Sirvi Kuupäev , alustades "2019-05-09" järgi

Filtreeri tulemusi aasta või kuu järgi

Nüüd näidatakse 1 - 2 2

Risk scores and their predictive ability for common complex diseases
(2019-05-09) Läll, Kristi; Fischer, Krista, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Genotüpiseerimise ja sekveneerimisega seotud tehnoloogiate odavnemine on plahvatuslikult kasvatanud geneetiliste andmete hulka, võimaldades nende ja olemasolevate fenotüübiliste andmete kombineerimisel paljude tunnuste ning haiguste geneetilist tausta uurida. Kõige uuritumad geneetilise varieeruvuse allikad on ühenukleotiidilised polümorfismid (SNPd). Enamasti on sagedaste SNPide mõjud tunnustele üsna väikesed ning seetõttu on nad eraldiseisvana väikese prognoosivõimega. Seevastu paljude SNPide efektide kokku kombineerimisel saadav tunnus, mida nimetatakse geneetiliseks riskiskooriks, on mitmete komplekshaiguste prognoosimisel osutunud väga väärtuslikuks. Töö raames tutvustatakse topeltkaalumise meetodit, mis kaasab geneetilisse riskiskoori korraga paljusid vähekorreleeritud SNPe olemasolevast ülegenoomsest uuringust (GWAS). Antud metoodikat rakendatakse nii simulatsioonides kui ka Eesti Geenivaramu (EGV) andmetel, et iseloomustada selle töötavust erinevate haiguste korral ning võrrelda seda eelnevalt kasutatud lihtsamate meetoditega. Samuti uuriti, kas ja kuidas on geneetiliste riskiskooride prognoosimisvõime seotud sellega, millisest GWASist SNPide kaalud võetakse. Ilmnes, et erinevate GWASide põhjal tehtud geneetilised riskiskoorid samale haigusele ei pruugi olla üksteisega eriti korreleeritud ning seetõttu sõltub konkreetse isiku jaoks geneetilise eelsoodumuse hindamine vaadeldavast geneetilisest riskiskoorist ega ole seega üheselt määratud. Veel uuriti, kuidas geneetiliste riskiskooride jaotus käitub erinevates etnilistes populatsioonides. Leiti, et geneetiliste riskiskooride jaotus sõltub uuritavate populatsioonide geneetilisest struktuurist ning seetõttu ei saa geneetilise riskiskoori abil geneetilist eelsoodumust määrata populatsioonistruktuuri arvesse võtmata. Viimaks uuriti kolme tuntud mittegeneetilist riskiskoori ja nende prognoosivõimet kardiovaskulaarhaiguste jaoks EGV andmetes. Kaks riskiskoori olid Eesti andmetes hästi kalibreeritud, kuid kõige uuem ja keerulisema algoritmiga neist (QRISK2) alahindas tekkivate juhtude arvu. Samuti selgus, et antud mittegeneetiliste skooridega kaasas käivate ravijuhiste järgi tuleks pea pooltele keskealistele meestele ning veerandile keskealistele naistele, kes uuringus osalesid, soovitada kolesterooli alandavate ravimite manustamist südameveresoonkonna haiguste riski vähendamiseks.
The influence of coinfections and host genetic factor on the susceptibility to HIV infection among people who inject drugs
(2019-05-09) Jõgeda, Ene-Ly; Lutsar, Irja, juhendaja; Huik, Kristi, kaasjuhendaja; Tartu Ülikool. Meditsiiniteaduste valdkond
Parenteraalne ülekanne on kõige efektiivsem HIV-i ülekandetee. Sellest lähtuvalt peetakse süstivaid narkomaane (SN) üheks kõige haavatavamaks grupiks. SN-de seas läbi viidud uuringud on paljastanud mitmeid isikuid, kes riskikäitumisele vaatamata ei nakatu HIV-ga. Lisaks geneetilistele polümorfismidele võivad HIV-i nakatumist mõjutada ka kaasuvad infektsioonid, mis suurendavad immuunsüsteemi koormust ja võivad seeläbi mõjutada organismi vastuvõtlikkust. Mõned viirused, nt inimese T-lümfotroopne viirus (HTLV) ja inimese pegiviirus (HPgV), avaldavad HIV-le inimese seisukohast kasulikku mõju. Käesoleva uurimustöö eesmärgiks oli HIV-ga kaasuvate infektsioonide (HTLV-1/2, HPgV) ja interferoon-lambda-4 (IFNλ4) geenis paikneva polümorfismi kirjeldamine ning nende mõju hindamine HIV-i nakatumisele. Selleks kaasati 345 SN-i, kontrollgruppidena kasutati terveid vabatahtlikke ja veredoonoreid. HTLV-1/2 määramisel tuvastasime ühe HTLV-2 positiivse SN-i, teised olid HTLV-1/2 negatiivsed. Kõik terved vabatahtlikud olid HTLV-1/2 negatiivsed. HPgV vireemiat esines kolmandikul SN-del, kuid antikehade esinemine oli oluliselt harvem. Tervete vabatahtlike seas oli HPgV vireemia viis korda madalama sagedusega, kuid antikehade sagedus oli sarnane SN-dega (vastavalt 1,7% ja 2,3%). Kõrge HPgV vireemia SN-de seas võib osaliselt tuleneda nende riskikäitumisest, aga ka HIV-i ja teiste infektsioonide poolt tekitatud immuunsüsteemi kahjustustest, mille tulemusena ei suudeta HPgV-st vabaneda ning infektsioon muutub krooniliseks. Madal HPgV antikehade tase võib tuleneda HPgV iseärasustest – vireemiale ei järgne alati antikehade teke ja tekkinud antikehad võivad kaduda. IFNλ4 rs12979860 puhul ei leidnud me seoseid rs12979860 genotüüpide ja HCV-ga nakatumise vahel. Samas, rs12979860 TT genotüübi kandjatel olid ligi kaks korda suuremad šansid olla HIV positiivne. Interaktsioonanalüüs näitas, et TT genotüübi avaldatud mõju vähenes süstimisaja kasvades. Kokkuvõttes on HTLV-1/2 väga harva esinev, mistõttu pole rutiinne testimine HTLV-1/2 suhtes tõenäoliselt kulutõhus. Samas on HPgV SN-de seas sage ning võib mõjutada HIV-i kulgu siin piirkonnas. IFNλ4 rs12979860 mõjutab küll HIV-i nakatumist, kuid jätkuv riskikäitumine vähendab antud polümorfismi mõju suurust.