Purification of Bsm DNA polymerase mutant and characterization of its biological sample inhibitor tolerance
| dc.contributor.advisor | Gaidutšik, Ilja | |
| dc.contributor.author | Kolosova, Anastasia | |
| dc.date.accessioned | 2021-05-27T10:41:52Z | |
| dc.date.available | 2021-05-27T10:41:52Z | |
| dc.date.issued | 2020 | |
| dc.description | DNA polymerases are widely used in various nucleic acid amplification techniques. The loop-mediated isothermal amplification is nowadays of a high interest because of method’s sensitivity, specificity, single operation temperature and low-cost. The biological DNA polymerases are prone to various inhibiting substances found in probes, which may sup-press or totally block the enzyme’s activity and nucleic acid amplification. The current study aimed at generating a LF Bsm polymerase mutant from Bacillus smithii with an in-creased tolerance to biological inhibitor. It was proposed that a mutation in fingers domain will improve the polymerase’s activity in the presence of inhibitor. In estonian: DNA polümeraase laialdaselt kasutatakse paljudes nukleiinhapete amplifikatsioonil põhinevates meetodites. Silmusega vahendatud isotermiline amplifikatsioon (LAMP) on kaasaegne meetodika mis on väga huvipakkuv oma tundlikuse, spetsiifilisuse ja odavuse tõttu ning võimele amplifitseerida DNAt ühe muutumatu temperatuuri juures. Samas meetodis kasutatavad DNA polümeraasid on tundlikud igasuguste, proovides leitavate, inhibiitorite suhtes, mis võivad pärssida või täielikult blokeerida ensüümi aktiivsust ja seega nulkeiinhape amplifikatsiooni. Antud uurimistöö eesmärgiks oli luua Bacillus smithii Bsm polümeraasi suure fragmendi mutandi millel on võimendatud tolerantsus bioloogiliste inhibiitorite suhtes. Töös eeldati, et valgu sõrmede (fingers) domeenis tekitatud mutatsioon on võimeline parandada valgu aktiivsust inhibiitorite juuerolekul. | en |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/10062/72082 | |
| dc.language.iso | eng | et |
| dc.rights | embargoedAccess | et |
| dc.rights.uri | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/ee/ | |
| dc.subject | DNA polymerase | en |
| dc.subject | replication | en |
| dc.subject | A-family polymerase | en |
| dc.subject | chimeric DNA polymerases | en |
| dc.subject | loop mediated isothermal amplification | en |
| dc.subject | LAMP | en |
| dc.subject | inhibitors | en |
| dc.subject | DNA polümeraas | et |
| dc.subject | amplifikatsioon | et |
| dc.subject | A-perekonna polümeraasid | et |
| dc.subject | kimäärsed DNA polümeraasid | et |
| dc.title | Purification of Bsm DNA polymerase mutant and characterization of its biological sample inhibitor tolerance | en |
| dc.title.alternative | Bsm DNA polümeraasi mutandi puhastamine ja selle inhibitor tolerantsete omaduste uurimine | et |
| dc.type | info:eu-repo/semantics/bachelorThesis | et |