Pseudomonas putida profaag 1 kodeerib RexAB tüüpi faagikaitse geene

Abstract

Pseudomonas putida on keskkonnabakter, kelle genoomis on neli profaagi, mis tõstavad tema faagitolerantsust. Meie laboris on leitud, et profaag 1 kaitseb faagide Kompost-2 (7B) ja Konnatiik (5B) eest. Sellest lähtuvalt oli magistritöö eesmärk uurida, millised P1 geenid vastutavad selle kaitse eest ning millist tüüpi faagikaitsesüsteemiga on tegemist. Tulemused näitasid, et faagitolerantsuse eest vastutavad geenid PP_5643 ja PP_5644. Nende produktideks olevad valgud seonduvad teineteisega. Tegemist on RexAB tüüpi kaitsesüsteemiga, millele viitas nii bioinformaatiline analüüs kui ka kaksikhübriidide ja komplementatsioonitüvedega läbiviidud katsed. Lisaks viitasid tulemused, et PP_5643 on faagi sensorvalk ja PP_5644 efektorvalk, mis on võimeline inhibeerima bakteri kasvu.