23. jaanuarist 1990, Friedrich Puksoo 100. sünniaastapäevast, tähistatakse Tartu Ülikooli Raamatukogus selle kauaaegse direktori ja raamatuteadlase päeva, et tunnustada tema tööde ja tegemiste järgijaid.

Tartu Ülikooli Raamatukogu koostöös Eesti Raamatukoguhoidjate Ühinguga annab välja Friedrich Puksoo auhinda alates 1990. aastast. Tavaliselt tunnustatakse sellega ühe silmapaistva raamatuloo-, raamatukogundus- või bibliograafiaalase väljaande autorit. Aastani 2005 anti auhinda välja igal aastal, alates 2005. aastast üle aasta.