Sirvi Kuupäev , alustades "2022-05-06" järgi

Filtreeri tulemusi aasta või kuu järgi

Nüüd näidatakse 1 - 2 2

Extracellular vesicle mediated embryo-maternal communication – a tool for evaluating functional competency of pre-implantation embryos
(2022-05-06) Godakumara, Kasun; Fazeli, Alireza, juhendaja; Jaakma, Ülle, juhendaja; Salumets, Andres, juhendaja; Tartu Ülikool. Meditsiiniteaduste valdkond
Viljatus on ülemaailmne probleem, mis vaevab hinnanguliselt 15% paaridest. Viljatuse raviks kasutatakse kunstliku viljastamist, mis aitab mitmetel paaridel rasestuda. Abistatud reprodiuktiivtehnoloogia metoodikate valik on mitmekesine, kuid kõige kasutatavam on in vitro viljastamine (IVF). Alates 1970-ndatest on abistatud reproduktsioonitehnoloogia märgatavalt arenenud ja aidanud ilmale tuua miljoneid lapsi. Sellest hoolimata on IVF-i edukus alla 40%. Edutu implantatsioon on ebaõnnestunud embrüo siirdamise peamine põhjus 2/3 juhtudest. Nidatsioon on inimese paljunemise üks olulisemaid etappe, kus embrüo kinnitub endomeetriumi. Selleks peab aga endomeetriumis toimuma mitmed muutused. Üheks endomeetriumi muutuste vallandajaks peetakse embrüo ja endomeetriumi vahelist suhtlust. Mitmete rakkudevaheliste suhtluste meetodite hulgas on rakuvälised ehk ekstratsellulaarsed vesiikulid (EV) üks olulisim transportmehhanism. EV on nanoosakesed, mis sisaldavad mitmeid bioloogiliselt aktiivseid molekule. Neid molekule viivad EV ühest rakust teise. Doktoritöös uuriti inimese ja veise embrüonaalse RNA, peamiselt mittekodeeriva RNA, ülekandumist endomeetriumi rakkudelt eralduvatest EV-dest. Embrüo RNA märgistamisega kinnitati, et embrüonaalne RNA kandub endomeetriumi rakkudesse. Selline rakkudevaheline suhtlus muutis endomeetriumi rakkude vastuvõtlikkust embrüo implantatsiooniks, millega tõestati et embrüo EV võivad märkimisväärselt muuta endomeetriumi rakkude talitlust nii inimesel kui ka veisel. Kunstlikus viljastamises on üha populaarsem siirata vaid üks parima kvaliteediga embrüo, kuid hindamismeetodid embrüo valimiseks on puudulikud. Antud doktoritöös leiti, et endomeetriumi rakkudes (eriti endomeetriumi transkriptoomis) toimunud muutused olid seoses embrüo kvaliteediga. Seda tulemust embrüo-emaka suhtluses saab teoreetiliselt kvantifitseerida ja kasutada mitteinvasiivse meetodina hindamaks embrüo kvaliteedi, mis parendaks viljatuse ravi edukust ja vähendaks patsientide kannatusi.
Developing computational methods and workflows for targeted and whole-genome sequencing based non-invasive prenatal testing
(2022-05-06) Teder, Hindrek; Palta, Priit, juhendaja; Krjutškov, Kaarel, juhendaja; Salumets, Andres, juhendaja; Tartu Ülikool. Meditsiiniteaduste valdkond
Loote sõeluuring võimaldab avastada lootel esinevaid arenguhäireid ja sagedasemaid kromosoomhaiguseid, nagu näiteks Down’i, Edwards’i ja Patau sündroom. Varajane teave lootel esineva kromosoomhaiguse kohta võimaldab langetada informeeritud otsust raseduse jätkamise osas ning aitab tulevasi vanemaid paremini ette valmistada. Tavapärane loote sõeluuring sisaldab loote ultraheli uuringut ja vereseerumi analüüsi, mille abil tuvastatakse enamik kromosoomhaigusega loodetest. Lõpliku diagnoosi saamiseks suunatakse kõrge riski saanud patsient edasi invasiivsele protseduurile. Eelnimetatud sõeluuringute puuduseks on arvestatav valepositiivsete hulk, mistõttu enamik positiivse testitulemuse saanud patsientidest kannab täiesti tervet loodet. Sõeluuringule järgnev invasiivne protseduur on neil juhtudel ebavajalik, põhjustab rasedatele asjatut stressi ning sellega võib kaasneda suurenenud oht raseduse katkemiseks. Antud doktoritöö keskseks teemaks on mitte-invasiivne sünnieelne testimine (NIPT), mis põhineb ema veres leiduva loote päritolu rakuvaba DNA analüüsil. Võrreldes eelmainitud traditsionaalsete sõeluuringu meetoditega, on NIPT oluliselt sensitiivsem ja spetsiifilisem sagedamini esinevate kromosoomihäirete avastamiseks. Doktoritöö raames arendati välja TAC-seq põhine analüüsi töövoog, mida rakendati 21. kromosoom trisoomia tuvastamiseks. Lisaks töötati välja NIPT analüüsiraamistik, mis kasutab erinevaid masinõppe metoodikaid loote trisoomia määramiseks rakuvaba DNA-st. Niisamuti viidi Eesti rasedate kohordil läbi NIPT metoodika validatsiooni uuring, milles rakendati ülegenoomsel sekveneerimisel põhinevat töövoogu sagedamate loote kromosoomihäirete määramiseks. Üldiselt on nii suunatud kui ka ülegenoomsel NIPT meetoditel muutnud rasedate sõeluuring varasemast veel täpsemaks. Kui suunatud sekveneerimise suureks eeliseks on kulutõhusus, siis ülegenoomne lähenemine tuvastab valimatult kõikvõimalikke geneetilisi aberratsioone üle kogu genoomi.