Sirvi Autor "Andreson, Reidar, juhendaja" järgi

Nüüd näidatakse 1 - 4 4

Antibiootikumiresistentsuse ja mikroobikoosluse uurimine Eesti mahe- ja intensiivpõllumajanduse muldades
(Tartu Ülikool, 2025) Reidma, Kaur; Andreson, Reidar, juhendaja; Kuus, Liina, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Antibiootikumid on inimkonna üks olulisemaid leiutisi ja peamine vahend bakteriaalsete nakkustekitajate vastu võitlemiseks. Aina enam levinud antibiootikumiresistentsus on suurenev probleem, suures osas põhjustatud antibiootikumide vastutustundetust kasutamisest põllumajandussektoris, kust resistentsusgeenid saavad levida erinevaid teid pidi inimese patogeenidele. Käesolevas töös uuritakse antibiootikumiresistentsust ja selle seost mikroobse mitmekesisuse ja mobiilsete geneetiliste elementide arvukusega Eesti muldades, võrreldes omavahel maheda ja intensiivse viljelusviisiga muldasid.
Antimikroobse resistentsuse tuvastamine ja ennustamine Illumina sekveneerimisandmetest
(Tartu Ülikool, 2025) Savolainen, Heleri; Andreson, Reidar, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Antimikroobne resistentsus (AMR) on kujunenud ülemaailmseks rahvatervise probleemiks. Kiire ja täpne resistentsuse tuvastamine on oluline, et alustada sobivat ravi varakult ning vähendada empiirilise ravi ajaakna suurust. Terve genoomi sekveneerimine (WGS) on saanud oluliseks bioinformaatiliseks tööriistaks, võimaldades määrata resistentsusprofiile tõhusalt. Käesoleva töö põhieesmärk oli tuvastada kahe bioinformaatilise tööriistaga AMR-i, millest esimene põhineb genoomipõhisel naabertüpiseerimisel (RASE) ning teine tugineb resistentsusgeenide ära tundmisel (ResFinder). Täpsemalt ennustati resistentsust ja tundlikkust Klebsiella pneumoniae ja Escherichia coli isolaatidest ja simuleeritud metagenoomsetest proovidest. Leiti, et ResFinder oli täpsem resistentsuse ennustamisel isolaadipõhistes proovides, teisalt RASE osutus usaldusväärsemaks tundlikkuse ennustamisel. Mõlema tööriista täpsus langes märgatavalt simuleeritud metagenoomsete andmete töötlemisel.
Raamjärjestamise programmide võrdlus eelnevalt kokkupandud genoomijärjestuste alusel
(Tartu Ülikool, 2014-06-12) Edula, Triin; Andreson, Reidar, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Spetsiifiliste k -meeride leidmine inimesel toiduallergiat põhjustavate loomaliikide määramiseks
(Tartu Ülikool, 2020) Jõesaar, Andrea; Andreson, Reidar, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Tänapäeval on ligi 2% täiskasvanutest toiduallergiad ja ka ristsaastumisel toitu sattunud allergeen osutuda mõnele allergikule ohtlikuks. Allergeenide tuvastamiseks proovist saab kasutada teise põlvkonna sekveneerimisel põhinevaid k -meere ehk k pikkuseid DNA lõike kasutavad meetodeid, mis pakuvad suurt tundlikkust ning täpsust. Tänu oma haploidsele pärandumisele, rohkusele keskkonnaproovis ja vähesele rekombinatsioonile on liikide eristamiseks tüüpiliselt kasutusel mitokondriaalne DNA. Käesoleva töö põhieesmärk oli töötada välja metoodika spetsiifiliste k -meeride leidmiseks sihtmärgiks olevate loomaliikide mitokondritest. Loodud meetod, mis põhineb filtreerimisel kasutades programmi nblast , leiab ühele sihtmärgile k -meeride komplekti keskmiselt 34 minutiga. Leiti, et saadud k -meeride komplektid annavad üldiselt tugeva signaali, kui neid testida sihtmärgi täisgenoomil toorlugemitel