Sirvi Märksõna "extracellular vesicles" järgi

Nüüd näidatakse 1 - 8 8

listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Characterization of the maternal reproductive tract and spermatozoa communication during periconception period via extracellular vesicles
(2023-07-17) Reshi, Qurat Ul Ain; Fazeli, Alireza, juhendaja; Jaakma, Ülle, juhendaja; Salumets, Andres, juhendaja; Tartu Ülikool. Meditsiiniteaduste valdkond
Naiste viljatus võib olla tingitud mitmetest teguritest, mida laialdaselt jagatakse eostamiseelseteks ja -järgseteks probleemideks. Munajuha mängib võtmerolli eostamiseelse keskkonna loomisel, millel on osa sugurakkude edukal transpordil, meessugurakkude küpsemisel, viljastumisel ja varajases embrüoarengus. Olgugi, et mitmed olulised sündmused edukaks raseduseks leiavad aset munajuhas, on teave munajuha eostamiseelsest miljööst puudulik. Hoolimata, et tehtud on märkimisväärseid edusamme kunstliku viljastamise tehnoloogias (ART) alates sellest, kui teostati esimene edukas rasedus in vitro viljastamisega (IVF) 1978 aastal, ei ole ART-i abil rasestumine alati garanteeritud ja paljud paarid peavad lapse saamiseks läbima mitu kuntsliku viljastamise ravikuuri. Lisaks ligikaudu 30% paaridest, kellel on diagnoositud viljatus. Mitmed uuringud on kirjeldanud spermatosoidide mõjust munajuha genoomse ja proteoomilsele profiilile. Nende muutuste tekkimiseks on vaja sobilikku täpset rakkudevahelist suhtlust, mille üheks viisiks on rakkudel kasutada sõnumitoojatena ekstratsellulaarseid ehk rakkudevahelisi vesiikuleid (EV). Munajuha epiteelrakkude EV-d mängivad olulist rolli spermatosoidide liikuvuse, elujõulisuse ja transpordi toetamisel. Omakorda munajuha transkriptoomi mõjutavad follikulaarse vedeliku (FF) EV-d, mis satuvad munajuhasse munaraku vabanemisel folliikulist. Sellest järeldub, et eksisteerib kahepoolne dialoog spermatosoidide ja munajuha ning EV-de vahel, mis võib mängida olulist rolli rakkudevahelises suhtluses. Selles projektis uuriti spermatosoidide ja munajuha epiteelrakkude võimet suhelda ja muuta munajuha geeniekspressiooni ilma otsekontaktita. Edasi uuriti milliseid munajuha EV-de sisu muutusi põhjustasid spermatosoidid. Lisaks analüüsiti FF EV-de erinevate kontsentratsioonide mõju spermatosoidide elutähtsatele funktsioonidele nagu elujõulisus, kapatsitatsiooni ja akrosomaalne reaktsioon. Kõrvalekalded normaalsest spermatosoidide, munajuha ja FF ning nende EV-de suhtluses võib olla üks viljatuse põhjus. Sellise suhtluse edasised uuringud on vajalikud, pakkudes potentsiaalselt võimalust leida aspekte tõstmaks ART-põhist viljatusravi tõhusust, eriti tuvastamata põhjusega viljatuse korral.
listelement.badge.access-status Embargo ,
Diagnostic potential of extracellular vesicles in sepsis: identification of biomarkers through nanoflow cytometry analysis
(Tartu Ülikool, 2024) Tolokonnikova, Luiza; Chahwan, Richard, juhendaja; Yim, Kevin, juhendaja; Kurg, Reet, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
This thesis investigates the diagnostic potential of extracellular vesicles (EVs) in sepsis, comparing their surface protein compositions with those of healthy individuals and patients with Acute Respiratory Distress Syndrome (ARDS). Using state-of-the-art nanoflow cytometry, this study aims to identify specific EV-based biomarkers that can facilitate the early and rapid diagnosis and effective management of sepsis, offering new perspectives in the field of critical care. The study included patients with sepsis (n=18), patients with ARDS (n=18), patients with combined sepsis and ARDS (n=18), and healthy donors (n=14). Statistical analysis revealed that several of the 17 analyzed EV surface markers differed significantly between the various groups. In the sepsis group, 10 markers were differentially expressed compared to healthy donors. In the ARDS group, a total of 12 markers were differentially expressed compared to healthy donors, with most of them overlapping with the sepsis group.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Exploring the potential of a liquid biopsy approach for melanoma diagnostics and the role of extracellular vesicles in atherosclerosis development
(Tartu Ülikooli Kirjastus, 2025-01-14) Kurg, Kristiina; Kurg, Reet, juhendaja; Ustav, Mart, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Doktoritöö eesmärgiks oli kaardistada MAGE-A4 ja MAGE-A10 vastaste autoantikehade ning patsientide seerumist puhastatud rakuväliste vesiikulite potentsiaali vedelbiopsia markeritena melanoomi diagnostikas. Lisaks sellele oli eesmärgiks leida, kas müokardiinfarkti põdenud patsientide seerumist eraldatud rakuvälistel vesiikulitel on erinevad omadused kui kontrollrühma patsientidel. „Vedelbiopsia“ on lai termin, mida kasutatakse kehavedelike testimise kirjeldamiseks. Vedelbiopsia meetodeid saab kasutada biomolekulaarsete tunnuste tuvastamiseks ning saadud info võib anda märku haiguste esinemise kohta. Autoantikehad võivad olla esimesed vihjed kasvaja arengust ning avalduda märkimisväärselt varem kui ilmnevad kliinilised sümptomid. Melanoomi antigeeni geeni, MAGE, valkude superperekonna osad liikmed on kasvaja-testis antigeenid (CTA-d). Tegemist on valkudega, mis võivad kasvajate korral avalduda ja põhjustada autoantikehade teket. Ekstratsellulaarsed ehk rakuvälised vesiikulid (EV-d) on rakust pärinevad nanosuurustes osakesed, mis sisaldavad vanemrakkudest pärit bioaktiivseid komponente. Antud doktoritöö tulemused näitavad, et autoantikehi ja ekstratsellulaarseid vesiikuleid saab kasutada vedelbiopsia testides melanoomi diagnoosimiseks. Lisaks võivad ekstratsellulaarsed vesiikulid ise omada bioloogiliselt aktiivseid funktsioone erinevate haiguste, antud juhul ateroskleroosi, arengus.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Flow cytometry analysis of extracellular vesicles
(2021) Matute Perner, Paul Rihard
Extracellular vesicles (EVs) are lipid-bound particles that are released by the cells into the extracellular space. However, the nature of EVs being small, make their analysis difficult. Flow cytometry is useful tool for analyzing a sample and its use for analyzing EVs is much desired. To overcome the size limitations, bead-assisted flow cytometry provides a mean for doing so. Yet, direct EV flow cytometry could potentially produce other reliable results that the nature of bead-assisted cannot. In this thesis, we studied four different samples by applying different analysis methods, followed by direct EV flow cytometry to determine whether it is possible to detect them via this method.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Flow cytometry analysis of fluorescently-labelled extracellular vesicles
(Tartu Ülikool, 2019) Rajabli, Naila; Reinsalu, Olavi, supervisor; Kurg, Reet, supervisor
In English: In the recent decade, there was a rise of interest in extracellular vesicles (EVs) due to their potential as biomarkers and drug delivery. However, for better understanding of extracellular vesicles standardized isolation and detection protocols that would take into account their heterogeneity and small size are needed. The present thesis studies the efficiency of studying fluorescently tagged extracellular vesicles by flow cytometry and the challenges of this method. Taken together, the findings in this thesis suggest that flow cytometry has the potential to be utilized as an EVs analysis method but after all, further studies are needed for enhancing small particles detection and reading noise decreasing. Eesti keeles:Viimase kümnendi jooksul on ekstratsellulaarsete vesiikulite (EV), kui potentsiaalselt heade biomarkerite ja ravimikandjate, vastu tõusnud suur teaduslik huvi. Kuigi standartsed EV-de puhastamise ning tuvastamise meetodid, mis võimaldaksid EV-sid paremini tundmaõppida, vajavad veel väljatöötamist. Käesolevas uurimustöös hinnatakse voolutsütomeetria sobivust fluorestsentselt märgistatud EV-de analüüsimiseks ning tuuakse välja selle puudused. Kokkuvõtvalt, uurimustöö tulemuste põhjal võib väita, et voolutsütomeetria on potentsiaali olla sobiv meetod EV-de uurmiseks, kuid on vaja teostada edasisi uuringuid väikseste partiklite tuvastamise parandamiseks ning taustamüra vähendmiseks.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Towards understanding the colloidal stability and detection of extracellular vesicles
(2023-02-13) Midekessa, Getnet Balcha; Fazeli, Alireza, juhendaja; Rinken, Toonika, juhendaja; Tartu Ülikool. Meditsiiniteaduste valdkond
Ekstratsellulaarsed vesiikulid (EVd) on nanoosakesed, mida eraldavad stressiseisundis olevad rakud . Nende nanoosakeste (NP) interaktsioonides erinevate bioloogiliste süsteemidega ja mängivad olulist rolli osakeste suurus ja pinnalaeng. EVd moodustavad kolloidlahuseid ning tänu nende pinnal olevatele lipiididele ning pinnavalkudele on nad tavaliselt negatiivselt laetud. EVde uurimisel ja nende eesmärgipärasel kasutamisel on vajalik nende struktuuri ja funktsionaalsuse säilimine ning agregeerumise vältimine. Selleks on vajalik iseloomustada EVde füsikokeemilisi omadusi ning leida tingimused, mille juures säilib nii kolloidlahuste stabiilsus kui ka osakeste bioloogiline aktiivsus. Standardne metoodika selle uurimiseks seni puudub. Käesoleva doktoritöö eesmärgiks oligi uurida EVsid sisaldavate kolloilahuste stabiilsust mõjutavad tegureid, ning rakendada fluorestsentseeruvate nanoosakeste jälgimise analüüsi (fNTA) membraanset päritolu ekstratsellulaarsete vesiikulite määramiseks. EVde pindlaengut (Z-potentsiaali) mõjutavatest teguritest uuriti puhverlahuse kontsentratsiooni, detergendi, ioonse jõu ning lahuse pH mõju. Leiti, et EVde Z-potentsiaali (ZP) negatiivne väärtus väheneb puhverlahuse kontsentratsiooni suurenemisel. Samas EVde ZP negatiivne väärtus lahuse pH väärtuse suurenedes kasvab. See on seotud EVde vaheliste elektrostaatiliste tõukejõudude suurenemisega, mis suurendab ka kolloidlahuse stabiilsust. Võrreldes tervete inimeste ning psoriaasihaigete vereseerumist eraldatud EVde füüsiko-keemilisi omadusi, olulisi erinevusi ZPde väärtustes ega osakeste suurusjaotustes ei täheldatud. Töös uuriti ka lipofiilse membraanvärvi CellMask™ Green (CMG) mõju erinevatel meetoditel eraldatud EVde füüsikalistele omadustele. Uurimise all olid nii inimese kooriokartsinoomi rakkudest kui veiste follikulaarvedelikust ja seemnevedelikust pärinevate EVd. fNTA analüüsil selgus, et CMG kontsentratsiooni suurendamine mõjutas fluorestseeruvate nanoosakeste mõõdetavat suurust. Samas sõltus osakeste keskmine suurus ka EVde puhastamiseks kasutatud metoodikast. Läbiviidud uuringud näitavad EVde iseloomustamiseks kasutatavate mõõtmismetoodikate standardiseerimise vajalikkust.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Transcriptome profile of extracellular vesicles derived from the synovial fluid and blood of osteoarthritis patients
(Tartu Ülikool, 2020) Orumaa, Kristen; Reimann, Ene, juhendaja; Jaks, Viljar, juhendaja; Viil, Janeli, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Osteoarthritis (OA) is a chronic, musculoskeletal disease that affects quite a sizeable portion of the older generation. Late-stage OA has a considerable negative impact on the quality of life; however, it is very difficult to diagnose OA in the early stages. Therefore, there is a need to find new non-invasive diagnostic methods for early disease detection. Extracellular vesicles (EVs) are capable of protecting their RNA cargo during transportation and for this reason, there is a growing interest in EV-RNAs as potential biomarkers for different diseases and conditions. miRNAs have been shown to be dysregulated in the synovial fluid (SF) of OA patients and have been presented as potential biomarkers. miRNAs such as miR-146a and miR-26b have been shown to play a potential role in OA pathogenesis and have also been found to be significantly dysregulated in OA-SF. However, as there is a lack of research done on blood-EVs, further experiments need to be done in order to determine if the SF-EV profile reflects in blood-EVs
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Unveiling the characteristics of cancer-testis antigen MAGEA10
(2024-01-16) Samel, Anneli; Kurg, Reet, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Vähk on tänapäeval üks juhtivatest surmapõhjustest ning seetõttu otsitakse pidevalt efektiivsemaid ja kahjutumaid viise selle raviks. Praegu laialdaselt kasutusel olevad ravimeetodid ei erista vähkkasvajat ümbritsevatest kudedest ning seetõttu kannatavad patsiendid raskete kõrvalmõjude all. Järjest enam proovitakse leida raviviise, mis mõjuksid vaid vähirakkudele, vähendades seega oluliselt ravi kõrvalmõjusid. Immunoteraapia on üks paljulubavamaid uusi lähenemisi vähiravis ning selle juures on oluline koht vähi-testise antigeenidel. Vähi-testise antigeenid on valgud, mida kodeerivad geenid on enamikes normaalsetes kudedes vaigistatud, kuid vähirakkudes lülitatakse nende valkude tootmine taas sisse. Lisaks on vähi-testise antigeenid võimelised kehas esile kutsuma immuunvastuseid ning seega on tegemist väga heade immunoteraapia sihtmärkide kandidaatidega. Üks tuntumaid vähi-testise antigeenide perekondi on MAGEA (melanoomi-seoseline antigeen A), mille mitmed liikmed kutsuvad esile tugevaid immuunvastuseid ning mida leidub paljudes erinevates vähkkasvajates. Antud doktoritöö fookuses on valk MAGEA10, mille puhul on eelnevalt täheldatud väga tugevaid immuunvastuseid, mille tõttu saaks seda valku kasutada immunoteraapias. Uuriti lähemalt valgu erinevaid osi, mõistmaks, millised regioonid mõjutavad eri omadusi. Kinnitati, et järjestus, mis suunab valgu rakutuuma, sisaldub MAGEA10 esimeses 14-s aminohappejäägis ning esimesed 120 aminohappejääki sisaldavad endas põhjust, miks valgu arvutuslik ja katseline suurus ei ühti. Lisaks kinnitati, et MAGEA10 ja teine perekonnaliige MAGEA4 väljuvad rakust ekstratsellulaarsete vesiikulite (EV) koosseisus, kinnitudes sealjuures tugevalt osakeste pinnale. See tähendab, et MAGEA valgud saavad rakust väljudes interakteeruda rakuvälise keskkonnaga ning seetõttu saaks neid kasutada ka vähi diagnostikas. Kokkuvõttes, antud doktoritöö aitab paremini mõista MAGEA10 omadusi, lihtsustamaks selle kasutamist vähi diagnostikas ja ravis.