildab suuremahulised geeniekspressiooni andmestikud ja KEGG bioloogiliste radade pildid. Tööriist loob interaktiivse animatsiooni üle erinevate eksperimendi tingimuste, võimaldades jälgida ajalist või tingimuslikku ja ruumilist ekspressiooni dünaamikat. Sellised animatsioonid sobivad kasutamiseks konverentsi ettekannetes, veebis või ka publikatsioonides. Suurt hulka avalikke geeniekspressiooni andmestikke on võimalik ära kasutada, et tuvastada uusi vastasmõjusid geenide vahel üle paljude bioloogiliste tingimuste. Selline analüüs võimaldab tuvastada ühiseid regulatoorseid mehhanisme, ühiseid funktsioone või rolle sarnastes bioloogilistes protsessides. Me oleme arendanud metoodika, mis võimaldab teha päringupõhist koos-ekspressiooni analüüsi üle sadade avalike geeniekspressiooni andmestike. Geenide koos-ekspressioon arvutatakse igas andmestikus eraldi ja tulemused koondatakse kokku ühiseks järjestatud nimekirjaks kasutades astakute agregeerimise meetodit. Selline lähenemine teeb võimalikuks hõlpsalt taaskasutada juba olemasolevaid geeniekspressiooni andmestikke ja tuvastada signaale, mida oleks keeruline leida analüüsides üksikuid andmestikke eraldi. Implementeeritud Multi Experiment Matrix (MEM) tööriist võimaldab interaktiivset andmete visualiseerimist ja pakub erinevaid võimalusi leitud tulemuste edasiseks analüüsiks. Arendatud astakute agregeerimise meetodit saab edukalt kasutada ka teistes meta-analüüsides, kus ühildatakse erinevatest allikatest pärit bioloogilisi andmestikke.
Effects of environmental factors on gas exchange in deciduous trees: focus on photosynthetic water-use efficiency
(2015-07-06) Niglas, Aigar
Keskkonnatingimused on ajas pidevas muutumises, mistõttu käesoleva sajandi jooksul atmosfääri CO2 kontsentratsioon ja Maa keskmine temperatuur tõenäoliselt tõusevad. Samuti prognoositakse ekstreemsete ilmastikuolude sagenemist. Regionaalses skaalas ennustatakse Põhja-Euroopas vihmasadude sagenemist ja suuremat õhuniiskust. Samas puudub meil teadmine, kuidas mõjutab suurenev õhuniiskus puude kasvu ja metsaökosüsteemide seisundit. Selle tühimiku täitmiseks on Ida-Eestis käivitatud Metsaökosüsteemi Õhuniiskusega Manipuleerimise Eksperiment (ingl. FAHM), kus uuritakse kasvava õhuniiskuse mõju lehtmetsale. Käesolevas töös analüüsitakse, kuidas mõjutab kõrgemas õhuniiskuses kasvamine kahe puuliigi  arukase ja hübriidhaava  lehe tasemel toimuvaid protsesse ja seeläbi puude juurdekasvu. Selgub, et õhuniiskuse mõju sõltub aastast ehk siis kasvuperioodil valitsevatest keskkonna-, eriti just ilmastikutingimustest. Niiskemal aastal mõjutab suurenenud õhuniiskus puu mineraalset toitumist ja vähenenud toitainete omastamise tõttu jääb ka puude kasv kõrgemas õhuniiskuses väiksemaks. Kuival suvel leevandab õhuniiskuse tõus põua mõju puudele ja seeläbi nende juurdekasv pigem suureneb. Läbiviidud eksperimendid näitasid, et kohanemine õhuniiskusega muudab lehe vedela ja gaasilise faasi juhtivusi veedefitsiidi korral ebaproportsionaalselt, mis suurendab ekstreemsete ilmastikuolude ilmnemisel niiskes õhus kasvanud puudes hüdraulilise düsfunktsiooni riski. Katsete tulemustest selgus, et kõrgema õhuniiskusega kohanenud taim on veevaeste olude ilmnedes võimeline õhulõhede avatust kiirtemini reguleerima ja see omadus peaks parandama taimede toimetulekut ebasoodsates tingimustes. Samas on kõrgema õhuniiskusega kohanemisel negatiivne mõju ja äkilise põua saabudes on niiskemas õhus kasvanud puudel suurem veetranspordi häirumise oht. Seega võivad kasvava CO2 ja temperatuuri eeldatavat positiivset mõju puude juurdekasvule tasakaalustada suureneva õhuniiskusega kaasnevad negatiivne efektid.
Classification and identification of conopeptides using profile hidden Markov models and position-specific scoring matrices
(2015-07-06) Laht, Silja
Konopeptiidid on soojades meredes elavate koonustigude (Conus sp.) mürgis leiduvad lühikesed valgud. Koonusteod on kiskjad ja toituvad ussikestest, teistest molluskitest või kaladest. Nad tulistavad saaki mürgiga täidetud harpuuniga, mürk muudab saaklooma liikumatuks ja tigu saab ta rahulikult tervelt alla neelata. Mürgi kiirelt uimastav ja halvav toime tuleb paljude erinevate konopeptiidide segust. Konopeptiidid sünteesitakse eellasvalkudena, millel on signaaljärjestus mürgitorusse transportimiseks ja propeptiid, mis aitab mürgipeptiidi õigesti pakkida ja mürgipeptiid. Konopeptiidid jagatakse sarnaste signaaljärjestuste alusel perekondadesse. Teadlased uurivad konopeptiide lootusega leida nende hulgast uusi ravimikandidaate. Konopeptiidid on väga spetsiifilised närvirakkudes leiduvate ioonkanalite modulaatorid ja omavad suurt potentsiaali valuvaigistite või lihastelõdvestajatena. Antud uurimistöö esimeseks eesmärgiks oli välja töötada meetod, mille abil saaks suurtest järjestuste hulkadest välja otsida ja klassifitseerida konopeptiidid. Klassifitseerimine on oluline, sest uuele valgule sarnaste valkude teadasaamine annab palju informatsiooni tema omaduste kohta. Meie valisime sarnasuse võrdlemiseks kahte tüüpi mudelid - profiil-HMM’id ja PSSM’id. Kuna signaalpeptiidid on ühe perekonna piires väga konserveerunud, siis on nende olemasolul järjestuste klassifitseerimine meie mudelitega 100% tundlik ja ka 100% spetsiifiline. pHMM’ide ja PSSM’ide kombineerimisega saavutasime 91% tundlikkuse ka mürgipeptiidide klassifitseerimisel. Töö teiseks eesmärgiks oli otsida konopeptiide koonusteo Conus consors’i genoomist ja mürgitoru transkriptoomist. Konopeptiidide otsimiseks järjestatud transkriptoomist ja genoomist kasutasime teiste meetodite hulgas ka pHMM’e. Me leidsime C. consors’i genoomist 214 konopeptiidi, millest 187 olid uued järjestused. Meil õnnestus teada saada 13-sse erinevasse perekonda kuuluva 15 konopeptiidi geenide ekson-intron struktuur. See on oluline, sest geenistruktuur võib mõjutada konopeptiidide mitmekesisuse teket.
Initial and final detachments in spoken Estonian: a study in the framework of Information Structuring
(2015-07-06) Amon, Marri
Käesolev doktoriväitekiri „Initial and final detachments in spoken Estonian: a study in the framework of Information Structuring“ käsitleb lahktarindeid eesti suulises keeles infostruktuuri raamistikus. Lahktarinditena (inglise keeles detachments, dislocations) vaadeldakse siin konstruktsioone, milles leksikaalne element esineb kas enne pealauset või pärast seda, kusjuures pealauses esineb leksikaalse elemendiga samaviiteline asesõna. Neid konstruktsioone peetakse spontaanses keelekasutuses universaalseteks, kuid nende esinemus ja funktsioonid on keeleti mõnevõrra erinevad. Lahktarindeid ei ole eesti keeles varem uuritud; üldiselt on neid keeleuurimustes seotud infostruktuuri mõistetega nagu teema ja postreema, st nad tõstavad esile infostruktuuri tasandil leksikaalses üksuses ühelt poolt teema, mille kohta pealauses (reema) midagi öeldakse ning teiselt poolt esinevad nad struktuurides, kus pealause ehk reema on lausungis esimesel kohal, millele järgneb leksikaalse üksusena postreema. Et infostruktuuri tasandist lähtuvaid uurimusi eesti keele kohta tehtud pole, antakse väitekirja esimestes peatükkides ülevaade valdkonna problemaatikast ning käesolevas töös olulistest lähenemistest. Väitekiri sisaldab ka ülevaadet enamikust (süntaksit käsitlevatest) uurimustest eesti keele kohta, milles kasutatakse infostruktuuri mõisteid. Korpuseanalüüsis vaadeldakse lähemalt ülalmainitud kaht tüüpi lahktarindeid, keskendudes peamiselt referendi informatsioonilisele staatusele, tarindite erinevatele funktsioonidele ja toimimisele diskursuse tasandil. Väitekirja tulemusena võib lahktarindite kohta väita järgmist: tegemist on suulises kõnes levinud struktuuridega, mis toetavad suulisele kõnele iseloomulikku info edastamist lühemate üksuste kaupa. Tarindites viidatavad referendid on enamasti kas vestluses juba esinenud või on tuletatavad vestluse üldisest raamistikust. Postreemat sisaldavates tarindites, kus leksikaalne referent tuleb alles lausungi lõpus, esineb rohkem ka eelneva sisuga seostamata referente. Lisaks vormilistele erinevustele ning nendest tulenevalt on nende kahe struktuuri puhul selgelt näha erinevaid strateegiaid referendi sissetoomise puhul ning selle käsitlemisel edaspidises diskursuses.
Factors influencing women’s sexual health and reproductive choices in Estonia
(2015-07-06) Laanpere, Made
Maailma Terviseorganisatsioon defineerib seksuaaltervist täieliku kehalise, emotsionaalse, vaimse ja sotsiaalse heaolu seisundina, mis on seotud seksuaalsusega. Seksuaaltervis on igale inimesele oluline läbi kogu tema elukaare, kuid mõjutab pikaajaliselt kogu ühiskonna sotsiaalmajanduslikku toimetulekut. Maailmas moodustavad seksuaaltervisega seotud probleemid kolmandiku viljakas eas naiste enneaegse haigestumuse ja suremuse põhjustest. Eestis, kus raseduse ja sünnitusega seotud madal haigestumus on maailma parimate riikide tasemel, rasestumisvastased meetodid, kooli seksuaalharidus ja seksuaaltervise teenused on hästi kättesaadavad, tulenevad naiste seksuaaltervisega seotud probleemid peamiselt sotsiaalsest ja soolisest ebavõrdsusest. Uurimistöö eesmärk oli saada lisatõendust Eesti naiste seksuaaltervist ja reproduktiivseid valikud mõjutavate tegurite kohta: analüüsida soovimatuid rasedusi ja neist hoidumist ning paarisuhtevägivalda. Uurimistöö põhineb Eesti Abordiregistri andmete analüüsil ja rahvastikupõhisel läbilõikelisel küsitlusuuringul. Viimasel kahel kümnendil on toimunud abortiivsuskordajate pidev langus, eriti märkimisväärne on see olnud nooremate naiste hulgas. Kordusabortide tase näitab langustrendi kõigis sotsiaalmajanduslikes rühmades, kuid jääb kõrgemaks mitte-Eesti emakeelega rahvastikus. Samas, silmapaistvalt suur osa naistest, kes ei soovi rasedust, kasutab selle vältimiseks ebatõhusaid rasestumisvastaseid meetodeid: Eesti emakeelega vastajatest ei kasutanud üldse või kasutas ebatõhusaid rasestumisvastaseid meetodeid 27,3% ja mitte-eesti emakeelega vastajatest 39,8%. Ebatõhusa kontratseptsiooni kasutamisega ning soovimatute raseduste riskiga on seotud paarisuhtevägivald. Selle levimus Eestis on väga kõrge – 18,4% naistest olid kogenud kehalist või seksuaalset paarisuhtevägivalda uuringule eelnenud aasta jooksul. Lähtudes uurimistöö andmetest tuleb positiivsete suundumuste jätkumiseks ja seksuaaltervise parandamiseks Eestis edendada nõustamist soovimatute raseduste vältimiseks, pöörata tähelepanu mitte-eesti emakeelega naiste vajadustele, töötada välja strateegia ja tegevusjuhendid paarisuhtevägivalla käsitlemiseks tervishoiusüsteemis.