Antimikroobse resistentsuse tuvastamine ja ennustamine Illumina sekveneerimisandmetest

Abstract

Antimikroobne resistentsus (AMR) on kujunenud ülemaailmseks rahvatervise probleemiks. Kiire ja täpne resistentsuse tuvastamine on oluline, et alustada sobivat ravi varakult ning vähendada empiirilise ravi ajaakna suurust. Terve genoomi sekveneerimine (WGS) on saanud oluliseks bioinformaatiliseks tööriistaks, võimaldades määrata resistentsusprofiile tõhusalt. Käesoleva töö põhieesmärk oli tuvastada kahe bioinformaatilise tööriistaga AMR-i, millest esimene põhineb genoomipõhisel naabertüpiseerimisel (RASE) ning teine tugineb resistentsusgeenide ära tundmisel (ResFinder). Täpsemalt ennustati resistentsust ja tundlikkust Klebsiella pneumoniae ja Escherichia coli isolaatidest ja simuleeritud metagenoomsetest proovidest. Leiti, et ResFinder oli täpsem resistentsuse ennustamisel isolaadipõhistes proovides, teisalt RASE osutus usaldusväärsemaks tundlikkuse ennustamisel. Mõlema tööriista täpsus langes märgatavalt simuleeritud metagenoomsete andmete töötlemisel.