Ökoloogia ja maateaduste instituut

Permanent URI for this communityhttps://hdl.handle.net/10062/14981

Browse

Browsing Ökoloogia ja maateaduste instituut by Author "Abarenkov, Kessy, juhendaja"

Filter results by typing the first few letters
Now showing 1 - 1 of 1
  • Thumbnail Image
    Item
    NCBI BLAST ja BLAST+ pakettide programmide blastn ja megablast ülevaade, versioonide võrdlus ja analüüs
    (Tartu Ülikool, 2016) Kaiv, Rauno; Abarenkov, Kessy, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Botaanika osakond
    Uurimistöö annab ülevaate BLAST pakettidest ja nende abil DNA järjestustele homoloogsete järjestuste otsimisest. Tutvustatakse BLAST algoritmi tööpõhimõtet, vajalikke kontseptsioone ja mõisteid ning selgitatakse, kuidas muuta otsinguparameetreid, ja mida see endaga kaasa toob. Lisaks tutvustatakse alternatiivseid programme, millega saab homoloogiaotsinguid sooritada. Töö praktiline osa keskendub elurikkuse infosüsteemide PlutoF ja UNITE analüüsimoodulis kasutatavale BLAST paketi megablast otsingukäsule. Töös leiti, mida on vaja teha üleminekuks uuele BLAST+ homoloogiaotsinguprogrammile blastn, ja võrreldi katseliselt nende programmide päringute ressursikasutust (aeg, mälu). Lisaks analüüsiti päringuid maskeeritud ja indekseeritud andmebaasiga.