Sirvi Autor "Kängsep, Anu" järgi

Nüüd näidatakse 1 - 4 4

listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Isolation and characterization of a phage collection against Pseudomonas putida
(2024-06-11) Brauer, Age; Rosendahl, Sirli; Kängsep, Anu; Lewańczyk, Alicja Cecylia; Rikberg, Roger; Hõrak, Rita; Tamman, Hedvig
The environmental bacterium, Pseudomonas putida, possesses a broad spectrum of metabolic pathways. This makes it highly promising for use in biotechnological production as a cell factory, as well as in bioremediation strategies to degrade various aromatic pollutants. For P. putida to flourish in its environment, it must withstand the continuous threats posed by bacteriophages. Interestingly, until now, only a handful of phages have been isolated for the commonly used laboratory strain, P. putida KT2440, and no phage defence mechanisms have been characterized. In this study, we present a new Collection of Environmental P. putida Phages from Estonia, or CEPEST. This collection comprises 67 double-stranded DNA phages, which belong to 22 phage species and 9 phage genera. Our findings reveal that most phages in the CEPEST collection are more infectious at lower temperatures, have a narrow host range, and require an intact lipopolysaccharide for P. putida infection. Furthermore, we show that cryptic prophages present in the P. putida chromosome provide strong protection against the infection of many phages. However, the chromosomal toxin–antitoxin systems do not play a role in the phage defence of P. putida. This research provides valuable insights into the interactions between P. putida and bacteriophages, which could have significant implications for biotechnological and environmental applications.
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Prophage-encoded RexAB-type phage defense system in Pseudomonas putida
(2026-01-21) Rosendahl, Sirli; Kängsep, Anu; Ainelo, Andres; Lipu, Anita; Tamman, Hedvig; Hõrak, Rita
listelement.badge.access-status Avatud juurdepääs ,
Pseudomonas putida faagide peremees- ja retseptorspetsiifika
(Tartu Ülikool, 2023) Kängsep, Anu; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Pseudomonaadide perekonna faagid on üldiselt tugevalt peremeesspetsiifilised. Nad kasutavad retseptoritena lipopolüsahhariide, poriine ja pinnastruktuure. Käesoleva töö eesmärk oli uurida, kui peremeesspetsiifilised on labori faagiraamatukogus leiduvad P. putida faagid ja milliseid retseptoreid nad bakteri pinnale kinnitumiseks kasutavad. Seda põhjusel, et P. putida faagiresistentsuse kohta pole midagi teada. Eesmärgi saavutamiseks nakatati mitmeid Pseudomonas’e perekonna liike ja tüvesid 66 P. putida faagiga. Katsed näitasid, et P. putida faagid on tugevalt peremeesspetsiifilised. Retseptorspetsiifika uurimiseks testiti 20 P. putida mutanti, kellel oli defektne mõni potentsiaalselt retseptoriks sobivat membraanivalku või lipopolüsahhariidide sünteesil osalevat valku kodeeriv geen. Katsed näitasid, et enamus labori faagiraamatukogus olevatest faagidest kasutavad retseptoritena lipopolüsahhariide,
listelement.badge.access-status Embargo ,
Pseudomonas putida profaag 1 kodeerib RexAB tüüpi faagikaitse geene
(Tartu Ülikool, 2025) Kängsep, Anu; Hõrak, Rita, juhendaja; Rosendahl, Sirli, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Pseudomonas putida on keskkonnabakter, kelle genoomis on neli profaagi, mis tõstavad tema faagitolerantsust. Meie laboris on leitud, et profaag 1 kaitseb faagide Kompost-2 (7B) ja Konnatiik (5B) eest. Sellest lähtuvalt oli magistritöö eesmärk uurida, millised P1 geenid vastutavad selle kaitse eest ning millist tüüpi faagikaitsesüsteemiga on tegemist. Tulemused näitasid, et faagitolerantsuse eest vastutavad geenid PP_5643 ja PP_5644. Nende produktideks olevad valgud seonduvad teineteisega. Tegemist on RexAB tüüpi kaitsesüsteemiga, millele viitas nii bioinformaatiline analüüs kui ka kaksikhübriidide ja komplementatsioonitüvedega läbiviidud katsed. Lisaks viitasid tulemused, et PP_5643 on faagi sensorvalk ja PP_5644 efektorvalk, mis on võimeline inhibeerima bakteri kasvu.