Sirvi Kuupäev , alustades "2018-06-14" järgi

Filtreeri tulemusi aasta või kuu järgi

Nüüd näidatakse 1 - 4 4

Juunikuul on päris erinevad palged
(Maaleht, 2018-06-14) Kallis, A.
K-mer based methods for the identification of bacteria and plasmids
(2018-06-14) Roosaare, Märt; Remm, Maido, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Mikroorganismid on Maad asustanud juba miljardeid aastaid ning neid leidub peaaegu kõikjal. Isegi meie oleme nendega lahutamatult seotud – baktereid elab nii meie nahal kui ka soolestikus. Osad bakteritest võivad aga olla patogeensed ja põhjustada haigusi. Näiteks oli keskajal suure hulga elanikkonnast tapnud Musta Surma põhjustajaks katkubakter Yersinia pestis. Tänapäeval aitavad meid bakterite vastu antibiootikumid, kuid järjest suurem probleem on antibiootikumiresistentsuse laialdane levik. Sellele aitavad kaasa plasmiidid – bakterites olevad DNA järjestused, mis on bakteri enda kromosoomist eraldiseisvad ning mida bakterid võivad kiirelt üksteisele edasi anda. Käesoleva doktoritöö eesmärgiks oli luua bakterite ja plasmiidide tuvastamiseks meetodid, mis võimaldaksid töötada sekveneerimiskeskuste poolt toodetud toorandmetega. Ülesande lahendamiseks otsustasime kasutada k-meeridel põhinevat analüüsi. K-meer tähistab lühikest DNA juppi pikkusega k nukleotiidi. Pikema DNA järjestuse, näiteks bakterigenoomi, saab jagada lühemateks k-meerideks ning vaadelda seda kui k-meeride kogumit. Sellise lähenemise eeliseks on sõltumatus lugemi pikkusest – kõik lugemid sisaldavad k-meere ning analüüsides k-meeride hulki, on võimalik määrata algse proovi koostis. StrainSeeker on meie töögrupis loodud programm bakteritüvede määramiseks. Me arendasime välja uudse algoritmi, mis näitab proovis esineva bakteri eeldatavat asukohta kasutaja poolt ette antaval fülogeneetilisel puul. Lõime ka visuaalse kasutajaliidesega veebiserveri. Plasmiidide tuvastamiseks eeldasime, et plasmiidide arv bakteri rakus on tavaliselt suurem bakteri kromosoomi omast, seega võiks ka plasmiidi k-meeride keskmine esinemissagedus olla suurem kui bakteri kromosoomi k-meeride puhul. Me testisime oma programmi, mis sai nimeks PlasmidSeeker, nii simuleeritud kui ka reaalsete bakteri täisgenoomi sekveneerimisandmestikega, millede puhul oli teada proovide tegelik koostis. PlasmidSeeker leidis üles kõik proovides olnud plasmiidid ning määras täpselt ka nende koopiaarvu. Kokkuvõttes oleme oma tööga andnud panuse arvutuslikku mikrobioloogiasse, luues uued võimalused bakteriaalsete proovide analüüsiks.
Neurodevelopmental approach in the study of the function of Wfs1 and Lsamp, potential targets in the regulation of emotional behaviour
(2018-06-14) Tekko, Triin; Lilleväli, Kersti, juhendaja; Vasar, Eero, juhendaja; Palm, Kaia, juhendaja; Tartu Ülikool. Meditsiiniteaduste valdkond
Psühhiaatriliste häirete kujunemises mängib olulist rolli aju areng. Geenid, mis osalevad emotsioonidega seotud ajupiirkondade arengus ja funktsioneerimises, on olulised psühhiaatriliste häirete seisukohalt. Wfs1 ja Lsamp geenid osalevad hirmu- ja ärevuskäitumise regulatsioonis. Wfs1 (Wolframi sündroom 1), nagu nimigi ütleb, on seotud samanimelise haruldase sündroomiga, mille sümptomid on diabetes insipidus, diabetes mellitus, nägemisnärvi kärbumine ja sensorineuraalne kurtus, sageli kaasnevad ka psühhiaatrilised häired. Wfs1 valk mängib olulist rolli insuliini sekretsioonis ja pankrease β-rakkude ellujäämise tagamises, selle funktsioonist ajus on vähem teada. Lsamp (limbilise süsteemiga seotud membraanivalk) osaleb neuriitide väljakasvu, aksonite sihtmärgini jõudmise ja sünaptogeneesi reguleerimises. Lsamp geenil on kaks evolutsiooniliselt konserveerunud alternatiivset esimest eksonit koos eraldi promootoritega, sellise struktuuri funktsionaalne tähtsus on teadmata. Nii Wfs1 kui Lsamp geeni puhul on näidatud kindlate alleelide seotust meeleolu- ja ärevushäirete, skisofreenia ja suitsidaalsusega. Enda doktoritöös uurisin Wfs1 ja Lsamp`i funktsiooni arengulisest vaatevinklist. Selgus, et Wfs1 ekspressioon on evolutsiooniliselt konserveerunud dopamiinergilist sisendit saavates ajupiirkondades, ning et Wfs1 suhtes puudulike hiirte hipokampuses on D1-tüüpi dopamiini retseptorite hulk suurenenud. Arengu käigus ekspresseerus Wfs1 ajutiselt paljudes ajupiirkondades; see laialdane ekspressioon polnud seotud arengulise endoplasmaatilise retiikulumi stressi vastuse regulatsiooniga, mis on üks Wfs1 põhilisi funktsioone täiskasvanud organismis. Lsamp`i puhul näitasime, et selle alternatiivsed promootorid on aktiivsed erinevate funktsioonidega ajupiirkondades: 1a-promootor on põhiline limbilises süsteemis, samas kui 1b-promootori aktiivsus piiritleb sensoorseid juhteteid. Lsamp`i promootorite aktiivsus hiirte hipokampuses, ventraalses striatumis ja temporaalsagaras korreleerus sotsiaalse- ja ärevusega seotud käitumise näitajatega. Saadud tulemused aitavad paremini mõista Wfs1 ja Lsamp`i rolli psühhiaatriliste häirete väljakujunemises ning näitavad suunda edasisteks uuringuteks.
Crystal structure-guided development of bisubstrate-analogue inhibitors of mitotic protein kinase Haspin
(2018-06-14) Kestav, Katrin; Lavõgina, Darja, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Rakujagunemine (sh mitoos) on ülitäpselt reguleeritud teatud ensüümide – proteiinkinaaside – koostöö poolt. Rakutsükli regulatsioonis oluliste proteiinkinaaside aktiivsuse muutumisel võivad rakud hakata kontrollimatult jagunema ning tagajärjeks on erinevate haiguste teke, millest tuntuimad on vähkkasvajad. Sellest lähtuvalt püütakse arendada ühendeid (inhibiitoreid), mis suudaksid kontrollida proteiinkinaaside aktiivsust ning oleksid kasutatavad vähivastaste ravimitena. Paralleelselt ravimiarendusega on oluline välja töötada lihtsasti kasutatavaid, kiireid ning täpseid diagnostilisi vahendeid, mis võimaldaksid määrata proteiinkinaaside kui biomarkerite hulka eri kudedes, sh kehavedelikes, ning seeläbi diagnoosida haigusi juba võimalikult varajases etapis. Proteiinkinaas kui ensüüm on ruumiline molekul, milles paiknevad teatud keemilise koostise ja kujuga „taskud“, kuhu saavad seostuda erinevad ühendid (sh inhibiitorid). Inhibiitorite disainil soovitakse konstrueerida sobiva kujuga ühend, mis sobituks võimalikult täpselt ensüümil oleva(te)sse „tasku(te)sse“. Selle tulemusel on võimalik saada kõrge: • afiinsusegasega (st tugeva seostumisvõimega just temale mõeldud „taskusse“, kusjuures mida täpsemalt ühend „taskusse“ paigutub, seda kauem ta seal püsib ja seda suurem on mõju) ja • selektiivsusega ühendeid (tunneb teiste seast ära just temale mõeldud „tasku“; siinjuures vajab ära märkimist, et inimorganismis on kokku 538 erinevat proteiinkinaasi). Antud uurimistöös võeti sihtmärgiks proteiinkinaas Haspin, mida on suhteliselt vähe uuritud, kuid on näidatud tema olulisus rakujagunemise regulatsioonis. Doktoritöö käigus arendati bisubstraatseid inhibiitoreid Haspinile, mille puhul ühendati linkeriga kaks erinevat Haspiniga seostuvat fragmenti (omavad ensüümil erinevaid „taskuid“ seostumiseks). Töö kõige silmapaistvamaks tulemiks on väga kõrge afiinsusega ning selektiivsusega (võrreldes teiste proteiinkinaasidega) Haspinile suunatud bisubstraatsed inhibiitorid. Lisaks sellele suudavad uudsed ühendid olla Haspiniga seotud mitmeid tunde, pikendades seeläbi oma mõju ensüümi aktiivsusele. Arendatud ühendite väljundiks on nende kasutamine Haspini signaaliradade uurimisel ja mõjutamisel ning Haspini kui potentsiaalse biomarkeri määramisel diagnostikas.