Sirvi Autor "Hõrak, Hanna, juhendaja" järgi

Nüüd näidatakse 1 - 9 9

ABCG18 ja ABCG19 ekspressioonimuster harilikus müürloogas (Arabidopsis thaliana) ja roll õhulõhede arengus
(Tartu Ülikool, 2025) Reila, Heiki; Hõrak, Hanna, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Taimedele on õhulõhed olulise tähtsusega. Õhulõhe moodustab kaks sulgrakku, mille vahel on õhupilu, mis avaneb või sulgub vastavalt turgori muudatustele sulgrakkudes. Antud uurimistöös uurisin geenide ABCG18 ja ABCG19 ekspressioonimustrit harilikus müürloogas (Arabidopsis thaliana), täpsemalt epidermirakkudes ja seemikutes, keskendudes peamiselt õhulõhedele. Töös konstrueerisin promootor-GUS reportersüsteemiga transgeensed taimeliinid, kus GUS geen oli vastava ABCG geeni promootori kontrolli all. Lisaks kasutasin hariliku müürlooga Col-0 metsiktüüpi ja häiritud ABCG17, ABCG18 ja ABCG19 geeni funktsiooniga taimeliine. Leidsin, et ABCG18 ja ABCG19 geenid on aktiivsed taime epidermis ja õhulõhedes. Uurides õhulõhede tihedust, ei leidnud mutantliinide ja metsiktüüpi taimede vahel erinevusi.
Automated Detection and Quantification of Stomata
(Tartu Ülikool, 2024) Gorbachenko, Ivan; Hõrak, Hanna, juhendaja; Haamer, Rain Eric, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Tehnoloogiainstituut
This thesis presents an approach for the automated detection and quantification of stomata using machine learning techniques. The study focuses on employing the YOLOv8 model to analyse video data of leaf epidermal imprints, significantly improving the efficiency and accuracy of stomatal detection compared to traditional manual methods. The results highlight the model's ability to handle varying focal depths within video frames, ensuring consistent stomatal counts. Future research directions include expanding the dataset and incorporating advanced image analysis techniques to further enhance detection accuracy.
Causes and consequences of stomatal density in relation to atmospheric humidity
(Tartu Ülikooli Kirjastus, 2025-10-06) Tulva, Ingmar; Hõrak, Hanna, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
See dissertatsioon uurib taimede õhulõhede, peamiselt nende tiheduse seoseid õhuniiskusega. Õhulõhed on mikroskoopilised suletavad avad taimelehes, mille kaudu taim laseb õhku fotosünteesivate rakkude juurde, püüdes seejuures aurumise läbi mitte liialt vett kaotada. Õhulõhede läbilaskvuse määrvad korraga nii nende avatus (mis minutitega muudetav) kui ka tihedus (mis arengu käigus paika pandud). Üks meie uuringute strateegia tegeles õhulõhede tiheduse ja avatuse üheaegse geneetilise manipuleerimisega, püüdes otsida keskkonnast (õhuniiskusest) sõltuvat optimaalset kombinatsiooni. Näitasime, et selline kombineerimine on vabalt võimalik, aga õhulõhede liig paneb taimele tema varases arengus suure koorma, mis kasvu universaalselt aeglustab. Seejuures demonstreerisime, et see kasvuhäire ei ole vähemalt otseselt veekaotusega seotud, sest taimeliinid, millel on raskusi enda õhulõhede sulgumisega, ei näidanud sarnast kasvu aeglustumist. Õhulõhed paiknevad tüüpiliselt, paljudel taimeliikidel eranditult, lehe alaküljel. Siiski on mitmeid liike, millel õhulõhesid leidub arvukalt ka üleküljel. Õhulõhede arengut juhtivates geneetilistest mehhanismidest on teada mõndagi, aga miski sellest ei seleta ära lehe külgede erinevusi, ammugi õhulõhede täielikku puudumist seal mõnedel liikidel. Oma uurimustega liikusime mõned sammud mõistatuse lahendusele lähemale, näidates süstemaatiliselt, millised õhulõhede arengut kontrollivad geenid mõjutavad lehe külgi erinevalt ja millised ühtviisi. Kaevusime ka õhulõhede tiheduse ja suuruse seostesse, näidates, kuidas üldine “rohkem tähendab väiksemaid” seos kehtib sarnaste taimede keskkonnaga mõjutamisel, aga kaob, kui õhulõhede arengul geneetilised pidurid eemaldada. Nendes uuringutes tegelesime müürloogaga, mis majandusliku tähtsuseta, aga kergestikäsitsetava taimeliigina on füsioloogiliste ja geneetiliste uuringute esimene samm. Nende tulemuste põllutaimedel kontrollimine, et värskeid teadmisi praktikas rakendada, on juba hoogsalt käsil.
Defektse MED25 mõju hariliku müürlooga õhulõhede regulatsioonile
(Tartu Ülikool, 2020) Eelmets, Erki; Hõrak, Hanna, juhendaja; Koolmeister, Kaspar, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Taimede välises rakukihis on väiksed poorid, mille kaudu ammutatakse süsihappegaasi, kuid samaaegselt transpireerub vesi. Neid poore nimetatakse õhulõhedeks ning need on võimelised reageerima keskkonnatingimuste muutustele avanedes ja sulgudes. Niiviisi säästavad taimed vett näiteks stressitingimustes. Õhulõhede regulatsiooni täpsem kirjeldamine oleks kasulik muutuvale kliimale paremini adapteeruvate taimede loomisel. Selles töös uuriti MED25 defektide potensiaalset seost punase valguse toimeliste reaktsioonidega mudeltaimes harilik müürlook. Katseid tehti metsiktüüpide Col-0 ja Col-3 ning MED25 geenikatkestustega liinidega. Uuringu tulemustes ilmnes MED25 mõju õhulõhede reaktsioonivõimele punases valguses ja kõrge süsihappegaasi kontsentratsiooni korral, aga tuvastati ka MED25 potentsiaalne negatiivselt regulatoorne roll kõrge süsihappegaasi kontsentratsiooni toimelistes õhulõhede sulgumisreaktsioonides.
Geenide RAF6 (At4g24480) ja GC1 (At1g22690) ekspressioonimustrite uurimine hariliku müürlooga (Arabidopsis thaliana) lehe epidermirakkudes
(Tartu Ülikool, 2022) Urvak, Greete; Hõrak, Hanna, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Keskkonna ning taime vahelist gaasivahetust vahendavad õhulõhed, mis on poorid taime epidermis. Õhulõhede tööd mõjutades on võimalik taimi keskkonnatingimuste, sealjuures põua, suhtes vastupidavamateks teha. Teada on, et õhulõhede töös ja arengus osalevad paljud geenid, mis on seotud sulgrakkude arengu ja käitumise reguleerimisega vastusena keskkonnamuutustele. Käesolevas töös uurisin kahe sellise geeni RAF6 (At4g24480) ja GC1 (At1g22690) ekspressioonimustreid hariliku müürlooga (Arabidopsis thaliana) epidermirakkudes. Selleks konstrueerisin RAF6 ja GC1 promootorite ja GUS reportergeeniga taimeliinid, milles geenide promootorite aktiivsust epidermis GUS-värvumise teel hindasin. Katses selgus, et mõlemad geenid on aktiivsed õhulõhede sulgrakkudes.
IQD19 geeni ekspressioonimuster ja roll hariliku müürlooga (Arabidopsis thaliana) õhulõhede arengus
(Tartu Ülikool, 2024) Poogen, Marilin; Hõrak, Hanna, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Õhulõhed koosnevad kahest sulgrakust ning nende vahele jäävast avausest ning nende kaudu toimub taime ja keskkonna vaheline gaasivahetus ning veekao reguleerimine. Õhulõhede uurimine ning mõistmine, kuidas geenid nende arengut ja funktsioone mõjutavad, aitab tulevikus luua taimi, mis oleksid põuakindlamad ning seejuures toodaksid head saaki. Käesolevas töös konstrueerisin promootor-GUS reportersüsteemiga transgeensed taimeliinid ja uurisin nende abil geeni IQD19(AT4G14750) ekspressioonimustrit taimes. Leidsin, et geen on aktiivne õhulõhedes, juhtsoontes,juurtes ning tolmukaniidis. Uurisin õhulõhede paiknemise mustreid IQD19 geeni funktsiooni häirega mutantides ja võrreldes metsiktüüpi taimedega suuri erinevusi ei leidnud. Küll aga oli plaadil kasvatatud IQD19–defektsetel seemikutel madalam lehe ülemise ja alumise külje õhulõhede tiheduste suhe.
Kasvutingimuste mõju hariliku müürlooga (Arabidopsis thaliana) õhulõhede regulatsioonile
(Tartu Ülikool, 2015) Rüütel, Liis; Jalakas, Pirko, juhendaja; Hõrak, Hanna, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
The Effect of Elevated Temperature on Stomatal Development in Arabidopsis thaliana
(Tartu Ülikool, 2025) Babincová, Sára; Hõrak, Hanna, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Bioinseneeria instituut
Stomata are small pores in the leaf epidermis, each surrounded by a pair of guard cells, that mediate gas exchange between the plant and the environment. Their development is greatly influenced by environmental conditions such as light intensity, carbon dioxide (CO2) levels, and temperature. With global temperatures rising, understanding how stomatal patterning is regulated in the increasingly warmer climate is becoming paramount. This study addressed stomatal developmental response to elevated temperature (ET) in plants deficient in key signalling pathway components involved in stomatal function and development in Arabidopsis thaliana to identify potential new actors in this response. The mutant lines were grown at 30°C/26°C day/night (ET) and at 23°C/19°C day/night (control temperature, CT). Analysis of stomatal density (SD), stomatal ratio (SR) and stomatal index (SI) was performed. We found that SD generally decreased in response to ET. SR was mostly not affected by ET. SI increased on the abaxial side in the control line Col-0 and mitogen-activated protein kinases 3 and 6 (MPK3/6) overexpressor lines MPK3OX and MPK6OX when grown at 30°C, suggesting the role of MPK3/6 in the regulation of the response of stomatal development to ET. The mutant line raf27-2 initially showed increased SD in response to ET. However, this effect was not seen in a repeat experiment grown under the same conditions on a different shelf of the growth cabinet, suggesting an unknown inconsistency across the growth cabinet. A further investigation of the role of RAF27 in the temperature response is required.
The role of SPEN3 in stomatal development and plant growth in Arabidopsis thaliana
(Tartu Ülikool, 2024) Mammadzada, Nargiz; Hõrak, Hanna, juhendaja; Jalakas, Pirko, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Tehnoloogiainstituut
Stomata are small openings on the surface of the leaves, which are crucial for plants’ gas exchange. Thisstudy focused on analyzing stomatal density and conductance in plants deficient in the SPEN3 gene. SPEN3, as an RNA-binding protein, assists in transcriptional regulation, posttranscriptional processing, and nuclear export of mRNA. By growing plants under controlled conditions, taking stomatal imprints and measuring stomatal conductance we were able to assess stomatal traits in wild-type and spen3 mutants. Those assessments showed a lower stomatal density on the bottom leaf side of the spen3 mutants compared to wild type plants, whereas no statistically significant differences in stomatal conductance or plant growth were observed. Further studies are needed to elucidate the role of SPEN3 in plant water use efficiency.