Sirvi Kuupäev , alustades "2017-02" järgi

Filtreeri tulemusi aasta või kuu järgi

Nüüd näidatakse 1 - 12 12

Universitas Tartuensis : UT : Tartu Ülikooli ajakiri 2017 nr 2
(Tartu : Tartu Ülikool, 2017-02) Säde, Merilyn, peatoimetaja; Merisalu, Merilyn, peatoimetaja
Spatial aspects of the environmental load of consumption and mobility
(2017-02-01) Poom, Age; Ahas, Rein, juhendaja; Orru, Kati, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond.
Doktoritöös uuritakse Eesti elanike liikumis- ja tarbimiskäitumisest tuleneva keskkonnakoormuse seoseid elu- või töökoha asukohaga. Seejuures vaadeldakse linnastumisega kaasnevat soodsat ja ebasoodsat mõju tarbimiskäitumise keskkonnakoormuse kujunemisele. Täpsemalt käsitletakse nii eluruumi, transpordi, toitumise kui ka muude kaupade ja teenuste tarbimisega seotud süsinikuheitmete ja ökoloogilise jalajälje jagunemist Eesti asustussüsteemi hierarhias. Analüüsis tuginetakse leibkonna eelarve uuringu andmestikule (Statistikaamet) ning gümnaasiumiõpilaste ja väikeettevõtete seas läbiviidud uuringule. Inimeste tarbimisotsustusi ja kaasuvat keskkonnakoormust kujundavad tarbimisvõimaluste olemasolu ja kättesaadavus inimese tavapärases tegevuskeskkonnas. Seda ka juhul, kui eeldada leibkondade võrdseid sissetulekuid ja teisi sotsiaaldemograafilisi tunnuseid. Kõrgematesse hierarhiatasanditesse kuuluvad linnad koondavad endasse laiema spektri erinevaid tegevusi ja võimalusi, pakutavaid kaupu ja teenuseid. Selle tulemusena on Tallinnas, Tartus, Pärnus ja nende linnade tagamaal elavatel inimestel suurema keskkonnakoormusega tarbimismuster kui madalamatesse hierarhiatasanditesse kuuluvate asustusüksuste elanikel. Seevastu Ida-Viru regionaalsete tööstuslinnade elanike tagasihoidlik tarbimis- ja liikumiskäitumine põhjustab konkurentsitult kõige madalama keskkonnakoormuse Eesti elanike hulgas. Siin avalduvad linnade kompaktsusest tulenevad eelised energiakasutuse ja transpordi valdkonnas, samas ei ole nende tööstuslinnade eripärane arengulugu, majandusstruktuur, keskkonnaproblemaatika ja vähesed sotsiaalsed sidemed ümbritsevate aladega võimaldanud neil linnadel areneda tänapäevasteks aktiivset eluviisi võimaldavateks keskusteks. Sotsiaalselt ja keskkonnaalaselt tasakaalustatud ühiskonnakorralduse saavutamiseks on seega vajalik jõuda teadliku ja läbimõeldud ruumipoliitikani nii iga linnastu kui ka terve riigi tasandil.
Mägedes varitseb valge draakon
(Maaleht, 2017-02-09) Kallis, A.
Adapting scientific computing algorithms to distributed computing frameworks
(2017-02-09) Jakovits, Pelle; Srirama, Satish Narayana, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond.
Teadusarvutuses kasutatakse arvuteid ja algoritme selleks, et lahendada probleeme erinevates reaalteadustes nagu geneetika, bioloogia ja keemia. Tihti on eesmärgiks selliste loodusnähtuste modelleerimine ja simuleerimine, mida päris keskkonnas oleks väga raske uurida. Näiteks on võimalik luua päikesetormi või meteoriiditabamuse mudel ning arvutisimulatsioonide abil hinnata katastroofi mõju keskkonnale. Mida keerulisemad ja täpsemad on sellised simulatsioonid, seda rohkem arvutusvõimsust on vaja. Tihti kasutatakse selleks suurt hulka arvuteid, mis kõik samaaegselt töötavad ühe probleemi kallal. Selliseid arvutusi nimetatakse paralleel- või hajusarvutusteks. Hajusarvutuse programmide loomine on aga keeruline ning nõuab palju rohkem aega ja ressursse, kuna vaja on sünkroniseerida erinevates arvutites samaaegselt tehtavat tööd. On loodud mitmeid tarkvararaamistikke, mis lihtsustavad seda tööd automatiseerides osa hajusprogrammeerimisest. Selle teadustöö eesmärk oli uurida selliste hajusarvutusraamistike sobivust keerulisemate teadusarvutuse algoritmide jaoks. Tulemused näitasid, et olemasolevad raamistikud on üksteisest väga erinevad ning neist ükski ei ole sobiv kõigi erinevat tüüpi algoritmide jaoks. Mõni raamistik on sobiv ainult lihtsamate algoritmide jaoks; mõni ei sobi olukorras, kus andmed ei mahu arvutite mällu. Algoritmi jaoks kõige sobivama hajusarvutisraamistiku valimine võib olla väga keeruline ülesanne, kuna see nõuab olemasolevate raamistike uurimist ja rakendamist. Sellele probleemile lahendust otsides otsustati luua dünaamiline algoritmide modelleerimise rakendus (DAMR), mis oskab simuleerida algoritmi implementatsioone erinevates hajusarvutusraamistikes. DAMR aitab hinnata milline hajusraamistik on kõige sobivam ette antud algoritmi jaoks, ilma algoritmi reaalselt ühegi hajusraamistiku peale implementeerimata. Selle uurimustöö peamine panus on hajusarvutusraamistike kasutuselevõtu lihtsamaks tegemine teadlastele, kes ei ole varem nende kasutamisega kokku puutunud. See peaks märkimisväärselt aega ja ressursse kokku hoidma, kuna ei pea ükshaaval kõiki olemasolevaid hajusraamistikke tundma õppima ja rakendama.
Otsedemokraatia Eestis: õigussotsioloogilisi aspekte
(2017-02-14) Liivik, Ero; Käärik, Henn, juhendaja; Tartu Ülikool. Sotsiaalteaduste valdkond.
Kehtivas PS-s puudub rahvaalgatuse institutsioon ning rahvahääletust saab algatada üksnes Riigikogu. Viimase 15 aasta jooksul Riigikogus toimunud otsedemokraatia diskursuse raames oli keskseks opositsiooni algatatud debatt rahvaalgatuse põhiseadustamise küsimuses (2003-2008). Diskursust hinnati osaliste endi poolt mitte üksnes rahvaalgatuse õiguslikus kontekstis, vaid Eesti parlamentaarse kultuuri indikaatorina in genere. Lõppkokkuvõttes jäid domineerima majoritaarse (majoritarian democracy), mitte arutleva demokraatia (deliberative democracy) põhimõtted. Diskursusanalüüs näitas, et debatil puudusid (Habermas-Alexy mudeli järgi) olulised ratsionaalse diskursuse eeldused. 1992. a. referendumil vastuvõetud PS-ga riivati/riivatakse olemuslikult rahva kui suverääni õigusi, sh õigust otsedemokraatiale. Olulise tähenduse omandab seejuures vaba resp parlamentaarne mandaat (PS § 62), mille määravaks tunnuseks on volitatu, mitte volitaja tahte ülimuslikkus. Võimuressursside põhjendamatult ebavõrdne jaotus rahva kui vormilise suverääni ning rahvast esindava kogu vahel viib õigussotsioloogilisest vaatenurgast kaaluka küsimuseni: milliste suhetega rahva ja Riigikogu vahel on tegemist, võimu- või domineerimissuhetega? Lähtudes arusaamast, et domineerimine on võimu autoritaarne/autokraatlik/antidemokraatlik erivorm, saab antud juhul rääkida üksnes viimastest. Rahva ja rahvaesindajate võimusuhted ning nende raames toimivad konkreetsed võimumehhanismid peaksid edaspidi pälvima õigussotsioloogide ja sotsioloogide märksa tõsisemat tähelepanu. Tegemist on poliitiliste baassuhetega, mille iseloom määrab demokraatia tegeliku määra.
Processivity of cellulases and chitinases
(2017-02-14) Kurašin, Mihhail; Väljamäe, Priit, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond.
Kahanevate naftavarude ja kasvava inimeste populatsiooni tõttu otsitakse võimalusi kasutada alternatiivseid energiaallikaid. Üheks võimaluseks on kasutada taastuva biokütuse ja tarbekaupade toorainena tselluloosi ja kitiini, mis on enim levinud biopolümeerid Maal. Lagundades tselluloos ja kitiin monomeerideks (vastavalt glükoosiks ja N-atsetüülglükoosamiiniks), on võimalik need edasi konverteerida bioetanooliks või kasutada neid oluliste kemikaalide sünteesiks. Looduses lagundatakse tselluloos ja kitiin ensüümide abil. Vastavalt viivad tselluloosi lagundamist läbi ensüümid, mida nimetakse tsellulaasideks ja kitiin degradeeritakse kitinaaside abil. Ensümaatilist hüdrolüüsi rakendatakse ka tööstuses, et vältida kontsentreeritud mineraalhapete ja kõrgemate temperatuuride kasutamist. Kahjuks on looduslikud ensüümid madala efektiivsusega, mistõttu ensüümide tootmisega seotud kulutused moodustavad suure osa kujunevast toodangu lõpphinnast. Ensüümide võimekust on aga võimalik parandada insenergeneetilise modifitseerimise teel. Kuid vaatamata sellele, et tsellulaase ja kitinaase uuritakse üle poole sajandi, on teadmised ensüümide toimimise molekulaarsetest mehhanismidest veel poolikud. Üheks oluliseks tsellulaaside ja kitinaaside kineetiliseks parameetriks on protsesiivsus, mis väljendub keskmise katalüüsi aktide arvuna, mille ensüüm sooritab enne substraadilt lahkumist. Tasub ka mainida, et peamiselt panustavad just protsessiivsed ensüümid tselluloosi/kitiini lagundamisele, mistõttu on nende toimemehhanismide väljaselgitamine kriitilise tähtsusega. Käesoleva töö eesmärk oli protsessivsete tsellulaaside ja kitinaaside biokeemiline kirjeldamine. Töö raames töötati välja uued meetodid protsessiivsuse ja teiste kineetiliste parameetrite mõõtmiseks. Eelnevalt oli teada, et individuaalse protsessiivse tsellulaasi hüdrolüüsi kiirust limiteerivaks faktoriks on ensüümi aeglane dissotsieerumine substraadilt. Antud töös aga selgus, et koostöös teiste tsellulaasidega on hüdrolüüsi kiirus piiratud ensüümi protsessiivse liikumise kiiruse poolt. Lisaks leidsime, et efektiivseks hüdrolüüsi toimumiseks on olulised tugevad ensüüm-substraat interaktsioonid ensüümi aktiivtsentri substraadi sidumiskohtades ja tugevad ensüüm-produkt interaktsioonid aktiivtsentri produkti sidumiskohtades. Ühe interaktsiooni kadumine viib hüdrolüüsi efektiivsuse järsule langusele.
Kes külvab tuult, see lõikab tormi
(Maaleht, 2017-02-16) Kallis, A.
The roles of abscisic acid, CO2, and the cuticle in the regulation of plant transpiration
(2017-02-16) Jakobson, Liina; Kollist, Hannes, juhendaja; Brosché, Mikael, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond.
Veatu gaasivahetuse regulatsioon on äärmiselt oluline taimele elus püsimiseks ning aluseks põllumajandustaimede kõrgele saagikusele. Gaasivahetuse all peetakse silmas süsihappegaasi sisenemist taime lehte ning vee väljumist lehest atmosfääri. Süsihappegaasi on taimel vaja fotosünteesi käimas hoidmiseks, kuid veekadu peab taim võimalusel piirama, et vältida kuivale jäämist ja põua tõttu suremist. Enamik taime veekaost toimub läbi taime pinnal olevate väikeste pooride, õhulõhede, kuna epidermiserakke katab vett hülgav lipiidne kutiikula kiht. Selleks, et saaksime tõsta saagikust või parandada taimede ellujäämust ekstreemsetes oludes, on oluline mõista molekulaarseid mehhanisme, millega kontrollitakse taime gaasivahetust nii õhulõhede kui kutiikula kaudu. Käesoleva doktoritöö raames kinnitati, et taimehormooni abstsiishappe signaaliraja komponendid omavad olulist rolli madala õhuniiskuse, pimeduse ja õhusaasteaine osooni toimel õhulõhede sulgumise reaktsioonides. Kuid kõrge süsihappegaasi mõjul toimuvas õhulõhede sulgumises osalevad vaid mõned abstsiishappe signaaliraja komponendid ning tõenäoliselt esineb ka paralleelne signaalirada. Lisaks pakuti välja mudel, mille kohaselt signaal süsihappegaasi kontsentratsiooni tõusust edastatakse harilikus müürloogas (Arabidopsis thaliana) läbi MAP kinaasvalkude MPK12 ja MPK4. Aktiveeritud MPK12 ja MPK4 on võimelised inhibeerima CO2-spetsiifilist kinaasi HT1 ning seeläbi võimaldatakse anioonkanali SLAC1 aktivatsioon sulgrakkudes ja selle tulemusena ka õhulõhede sulgumine. Leidmaks uusi molekulaarseid komponente, mis reguleerivad taime gaasivahetust, on mutantide analüüs panustanud tähelepanuväärselt palju teadusmaailma varasalve. Seega, töötati välja uus taimemutantide skriiningmeetod, mis võtab arvesse taimelehtede temperatuuri, lõikamisjärgset närtsimist ning kaalukaotust. Üks skriiningust isoleeritud mutantidest, cool breath 5 oli defektse BODYGUARD geeni ekspressiooniga. BODYGUARD valk on oluline faktor C18 küllastumata kutiikula rasvhapete normaalse hulga saavutamisel eelkõige noortes lehtedes ja õites. Tulemuste põhjal pakuti välja, et BODYGUARD võiks kaasa aidata endoplasmaatilises retiikulumis toimuvale kutiikula monomeeride biosünteesile. Kokkuvõtteks, abstsiishape, MPK-d ja kutiikula on kõik olulised faktorid reguleerimaks taime transpiratsiooni ja gaasivahetust.
Sotsioloogiline vaatekoht ja argitarkus
(2017-02-17) Rämmer, Andu
Teaduslik ja argine mõtlemine on tihedalt põimunud, kuid sotsioloogia ülesanne on neid üksteisest eristada, kahtluse alla seada ja avardada inimeste arusaamu ühiskonnas toimuvast.
The use of excipients in medicines administered to neonates in Europe
(2017-02-22) Nellis, Georgi; Lutsar, Irja, juhendaja; Metsvaht, Tuuli, juhendaja; Tartu Ülikool. Meditsiiniteaduste valdkond.
Abiained on vajalikud erinevate ravimvormide disainimiseks ja väljatöötamiseks. Neil on ravimites erinevaid funktsioone, mis võimaldavad tehnoloogiliselt ravimvormide valmistamist ja parandavad nii toimeaine (stabiilsus, biosaadavus) kui ka lõpliku ravimvormi omadusi (stabiilsus, maitseomadused jt.). Arvestades ainevahetuse iseärasusi, on teatud abiainete kasutamisega seotud riskid enam väljendunud vastsündinutel. Enam kui tuhandest kasutusel olevast abiainest on kõrvaltoimeid vastsündinutel kirjeldatud vaid üksikutel – parabeenid, polüsorbaat 80, propüleenglükool, etanool, bensoehape, naatriumbensoaat, bensüülalkohol, sorbitool, naatriumsahhariin ja bensalkooniumkloriid. Käesolevas töös keskendusime nende potentsiaalse ohtlikkuse seisukohalt enim huvi pakkuvate abiainete (excipients of interest, EOI) kasutuse uurimisele. Meie töö eesmärkideks oli iseloomustada ravimites olevate EOI kasutamise ulatust Euroopa vastsündinute osakondades, s.h. hinnata uuringumetoodika mõju saadud tulemustele, leida EOI manustamisega seotud riskifaktorid ning hinnata ravimite asendamise võimalusi vältimaks EOI manustamist vastsündinutele. Viisime Euroopa vastsündinute osakondades läbi 3-päevase küsimustik- (service evaluation survey, SES) ja ühepäevase hetklevimusuuringu (point prevalence study, PPS). Kahe uuringu metoodika hea omavaheline korrelatsioon andis võimaluse kasutada kogutud tulemusi teineteist täiendavana. Kokku osales SES ja PPS uuringus vastavalt 20 ja 21 Euroopa riiki 115 ja 89 osakonnaga. SES registreeriti 313 toimeainet, mida manustati 1065 erineva ravimpreparaadina. PPS 726-le vastsündinule registreeriti 2199 ravimikorraldust. Kolmandik ravimitest sisaldasid vähemalt ühte EOI; kaks kolmandikku vastsündinutest said nendest vähemalt ühte. Uuritavate demograafilistele parameetritele ja aktiivainete struktuurile tasakaalustatud regressioonanalüüsis leidsime erinevused Euroopa regioonide vahel. Siit järeldasime, et on võimalik asendada ühes riigis kasutatava EOI sisaldav ravimpreparaat teises riigis kasutusel oleva EOI-vaba analoogiga. Leidsime, et ainuüksi sageli kasutatavate ravimite asendamine vähendaks kõigi EOI saavate vastsündinute arvu peaaegu poole võrra. Euroopa vastsündinutele manustatakse sageli EOI, kusjuures alati pole see tegelikult hädavajalik. Olemasolevate asendamisvõimaluste rakendamine säästaks paljud vastsündinud ebavajalikust ekspositsioonist.
Viral-host interactions in the life cycle of human papillomaviruses
(2017-02-22) Isok-Paas, Helen; Ustav, Ene, juhendaja; Ustav, Mart, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond.
Papilloomiviirused on väga laialdase levikuga ning pea kõik inimesed nakatuvad mingil eluetapil selle viirusega. Üldiselt kulgeb HPV infektsioon üsna kergelt, põhjustades nahal või limaskestadel healoomulisi vohandeid, soolatüükaid (β-HPV) või kondüloome (α-HPV). Kliiniliselt oluliseks peetakse aga papilloomiviirusi seetõttu, et selle viiruse infektsiooniga on seotud enamik emakakaela vähi juhtumitest. Arvatakse, et emakakaela vähi tekke üks olulisemaid etappe on raku nakatumine kõrgesse riskigruppi kuuluva papilloomiviiruse subtüübiga. Kui soolatüükaid ja kondüloome põhjustavad madala riskiga inimese papilloomiviiruste subtüüpide infektsioon aja möödudes kaob, siis emakakaela vähki põhjustavate viiruste infektsioon muutub kergesti pikaajaliseks. Sellisesse faasi jõudnud nakkuse ravivõimalused on aga väga piiratud, mistõttu on HPV infektsiooni varajane avastamine eduka ravi seisukohalt ülioluline. Papilloomiviiruse infektsioon kulgeb tavaliselt läbi ekstrakromosomaalse rõngasmolekuli ning viiruse elutsükli edukaks lõpetamiseks ei ole integreerumine peremeesraku pärilikku materjali (DNA) tingimata vajalik. Vähirakkude geneetilisel uurimisel on aga muuhulgas HPV nakkuse tuvastamisele avastatud ka asjaolu, et väga paljudel juhtudel on papilloomiviiruse genoomi osad integreerunud peremeesraku kromosoomidesse, muutes HPV DNA üheks osaks peremeesraku pärilikust materjalist. HPV genoomi osaline integratsioon rikub ära aga mitmete viiruse jaoks oluliste valkude ekspressiooni (s.h. DNA replikatsiooniks ja virioni moodustamiseks vajalike valkude sünteesi). Seega peetakse integreerumist viiruse seisukohalt tupikteeks. Peremeesraku seisukohalt aga peetakse pahaloomuliseks kasvajaks arenenud rakkude DNAs tuvastatud suuri ja tagasipöördumatuid muutusi just viiruse integratsiooni tagajärjeks. Viiruse integratsioon võib toimuda mistahes kromosoomi piirkonda, ka nendesse piirkondadesse, mis on peremeesraku kasvu ja jagunemise kontrolli seisukohalt väga olulised. Kuna nakatunud rakk sisaldab keskmiselt 100 ekstrakromosomaalset viiruse genoomi koopiat ning massilist genoomide integratsiooni tavaliselt ei toimu, tekib olukord, kus ühes rakus eksisteerib kaks erinevat viiruse DNA vormi: üks, puudulike geenidega integreerunud vorm ja teine, täiesti funktsionaalne ekstrakromosomaalne vorm. Kuigi integreerunud viiruse DNAlt ei saa enam ekspresseerida DNA paljundamiseks vajalikke replikatsioonivalke, siis ekstrakromosomaalselt molekulilt replikatsioonivalkude sünteesiks mingeid takistusi ei ole. Selline olukord on aga peremeesraku genoomse stabiilsuse seisukohalt väga ohtlik, kuna integreerunud HPV järjestused sisaldavad viiruse DNA paljundamiseks vajalikku alguskohta (replikatsiooni origin-i), mis ei ole rakuliste regulatsiooni faktoritega kontrollitav. Sellelt järjestuselt alustatud DNA replikatsioon, põhjustab nii integreerunud HPV DNA kui ka sellega külgnevate peremeesraku genoomi osade kontrollimatut paljundamist (amplifikatsiooni). Olenevalt integratsiooni kohast, võivad integreerunud HPV järjestusega külgnevad alad sisaldada onkogeene või muid raku kasvu ja jagunemisega seotud regulatoorseid geene, mille amplifikatsioon võib põhjustada raku genoomset ebastabiilsust ning kontrollimatut kasvu ja jagunemist. Lisaks võib põhjustada HPV-dele omane litsentseerimata DNA re-replikatsioon replikatsiooni komplekside takerdumisi, mis viib ebatüüpiliste DNA replikatsiooni produktide kuhjumiseni raku tuumas. Rakulise DNA reparatsiooni radade võtmemolekulide lokalisatsioon HPV DNA replikatsiooni tsentritesse viitab rakuliste mehhanismide olulisele rollile tekkinud kaheahelaliste DNA katkete parandamisel. Kui enamik kaheahelalisi DNA katkeid parandatakse õigesti, siis antud väitekirjas kirjeldatud viiruse integratsiooni koha translokatsioon uude kromosoomi piirkonda viitab ebaõnnestunud katsele parandada DNA amplifikatsiooni tagajärjel tekkinud DNA produkte. Seega, integreerunud HPV järjestuste amplifikatsioon ja peremeesraku vastusena aktiveeritud DNA reparatsiooni mehhanismid võivad viia peremeesraku genoomse ebastabiilsuseni ja vähkkasvaja tekkeni. Inimese papilloomiviiruste uurimine nende looduslikes peremeesrakkudes on üsna keerukas just keratinotsüütide keeruka elutsükli tõttu, mis on aluseks nahkkoe kihistunud struktuuri moodustumisel. Kui diferentseerumata basaalsed keratinotsüüdid on pidevas jagunemises ja vastutavad basaalrakkude populatsiooni uuenemise eest, siis diferentsieerumisradadele suunatud rakud läbivad kontrollitud rakusurmaga lõppeva elutsükli. Mitmes eri diferentseerumisastmes olevate keratinotsüütide populatsioon tekitab nahkkoe kihistunud struktuuri, mille peamiseks ülesandeks on tagada tugev (ja läbimatu) barjäär sise- ja väliskeskkonna vahel. Kuna viirus nakatab diferentseerumata basaalseid keratinotsüüte ja pakib oma viiruspartiklid alles terminaalselt diferentseerunud rakkudes, on papilloomiviirused kohanenud kõikide peremeesraku eluetappidega. Lühidalt, papilloomiviirus nakatab basaalseid keratinotsüüte mikrovigastuste kaudu ning peale viiruse geneetilise materjali jõudmist raku tuuma, toimub esmalt aktiivne viirusgenoomi paljundamine. Peale optimaalse genoomi koopiaarvu saavutamist, lülitub viirus ümber stabiilsele genoomi säilimisele ning jääb ootama peremeesraku diferentseerumist. Sel ajal toimub HPV- ja peremeesraku geneetilise materjali sünkroonne paljundamine ning viiruse genoomide peaaegu ühtlane jaotumine tütarrakkude vahel. Terminaalselt diferentseerunud rakkudes toimub taaskord aktiivne genoomi paljundamine (amplifikatsioon) ning viimase etapina viiruspartiklite moodustumine. Laboritingimustes on keratinotsüütide kasvatamine ja elutsükli mimikeerimine tehniliselt keerukas, ajakulukas ja küllaltki kallis. Lisaks ei ole otstarbekas niigi kapriisset rakukultuuri kasutada laiamahuliseks kemikaalide skriinimiseks, et leida HPV elutsüklit pärssivaid komponente. Meie laboris välja töötatud sääreluu kasvaja rakuliiinil U2OS põhinev HPV uurimismudel osutus edukaks mitmete HPV subtüüpide (β-HPV5, β-HPV8, α-HPV6b, α-HPV11, α-HPV16, α-HPV18) transientse, stabiilse kui ka amplifikatsioonilise DNA replikatsiooni jälgimisel. Kuna U2OS rakud ei ole looduslikud papilloomiviiruse peremeesrakud, pidasime vajalikuks kaardistada viiruse geenide avaldumist, et tõsta U2OS rakusüsteemi usaldusväärsust HPV uuringutes. Antud töös kirjeldati HPV11 geenide ekspressiooni, kuid sarnane analüüs on läbi viidud ka HPV5 ning HPV18 subtüübiga. Kõiki saadud tulemusi on võrreldud viiruse loomulikest peremeesrakkudest, keratinotsüütidest, saadud tulemustega ning nende sarnasuse tõttu oleme arvamusel, et U2OS süsteem on sobiv keskkond papilloomiviiruste uurimiseks ning oma lihtsuse ja odavuse poolest ideaalne ka esialgsete ravimi kandidaatide skriinimiseks. Lisaks tuvastati U2OS süsteemis 1n HPV molekulide sünteesi kõrval ka suuremaid, 2n ja rohkem, järjestikku paigutunud HPV genoomi koopiatega rõngasmolekule (oligomeerid). Sarnaseid vaheprodukte on täheldatud nii varasemates kui ka antud töö raames kogutud HPV-positiivsetest kliinilistest koeproovidest. HPV-spetsiifiliste oligomeeride tekke täpsemal uurimisel tekkis hüpotees, et nende moodustumisel võib olla oma roll rakulise rekombinatsioonilise DNA replikatsiooni laadil. Oligomeersed HPV molekulid võivad osutuda kasulikeks, et tagada kiire HPV genoomi koopia arvu tõus vegetatiivses viiruse elutsükli faasis kui ka viiruse genoomi jagunemisel kahe tütarraku vahel. Kuna viiruspartiklisse pakitakse vaid üks HPV genoom, pole täpselt teada, milliseid mehhanisme kasutatakse oligomeersete DNA vormide konverteerimisel tagasi 1n HPV genoomideks.
Application of close range remote sensing for monitoring aquatic environment
(2017-02-27) Ligi, Martin; Kutser, Tiit, juhendaja; Reinart, Anu, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond.
Veekogude kvaliteedi hindamine on inimkonnale oluline olnud juba tuhandeid aastaid ja viimastel aastakümnetel on rohkem tähelepanu hakatud pöörama ka veekogude ökoloogilisele seisundile. Euroopas on veekogude kvaliteedi hindamise aluseks kaks dokumenti: Euroopa Liidu Vee Raamdirektiiv ja Euroopa Liidu Merestrateegia Raamdirektiiv. Mõlemad dokumendid sätestavad, et aastaks 2020 tuleb Euroopa Liidu veekogudes saavutada „hea“ seisund. Nende eesmärkide täitmiseks tuleb regulaarselt veekogude seisundit seirata. Kuivõrd kõikidelt veekogudelt veeproovide võtmine ja laboris analüüsimine ei ole võimalik (liigne raha ja tööjõukulu) ning lisaks ei anna sellised proovid ülevaadet veekogu seisundi parameetrite ruumilise jaotuse kohta tuleb appi võtta optilised instrumendid. Lisaks välitöödel kasutatavale optikale on Copernicus programmi raames järgnevatel aastakümnetel kättesaadav ka mitu erinevat satelliiditulemit. Nende tulemite kasutamiseks peab aga pidevalt nende täpsust hindama ja leidma täpsemaid arvutusmeetmeid, mis sobiksid konkreetsete parameetrite hindamiseks. Töö käigus tõestati, et vee optilised omadused, nagu neeldumine ja hajumine, varieeruvad Läänemere rannikuosas rohkem, kui on variatsioon ranniku ja mere keskosa vahel. Lisaks absoluutväärtuste erinevusele tuvastati ka spektraalse kuju muutusi eri piirkondade vahel. Tõestati, et elektromagnetkiirguse lähisinfrapuna piirkonda saab rakendada veekogude seires (tavaliselt eeldatakse, et selles spektripiirkonnas on veest tulev signaal null) ja eriti on see kasulik ohtralt lahustunud orgaanikat sisaldavate järvede seires. Testiti ja pakuti välja sobivaid kaugseire algoritme Läänemere vee kvaliteedi parameetrite hindamiseks. Analüüsiti erinevate spektromeetrite tulemuste varieeruvust ja leiti, et mõõtmisprotokolli korrektsel jälgimisel on erinevate sensorite tulemused küll erinevad, ent seire teostamiseks piisavalt sarnased. Lõpetuseks uuriti, millised on erinevate käsispektromeetrite potentsiaalsed rakendused.