Sirvi Märksõna "geeniuuringud" järgi

Nüüd näidatakse 1 - 16 16

listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Autoantikehade esinemine täiskasvanutel (TÜ Eesti geenivaramu põhine uuring)
(Tartu Ülikool, 2013) Alnek, Kristi; Uibo, Raivo, juhendaja; Pisarev, Heti, juhendaja; Tartu Ülikool. Arstiteaduskond; Tartu Ülikool Tervishoiu instituut
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Communicating genomic research results to population-based biobank participants
(2016-11-04) Leitsalu, Liis; Metspalu, Andres, juhendaja; Ng, Pauline C., juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond.
Iga inimgenoomi järjestus sisaldab hinnanguliselt kümmet kuni viitkümmet tõenäoliselt patogeenset variatsiooni, millest kuni viis võivad olla kliiniliselt olulisused. Ülegenoomsete meetodite kasutamine teadustöös suurendab tõenäosust avastada nn juhuleide, mis on küll tavaliselt väljaspool konkreetse uuringu eesmärke, kuid siiski kliiniliselt olulised. Laialdane genoomiandmete genereerimine tekitab vajaduse juhiste järele, mis suunaks ja ühtlustaks juhuleidude käsitlust, vastates küsimustele - kuidas peaks ootamatult tuvastatud kliiniliselt olulise leiu puhul käituma, millistel juhtudel on uuritava isiku informeerimine õigustatud ja kuidas peaks kommunikatsioon toimuma. Seejuures tuleb arvestada teadustöö üldisi eesmärke, ressursse ning uuritavate huve ja õigusi. Tõenduspõhiste juhiste loomine eeldab avalikku arutelu, empiirilisi uuringuid huvirühmade suhtumise kaardistamiseks, samuti tagasiside meetodite analüüsi ning uuringuid juhuleidudest informeerimise mõjust osalejatele. Käesolev töö loob nende juhiste koostamise lähtealused. Töö tulemustest järeldub, et nii perearstide kui rahva seas on huvi geneetilise informatsiooni vastu. Senised juhised keskenduvad tagasiside andmisel eelkõige kliiniliselt olulistele ja sekkumistõhusatele leidudele. Perearstide hoiakud ja Geenivaramu uuritavate hinnangud geneetilise informatsiooni suhtes osutusid liberaalsemateks kui olemasolevad soovitused ja juhised. Käesolev töö lisab tõendeid, et uuritavad hindavad geneetilise informatsiooni juures lisaks kliinilistele kaalutlustele ka muid faktoreid. Töö käigus loodi meetod juhuleidude raporteerimiseks Geenivaramu doonoritele, mis on vastavuses Inimgeeniuuringute seaduse ja olemasolevate juhistega. Uuritavate vastukaja tagasiside osas oli positiivne isegi psühhiaatriliste sümptomitega seostatud ning piiratud sekkumistõhususega leidude puhul. Väljatöötatud meetod on kasutusel järgmistes Geenivaramu projektides, mis hõlmavad tagasiside andmist geenidoonoritele.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Computational and statistical methods for DNA sequencing data analysis and applications in the Estonian Biobank cohort
(2018-11-27) Kals, Mart; Fischer, Krista, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Tänapäeval võimaldavad teise põlvkonna sekveneerimisel (next-generation sequencing, NGS) põhinevad meetodid määrata inimese genoomi järjestusi suurtes kohortides. Seejuures toodetakse väga suuri andmemahtusid, mis tekitavad mitmeid väljakutseid nii informaatika kui statistika valdkonnas. TÜ Eesti Geenivaramu (TÜ EGV) on aastatel 2002-2011 kogunud enam kui 50 000 inimese geeniproovi ja käesoleval aastal lisandub veel 100 000. Praeguseks hetkeks on üle 5 500 geenidoonori DNA-d analüüsitud erinevate NGS meetoditega. Käesolevas doktoritöös on pakutud üldine raamistik TÜ EGV-s toodetud NGS-andmete töötluseks ning lisaks on uuritud, kuidas võimalikult hästi arvestada Eesti päritolu isikute geneetilist eripära. Üheks levinud NGS meetodiks on eksoomi ehk kõigi valku kodeerivate geenipiirkondade sekveneerimine, mis võimaldab efektiivselt leida harvu ja de novo geenivariante ja leiab seetõttu rakendust meditsiinigeneetikas mendeliaarsete haiguste geenimutatsioonide tuvastamisel. Doktoritöö esimeses osas on analüüsitud kolme Eesti perekonna andmeid ja kõigil kolmel juhul kindlaks tehtud potentsiaalne patogeenne mutatsioon, mis lubab tulevikus välja töötada paremaid ravimeetodeid. Samuti on läbi viidud genoomi sekveneerimisandmete analüüs kliinilise vere näitajatega. See analüüs tõi välja populatsioonipõhise biopanga eelised, mis lisaks rikkalikele genoomiandmetele sisaldab ka väärtuslikku informatsiooni erinevate haiguste ja tunnuste kohta. Uuringus tuvastati olulisi seoseid CEBPA geenivariantide ja basofiilide arvu vahel, kusjuures viimasel on roll mitmete autoimmuunhaiguste sümptomaatikas. Ülegenoomsete assotsiatsiooniuuringute võimsuse suurendamiseks kasutatakse puuduvate geenivariantide ennustamist ehk imputeerimist. Muutmaks just Eesti päritolu isikute andmeanalüüsi tõhusamaks, on kasutatud genoomi sekveneerimisandmeid eestlaste-spetsiifilise imputatsioonipaneeli loomiseks. Seejärel on imputeeritud puuduvaid geenivariante kolmel moel – kasutades nii eestlaste-spetsiifilist kui ka kahte multi-etnilist paneeli. Võrdlustulemused näitasid, et eestlaste-spetsiifilise paneeli kasutamisel õnnestub määrata rohkem parema kvaliteediga geenivariante ning loodud paneeli eelis tuleb eriti esile harvaesinevate variantide puhul.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Eesti elanike teadmised, hoiakud, kartused ja ootused personaalmeditsiini osas: uuringuaruanne kevad 2015
(2015) TNS Emor
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Embrüote aneuploidsuse siirdamiseelse testimise efektiivsus ja kulutõhusus: tervisetehnoloogia hindamise raport TTH65
(Tartu Ülikooli peremeditsiini ja rahvatervishoiu instituut, 2024) Alloja, Janika; Põld, Mariliis; Ehrenberg, Aivar; Juus, Eva; Jürisson, Mikk
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Exploring the genomics of cognitive impairment: whole-genome SNP genotyping experience in Estonian patients and general population
(2012-08-14) Männik, Katrin
Intellektipuue on raske arenguhäire, mis arenenud riikides esineb ligikaudse sagedusega 2% üldpopulatsioonist. Intellektipuude tekkepõhjused võivad olla väga erinevad ning ligi pooltel patsientidest on häire põhjus jäänud koguni teadmata. Viimastel aastatel teaduses kasutusele võetud kogu-genoomi analüüsimeetodid on näidanud, et inimgenoomis esinevad laialdaselt DNA koopiaarvu variatisoonid (CNV) - kromosoomsegmendid, mille koopiate arv on ümberkorralduse tõttu genoomis tavapärasest suurem või väiksem. On leitud, et CNV-d võivad olulisel osal patsientidest vastutada intellektipuude ja teiste kaasasündinud arenguhäirete eest ning olla riskifaktoriks erinevate komplekshaiguste kujunemisel. Samas esinevad CNV-d ka (näiliselt) tervetel inimestel, mis muudab nende kliinilise tähtsuse hindamise sageli keeruliseks ning enamuse CNV-de mõju inimese tervisele ja arengule on praegusel ajal veel ebaselge. Käesolev töö on esimene ulatuslik uurimus CNV-de haigusseoselisest rollist intellektipuudega Eesti perekondades. Kuna rea genoomsete muutuste puhul võib nende mõju haigustunnuste avaldumisele olla varieeruv, teostati CNV-de täpsema rolli analüüsimiseks sama uuring ka Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu geenidoonoritele. Töö tulemusena leiti 18 peres intellektipuuet põhjustav CNV ehk geneetiline diagnoos määrati 23% uuritud patsientidest, kellel seni oli nende haiguse põhjus teadmata. Eesti Geenivaramu geenidoonorite hulgast leiti neuropsühholoogiliste häiretega seotud CNV-d 19 indiviidil. Vastavalt Eesti Geenivaramu küsimustikule on enamus neist inimestest kannatanud aastaid erinevate tervisehäirete (näiteks tugev rasvumine, epilepsia, kõnearengu häired, depressioon, teised neuroloogilised ja psühhiaatrilised probleemid) teadmata, et nende genoomis esineb vastavate haiguste riski suurendavaid variatsioone. Samuti oli uuringuandmetel oluline roll kahe kromosoomregiooniga, 7q11.23 ja 16p11.2, seotud uute genoomsete sündroomide iseloomustamisel. Kokkuvõtlikult näitas käesolev uuring CNV-de olulist rolli neuropsühholoogiliste häirete kujunemisel ning genoomse analüüsi efektiivsust teaduses ja diagnostikas.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Geenitestid kasvajate ravivalikutes: tervisetehnoloogia hindamise raport TTH50
(Tartu, 2020) Pruks, Lona-Liisa; Paabo, Triin; Jaal, Jana; Planken, Anu; Kahre, Tiina; Kiivet, Raul-Allan; Tartu Ülikool. Peremeditsiini ja rahvatervishoiu instituut
listelement.badge.access-status Embargo ,
Geeniuuringutega kaasnevatest jäätmetest
(Türi : Tartu Ülikooli Türi kolledž, 2003) Tõns, Madli; Nurk, Allan, juhendaja; Tõns, Madis, juhendaja
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Genome-wide diagnostics of Mendelian disorders: from chromosomal microarrays to next-generation sequencing
(2017-11-13) Pajusalu, Sander; Õunap, Katrin, juhendaja; Reimand, Tiia, juhendaja; Tartu Ülikool. Meditsiiniteaduste valdkond
Haruldaste pärilike haiguste diagnostika ja ravi keskne paradigma on täpse molekulaarse haiguspõhjuse (mutatsiooni) tuvastamine igal patsiendil. See on aluseks nii patsiendi ravile, perekonna nõustamisele kui ka sünnieelsele diagnostikale. Kui traditsiooniliselt on geneetiliste haiguste diagnostika olnud võimalik vaid üksikute geenide kaupa, siis tänapäevased tehnoloogiad võimaldavad uurida kõiki enam kui 20 000 geeni korraga. Kuigi teaduses on kromosoomiuuringuteks kasutatavad mikrokiibid ja kõigi geenide järjestamist võimaldavad järgmise põlvkonna sekveneerimisanalüüsid juba ennast hästi tõestanud, on kliinilisse kasutusse rakendamisel vajalik neid metoodikaid teaduslikult analüüsida, et leida igale patsiendile parim uuringustrateegia. Käesoleva uuringuga selgitati nii kromosoomikiipidelt sageli leitud ebaselge tähendusega muutuste, homosügootsete alade, kliinilist tähendust. Näidati, et kolmandik sellistest regioonidest on patsientidel korduvad ja seega tõenäoliselt haigust mittepõhjustavad. Samuti leiti, et üksikud homosügootsed alad sisaldavad harva patsiendi haigusega seostatavat geeni, ent kui selline geen tuvastatakse, on väga tõenäoline leida sealt ka geneetilise haiguse põhjus. Teine osa doktoritööst käsitles suurte geenipaneelide sekveneerimise tulemuslikkust tavapärases kliinilises töös. Töö tulemusena selgus, et ligi 5000 pärilike haigustega seostatud geeni paneeli uuringu tulemuslikkus on võrreldav kõikide geenide ehk eksoomi analüüsiga. Uuringusse kaasatud 501 patsiendist leiti kindel geneetiline haiguspõhjus 132-l (26%). Ligi pooled muutused olid varem kirjeldamata. Doktoritöö viimases osas käsitleti kahte haigusjuhtu. Esiteks kirjeldati maailmas teist korda KPTN geeni mutatsioone intellektipuude põhjusena. Teine haigusjuht, kus lihashaigust põdeva poisi haiguspõhjusena tuvastati uudne MYH7 geeni defekt, laiendas MYH7-seoseliste lihashaiguste teadaolevat kliinilist ja geneetilist spektrit.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Human genome studies with k-mer frequencies
(Tartu Ülikooli Kirjastus, 2025-07-11) Puurand, Tarmo; Maido Remm, juhendaja; Kaplinski, Lauris, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Inimese genoom on keeruline ja pidevas muutumises – seal toimuvad mutatsioonid kogu aeg. Kuigi genoomi uurimine oli veel 25 aastat tagasi aeglane ja kallis, on tehnoloogia areng toonud kaasa suure läbimurde. Varem kasutati peamiselt DNA mikrokiipe, mis tuvastasid üheaegselt üksikuid muutusi ehk SNP-sid. Tänapäeval saab järjestada terve genoomi ja analüüsida miljardeid andmepunkte korraga. Selles töös kasutati uudset lähenemist, mis põhineb nn k-meride analüüsil. K-merid on lühikesed DNA lõigud (25 tähte), mille esinemissagedust saab arvutada ilma kõigi ühe inimese järjestusi eelnevalt ajakulukalt standardiga võrdlemata. See teeb andmetöötluse kiiremaks ja võimaldab tuvastada ka selliseid muutusi, mida varasemad meetodid ei näinud – eriti korduvates või tehniliselt keerulistes piirkondades. Töö üks olulisemaid uuendusi on Y-kromosoomi põlvnevusgruppide määramine väga väikese DNA koguse põhjal. Kui tavaliselt vajatakse usaldusväärseks analüüsiks 20-kordset kordust üle andmete, siis siin kasutati vähem kui 1% juhuslikku osa genoomist. See oli võimalik tänu korduvatele DNA järjestustele Y-kromosoomis, mida varem peeti analüüsimiseks liiga keeruliseks. Uuringus käsitletud meetod kasutab neid kordusi omamoodi loodusliku "võimendusena", nagu DNA paljundamine laboris. Aja jooksul on need piirkonnad kogunud unikaalseid muutusi, mis aitavad määrata inimese isaliini ehk haplogruppi. See tehnoloogiline lähenemine – k-meride sagedusel põhinev, joondusvaba ja suure ulatusega – avab uusi võimalusi genoomi uurimisel, eriti olukordades, kus andmeid on vähe või kus traditsioonilised meetodid jäävad hätta.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Hyperphenylalaninaemias and neurophysiological disorders associated with the condition
(2020-04-06) Lilleväli, Hardo; Õunap, Katrin, juhendaja; Lilleväli, Kersti, juhendaja; Tartu Ülikool. Meditsiiniteaduste valdkond
Üks sagedasemaid ainevahetushaigusi on fenüülketonuuria (FKU), mille puhul muutuvad toksiliseks toiduvalgust saadav aminohappe fenüülalaniini (Phe) ülehulk ja selle lagundamise kõrvalsaadused. FKU tõttu tekkivad vaimsed ja füüsilised puudused on välditavad, kui sellega patsient saab varakult valguvaesele dieetravile koos Phe-vaba asendusseguga. Vastsündinuid sõeluuritakse FKU suhtes Eestis alates 1993. aastast. Selgus, et 94 Eesti PKU patsiendi seas on väga kõrge geneetiline homogeensus: tervelt 80,4% kõigist haigusega alleelidest on PAH geeni variandiga Arg408Trp; kokku leidus Eestis 17 erinevat patogeenset varianti. Nii kõrge homogeensus kajastub ka fenotüübis: 87%-l on klassikaline FKU madala Phe taluvusega. FKU sagedus Eestis on 1 : 6700 sünni kohta. Paljude Eesti FKU patsientide suguvõsa pärineb Lõuna- ja Kagu-Eestist. Eesti rahvusgruppide seas ei erine FKU sagedus ega alleelne jaotus. Eesti PKU patsientide dieetravi on jälgitav vereanalüüside kaudu, mille vastused talletatakse SA TÜK laboriinfosüsteemis. Varases lapseeas FKU patsientidel suudab enamus perekondi hoida Phe taset dieedi abil ettenähtud piirides, kuid algkoolieas on juba üle poolte patsientide analüüside mediaanväärtus soovituslikust kõrgem. Murdeeas olukord veidi paraneb ja jääb sarnaseks ka täiskasvanutel. Ka teistes riikides on täheldatud sellist tendentsi. Kõrge Phe tase võib tuleneda ka Phe lagundamise kofaktori tetrahüdrobiopteriini (BH4) puudulikkusest. BH4 häired on PKU-st palju haruldasemad ja enamasti raskema kuluga ja keerulisemad ravida. Eestis sündis 1991. aastal BH4 taastamise häirega laps, kellel diagnoositi DHPR puudulikkus, kuid seni ei õnnestunud tsütogeneetiliselt ega Sanger sekveneerimisega leida haiguse molekulaarset põhjust. Lahenduseni viis genoomi sekveneerimine, mis võimaldas leida senitundmatu 9,1 Mb suuruse inversiooni 4. kromosoomis, mis katkestas DHPR ensüümi tootva geeni. Teadaolevalt pole seni leitud nii suurt haigusseoselist struktuurset varianti genoomis.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Improving pharmacotherapy outcomes in psychiatric and cardiovascular conditions
(Tartu Ülikooli Kirjastus, 2025-10-01) Kariis, Hanna Maria; Milani, Lili, juhendaja; Lehto, Kelli, juhendaja; Alver, Maris, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Psühhiaatriliste haigustega inimestel on suurem südame-veresoonkonna haigustesse (SVH) haigestumus ja suremus. Kuigi vererõhu- ja kolesterooliravimeid kirjutatakse üha enam välja, võtab vaid pool patsientidest ravimeid arsti ettekirjutuse järgi – käitumine, mida kirjeldab ravisoostumus ja -järjepidevus. Vähene SVH ravimite tarbimine suurendab SVH riski, seevastu kõrvaltoimed on psüühikahäirete ravimite võtmise katkestamise peapõhjus, aeglustades paranemist. Töö uuris geneetilisi tegureid, mis mõjutavad SVH ravimite soostumust ja - järjepidevust ning antidepressantide kõrvaltoimeid. Täpsemalt uuriti statiinide tarbimist Geenivaramu ja FinnGeni biopankade andmetel, depressiooni mõju vererõhuravimite tarbimisele ning antidepressantide kõrvaltoimeid. Eestis oli statiinide soostumus väiksem kui Soomes. Geneetiliste tegurite mõju oli piiratud, kuid kõrgem polügeenne risk südamehaigustele, mis koondab paljude geenide riskialleelide mõju, suurendas statiinide tarbimist, samal ajal kui psüühikahäirete polügeenne risk vähendas seda. Farmakogeenid, mis mõjutavad ravimite töötlemist organismis, ei selgitanud erinevusi SVH ja vähiravimite tarbimisel. Depressioon ja selle polügeenne risk seostusid väiksema vererõhuravimite tarbimisega, kuid depressiooni ravimisel soostumus paranes. Variatsioon farmakogeenis CYP2C19 mõjutas selgelt kõrvaltoimeid: aeglased metaboliseerijad kogesid 50% rohkem ja ultrakiired metaboliseerijad 17% vähem kõrvaltoimeid. Psüühikahäirete ja kardiometaboolsete tunnuste polügeenne risk suurendas kardiometaboolsete kõrvaltoimete tõenäosust sealhulgas, südamepekslemise, kehakaalu ja vererõhu tõusu. Samuti esines sertraliini tarvitajatel peavalu sagedamini neil, kel oli geneetiline eelsoodumus peavalude tekkeks. Tulemused näitavad, et polügeenset ja farmakogeneetilist teavet saab kasutada antidepressantide kõrvaltoimete riski hindamiseks, kuid see teave ei ennusta hästi SVH ravimite tarbimist. Samuti, võib depressiooni ravi parandada vererõhuravimite soostumust.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
pCMV - Luc705 reportersüsteemi disain ja valideerimine
(Tartu Ülikool, 2013) Rammul, Evelin; Pärn, Kalle, juhendaja; Kurrikoff, Kaido, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus. ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Transparency in relation to the data subject in genetic research – an analysis on the example of Estonia
(2019-11-25) Pormeister, Kärt; Kull, Irene, juhendaja; Vilo, Jaak, juhendaja; Õunap, Katrin, juhendaja; Evans, Barbara, juhendaja; Tartu Ülikool. Sotsiaalteaduste valdkond
EL isikuandmete kaitse üldmäärusest tuleneva läbipaistvuse põhimõtte järgi peab inimese jaoks olema tema isikuandmete töötlemine läbipaistev. Reeglina peab inimesele teada olema, kas ja millisel eesmärgil ning kelle poolt tema andmeid töödeldakse. Selle tagamiseks tuleb vastav teave isikule teatavaks teha enne, kui temalt võetakse nõusolek isikuandmete töötlemiseks. Kui isikuandmete töötlemine toimub ilma nõusolekuta (st seaduse alusel), rakendub üldine teavitamiskohustus. Lisaks aitab isikuandmete töötlemise läbipaistvust tagada ka see, et üldjuhul tohib isikuandmeid kasutada ainult eesmärkidel, millistel neid koguti. Esimesed kaks kirjeldatud reeglit kehtivad ka juhul, kui isikuandmeid töödeldakse teadusuuringute eesmärgil. Küll aga ei kehti isikuandmete töötlemisel teaduses eesmärgi piirang. Sõltumata sellest, kas isikuandmed koguti nõusoleku või seaduse alusel ning millistel eesmärkidel need koguti, on neid võimalik hiljem kasutada kõikvõimalikel teaduslikel eesmärkidel. Seega peaks teadusuuringute eesmärgil toimuva isikuandmete töötlemise puhul töötlemise läbipaistvust isiku suhtes tagama isiku teavitamine vähemalt tema andmete töötlemise faktist, töötlemise eesmärkidest ja töötleja isikust. Doktoritöö eesmärk on uurida, kas ja kuidas on tagatud geeniandmete töötlemise läbipaistvus isiku suhtes, kelle geeniandmeid töödeldakse teadusuuringute eesmärgil. Selleks uuritakse probleeme, mis tekivad geeniuuringute puhul isikult nõusoleku võtmise eelse teavitamisega, ning kitsaskohti, mis võivad esineda isiku teavitamisel juhul, kui andmeid töödeldakse geeniuuringute eesmärgil ilma isiku nõusolekuta. Doktoritöös jõutakse järeldusele, et kehtiv õigus ei taga geeniandmete töötlemise läbipaistvust inimese suhtes olukorras, kus geeniandmeid töödeldakse teadusuuringute eesmärgil.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Unravelling the mechanisms of chromosomal instability during early embryogenesis
(2025-02-18) Zhao, Yan; Vermeesch, Joris, juhendaja; Kurg, Ants, juhendaja; Voet, Thierry, juhendaja; KU Leuven. Faculty of Medicine; Tartu Ülikool. Loodus ja täppisteaduste valdkond
Kromosomaalne ebastabiilsus (ingl. Chromosomal INstability, CIN) on imetajate, näiteks inimeste ja veiste implantatsioonieelsete embrüote küllaltki sage tunnus. Enamasti eemaldatakse kromosoomianomaaliatega embrüod juba varase arengu käigus iseeneslike abortide kaudu, kuid elussünnini jõudmise korral võib kromosomaalne ebastabiilsus viia ka kaasasündinud väärarendite tekkele. Esimeses projektis uurisime, kas inimese implantatsioonieelsetes embrüodes täheldatud CIN esineb ka hobuste implantatsioonieelsetes embrüodes. Selleks kohandasime haplaritmisis (ingl. haplarithmisis) algoritmi nii, et see ühilduks hobuste analüüsiga ja avastasime, et sagedased kromosomaalsed kõrvalekalded esinevad ka hobuste implantatsioonieelsetes embrüodes. Hobuste lõigustuvates embrüodes avastatud kromosomaalsed vead olid sarnased nii inimeste kui veiste leidudele võrrelduna kromosomaalselt normaalsete blastotsüstidega ehk lootepõiekestega. Antud meetodit saaks edukalt kasutada tõuaretuses - huvipakkuvate geneetiliste variantidega kuid ilma geneetiliste vigade ja patogeensete variantideta hobuste embrüote valimiseks. Lisaks aneuploidiatele tuvastati implantatsioonieelsetes embrüodes ka kogu genoomi aberratsioone. Näiteks triploidiaid (kolmekordne kromosoomide arv), ühe vanema täiendava haploidse kromosoomi-komplekti olemasolul. Samuti avastasime samas embrüos koos eksisteerivaid androgeneetilisi, günogeneetilisi ja polüploidseid blastomeere ehk lõigustusrakke. Teises projektis uurisime kimäärsete ja miksoploidsete embrüote päritolu ja arengupotentsiaali. Avastasime, et vanemate genoomid eralduvad viljastatud munaraku ehk sügoodi esimese jagunemise ajal eraldiseisvateks blastomeerideks, mille tulemuseks on ebanormaalse genoomiga rakkude samaaegne esinemine koos normaalsete diploidsete (kahekordne kromosoomide arv) rakkude või muude ebanormaalsete rakkudega. Selle protsessi kirjeldamiseks lõime termini "heterogoonne jagunemine". Geeniekspressiooni muutvad stressireaktsioonid soodustavad ülegenoomsete muutuste tagajärjel tekkinud arenguhäireid ebanormaalsetes rakkudes ja nende erinev arengusaatus võib seletada androgenootide, günogenootide, triploidsuse, kimäärsuse ja miksoploidsuse teket, mida täheldati hilisema arengu käigus. Seetõttu soovitame haplotüüpidel põhinevat preimplantatsioonilist geneetilist testimist (ingl. Preimplantation Genetic Testing, PGT) ülegenoomsete kõrvalekallete tuvastamiseks, et suurendada munaraku kehavälise viljastamise (IVF) programmide edu. Kolmandas projektis uurisime kolmanda põlvkonna sekveneerimistehnoloogiate kiire arenguga seotud pikkadel lugemitel põhineva kogu genoomi järjestamise (lrWGS) PGT tehnoloogiat. Võrdlusuuring, milles kasutati nn. Genome in a Bottle (GIAB) Aškenazi triot, näitas üksikute rakkude lrWGS-i andmete sobivust geenivariantide eristamiseks ja faasimiseks. lrWGS-põhise PGT meetodi kasutamine inimese embrüotel näitas 100% vastavust DNA mikrokiibi põhise PGT-ga ühe nukleotiidi variatsioonide (SNV), indelite ja aneuploidiate tuvastamiseks, tõestades et lrWGS-põhine PGT on sobiv alternatiiv praegustele meetoditele. Antud doktoritöös käsitletud neli projekti tutvustasid uuenduslikke lähenemisviise embrüote uurimiseks ja valikuks, aidates oluliselt kaasa meie arusaamisele kromosomaalsete kõrvalekallete päritolu ja mõjude kohta imetajate implantatsioonieelsete embrüote arengus
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Uus polümorfne AluYb8 hüpertensiooni kandidaatgeenis WNK1: Levik ning mõju geeni funktsioonile
(Tartu Ülikool, 2008) Putku, Margus; Laan, Maris, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut