Sirvi Kuupäev , alustades "2015-09-16" järgi

Filtreeri tulemusi aasta või kuu järgi

Nüüd näidatakse 1 - 2 2

Combating DNA damage and maintenance of genome integrity in pseudomonads
(2015-09-16) Sidorenko, Julia
Efektiivne DNA replikatsioon ja DNA kahjustuste eemaldamine on erakordse tähtsusega elusrakkude genoomi terviklikkuse säilitamisel. Kõrgelt koordineeritud DNA reparatsiooni mehhanismid võimaldavad rakkudel ellu jääda ka ulatuslike rakuväliselt indutseeritud DNA kahjustuste korral, kuid on ilmselgelt olulised ka spontaanselt tekkivate DNA kahjustuste kõrvaldamisel. Nukleotiidi väljalõike reparatsioon (NER) on üks põhilisi DNA reparatsioonisüsteeme, kus UvrA, UvrB, UvrC ja UvrD valkude toimel eemaldatakse DNA kaksikahelast 12-13 nukleotiidi pikkune üksikahelaline DNA kahjustust sisaldav lõik ning seejärel sünteesib DNA polümeraas I (Pol I) selle asemele uue DNA ahela. Pol I põhifunktsiooniks rakus on DNA replikatsioonil RNA praimerite eemaldamine ja nende asemele uute DNA lõikude süntees. DNA kahjustuste korral osaleb Pol I ka reparatsioonilisel DNA sünteesil. Seega on nii NER kui ka Pol I olulised geneetilise informatsiooni säilitamiseks rakkude paljunemisel. Doktoritöös uuriti NER, Pol I ning samuti ka DNA-d kahjustatavate ühendite rakkudest aktiivse väljaviimise osalust genoomi terviklikkuse tagamisel pseudomonaadides, mullabakteris Pseudomonas putida ning oportunistlikus inimese patogeenis P. aeruginosa. Uuringute tulemusena selgus, et NER valkude puudumisel suureneb oluliselt homoloogilise rekombinatsiooni (HR) sagedus P. putida kromosoomis ning väheneb rakkude eluvõime. Samas tekivad NER-defektsuse korral kiiresti kompensatoorsed mutatsioonid, mis taastavad bakterite normaalse kasvu ja vähendavad HR-i sagedust. Sellist efekti NER valkude puudumisele ei ole teistes organismides varem kirjeldatud. Teiseks selgus uurimistööst, et Pol I on seni arvatust olulisem endogeenselt tekkivate reaktiivsete hapniku radikaalide tolereerimisel. Samuti ilmnes, et Pol I puudumisel osalevad DNA sünteesil spetsialiseeritud DNA polümeraasid Pol II, Pol IV ja DnaE2. Lisaks selgus, et P. aeruginosa PAO1 liini laboratoorsete tüvede puhul toimub rakke kahjustavate kemikaalide rakkudest välja viimine erineva efektiivsusega. Selline varieeruvus mõjutab bakterite tundlikkust DNA-d kahjustatavatele ühenditele ja antibiootikumidele ning raskendab oluliselt erinevate töörühmade poolt saadud tulemuste võrdlust.
Computational methods for DNA copy number detection
(2015-09-16) Palta, Priit
DNA koopiaarvu variantideks või muutusteks nimetatakse selliseid erinevusi inimeste geneetilises materjalis, mille puhul mingi DNA lõigu koopiaarv on erinev oodatavast koopiaarvust kaks (üks koopia mingit kindlat DNA järjestust emalt päritud kromosoomil ja üks koopia isalt päritud kromosoomil). DNA koopiate vähenemist nimetatakse deletsiooniks ning vastavaid DNA variante nimetatakse deletsioonideks. DNA koopiate juurdetulemist nimetatakse duplitseerumiseks ning selliseid kahest suurema koopiaarvuga variante vastavalt duplikatsioonideks. Antud doktoritöös uuriti inimese DNA koopiaarvu variante, nende seotust erinevate haigustega ja nende tekkimise ja pärandumise eripärasid. Kasutades DNA mikrokiipe ehk geenikiipe uuriti esmalt kas ja millised DNA koopiaarvu muutused võivad olla seotud vaimse arengu mahajäämusega (VAM-ga). Uurides perekondasid, kus ühel või mitmel liikmel oli diagnoositud VAM, leiti mitmeid juba varem VAM-ga seostatud DNA koopiaarvu muutusi ning lisaks leiti ka mitmeid uusi DNA koopiaarvu variante, mille esinemine võib olla seotud VAM-e väljakujunemisega. Sarnane uuring viidi läbi ka korduva spontaanse raseduse katkemise probleemiga paaride ja naiste puhul. Võrreldes nende patsientide gruppi kuuluvate naiste DNA koopiaarvu muutusi ning nende sagedusi terveid emasid sisaldavate kontroll-grupi indiviidide omadega, leiti statistiliselt ja bioloogiliselt oluline erinevus muutunud koopiaarvuga DNA lõigus, mis sisaldab PDZD2 ja GOLPH3 geene ja kus esinevate duplikatsioonide „omamine“ suurendas naistel märkimisväärselt spontaanse raseduse katkemise ohtu. Doktoritöö viimases osas uuriti Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu ja rahvusvahelise HapMap projekti poolt kogutud tõsiste haigusteta inimestel esinevaid DNA koopiaarvu muutusi ja nende pärandumist perekondades. Selle uuringu üheks huvitavamaks tulemuseks oli deletsioonide alapärandumine vanematelt lastele ehk deletsioone kandvaid DNA regioone esines laste genoomides oluliselt vähem, kui normaalse Mendeliaalse (juhusliku) pärandumise korral oleks oodata võinud. Uurides duplikatsioonide regioone perekondades leiti aga, et kaks kolmandikku duplikatsioonides esinevatest DNA koopiatest ei olnud identsed (üksteise täpsed koopiad), vaid mõnevõrra erinevad, demonstreerides seniajani teadmata olnud alleelse varieeruvuse määra DNA duplikatsioonide regioonides.