Motiivide otsimine DNA regulatiivsetest aladest

Abstract

Käesolev töö uurib algoritme, mille abil on võimalik uurida organismide geeniregulatsiooni probleeme eksperimentaalsete andmete põhjal. Keskendutakse DNA regulatiivsetest aladest oluliste motiivide ning fragmentide otsimisele, millel võib olla kriitiline roll organismi elutalitluse reguleerimisel ja kordineerimisel.

Töö teoreetilises osas kirja pandud matemaatilise formalisatsiooni abil uuritakse ja tõestatakse mitmeid omadusi, mis panevad aluse võimalikele otsingualgoritmidele ja nende analüüsimisele. Töö praktiline osa käsitleb väljatöötatud algoritmide ajalist efektiivsust ning võimekust töötada bioloogiliste andmetega.

In this work, we introduced and developed novel mathematical formalization, algorithms and data structures needed to describe data mining methods using multiple input promoters and several layers of data. We reformulated standard sequence mining techniques and studied different properties of our new formalization.

We benchmarked and analyzed the runtime speed of the algorithms. We also tested how our methods work on real biological data.