Sirvi Autor "Alamäe, Tiina, juhendaja" järgi

Nüüd näidatakse 1 - 10 10

listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Asp333, Phe381 ja Val385 olulisus Pseudomonas syringae pv. tomato levaansukraasi Lsc3 katalüüsile
(Tartu Ülikool, 2013) Vaher, Mihkel; Alamäe, Tiina, juhendaja; Visnapuu, Triinu, juhendaja; Mardo, Karin, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Endo-levanaas BT1760: hüpoteetilise CBM-motiivi rolli uurimine
(Tartu Ülikool, 2018) Sova, Emma Johanna; Alamäe, Tiina, juhendaja; Ernits, Karin, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Levaan on polüfruktaan, mis toimib inimese soolestikus prebiootiliselt. Selles polüsahhariidis on fruktoosi monomeeride vahel β-2,6-side, mida Bacteroides thetaiotaomicron’i genoomis kodeeritud endo-levanaas BT1760 hüdrolüüsib, lõigates polümeeri ahela oligomeerideks. Valk BT1760 koosneb N-terminaalsest katalüütilisest domeenist ning C-terminaalest β-sandwich domeenist. C-terminaalne β-sandwich domeen on glükosiidi hüdrolaasidel sageli vajalik süsivesikutega seondumiseks ning sel juhul nimetatakse neid motiive süsivesikuga seonduvateks domeenideks ehk CBM-deks (Carbohydrate Binding Modules). Käesolevas töös on uuritud endo-levanaas BT1760 C-terminaalse domeeni rolli kasutades metsiktüüpi valgust moodustatud mutantseid variante ning mõõtes nende substraadi hüdrolüüsimise aktiivsust ja levaanidega seondumise võimet.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Hansenula polymorpha MAL-lookus
(2006) Viigand, Katrin; Alamäe, Tiina, juhendaja
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Inimese kliinilistest materjalidest ja seedetrakti mikrobiootast isoleeritud Escherichia coli tüvede jaotumine fülogeneetilistesse gruppidesse
(Tartu Ülikool, 2013) Parv, Kristel; Sepp, Epp, juhendaja; Alamäe, Tiina, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Levaansukraas Lsc3 polümeriseerijana: reaktsioonitingimuste optimeerimine soovitud produktide sünteesiks
(Tartu Ülikool, 2013) Aasamets, Anneli; Alamäe, Tiina, juhendaja; Visnapuu, Triinu, juhendaja; Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Levansucrase Lsc3 and endo-levanase BT1760: characterization and application for the synthesis of novel prebiotics
(2019-09-17) Ernits, Karin; Alamäe, Tiina, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Toidus sisalduvatest süsivesikutest on kiudained inimese soolebakteritele kõige sobilikumad. Need toimivad prebiootikumidena: jõuavad seedumata jämesoolde ja lagundatakse inimesele kasulike bakterite, nt bifidobakterite ja laktobatsillide toimel. Prebiootikume lisatakse näiteks imikute piimasegudele ja müüakse toidulisandina poes ja apteegis. Populaarseimad neist on fruktoosi polümeer inuliin ja selle hüdrolüüsil saadud frukto-oligosahhariidid (FOS). Sigurist eraldatud inuliini lubatakse kasutada toidus 2002. aastast. Lisaks inuliinile on looduses olemas ka teise sidemetüübiga fruktoosi polümeeri – levaani. Levaani sünteesivad peamiselt bakterid, kuid ka mõned taimed. Levaanil ja levaani-tüüpi FOS-l on näidatud tugevat prebiootilist toimet, kuid tootmiskulude kõrge hinna tõttu on neid veel vähe uuritud. Antud doktoriväitekiri keskendub kahele biotehnoloogiliselt olulisele bakteriaalsele ensüümile: levaansukraasile ja endo-levanaasile, mille abil on võimalik levaani-tüüpi fruktaane toota tavalisest lauasuhkrust. Näitasime, et taimepatogeeni Pseudomonas syringae levaansukraas Lsc3 on üks efektiivsemaid levaansukraase. Ta sünteesib sahharoosist produktide segu: tekib inuliini- ja levaani-tüüpi FOS-e ning ka levaani. Ebasoovitavaks kõrvalproduktiks on suur kogus glükoosi, mis takistab FOS-ide segu kasutamist prebiootikumina ilma eelneva puhastuseta. Levaani ensümaatilise hüdrolüüsiga on võimalik toota levaani-tüüpi FOS-e nende bioloogiliste efektide uurimiseks. Levaani lagundavaks ensüümiks sobib hästi inimese jämesoolebakteri Bacteroides thetaiotaomicron endo-levanaas BT1760. Näitasin, et BT1760 ’tükeldas’ efektiivselt nii taimset kui ka bakteriaalseid levaane. Endo-levanaasi 3D struktuur näitas, et ensüümi substraaditasku on sügava kausi kujuline ning et pikk levaaniahel peab painduma kausi põhja, et oleks võimalik esimese lõike tegemine.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
PCR-meetodi valideerimine Listeria monocytogenes'e tuvastamiseks toidu- ja hügieeniproovidest
(Tartu Ülikool, 2014-06-17) Soopere, Merlin; Talpsep, Ene, juhendaja; Alamäe, Tiina, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Pseudomonas syringae pv. tomato levaansukraasi Lsc2 iseloomustamine, inaktiivsete mutantide konstrueerimine ja võrdlus Lsc3 valguga
(Tartu Ülikool, 2014-06-11) Mardo, Kadri; Alamäe, Tiina, juhendaja; Mardo, Karin, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Pseudomonas syringae pv. tomato levansukraasi Lsc3 struktuuri ja funktsiooni seoste uurimine mutatsioonanalüüsiga
(Tartu Ülikool, 2015) Gromkova, Maria; Visnapuu, Triinu, juhendaja; Alamäe, Tiina, juhendaja; Mardo, Karin, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Utilization of α-glucosidic sugars by Ogataea (Hansenula) polymorpha
(2018-08-27) Viigand, Katrin; Alamäe, Tiina, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Pärmid armastavad suhkruid, eelistades glükoosi – kui keskkonnas on palju glükoosi, siis pidurdatakse teiste suhkrute, nt α-glükosiidsete disahhariidide maltoosi ja sahharoosi kasutamist. Seda mehhanismi nimetatakse glükoosi repressiooniks. Maltoosi ja sahharoosi metabolismi on põhjalikult uuritud pagaripärmil Saccharomyces cerevisiae tema kasutuse tõttu pagari- ja õlletööstuses ning bioetanooli tootmisel. Õllepruulimisel on põhiline kääritatav suhkur linnasesuhkur ehk maltoos. Pagaripärmil paiknevad maltoosi kasutamiseks vajalikud geenid MAL-lookustes, mis asuvad telomeeride lähedal. Ka metülotroofne pärm (kasvab metanoolil) O. polymorpha kasvab maltoosil ja sahharoosil. Selle töö eesmärgiks oli iseloomustada α-glükosiidsete disahhariidide transporti ja metabolismi pärmil O. polymorpha. DNA sekveneerimisel tuvastati O. polymorpha’l neljageeniline MAL-lookus, mis kodeerib maltaas-isomaltaasi MAL1, α-glükosiidi permeaasi MAL2 ja kahte oletavat MAL-aktivaatorit. MAL1 ja MAL2 geenid on hädavajalikud α-glükosiidide kasutamiseks, kuid oletatavate MAL-aktivaatorgeenide funktsioon vajab veel tõestamist. MAL2 on laia substraadivalikuga prootonsümporter, mis transpordib paljusid α-glükosiidseid di- ja trisahhariide. Sarnase substraadivalikuga maltaas-isomaltaas MAL1 meenutab pagaripärmi maltaaside ja isomaltaaside hüpoteetilist eellast – nn ürgmaltaasi. MAL1 mutantide uurimine näitas, et ensüümi substraadi sidumistaskus võiks olla kaks pluss-sidumiskohta ning substraadieelistuse määramisel on valgus väga oluline Thr200. O. polymorpha MAL1-MAL2 geenide vahel on kahesuunaline promootorala, mis võimaldab mõlema geeni koosreguleerimist kasvusubstraatidega. O. polymorpha heksoosi kinaaside mutantide uurimisel selgus, et MAL1 promootori vaigistamiseks glükoosiga on vajalik glükoosi fosforüülimine rakus, samas toimib fosforüülimata glükoos promootori aktiveerijana. Püstitati hüpotees, et glükoos-6-fosfaat võiks toimida MAL1 promootorit represseeriva signaalina.