Sirvi Kuupäev , alustades "2017-07-06" järgi

Filtreeri tulemusi aasta või kuu järgi

Nüüd näidatakse 1 - 3 3

Bifunctional inhibitors and photoluminescent probes for studies on protein complexes
(2017-07-06) Ivan, Taavi; Uri, Asko, juhendaja; Viht, Kaido, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Inimraku elutegevus on reguleeritud keeruliste protsesside kaudu. Ühed kõige olulisemad informatsiooni edasikandvad muutused on valkudevahelised interaktsioonid ja valkude fosforüülimine. Valkude fosforüülimist teostavad proteiinkinaasid, mis katalüüsivad fosforüülrühma ülekannet nukleotiidilt (milleks on enamasti ATP) sihtvalgule. Kõrvalekaldeid proteiinkinaaside normaalsest aktiivsuses on seostatud komplekssete ja sageli raskesti ravitavate haigustega, näiteks erinevad neurodegeneratiivsed haigused (Parkinson, Alzheimer), südame- ja veresoonkonnahaigused, diabeet ning vähkkasvajad. Seetõttu on ravimitööstuse kõrgendatud tähelepanu suunatud proteiinkinaaside aktiivsuse reguleerimisele inhibiitoritega. Tänaseks päevaks on kasutusloa saanud enam kui 30 proteiinkinaaside inhibiitorit, mis on märkimisväärselt aidanud parandada vähktõbe põdevate inimesete elukvaliteeti ja elulemust. Käesoleva töö raames töötati välja ja iseloomustati mitmekülgseid ja tundlikke meetodeid, mis võimaldasid iseloomustada mitmete proteiinkinaaside aktiivsust biokeemilistes katsetes, inhibiitorite sidumise tugevust proteiinkinaasidele, proteiinkinaas:inhibiitor kompleksi lagunemise kiirust ja jälgida reaalajas proteiinkinaasi aktiivsust imetajarakkudes. Eriliseks teeb meetodid nendes rakendatud orgaaniline sond ARC-Lum, millel on unikaalsed optilised omadused. Esiteks, proovi ergastamisel kiirgub valgust vaid juhul, kui ARC-Lum sond on kompleksis proteiinkinaasiga. Teiseks, kiirgunud valgusel on pikk eluiga, mis võimaldab vähendada mittespetsiifilise signaali mõjusid. ARC-Lum sondi rakendamisel arendati uudse struktuuriga bifunktsionaalsed ARC-tüüpi inhibiitorid, mis saavutasid senikirjeldatud inhibiitoritest kõrgeima afiinsuse proteiinkinaasi PKAc suhtes (Kd < 10 pM). Võrreldes ravimina kasutatavate inhibiitoritega inhibeerivad uued ained proteiinkinaase oluliselt (kuni tuhat korda) madalamatel kontsentratsioonidel. Arendatud inhibiitorite võimekust demonstreeriti väga tugeva valkudevahelise interaktsiooni lõhkumisel ja pakuti välja uudne lahendus sihtida tugevaid valkudevahelisi interaktsioone bifunktsionaalsete inhibiitoritega
Development of MALDI-FT-ICR-MS methodology for the analysis of resinous materials
(2017-07-06) Teearu, Anu; Vahur, Signe, juhendaja; Leito, Ivo, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Käesolev doktoritöö käsitleb looduslike vaiguliste materjalide analüüsimiseks sobiliku MALDI-FT-ICR-MS metoodika arendust. Tänu ulatuslikule levikule ja headele omadustele on looduslikud vaigud olnud kasutusel kümneid tuhandeid aastaid ning nende rakendusala on väga lai: neid on kasutatud liimainetena, hüdroisolatsiooni materjalidena, valuvaigistitena jne. Üks tähtsamaid looduslike vaikude rakendusalasid seoses kultuuri- ja kunstiväärtustega (maalid, polükroomsed objektid ja mööbel) on lakkide valmistamine. Keemilisest aspektist on vaigud keerulised segud lähedase koostisega komponentidest, ning aja jooksul muutub vaiguliste materjalide koostis tänu lagunemis- ja oksüdatsiooniprotsessidele veelgi komplekssemaks. See seab vaikude analüüsimeetodile kõrged nõudmised. Samas on oluline omada informatsiooni kunsti- ja kultuuriväärtuste valmistamiseks kasutatud materjalide, sh vaikude kohta: see võib anda teavet objekti päritolu ja ajaloo kohta (oluline konservaatoritele/restauraatoritele, kunstiajaloolastele ja arheoloogidele). Käesoleva uurimistöö raames töötati välja MALDI-FT-ICR-MS metoodika vaiguliste materjalide analüüsimiseks, mis võimaldab korraga koguda suurel hulgal hea m/z-täpsusega informatsiooni vaiguliste materjalide kohta. Metoodika arendus hõlmas järgnevaid etappe: (1) DHB testimine maatriksaine ja sisekalibrandina vaiguliste materjalide analüüsil, (2) uue negatiivses ioonrežiimis sobiliku maatriksaine, 2-aminoakridiini, kasutusele võtmine, (3) uute sisekalibrantide (15 fosfaseeni-põhist katiooni ja 4 sulfo-ühendi aniooni) testimine, eesmärgiga koguda väga hea m/z-täpsusega massispektromeetrilisi andmeid, (4) proovi ettevalmistuse modifitseerimist ja (5) erinevatele vaigulistele proovidele sobivate MALDI-FT-ICR-MS parameetrite komplektide koostamist. Välja töötatud MALDI-FT-ICR-MS metoodika võimekuse hindamiseks rakendati seda kolme erinevat tüüpi ja erinevast ajastust pärit vaigulise proovi analüüsimisel.
Characterization of amino acid derivatization reagents for LC-MS analysis
(2017-07-06) Oldekop, Maarja-Liisa; Rebane, Riin, juhendaja; Herodes, Koit, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Aminohapped on valkude „ehituskivideks“, neil on oluline roll ainevahetuses ja seega ka haiguste diagnoosimisel ja toiduainetes. Seetõttu on olulised ka aminohapete madalad sisaldused, näiteks kaasasündinud ainevahetushäirete tuvastamisel vastsündinute verest. Madala sisaldusega ainete uurimiseks keerulistes proovides (nt aminohapped toiduainetes või veres) kasutatakse tänapäeval vedelikkromatograafia-massispektromeetria (LC-MS) meetodit, mis lahutab segud komponentideks (LC) ja tuvastab need (MS). LC-MS analüüsiks peavad analüüsitavad ained kromatograafiliselt lahutuma ja efektiivselt ioniseeruma. Selle saavutamiseks on mõnel juhul, sh aminohapete analüüsil, vaja ained keemiliselt muundada sobivasse vormi, mida nimetatakse derivatiseerimiseks. LC-MS analüüsi olulisimaks nõrkuseks on proovi muude komponentide poolt põhjustatud ebamäärasus analüüsitulemustes, mida nimetatakse maatriksiefektiks. Derivatiseerimisega LC-MS analüüsil esinevaid maatriksiefekte on vähe uuritud. Käesolevas töös uuriti maatriksiefekte, mis esinevad derivatiseeritud aminohapete LC-MS analüüsil. Selleks kasutati kolme meetodit, nelja juba kasutusel olevat ja kahte Tartu Ülikoolis väljatöötatud derivatiseerivat reagenti ning ühe rakendusena määrati 22 aminohappe sisaldused kaheksas kodumaises taimeekstraktis. Leiti, et erinevate derivatiseerivate reagentide korral on maatriksiefektid erinevad. Maatriksiefekte põhjustasid üldjuhul proovide teised komponendid, kuid mõnel juhul ka derivatiseerimisel kasutatud abistavad ained. Leiti, et tavalisest erineva MS ioonallika (APCI) ja detekteerimisrežiimi (negatiivsete ioonide ESI) kasutamine aminohapete derivaatide analüüsimiseks võimaldab märkimisväärselt vähendada maatriksiefekte. Töö tulemused võimaldavad konkreetse analüütilise probleemi lahendamiseks valida sobiva derivatiseeriva reagendi koos vastava detekteerimisrežiimiga. Samuti aitavad töö tulemused kaasa uudsete derivatiseerivate reagentide arendamisele ja disainile