MRI bakalaureusetööd – Bachelor's theses

Selle kollektsiooni püsiv URIhttps://hdl.handle.net/10062/30295

Sirvi

Nüüd näidatakse 1 - 20 779

listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Akvaporiinide roll taimede veevahetuses ja peamiste neid kodeerivate geenide fragmentide järjestuste analüüs kolmes odrasordis (Hordeum vulgare)
(Tartu Ülikool, 2026) Randmäe, Raili; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Akvaporiinid on transmembraansed poore moodustavad valgud, mis mängivad olulist rolli mitmetes taime eluks vajalikes protsessides. Üheks tähtsamaks neist on veevahetus, mille käigus taim omastab mullast vett, toimub selle transport läbi taimeosade ning viimaks vabastatakse üleliigne õhulõhede kaudu atmosfääri. Käesoleva töö esimeses osas antakse ülevaade veevahetuse ja akvaporiinide teoreetilisest taustast. Eksperimentaalses osas kirjeldatakse katseid, mis viidi läbi, et võimaldada kolme hariliku odra sordi (Hordeum vulgare L. ’Golden Promise’, Hordeum vulgare L. ’Vanille’ ja Hordeum vulgare L. ’Marta’) valitud akvaporiinide geeniekspressiooni analüüsi. Selleks paljundati nende geenide fragmendid PCR-iga ja sekveneeriti ning võrreldi saadud järjestusi referentsgenoomiga ja omavahel. Seejärel hinnati, kas saadud järjestuste põhjal on võimalik disainida kõikidele sortidele sobivaid praimereid qPCR-i läbi viimiseks.
listelement.badge.access-status Embargo ,
Harilikust sibulast eraldatud nanovesiikulite iseloomustamine ja nende mõju inimese rakuliinidele
(Tartu Ülikool, 2026) Blok, Paulina Alicja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Viimastel aastatel on taimedest eraldatud nanovesiikulid palju tähelepanu pälvinud, sest need võivad olla looduslikeks ja ohututeks bioaktiivsete ühendite kandjateks. Nanovesiikulite eraldamisel on esimeseks etapiks taime mehaaniline purustamine, kuid samas on selgusetuks jäänud, kas ja kuidas erinev purustusaste mõjutab saadud vesiikulite saagikust. Samuti on jäänud selgusetuks, kui selektiivselt need koekultuuris erinevatele rakuliinide elujõulisusele toimet avaldavad. Käesoleva bakalaureusetöö eesmärgiks oli võrrelda kahe erineva purustusastmega harilikust sibulast (Allium cepa) eraldatud nanovesiikulite biokeemilisi ja füüsikalis-keemilisi omadusi ning jälgida nende toimet inimese rakuliinide MRC-5, MCF-7 ja U2OS metaboolsele aktiivsusele. Katsete käigus selgus, et purustusaste ei mõjuta nanovesiikulite omadusi suurel määral. Lisaks selgus, et suuremates kontsentratsioonides harilikust sibulast eraldatud nanovesiikulid pärsivad rakkude metaboolset aktiivsust, kuid täiendavad katsed rakuliiniga MRC-5 kinnitasid, et need rakkude arvu ei vähenda.
listelement.badge.access-status Embargo ,
Metüültransferaasi HEMK2 molekulaarsete funktsioonide uurimine jämesoolevähi rakuliini HCT116 näitel
(Tartu Ülikool, 2026) Luik, Paulina Lo; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
HEMK2 on valk-spetsiifiline metüültransferaas, mille funktsioonid imetajate rakkudes ei ole veel täielikult teada. Töös leiti, et HEMK2 allaregulatsioon jämesoolevähi rakuliinis HCT116 põhjustab morfoloogilisi muutusi, aeglasemat proliferatsiooni ja rakutsükli inhibiitorite p21 ning p53 ülesregulatsiooni. Samuti selgus, et HEMK2 deletsioon põhjustab seerumnäljutuse tingimustes tugevat proliferatsiooni defekti ja lühiajalise, kuid järsema p21-p53 ülesregulatsiooni. Tulemused viitavad, et HEMK2 võib olla oluline vähirakkude proliferatsiooni ning rakulise stressi regulatsioonil, mille otsesed molekulaarsed mehhanismid vajavad edasist uurimist.
listelement.badge.access-status Embargo ,
MAGE-A4 üleekspressiooniga kaasnevate füsioloogiliste muutuste uurimine inimese fibroblastiliinis MRC5
(Tartu Ülikool, 2026) Malsub. Marta; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Vähi-testise antigeeni MAGE-A4 ekspressiooni seostatakse agressiivsete vähivormide ja kehva patsiendi prognoosiga, ent valgu täpsed toimemehhanismid on seni vähemõistetud. Käesoleva töö eesmärk oli hinnata MAGE-A4 üleekspressiooni mõjusid inimese fibroblastiliini MRC5 füsioloogiale. Immunofluorestsentsanalüüsi tulemused viitasid võimalusele, et MAGE-A4 üleekspressioon MRC5 rakkudes võib soodustada p53 akumulatsiooni tuumas ilma tugeva klassikalise allavoolu stressivastuse (nagu p21 ekspressiooni tõus, proliferatsiooni langus) aktivatsioonita. Annexin V/PI voolutsütromeetrilisel analüüsil ei tuvastatud MAGE-A4 üleekspresseerivates rakkudes olulisi muutusi rakkude elulemuses, ent lõplike järelduste tegemine nõuab korduskatseid.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Assessment of lipid nanoparticle-mediated Cre mRNA delivery in cancer cell lines
(Tartu Ülikool, 2026) Hiie, Berit; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Lipiidsed nanoosakesed (LNP-d) on paljulubavad mitteviiruslikud mRNA ja plasmiidse DNA (pDNA) rakusiseseks kohaletoimetamiseks. Rakku penetreerivad peptiidid (CPP-d) ja koesse tungivate peptiididega (TPP-dega) funktsionaliseeritud LNP-d võivad parandada nukleiinhapete rakulist omastamist ja rakusisest transporti. Käesoleva bakalaureusetöö eesmärk oli hinnata CPP-põhiste transfektsioonisüsteemide ja TPP-funktsionaliseeritud LNP-de võimet vahendada funktsionaalset geeniedastust erinevates vähirakkude liinides. Töös kasutati kahekordset Cre reportersüsteemi sisaldavat pDNA konstrukti. Transfekteeritud rakud ekspresseerisid punast fluorestseeruvat valku (RFP), kuid Cre-vahendatud loxP-ga ümbritsetud RFP-STOP kasseti eemaldamine põhjustas fluorestsentsi muutuse RFP-st roheliseks fluorestseeruvaks valguks (GFP). VP1 ja VP4 CPP-sid hinnati pDNA kohaletoimetamise transfektsioonireagentidena, samal ajal kui longCP- ja RPAR-funktsionaliseeritud LNP-sid kasutati Cre mRNA rakusiseseks kohaletoimetamiseks. pDNA ja Cre mRNA kohaletoimetamist ning reportersüsteemi aktivatsiooni hinnati fluorestsentsmikroskoopia ja läbivoolutsütomeetria abil. Kõige tugevamat ja püsivamat Cre reportersignaali täheldati longCP-funktsionaliseeritud LNP-de kasutamisel pärast VP4-vahendatud pDNA transfektsiooni. Käesolev töö näitab CPP-de ja TPP-funktsionaliseeritud LNP-de potentsiaali LNP-vahendatud kohaletoimetamissüsteemide in vitro hindamisel enne nende kasutamist in vivo katsetes.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
FMR1 geeni premutatsiooni tuvastamine idiopaatilise enneaegse munasarjapuudulikkusega Eesti naistel
(Tartu Ülikool, 2026) Glasberg, Taja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Enneaegne munasarjapuudulikkus (POI) on seisund, mille korral munasarjade funktsioon lakkab enne 40. eluaastat. POI etioloogia on mitmekesine, kuid geneetilised tegurid moodustavad kuni 30% teadaolevatest juhtudest. Kõige sagedasemaks monogeenseks põhjuseks on FMR1 geeni premutatsioon, mille korral on geeni 5’UTR regulatoorses piirkonnas normaalsest suurem CGG trinukleotiidkorduste arv (55-200). FMR1 geeni premutatsioon põhjustab ligikaudu 6% POI juhtudest. Lisaks võib trinukleotiidkorduste arv rakujagunemise käigus laieneda, suurendades järgnevates põlvkondades Fragiilse X sündroomi (FXS) haigestumuse riski. Seetõttu on FMR1 premutatsiooni diagnoosimine POI-ga patsientidel kliinilise käsitluse ja pereplaneerimise seisukohalt oluline, mistõttu soovitatakse geneetilist testimist kõigi idiopaatiliste POI juhtude korral. Käesolevas bakalaureusetöös käsitletakse POI geneetilisi põhjuseid, nende rolli kliinilises kontekstis ja patsiendi ravialaste otsuste tegemisel. Töö praktilises osas analüüsiti Eestis kogutud 52 idiopaatilise POI patsiendi FMR1 premutatsiooni testimise sagedust, määrati testimata patsientide FMR1 geeni 5’UTR regioonis CGG täpne korduste arv ning koondati kokku kliiniline informatsioon premutatsiooniga patsientidest.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Pagaripärmi Saccharomyces cerevisiae kasvutingimuste optimeerimine antibiootikumitundlikkuse hindamiseks
(Tartu Ülikool, 2026) Tamm, Taavi; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Pagaripärm Saccharomyces cerevisiae on oluline mudelorganism eukarüootse ribosoomi biogeneesi ja translatsiooni uurimisel. Antibiootikumitundlikkuse määramine võimaldab hinnata ribosoomi talitluslikke muutusi, kuid usaldusväärsete tulemuste saamiseks peavad kasvutingimused võimaldama optimaalset kasvu ja mõõtmistulemused olema reprodutseeritavad. Käesoleva töö eesmärk oli optimeerida pärmi kasvutingimusi 96-süvendilisel mikrotiiterplaadil vedelkultuuris, mis võimaldaks reprodutseeritavat generatsiooniaegade määramist erinevate söötmete ja inhibiitorite tingimustes ning kasutada optimeeritud tingimusi erinevate pärmituvede tsükloheksimiiditundlikkuse hindamiseks IC₅₀ väärtuste kaudu. Töö tulemusena kohandati kasvutingimusi BMG Labtech POLARstar Omega mikroplaadilugejas, mis võimaldasid erinevate pärmitüvede antibiootikumitundlikkust vedelkultuuris hinnata.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Laktoosi selektsioonil põhineva testsüsteemi rakendamine mutatsiooniprotsesside uurimiseks bakteris Pseudomonas putida
(Tartu Ülikool, 2026) Herja, Piret; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Varasemalt on näidatud, et uvrD geeni puudumisel tõuseb Pseudomonas putida mutantide tekkesagedus. Samas on P. putida mutatsioonide uurimisel seni kasutatud peamiselt fenooli kasutuselevõtul põhinevaid testsüsteeme, mille rakendatavus võib olla piiratud. Käesoleva töö eesmärk oli uurida bakteris P. putida laktoosi selektsioonil põhinevat mutantide tekkesageduse testsüsteemi alternatiivina fenoolil põhinevale süsteemile. Laktoosi kasutuselevõtul põhinev testsüsteem võimaldab tuvastada β-galaktosidaasi kodeerivasse geeni lacZ disainitud mutatsioonide reverteerumise järgi spetsiaalsete Lac-testertüvede võimekust hakata kasutama süsinikallikana laktoosi. Töö tulemusena selgus, et teadaolev P. putida uvrD mutaatorfenotüüp avaldub ka uues testsüsteemis. Lisaks oli võimalik hinnata ühe kindla lacZ geenis asuva asendusmutatsiooni ja kahe erineva raaminihkemutatsiooni reverteerumissagedust eraldi.
listelement.badge.access-status Embargo ,
Adhesiini lapA ja selle transporteri lapB ekspressiooni regulatsioon Pseudomonas putida’s
(Tartu Ülikool, 2026) Petrovs, Daniils; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Käesoleva töös uuritakse Pseudomonas putida biofilmi moodustamisega seotud geenide lapA ja lapB ekspressiooni regulatsiooni sõltuvust keskkonnafaktoritest nagu rauasisaldus, pH ja süsinikallikas, ning transkriptsiooniregulaatoritest IHF, ArgR ja FleQ. Lisaks hinnati lapB geeni potentsiaalsete promootorite funktsionaalsust. P. putida on risosfäärne bakter, mis koloniseerib taimede juuri ja moodustab nende pinnal biofilme. Kui lapA geeni regulatsiooni on varem põhjalikult uuritud, siis lapB regulatsioon on seni jäänud vähem käsitletuks. Töös kasutati kahesuunalist reporterplasmiidi pA1. Katsetest selgus, et lapB promootor(id) asuvad ennustatud promootorite hulgas, ning nende muteerumine võib põhjustada vastasgeeni ekspressioonilangust.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Transkriptsiooni regulaatorvalgu Yaf9 NuA4- ja SWR1-sõltumatu homodimeriseerumine pagaripärmis (Saccharomyces cerevisiae)
(Tartu Ülikool, 2026) Ojala, Paula; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Transkriptsiooni reguleerimine on geeniekspressioonis oluline etapp, milles omab võtmetähtsust kromatiinistruktuuri muutmine. Pagaripärmi kromatiiniregulatsiooniga seotud valkkomplekside töömehhanismide uurimine aitab paremini mõista ka kõrgemates eukarüootides toimuvat geeniekspressiooni regulatsiooni. Käesolev töö uurib pagaripärmi kromatiini reguleerivate komplekside NuA4 ja SWR1 võimalikku interaktsiooni mõlemasse kompleksi kuuluva Yaf9 valgu homodimeriseerumisel koimmunosadestamise katsega. Samuti uuritakse Yaf9 C terminaalse domeeni rolli selles ning spekuleeritakse Yaf9 potentsiaalsete kompleksidest sõltumatute funktsioonide üle.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Candida albicans’i Taf2 ja Taf14 valgu interaktsioon pagaripärmi mudelsüsteemis
(Tartu Ülikool, 2026) Adson, Mona Rebeka; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Igal aastal surevad miljonid inimesed seeninfektsioonide tagajärjel. Ravimiresistentsete patogeenide leviku tõttu on seenhaiguste raviks vaja leida uusi terapeutilisi sihtmärke. Üheks potentsiaalseks sihtmärgiks võib olla kottseentele omane transkriptsioonifaktor, TBP-seoseline faktor 14 (Taf14), mida inimorganismis ei esine. Pagaripärmis Saccharomyces cerevisiae on näidatud Taf14 ja TBP-seoselise faktori 2 (Taf2) vahelist interaktsiooni, mille häirimine põhjustab rakkudes kasvuhäireid. Patogeenses pärmseenes Candida albicans osaleb Taf14 hüüfide ja rakuseina moodustumises ning võimaldab säilitada raku kohanemisvõimet peremeesorganismis. Käesolev töö keskendus C. albicans’i Taf14 ja Taf2 valgu C-terminaalse osa vahelise interaktsiooni uurimisele. Töö eesmärk oli luua S. cerevisiae’l põhinev mudelsüsteem, mis ekspresseerib omavahel interakteeruvaid C. albicans’i Taf14 valku ja Taf2 valgu C-terminaalset fragmenti. Konstrueeritud tüve edasine kasutamine võimaldaks uurida selle interaktsiooni inhibeerimist ning looks aluse uute seenhaigustevastaste ravimite väljatöötamiseks.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Lehevaablase perekonna Allantus fülogenees ja positsioon Allantinae alamsugukonnas (Hymenoptera, Tenthredinidae) molekulaarandmete põhjal
(Tartu Ülikool, 2026) Kadeikina, Marija; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Uuringus käsitleti perekonna Allantus fülogeneetilisi seoseid ja selle süstemaatilist positsiooni alamsugukonnas Allantinae molekulaarsete meetodite abil. Leiti, et Allantus ei ole monofüleetiline, kuna selle põhiklaadi sisse paigutusid ka perekonnad Apethymus, Athlophorus ja Hemathlophorus ning liik A. melanarius jäi põhiklaadist välja. Samuti selgus, et fülogeneetiliselt lähedased liigid eri perekondadest on sageli seotud sarnaste peremeestaimedega, näiteks kontpuu ja roosidega. Tulemused viitavad sellele, et Allantus’e piiritlemine vajab ümberhindamist ning kõige sobivam oleks laiendada perekonna piire, hõlmates sinna ka lähedased perekonnad.
listelement.badge.access-status Embargo ,
Taf14 valguga seonduvad sünteetilised polüpeptiidid kui konkurentsed inhibiitorid pagaripärmis Saccharomyces cerevisiae
(Tartu Ülikool, 2026) Musienko, Liza; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Taf14 on pärmis S. cerevisiae esinev valk, mis ühendab kromatiini struktuuri ja transkriptsiooni initsiatsiooni regulatsiooniga seotud protsesse. Selle ekstra-terminaalne (ET) domeen vahendab interaktsioone kuue valgukompleksiga ja valgu puudumine põhjustab rakkudes kasvudefekte. Käesoleva töö eesmärgiks oli testida, kas lühikesed viiekordseid kordusi sisaldavad sünteetlised polüpetiidid suudavad konkureerivalt siduda Taf14 ET-domeeni, takistades seeläbi selle normaalset seondumist sihtmärkvalkudega. Uuringu käigus saadi pärmitüved, mis ekspresseerisid sünteetilisi polüpeptiide galaktoosiga indutseeritava promootori kontrolli alt ning näitasid nende pärssivat mõju Taf14 valgu funktsioonidele. Saadud teadmised loovad aluse Taf14 funktsionaalse tähtsuse edasiseks uurimiseks valgukomplekside talitluse kontekstis.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Arbuskulaarse mükoriisa kvantifitseerimine juureproovides: fosfolipiidsete rasvhapete analüüsi ja juurte mikroskopeerimise meetodite võrdlus
(Tartu Ülikool, 2026) Käämer, Klaara; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Mullaelustikus olulist rolli mängivate arbuskulaarset mükoriisat moodustavate krohmseente uurimisel kasutatakse sageli kvantitatiivseid meetodeid. Võrdlevaid analüüse on vaja, et teadustöös ja mullaseires kasutada optimaalseimat meetodit krohmseente rohkuse hindamiseks. Bakalaureusetöö eesmärgiks oli anda kirjanduse põhjal ülevaade seniste teadmiste kohta arbuskulaarse mükoriisa kvantifitseerimises ning võrrelda juurte mikroskopeerimist ja fosfolipiidsete rasvhapete analüüsi katseandmete põhjal. Leiti, et kahe meetodi vahel on positiivne statistiliselt oluline seos, mis ei olenenud katse asupaigast ega kasvatatud põllukultuurist. Siiski annavad meetodid komplementaarset, mitte identset informatsiooni: mikroskopeerimine sümbioosi olemuse ja rasvhapete analüüs biomassi kohta. Vastavalt katse spetsiifikale ja mahule soovitatakse kasutada fosfolipiidsete rasvhapete analüüsi eraldi või kombineeritult mikroskopeerimisega.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
BipA ja YjgA roll bakteriaalse ribosoomi biogeneesis: Escherichia coli deletsioontüvede konstrueerimine ja fenotüübiline analüüs
(Tartu Ülikool, 2026) Kokamägi, Kirke Liis; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Ribosoomi biogenees on keeruline protsess, mille efektiivsust rakus aitavad tagada biogeneesi abifaktorid. Valgud YjgA ja BipA on arvatavasti biogeneesi abifaktorid, kuid nende osalusest biogeneesis on veel vähe teada. Käesoleva bakalaureusetöö eesmärgiks oli konstrueerida E.coli mudelsüsteem, kus on deleteeritud yjgA ja/või bipA geen ning mudelsüsteemi abil uurida YjgA ja BipA puudumise mõju bakteriaalse ribosoomi biogeneesile. Selleks analüüsiti konstrueeritud tüvede kasvukõveraid ja sahharoosigradiendi profiile. Tulemustest selgus, et YjgA ja/või BipA puudumine rakust põhjustab madalamal temperatuuril toitainetevaeses keskonnas kasvudefekti. BipA puudumine rakust tekitab ribosoomide biogeneesi defekti, mis väljendub biogeneesi vahepartiklite kuhjumisena rakus.
listelement.badge.access-status Embargo ,
PERK-signaaliraja markerite ja PERK/ISR-raja modulaatorite metaboolse toime hindamine Wolframi sündroom 1 rotimudelis
(Tartu Ülikool, 2026) Allik, Kirke; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Wolframi sündroom (WS) on haruldane ja tänaseni ravimatu progresseeruv neurodegeneratiivne haigus, mida põhjustavad patogeensed mutatsioonid WFS1 geenis ning millele on iseloomulikud varajane diabeet ja neurodegeneratsioon. Käesolevas töös hinnati PERK-signaaliraja markerite tasemeid Wfs1-puudulikkusega rottide ajupiirkondades ning võrreldi ISRIB-i, trasodooni ja tirsepatiidi metaboolseid toimeid. Wfs1-puudulikkusega rottidel ilmnes CHOP taseme tõus juba 3 kuu vanuselt, samas kui p-eIF2α/eIF2α suhte suurenemine avaldus kõigis uuritud ajupiirkondades alles 12 kuu vanuseks. ISRIB ja trasodoon ei parandanud glükoositaluvust. Selgeim metaboolne toime ilmnes tirsepatiidi monoteraapia ning tirsepatiidi ja trasodooni kombinatsioonravi korral, mille puhul paranes glükoositaluvus ja suurenes glükoosist stimuleeritud C-peptiidi sekretsioon. Tulemused viitavad, et PERK/ISR-raja moduleerimine üksi ei pruugi olla piisav WS-i diabeedi fenotüübi leevendamiseks.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Lignoaromaatsete ühendite lagundamine
(Tartu Ülikool, 2026) Juul, Katrin; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Ligniin on lignotselluloosse biomassi üks peamisi komponente, mille biodegradatsioonil tekivad erinevad aromaatsed ühendid. Ligniini laguproduktide mikroobne lagundamine on oluline nii looduses toimuvas süsinikuringes kui ka ligniini biotehnoloogilisel väärindamisel. Käesoleva töö raames uuriti seitsme bakteritüve võimet kasutada erinevaid lignoaromaatseid ühendeid süsinikuallikana. Katsete käigus analüüsiti bakterite kasvu p-hüdroksübensoaadi, p-kumaraadi, vanilliini, ferulaadi ja guajakooli sisaldavatel minimaalsöötmetel. Lisaks uuriti bakterikoosluste võimekust kasutada erinevaid lignoaromaatsete ühendite segusid. Bakterite kasvu ja substraatide kasutamist hinnati spektrofotomeetriliste mõõtmiste abil ning võrreldi bakterite kasvukiirusi ja lagundamisvõimekust. Lisaks analüüsiti ligniini lagundamisega seotud ensüümide valgujärjestuste fülogeneetilisi seoseid.
listelement.badge.access-status Embargo ,
Pseudomonas putida profaag P3 geen PP_2277 kodeerib HEPN-domääniga faagikaitsevalku
(Tartu Ülikool, 2026) Männik, Kahru; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Pseudomonas putida on suure potentsiaaliga ja laialdase kasutusega mikroorganism. Paremaks kasutuseks tööstuses ja keskkonnatehnoloogias on vaja teada, kuidas bakter oma peamise vastase ehk bakteriofaagi eest ennast kaitseb. Viimasel ajal on avastatud mitmeid uusi geene, mis kaitsevad P. putida’t bakteriofaagide eest, samas ei ole nende kaitsemehhanisme hästi kirjeldatud. Üheks selliseks geeniks on PP_2277, mida kodeerib P. putida genoomis olev profaag P3. Selle uurimistöö eesmärk oli eksperimentaalselt iseloomustada P. putida profaag P3 geeni PP_2277 poolt vahendatud faagiresistentsuse mehhanismi. Tulemused näitasid, et PP_2277 võib olla endoribonukleaas, mis oletatavasti põhjustab abortiivset infektsiooni, kaitstes seega bakteripopulatsiooni osade CEPEST kollektsiooni G18 perekonda kuuluvate faagide eest.
listelement.badge.access-status Embargo ,
Keskkonnaproovidest Pseudomonas putida’t nakatavate faagide eraldamine ja kirjeldamine
(Tartu Ülikool, 2026) Jerlakas, Jessica; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Käesoleva töö eesmärgiks oli täiendada CEPEST kollektsiooni uute bakteriofaagidega, kasutades isoleerimisel mitmete potentsiaalsete kaitsesüsteemide suhtes defektset Pseudomonas putida tüve ΔDef-12. Samuti prooviti kindlaks teha, millised ΔDef-12 tüves puuduvad kaitsesüsteemid suurendavad P. putida faagiresistentsust. Õnnestus isoleerida 14 faagi ning kollektsiooni lisandus kaks uut perekonda ja kaheksa uut liiki. Faagitolerantsuse testimiseks valiti 17 faagi perekondadest G8, G14, G16, G24 ja G25 ning testiti 13 erinevat P. putida järjestikust deletsioonmutanti, millel puudus erinev arv potentsiaalseid kaitsesüsteeme. Tulemused näitasid, et mitmed testitud kaitsesüsteemid panustasid CEPEST kollektsiooni faagide vastasesse kaitsesse. Süsteemide mõju oli üldiselt perekonnaspetsiifiline ning mõnel juhul ka faagispetsiifiline. Kõige laialdasema kaitse testitud faagide suhtes andis tüüp I restriktsiooni-modifikatsiooni süsteem. Lisaks mängisid olulist rolli faagikaitses ka tüüp II RM süsteem, Gabija, HerA/DUF, PD-T7-1 ja profaagid.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Mechanisms of head capsule development in Drosophila melanogaster
(Tartu Ülikool, 2026) Uljanov, Ivan; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Live imaging of Drosophila larval eye-antennal imaginal discs and ex vivo culture methods allow for clear observation of head development. Our goals for this work were to map the development, underlying molecular mechanisms and signalling during fly head morphogenesis. In this work, a previously developed ex vivo culturing technique is utilized and further refined for extended time-lapse and detailed imaging. Using this approach, five distinct developmental stages, as well as specific morphogenetic movements of peripodial epithelium (PE) and disc proper (DE), were captured, analysed and described in detail. In addition, the imaging of disc fusion and head cuticle formation was improved. The intricate movements of the previously overlooked disc proper (DP) were analysed, providing a detailed description of its complex structural changes, fusion and spatial reorganization. Additionally, caspase signalling was mapped during fusion, confirming its presence and importance as one of the main factors in imaginal discs development.

Sirvi

Viimati lisatud