Sirvi Märksõna "kopsuvähk" järgi

Nüüd näidatakse 1 - 17 17

listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Comparative genome-wide DNA methylation studies of healthy human tissues and non-small cell lung cancer tissue
(2016-12-16) Lokk, Kaie; Tõnisson, Neeme, juhendaja; Milani, Lili Azin, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond.
Metüleeritud tsütosiinil on suur roll imetajate organismi arengus. CpG dinukleotiidis asuvad tsütosiinid võivad olla kas metüleeritud või metüleerimata olekus. Kuna DNA metülatsioon on eluliselt vajalik organismi funktsioneerimiseks, tekitavad muutused epigenoomis erinevaid haiguslikke seisundeid, näiteks vähki. Ka põhjustab erinev metüleerimise tase inimestevahelist varieeruvust ravimite metaboliseerimises, mis võib kaasa tuua ebasoovitavaid ravimite kõrvaltoimeid. Töös kirjeldati ülegenoomseid DNA metülatsioonimustreid ning nende mõju geeniekspressioonile erinevates inimkudedes, nii tervetes kui ka tuumoris. Inimese tervete kudede uuringute põhjal järeldasime, et promootorpiirkonna metülatsiooni ning geeniekspressiooni vahel on negatiivne seos ja DNA metülatsiooni mustrid peegeldasid kudede funktsioone. Koe-spetsiifiliste erinevalt metüleeritud regioonide (tDMR) analüüs leidis suurel hulgal piirkondi, mis paiknesid geenisiseselt, kuid ei suudetud leida seoseid, kuidas need tDMR-d põhjustavad koe-spetsiifilist transkriptsiooni. Geenide, mis on seotud absorbtsiooni, jaotuse, metabolismi ning väljutusega (ADME) ekspressioonis on leitud suur indiviidide vaheline varieeruvus, mis omakorda mõjutab ravimvastust ja toksilisust. Uurides spetsiifiliselt maksakude, püüdsime määrata, kui suurel hulgal SNP-d ning DNA metülatsioon on võimelised üheskoos kirjeldama ADME geenide ekspressiooni varieeruvust maksas. Ootuspäraselt leidsime, et SNP genotüübi ning CpG metülatsioonitaseme kombineerimine võimaldab kirjeldada ekspressiooni variatsiooni paremini, kui kasutades ainult SNP-d või CpG metülatsiooni taset eraldiseisvalt. Töö viimane osa keskendus DNA metülatsiooni kirjeldamisele varajase staadiumi mitteväikerakulise kopsuvähi (NSCLC) patsientidel. Leidsime suurel hulgal erinevalt metüleeritud CpG saite. Mitmed neist on tuntud vähiseoselised biomarkerid, kuid enamik kirjeldatud geenidest on uued kopsuvähi markerid. Leitud geenide ontoloogiaanalüüs näitas, et nende geenide funktsioonid olid seotud vähi progresseerumisega. Elulemusanalüüsi tulemusel leidsime CpG saite, mille metülatsiooni tasemed erinesid erinevates elulemusgruppides. Mõned neist geenidest võivad olla head prognostiliste markerite kandidaadid.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Gene expression profiling and genome-wide association studies of non-small cell lung cancer
(2011-07-27) Välk, Kristjan
Maailmas avastatakse igal aastal 1.6 miljonit uut kopsuvähi juhtu, Eestis ligikaudu 700.Kuigi kopsuvähi peamisteks riskifaktoriteks on suitsetamine ja õhusaaste, kokkupuude asbesti ja raskmetallidega, mängib haiguse tekkes ja arengus olulist rolli ka indiviidi geneetiline taust. Kopsuvähi diagnoosi ja prognoosi aluseks on TNM klassifikatsioon ja histoloogiline analüüs, kuid gruppide sisene ravivastus ja elulemus väga varieeruvad. Samuti esineb märkimisväärsel hulgal vähkkasvajaid, mille histoloogiline määratlemine on võimatu, kas siis dediferentseerumise või segatüübilise kasvaja tõttu. Sellest tulenevalt on asutud otsima uusi prognostilisi ja diagnostilisi molekulaarseid markereid nii DNA kui ka RNA näol, mis võimaldaksid täpsemalt klassifitseerida kopsuvähki ja juhtida raviarsti sobilikuma ravi valikul. Käesolevas doktoritöös on kasutatud kogu genoomi hõlmavat assotsiatsiooni- ja geeniekspressiooni analüüsi eesmärkidega identifitseerida kopsuvähi riskialleele ning vähkkasvajate spetsiifilisi geeniekspressiooni profiile. Käesolevas töös käsitletud assostsiatsiooniuuringu metaanalüüsi käigus kasutati 13 300 kopsuvähi ja 19 666 kontrollindiviidi genoomi andmeid, mille tulemusel leidsid kinnitust kõik eelnevalt identifitseeritud kopsuvähi riskilookused. Samuti tuvastati uusi potentsiaalseid kopsuvähiga seotud kromosoomilookuseid. Käesoleva töö raames teostatud kogugenoomi geeniekspressiooni analüüsil identifitseeriti uued potentsiaalsed kopsuvähi biomarkerid ning molekulaarsed profiilid, mis ennustasid patsientide elulemust paremini kui histoloogiline klassifitseerimine. Lisaks avastati, et patsiendid, kellede adenokartsinoomi proovides oli RNA lagunenud, omasid ka statistiliselt olulist kehvemat prognoosi. Käesoleva doktoritöö kolmandas artiklis on uuritud ühe patsiendi kahe kontrollkoe ja kolme kopsuvähi kasvaja kogugenoomi geeniekspressiooni profiile selgitamaks metastaasi või teise primaarkasvaja hüpoteesi. Lisaks geeniekspressiooni profiilide rakendamise testimisest personaalses meditsiinis oli töö ajendatud ka asjaolust, et nii prognoos kui ka ravistrateegia on metastaseerunud ja mittemetastaseerunud kopsuvähi korral väga erinev. Geeniontoloogia, peakomponent- ning korrelatsioonianalüüs viitasid üheselt uue primaarkasvaja tekkele, mida kinnitab ka tänaseni säilinud patsiendi suhteliselt hea kliiniline pilt. Maailmas avastatakse igal aastal 1.6 miljonit uut kopsuvähi juhtu, Eestis ligikaudu 700.Kuigi kopsuvähi peamisteks riskifaktoriteks on suitsetamine ja õhusaaste, kokkupuude asbesti ja raskmetallidega, mängib haiguse tekkes ja arengus olulist rolli ka indiviidi geneetiline taust. Kopsuvähi diagnoosi ja prognoosi aluseks on TNM klassifikatsioon ja histoloogiline analüüs, kuid gruppide sisene ravivastus ja elulemus väga varieeruvad. Samuti esineb märkimisväärsel hulgal vähkkasvajaid, mille histoloogiline määratlemine on võimatu, kas siis dediferentseerumise või segatüübilise kasvaja tõttu. Sellest tulenevalt on asutud otsima uusi prognostilisi ja diagnostilisi molekulaarseid markereid nii DNA kui ka RNA näol, mis võimaldaksid täpsemalt klassifitseerida kopsuvähki ja juhtida raviarsti sobilikuma ravi valikul. Käesolevas doktoritöös on kasutatud kogu genoomi hõlmavat assotsiatsiooni- ja geeniekspressiooni analüüsi eesmärkidega identifitseerida kopsuvähi riskialleele ning vähkkasvajate spetsiifilisi geeniekspressiooni profiile. Käesolevas töös käsitletud assostsiatsiooniuuringu metaanalüüsi käigus kasutati 13 300 kopsuvähi ja 19 666 kontrollindiviidi genoomi andmeid, mille tulemusel leidsid kinnitust kõik eelnevalt identifitseeritud kopsuvähi riskilookused. Samuti tuvastati uusi potentsiaalseid kopsuvähiga seotud kromosoomilookuseid. Käesoleva töö raames teostatud kogugenoomi geeniekspressiooni analüüsil identifitseeriti uued potentsiaalsed kopsuvähi biomarkerid ning molekulaarsed profiilid, mis ennustasid patsientide elulemust paremini kui histoloogiline klassifitseerimine. Lisaks avastati, et patsiendid, kellede adenokartsinoomi proovides oli RNA lagunenud, omasid ka statistiliselt olulist kehvemat prognoosi. Käesoleva doktoritöö kolmandas artiklis on uuritud ühe patsiendi kahe kontrollkoe ja kolme kopsuvähi kasvaja kogugenoomi geeniekspressiooni profiile selgitamaks metastaasi või teise primaarkasvaja hüpoteesi. Lisaks geeniekspressiooni profiilide rakendamise testimisest personaalses meditsiinis oli töö ajendatud ka asjaolust, et nii prognoos kui ka ravistrateegia on metastaseerunud ja mittemetastaseerunud kopsuvähi korral väga erinev. Geeniontoloogia, peakomponent- ning korrelatsioonianalüüs viitasid üheselt uue primaarkasvaja tekkele, mida kinnitab ka tänaseni säilinud patsiendi suhteliselt hea kliiniline pilt.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Haigusepisoodide tuvastamine akuutse ja kroonilise faasiga haigustel
(Tartu Ülikool, 2024) Bluum, Andra; Laur, Sven, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Arvutiteaduse instituut
The treatment of many important diseases is divided into several different phases: preliminary phase, follow-up care, rehabilitation and check-ups. The purpose of this bachelor’s thesis is to simplify the defining process of disease episodes. An overview of the observed diseases and their treatment is given in the theoretical part of the thesis in order to collect background information that would help to ease defining disease episodes. In this thesis different inpatient epicrises were combined into hospitalization episodes. Services performed during the episodes were then added. Services were divided into acute care and rehabilitation services, after which chi-square test was used to identify indicator services. Received indicator services were then analyzed and compared with the services described in the theoretical part of the work.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Immuunravi saanud levinud mitteväikerakulise kopsuvähiga patsientide elulemuse ja kulude analüüs Tervisekassa raviarvete põhjal
(Tartu Ülikool. Peremeditsiini ja rahvatervishoiu instituut, 2024) Tuutma, Anna-Greta; Oselin, Kersti, juhendaja; Ringmets, Inge, juhendaja; Tartu Ülikool. Meditsiiniteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Peremeditsiini ja rahvatervishoiu instituut
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Kasvajaseoseliste mutatsioonide määramine kopsuvähiga uuritavate rakuvabast DNA-st
(Tartu Ülikool, 2016) Tamm, Madli; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Magistritöö käigus töötati välja kopsuvähispetsiifiliste mutatsioonide tuvastamiseks alleel-spetsiifilise fragmentanalüüsi ja amplikonipõhise teise põlvkonna sekveneerimise töövoog. Neid meetodeid kasutades analüüsiti 70 kopsuvähiga patsiendi plasmast eraldatud rakuvaba DNA-d ja 33 FFPE koelõigust eraldatud genoomset DNA-d. Nimetatud meetoditega testides on võimalik tuvastada mutantset alleeli, mille esinemissagedus on alla 1%. FFPE DNA analüüsimise tundlikkus on kõrgem võrreldes rakuvaba DNA-ga, kuid seevastu rakuvaba DNA spetsiifilisus on suurem.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Kopsuvähi kirurgilise ravi muutused Eestis aastatel 2000-2015
(Tartu Ülikool, 2018) Lelebina, Liina; Laisaar, Kaja-Triin, juhendaja; Laisaar, Tanel, juhendaja; Tartu Ülikool. Meditsiiniteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Peremeditsiini ja rahvatervishoiu instituut
listelement.badge.access-status Embargo ,
Kopsuvähi kliiniline pilt ja ravi Lõuna-Eesti elanikel Tartu Tubdispanseri statsionaari andmeil 1975-1977. a.
(Tartu Riiklik Ülikool, 1980) Toim, Merle; Jaek, Tiia; Leesik, Helle, juhendaja
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Kopsuvähi sõeluuring Eestis: tervisetehnoloogia hindamise raport TTH48
(2020) Kariis, Hanna Maria; Laisaar, Tanel; Alloja, Janika; Kiivet, Raul-Allan; Tartu Ülikool. Peremeditsiini ja rahvatervishoiu instituut
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Kopsuvähi sõeluuringu rakendamise efektiivsus ja kulutõhusus: tervisetehnoloogia hindamise raport TTH63
(Tartu Ülikooli peremeditsiini ja rahvatervishoiu instituut, 2023) Alloja, Janika; Kallavus, Kadi; Laisaar, Tanel; Juus, Eva; Põld, Mariliis; Jürisson, Mikk
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Krisotiniibi kulutõhusus Eesti tervishoiusüsteemis
(Tartu Ülikool, 2016) Kutsar, Andres; Võrk, Andres, juhendaja; Padrik, Peeter, juhendaja; Tartu Ülikool. Majandusteaduskond
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Metastaatilise kopsuvähi immuunravi kulutõhusus: tervisetehnoloogia hindamise raport TTH57
(Tartu Ülikooli peremeditsiini ja rahvatervishoiu instituut, 2022) Juus, Eva; Alloja, Janika; Kuldsaar, Kertu; Jaal, Jana; Kiivet, Raul-Allan; Jürisson, Mikk
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
MicroRNAs in disease and health: aberrant regulation in lung cancer and association with genomic variation
(2016-07-01) Võsa, Urmo; Annilo, Tarmo, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond.
Viimaste aastate geneetilised uuringud on näidanud et suur osa inimese genoomilt transkribeeritavast RNAst ei kodeeri keha “ehituskivideks” olevaid valke, vaid omab eelkõige regulatoorset rolli, mõjutades kuidas valke kodeerivad geenid oma funktsioone täidavad. Enim uuritud klass mittekodeerivaid RNAsid on väikesed ~20 nukleotiidi pikkused mikroRNAd, mis reguleerivad geenide aktiivsust, seondudes sihtmärgiks olevate RNAdega. MikroRNAd on olulised enamikes bioloogilistes protsessides ja on seotud paljude haiguste, sealhulgas vähkkasvajatega. Vähis omavad need potentsiaali võimalike ravimisihtmärkidena ja biomarkeritena mida saaks tulevikus kasutada kasvajate varasemaks avastamiseks ning täpsemaks dignoosimiseks. Käesoleva töös uuriti, milliste mikroRNAde ekspressioonitasemed on muutunud mitteväikerakulises kopsuvähis. Selleks määrati kopsuvähi proovidest 858 mikroRNA tasemed. Analüüsi tulemusena leiti 72 mikroRNAd mille tase oli vähis muutunud ja mis võivad seetõttu olla seotud vähitekkega või omada potentsiaali biomarkerina. Ühe mikroRNA puhul leiti seos ka patsiendi operatsioonijärgse elulemusega. Kuna selle ja teiste sarnaste uuringute tulemused on üsna varieeruvad, viidi läbi süstemaatiline meta-analüüs, kasutades spetsiaalset järjestatud geeninimekirjade analüüsimiseks loodud meetodit. Kahtekümmet uuringut hõlmava analüüsi tulemusena leiti kopsuvähis seitse üles- ja kaheksa allareguleeritud mikroRNAd. Kuna paljude RNAde taset rakus mõjutavad varieeruvad positsioonid inimese genoomis, siis järgmisena uuriti kas selline geenide avaldumise kontroll võib toimuda mikroRNAde seondumise kaudu. Selleks analüüsiti inimese genoomset varieeruvust bioinformaatiliselt ennustatud mikroRNA sihtmärkides ja tuvastati mitu geeni, mille regulatsioonis sellised variandid tõenäoliselt olulist rolli mängivad. Samas kinnitavad tulemused, et mikroRNAd on ainult üks võimalik osa geenide avaldumise kontrollist. Käesolev töö andis uusi teadmisi mikroRNAde kohta kopsuvähis, aitas süstematiseerida eelnevat informatsiooni ning sidus mikroRNAde regulatoorse potentsiaali normaalse geneetilise varieeruvusega.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Mitteväikserakulise kopsuvähi diferentsiaalselt ekspresseeruvate geenide analüüs cDNA mikrokiipidel
(2005) Välk, Kristjan; Kurg, Ants, juhendaja; Metspalu, Andres, juhendaja
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Molecular differences and similarities between histological subtypes of non-small cell lung cancer
(2011-07-21) Vooder, Tõnu
Uuringuks kasutati 147 mitteväikerakulise kopsuvähi tõttu opereeritud patsiendi koematerjali ning fenotüübi ja elulemuse andmeid. Geeniekspressiooni katse viidi läbi Illumina Human-6 ülegenoomi kiibiga mis sisaldab rohkem kui 48000 transkripti. Leitud markerite arvu vähendamiseks säilitati geenid mis näitasid vähemalt kahekordset ekspressiooni erinevust vähivabast normkoest. Erinevate vähitüüpide ja staadiumite molekulaarsete profiilide erinevuste visualiseerimiseks kasutati peakomponentanalüüsi. Metageeni leidmiseks piirati andmestiku suurust, klasterdades sarnase ekspressiooniga geene hierarhiliselt täieliku aheldatuse meetodil, kasutades sarnasusmõõduna Pearsoni korrelatsiooni. I b staadiumi patsientide geeniekspressiooni andmed jagati 500 gruppi ning iga klastri profiili keskmine moodustas metageeni. Uuringu tulemusena leiti mitteväikerakulises kopsuvähis normaalsest kopsukoest vähemalt kahekordse ekspressiooni erinevusega 672 alla- ja 1103 üles reguleeritud geeni. Lisaks leiti 18 uut potentsiaalset biomarkerit edasisteks kopsuvähi uuringuteks. Geeniekspressiooni profiili peakomponentanalüüs aitas eristada erinevaid vähitüüpe teineteisest ja mõnel juhul ka algkollet metastaasist. Samas ei eristu mitteväikerakulise kopsuvähi geeniekspressiooni profiilil ega ka selle peakomponentanalüüsil TNM il põhinevad vähkide kliinilised staadiumid. Kasutades p väärtust 10-6 ei õnnestunud veenvalt leida adenokartsinoomi ja bronhioloalveolaarset vähki eristavaid markereid. Ib staadiumi patsientide prognoosi hindamiseks leiti kaks statistilise olulisuse ja aktsepteeritava veapiiriga metageeni mis jaotas haigusjuhud ekspressiooni profiilide järgi kahte prognostilisse gruppi elulemusega vastavalt <757 ja >1225 päeva. Kahe grupi eristamiseks valisime kokkuleppeliselt 1000 päeva piiri.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Radikaalselt kirurgiliselt ravitud kopsuvähi esmajuhtude andmekvaliteet Eesti vähiregustris
(Tartu Ülikool, 2019) Põdra, Gerli; Laisaar, Kaja-Triin, juhendaja; Laisaar, Tanel, juhendaja; Tartu Ülikool. Meditsiiniteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Peremeditsiini ja rahvatervishoiu instituut
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Tsirkuleeriva rakuvaba DNA metülatsioonitaseme muutused kopsuvähi biomarkerina
(Tartu Ülikool, 2017) Saare, Margot; MD, PhD Neeme Tõnisson, juhendaja; PhD Kaie Lokk, juhendaja; MSc Madli Tamm, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Käesoleva töö käigus töötati välja naatriumbisulfit-töötlusel, multipleks PCR-il ja amplikonipõhisel teise põlvkonna sekveneerimisel põhinev töövoog metülatsioonitaseme määramiseks cfDNA-s. Seejärel rakendati meetodit 32 kopsuvähiga uuritavate cfDNA ja buffy kihi DNA peal. Katsete tulemusena järeldati, et tsirkuleeriva rakuvaba DNA metülatsioonitaseme muutuste analüüsimine on potentsiaalselt kasutatav kopsuvähi diagnostilise biomarkerina.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Ühenukleotiidsete polümorfismide seos kopsuvähi riski ja patsientide elulemusega mir - 196a - 2, KRAS ja TERT geeni näitel
(Tartu Ülikool, 2013) Kikas, Klaarika; Annilo, Tarmo, juhendaja; Võsa, Urmo, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut