Sirvi Kuupäev , alustades "2017-11-14" järgi

Filtreeri tulemusi aasta või kuu järgi

Nüüd näidatakse 1 - 3 3

The influence of AIRE on gene expression – studies of transcriptional regulatory mechanisms in cell culture systems
(2017-11-14) Saare, Mario; Peterson, Pärt, juhendaja; Rebane, Ana, juhendaja; Tartu Ülikool. Meditsiiniteaduste valdkond
Probleemi kirjaldus. Immuunsüsteemi põhiline ülesanne on võidelda haigustekitajatega, mis üritavad tungida organismi, et seda kahjustada. Samaväärselt oluline on immuunsüsteemi võime hoiduda kehaomaste või väljastpoolt tulevate kahjutute molekulide vastu suunatud immuunreaktsioonist. Seda nähtust nimetatakse immuuntolerantsuseks. Immuuntolerantsuse kujunemisel on suur roll harknäärmel, mis vastutab kehaomaste valkude suhtes tundlike T-rakkude kõrvaldamise eest. Suuresti sõltub see protsess ühest valgust nimega autoimmuunsuse regulaator (AIRE). AIRE olemasolul avalduvad harknäärmes kehaomased valgud, mis viiakse kokku arenevate T-rakkudega. T-rakk, millel tekib tugev reaktsioon nende valkude suhtes, sureb enne, kui jõuab harknäärmest lahkuda. Kui harknäärmes puudub AIRE, jäävad ohtlikud T-rakud ellu, siirduvad vere- ning lümfiringe kaudu teistesse kudedesse ja vallandavad autoimmuunrünnaku, mis hävitab koe, põhjustades seeläbi raskeid haiguseid. Tulemus ja kasutegur. Käesolevas doktoritöös uurisime, kuidas mõjutab AIRE funktsiooni see, kui valgule lisada biokeemilisel viisil atsetüülrühmasid. Leidsime, et muutuvad AIRE paiknemine rakutuumas, valgu stabiilsus ning võime aktiveerida kehaomaste valkude avaldumist. Lisaks analüüsisime AIRE valgus esinevat mutatsiooni, mis põhjustab inimestel AIRE-puudulikkusest tingitud autoimmuunhaigust. Selgus, et mutatsioon lõhub AIRE valgu struktuuri ning kuigi AIRE on rakus olemas, ei pääse ta rakutuuma, et kehaomaste valkude avaldumist aktiveerida. Doktoritöö viimases osas keskendusime muutustele genoomi struktuuris, mis kaasnevad AIRE poolt aktiveeritud kehaomaste valkude avaldumisega. Avastasime vastupidiselt ootustele, et muutused toimuvad kehaomaste valkude geenidest kaugel olevates genoomiosades, viidates sellele, et AIRE-l on seni teadaolevast palju laialdasem mõju genoomi ülesehitusele. Kokkuvõtvalt, uurides AIRE valku mõjutavaid tegureid ning AIRE enda toimet genoomi struktuurile, suudame paremini mõista immuuntolerantsuse ning autoimmuunhaiguste tekkemehhanisme.
Dissecting the mechanism of enzymatic degradation of cellulose using low molecular weight model substrates
(2017-11-14) Jalak, Jürgen; Väljamäe, Priit, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Tselluloos on vees lahustumatu biopolümeer, mis koosneb lineaarsetest ahelatest, kus glükoosi jäägid on omavahel ühendatud glükosiidsete sidemetega. Looduses on tselluloos oluline energia- ja süsinikuallikas mitmetele baketri- ja seeneliikidele. Tselluloosi lagundamiseks kasutavad need organismid komplekti erinevatest hüdrolüütilisest ja oksüdatiivsetest ensüümidest, mida kokkuvõtvalt nimetatakse tsellulolüütiliseks süsteemiks. Kõige olulisemad komponendid tsellulolüütilistes süsteemides on tsellobiohüdrolaasid. Neid ensüüme iseloomustab protsessiivsus, see tähendab, et olles seostunud tselluloosiahelale need ensüümid hüdrolüüsivad glükosiidsidemeid järjest edasi liikudes ilma vahepeal dissotsieerumata. Pehmemädanikseen Trichoderma reesei on üks paremini uuritud tselluloosi lagundav organism. Ehkki Trichoderma reesei tsellulaase on uuritud aastakümneid, ei mõisteta tselluloosi hüdrolüüsi lõplikult tänini. Tsellulaasidele ei ole suudetud üheselt määratleda klassikalises ensümoloogias laialdaselt kasutatavat kineetilist parameetrit katalüütiline konstant kcat. Raskused katalüütilise konstandi määramisel on tingitud ühelt poolt substraadist – tselluloos on vees lahustumatu ning sellest tulenevalt ei jaotu ruumis ühtlaselt. Teiselt poolt on see tingitud ensüümist – tsellulaasid on võimelised seostuma tselluloosiga nii produktiivselt kui ka mitteproduktiivselt. Samuti on teada, et tselluloosi hüdrolüüs tsellobiohüdrolaasidega ei järgi klassikalist Michaelis Menteni kineetikat vaid hüdrolüüsi kiirus langeb ajas järsult. Käesolevas doktoritöös töötati välja meetod ensümaatilise tselluloosi hüdrolüüsi katalüütilise konstandi määramiseks. Meetod põhineb mudelsubstraadi hüdrolüüsil ning võimaldab eristada produktiivselt seostunud ensüümi mitteproduktiivsest. Samuti võimaldab see meetod jälgida produktiivselt seostunud ensüümi osakaalu hüdrolüüsi kulgedes ning uurida näiliste kineetiliste parameetrite muutumist ajas. Püstitatud hüpoteesi kohaselt on tsellobiohüdrolaaside kiiruse langus tingitud ensüümimolekulide „kinni jäämisest“ tselluloosi pinnale. Protsessiivsed tsellobiohüdrolaasid liiguvad mööda tselluloosi ahelat kuni nende teele jääb takistus ning nende liikumine peatub. Kuna tsellobiohüdrolaaside dissotsiatsiooni kiirus on madal jäävad ensüümimolekulid takistuse taha pidama ning mitteproduktiivselt seostunud ensüümi oskaal suureneb. Tsellobiohüdrolaaside aktiivsust saab tõsta, kui soodustada mitteproduktiivselt seostunud ensüümide dissotsiatsiooni. Saadud tulemused annavad eelduse tootmaks paremaid ensüümisegusid tselluloosi tööstuslikuks hüdrolüüsiks.
Cardiovascular and metabolomic profiling of osteoarthritis
(2017-11-14) Tootsi, Kaspar; Märtson, Aare, juhendaja; Kals, Jaak, juhendaja; Zilmer, Mihkel, juhendaja; Tartu Ülikool. Meditsiiniteaduste valdkond
Osteoartroos on krooniline liigeshaigus, mis haarab sagedamini käe-, põlve-, puusa- ja lülisamba liigeseid ning põhjustab valu ja liigesliikuvuse piiratust. Osteoartroosiga patsientide arv on suur ning tegemist on kõige kiiremini kasvava liigeshaiguse patsiendigrupiga. Tänaseni puudub haiguse tekkemehhanismidest piisav arusaam, et efektiivselt pidurdada haiguse kulgu. Osteoartroosi on pikalt peetud kõhre mehhaanilisest kulumisest tingitud haiguseks, aga viimastel aastatel on ilmnenud üha rohkem tõendeid, et haiguse arengus mängivad olulist rolli süsteemne alaäge põletik, muutused ainevahetuses ja arterite jäikuses. Osteoartroosiga patsientidel on leitud kõrgem südame- ja veresoonkonna haiguste risk, kuid täpsemad mehhanismid selle võimaliku seose taga on teadmata. Selle doktoritöö eesmärgiks oli selgitada osteoartroosi ja arterite funktsiooni ning oksüdatiivse stressi ja ainevahetushäirete (sh metaboolse sündroomi) vahelisi seoseid. Lisaks oli eesmärgiks kirjeldada osteoartroosi lipiidide ainevahetusega seotud madalmolekulaarsete ühendite profiili. Selle doktoritöö raames läbiviidud uuringusse kaasati 70 lõppstaadiumis osteoartroosiga patsienti Tartu Ülikooli Kliinikumi ortopeedia osakonnast ning kontrollgruppi 82 ilma osteoartroosita uuritavat Tartumaa perearstide nimistutest. Arterite jäikuse mõõtmised tehti Endoteeli Keskuses ning biokeemiliste markerite mõõtmised TÜ Kliinikumi ühendlaboris ning bio- ja siirdemeditsiini instituudi biokeemia osakonnas. Töö tulemusena leidsime uudse seose aordi jäikuse ja osteoartroosi raskusastme vahel. Osteoartroosiga patsientide arterid olid võrreldes kontrollgrupi liikmete arteritega jäigenenud. Lisaks leidsime, et osteoartroosi korral esineb organismis kõrgem oksüdatiivse stressi tase, mis on seotud ka osteoartroosi raskusastmega. Kirjeldasime, et osteoartroosi korral esinevad lipiidide ainevahetuse häired, mis on seotud arterite funktsiooniga ja aitavad selgitada osteoartroosi ning südame- ja veresoonkonnahaiguste vahelist seost. Selle uuringu tulemusena tuvastatud seosed osteoartroosi ja lipiidide ainevahetuse, oksüdatiivse stressi ja arterite funktsiooni vahel võivad tulevikus aidata välja töötada uusi ründepunkte osteoartroosi ravimisel.