MRI magistritööd – Master's theses
Permanent URI for this collection
Browse
Recent Submissions
Item DNA metülatsioonipõhine CD4+ regulatoorsete T-rakkude analüüs(Tartu Ülikool, 2022) Salmistu, Anella; Tserel, Liina, juhendaja; Salumets, Ahto, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutRegulatoorsed T-rakud (Treg rakud) on olulised organismi immuuntolerantsuse ja immuunsüsteemi homöostaasi säilitamisel. Nende arenguks, funktsiooniks ja stabiilsuseks on vajalikud transkriptsioonifaktor FOXP3 ning Treg rakkudele omase DNA metülatsioonimustri kujunemine. FOXP3 ekspresseeritakse X-kromosoomilt ning tulenevalt geeni asukohast võib FOXP3 CpG saitide metüleeritus erineda soospetsiifiliselt. Rakutüübispetsiifilise epigenoomi alusel on võimalik eristada erinevaid rakutüüpe, seal hulgas ka Treg rakke. Hetkel üheks usaldusväärsemaks Treg rakkude markeriks on FOXP3 geenis paiknev spetsiifiline demetüleeritud regioon. Antud magistritöös uuriti CD4+ Treg rakkude ennustamiseks oluliste CpG saitide metülatsiooniväärtuseid erinevates CD4+ T-raku populatsioonides ning soospetsiifiliselt. Lisaks prooviti välja töötada epigeneetikal põhinevat meetodit, mille kasutamisel oleks võimalik ennustada ja hinnata Treg rakkude osakaalu DNA metülatsioonimustri põhjal.Item Prediction and characterization of PRD-like homeobox genes ARGFX, DUXA and NOBOX in the bovine genome(Tartu Ülikool, 2022) Vill, Piibe; Yasar, Baris, juhendaja; Kurg, Ants, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutThe conserved nature homeotic genes encode a 60 amino acid long homeodomain, which due to their high DNA-binding affinity can regulate gene expression or act as transcription factors. Recently, a selection of homeotic genes of the PRD-like class that are predicted to play a role in the embryonic genome activation, have been investigated to further understand the embryo development. In this thesis, a selection of such uncharacterized genes was investigated in silico for orthologs in the bovine genome. To validate the genes, bovine oocytes and embryos were investigated. cDNA was prepared with STRT-N method developed specifically for the detection of transcript far 5’-ends. As a result of in silico experiments, orthologs of ARGFX, DUXA and NOBOX were found in the bovine genome. The groundwork in the wet lab for the validation of these genes in the bovine genome was completed successfullyItem SARS-CoV-2-vastase ravimantikeha prekliiniline arendamine(Tartu Ülikool, 2022) Hermet, Paule; Usatv Jr, Mart, juhendaja; Kurg, Reet, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutMonoklonaalsed antikehad on üks kiiremini kasvavaid ravimklasse, mis on kõrgelt hinnatud just oma märklauaspetsiifilisuse ja laia kasutusala poolest. Monoklonaalseid antikehi on võimalik isoleerida immuniseeritud loomorganismidest, kuid enne inimeses kasutamist on tarvis need antikehad muuta inimese sarnasemaks ehk humaniseerida ning optimeerida sobivaks nende füüsikalis-keemilised omadused. Käesoleva magistritöö eesmärgiks oli humaniseerida küülikust isoleeritud antikeha, iseloomustada selle funktsionaalsed omadused ning arendada see potentsiaalseks ravimkandidaadiks. Magistritöö eksperimentide tulemusena saavutati kõrge humaniseeritusega antikeha, mis näitab subnanomolaarsetel kontsentratsioonidel pan-neutraliseerivat funktsionaalsust kõikide hetkel (mai 2022) levivate viirusvariantide suhtes.Item NLRP1 ja NLRP3 inflammasoomi aktivatsioon inimese bronhiepiteeli rakkudes ning miR-146a roll nende regulatsioonis rinoviiruse nakkuse korral(Tartu Ülikool, 2022) Mäe, Mariel; Laanesoo, Anet, juhendaja; Rebane, Ana, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutAstma on põletikuline hingamisteede haigus, mis sageli ägeneb rinoviiruse infektsiooni korral. Inflammasoomid on kaasasündinud immuunsüsteemi valgukompleksid, mis aktiveeruvad viirusinfektsiooniga. MiR-146a on põletiku väljakujunemises osalev mikroRNA, mille ekspressioon on astma patsientidel muutunud ning miR-146a tase suureneb RV infektsiooni korral. Ei ole teada astma ägenemise, RV nakkuse, inflammasoomi aktivatsiooni ja miR-146a omavaheline seos, mistõttu magistritöö eesmärk oli tuvastada NLRP1 ja NLRP3 inflammasoomi geenide ja nendega seotud tsütokiinide interleukiin(IL)-1β, IL-18 ekspressioon RV infektsiooni korral ning analüüsida, millist mõju avaldab miR-146a nende geenide avaldumise tasemele. Tulemusena selgus, et rinoviirusinfektsioon aktiveerib inimese bronhiepiteeli rakkudes NLRP1 inflammasoomi ning miR-146a ei avalda inflammasoomi geenide avaldumisele otsest mõju.Item Optimization of urinary extracellular vesicles isolation and purification methods for diabetic patients(Tartu Ülikool, 2022) Parts, Signe; Fazeli, Alireza, juhendaja; Volke, Vallo, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutRahvusvahelise Diabeedi Föderatsiooni (IDF) andmetel suri 2021. aastal diabeedi või diabeedi tüsistuste tagajärjel umbes 6.7 miljonit täiskasvanut inimest. Valitseb kriitiline vajadus paremate meetodite järele, et tõhusalt hinnata diabeedi ning diabeedi tüsistuste kulgu. Uudsed biomarkereid, nagu seda on ektratsellulaarsed vesiikulid (EVd), aitavad paremini mõista organismi patofüsioloogilistes tingimustes toimuvaid muutuseid. EVd on tuntud kui rakkude vahelise suhtluse mediaatorid ning neil on suur potentsiaal aidata tõhusamalt hinnata haiguse kulgu ka kliinilises praktikas. Siiski vajavad nii EV isoleerimise kui ka puhastamise meetodid optimeerimist ja normaliseerimist, et saavutada parem kliiniline rakendatavus.Item Kaitsemehhanismid reostunud elupaigas Purtse jõe hariliku trullingu (Barbatula barbatula) näitel(Tartu Ülikool, 2022) Abel, Maiken; Sepp. Tuul. juhendaja; Eriksson, Jon Andres, juhendaja; Meitern, Richard, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutAntud töö eesmärk on anda ülevaade reostunud elupaikades elutsevate elusorganismide kaitsemehhanismidest ning võimalikest kohastumustest. Töö eksperimentaalosas kasutati loodusliku eksperimendina ära Purtse jõe tugev reostustase alamjooksul. Kontrollpopulatsioonina oli kaasatud puhtama Kunda jõe alamjooksu populatsioon. Kaitsemehhanismide markeritena kasutati antioksüdant glutatiooni kontsentratsiooni maksas, tsütokroom P450 perekonna (CYP1A) ensüümide aktiivsust ning erinevusi geeniekspressioonis. Tulemustest ilmnes, et reostunud Purtse jõe alamjooksu populatsioonil on kõrgem antioksüdant glutatiooni kontsentratsioon. CYP1A ensüümide aktiivsused on kõrgemad puhta Kunda jõe kontrollpopulatsioonis. Geeniekspressiooni tulemused näitasid, et reostus mõjutab üldisemalt geene mis on seotud põletikuliste protsessidega, transkriptsiooni regulatsiooniga, kaasasündinud immuunsüsteemiga, raua homöostaasiga, oksüdatiivse stressiga, lipiidide biosünteesiga ning DNA ja kudede kahjustustega.Item Epigeneetilised muutused monotsüütides seoses süsteemse erütematoosse luupusega(Tartu Ülikool, 2022) Ahun, Katrin; Haljasmägi, Liis, juhendaja; Kisand, Kai, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutEpigeneetiliste protsesside uurimine autoimmuunhaigustes on muutumas üha olulisemaks. Süsteemne erütematoosne luupus on autoimmuunhaigus, mille puhul on teada, et immuunrakkudes toimuvad epigeneetilised muutused. Süsteemse erütematoosse luupusega patsientide puhul on täheldatud interferoon alfa taseme tõusu, kusjuures on teada, et interferoon alfa mõjub vererakkudest kõige tugevamini just monotsüütidele. Seetõttu on epigeneetiliste muutuste uurimine monotsüütides selle haiguse puhul väga huvipakkuv. Tulenevalt haiguse heterogeensusest on haiguse uute markerite leidmine kriitilise tähtsusega, et patsientide raviga saaks alustada võimalikult varakult. Käesoleva magistritöö eesmärgiks on selgitada, kas patsientide ning kontrollgrupi monotsüütide vahel esineb epigeneetilisi muutusi. Samuti uurida, kas tervete isikute monotsüütides toimub interferoon alfaga mõjutades sarnaseid muutusi.Item Kaasasündinud munandite laskumise häire pärilikud tegurid(Tartu Ülikool, 2022) Belova, Galina; Laan, Maris, juhendaja; Kasak, Laura, juhendaja; Juchnewitsch, Anna-Grete, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutMunandite laskumatus ehk krüptorhism on sageli esinev kaasasündinud arenguhäire vastsündinud poistel, mille korral on munandikotis puudu vähemalt üks munand. Krüptorhism võib esineda mõne arengugeneetilise sündroomi raames või isoleeritult. Mittesündroomse krüptorhismiga seostuvaid geneetilisi variante on peamiselt seostatud INSL3, RXFP2 (INSL3 retseptor) ja Androgeeni retseptori geenidega. Eksoomi sekveneerimine (ES) on laialdaselt kasutatav tehnoloogia tänapäeva personaalmeditsiinis, mida saab rakendada haigusseoseliste geenivariantide avastamisel. Käesoleva magistritöö esimeseks eesmärgiks oli koostada teaduskirjanduse põhjal krüptorhismi kandidaatgeenide nimekiri. Teiseks eesmärgiks oli teostada ES andmete alusel kandidaatgeenide uuring, et tuvastada haigusseoselisi geenivariante krüptorhismi ja sellega kaasneva spermatogeneesihäire diagnoosiga meestel.Item GLP-1 ja GIP-i retseptori koagonisti DA-CH5 mõju Wolframi sündroomi (WS) rotimudeli diabeedi sümptomite leevendamisele ja pankrease Langerhansi saarekeste rakulisele ehitusele(Tartu Ülikool, 2022) Kukker, Kaia Grete; Seppa, Kadri, juhendaja; Plaas, Mario, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutWolframi sündroom (WS) on haruldane geneetiline haigus, mille sümptomiteks on suhkurdiabeet, nägemise ja kuulmise kadu ning neurodegeneratsioon. WS-i jaoks puudub ravi ning pidevalt otsitakse uusi ravimeid, et sümptomeid leevendada ja patsientide eluiga pikendada. DA-CH5 on organismi glükoosiregulatsioonis osalevate retseptorite GLP-1 ja GIP i koagonist, millel on nii diabeedi sümptomeid leevendav kui ka neuroprotektiivne efekt. Käesoleva töö tulemusena selgus, et DA-CH5 suudab WS-i rotimudelis parandada kasteloomade glükoositolerantsust. Pankrease Langerhansi saarekeste morfoloogilisel analüüsil selgus, et WS-i rotimudelis on vähenenud insuliini tootvate beeta-rakkude hulk ja saarekestes leidub Alzheimeri tõvega seostatud beeta-amüloidi valku.Item Happesuse sensori prototüüpimine Veenuse pilvede elukõlblikkuse uurimiseks(Tartu Ülikool, 2022) Kaasik, Laila; Pajusalu, Mihkel, juhendaja; Ivask, Angela, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutKäesolevas magistritöös tehakse kokkuvõte Veenusest astrobioloogia uurimisobjektina ning atsidofiilidest ja nende kohastumustest maal. Töö praktilise tulemusena valmisid pH-tundlikud sensorplaadid, mida kasutati edasisel Tartu Observatooriumi pH-sensor (TOPS) varajase prototüübi loomisel ja katsetamisel. Samuti sai tehtud kindlaks mitmete erinevate materjalide happekindlus, et jätkata tööd prototüübi arendamisel. Tartu Observatooriumi pH-sensor sisaldub MITi juhitud missioonis “Venus Life Finder Mission Study”, mille eesmärk on Veenuselt elu otsida.Item Põhja- ja Baltimaade nisuliinide õhulõhede tundlikkus õhu niiskusvajaku ning abstsiishappe suhtes(Tartu Ülikool, 2022) Ets, Kristo; Merilo, Ebe, juhendaja; Meigas, Egon, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutSordiaretuses on oluline aretada teraviljasorte, mis on kliimamuutuste taustal saagikamad ning suudavad efektiivsemalt kasutada ressursse. Kliima soojenedes langeb suhteline õhuniiskus ja tõuseb õhu niiskusvajak (VPD), mistõttu kasvab taimede transpiratsioon ning suureneb veekadu õhulõhede kaudu. Taimed reguleerivad õhulõhede avatust vastavalt VPD le: VPD kasvades õhulõhed üldiselt sulguvad, et vältida liigset veekadu. VPD toimelise õhulõhede sulgumise regulatsioonis osaleb taime stressihormoon abstsiishape (ABA). Käesolevas töös uurisin õhulõhede regulatsiooni 16-l suvinisu sordil. Leidsin, et 1) sortide basaalne õhulõhede juhtivus ning õhulõhede tundlikkus VPD tõusu ja ABA-ga pritsimise suhtes oli väga varieeruv. Tuvastasin mõned selgelt anisohüdrilised sordid, mis ei sulgenud õhulõhesid ei VPD tõusu ega ABA mõjul; 2) kõrgema juhtivusega sortide õhulõhed sulgusid nii VPD kui ka ABA toimel ulatuslikumalt; 3) õhulõhede ABA ja VPD-vastuste ulatused olid positiivses korrelatsioonis. Sortide saagiandmed Eesti Taimekasvatuse Instituudi põldudel näitasid, et 2021 a. kuival ja kuumal suvel olid kõige saagikamad sordid, mille õhulõhede basaalne juhtivus oli madalam ning VPD-tundlikkus statistiliselt olematu.Item Pseudomonas putida geenide pfeR-II ja gacS promootorite asukoht ja võimalik regulatsioon ekskludoniga(Tartu Ülikool, 2022) Hendrikson, Johanna; Teras, Riho, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutP. putida on laialdase levikuga bakter, mis muuhulgas koloniseerib risosfääri ning millel on kirjeldatud taimekasvu soodustavat mõju. Biofilmi moodustumisel on taimejuurte koloniseerimises on oluline roll. GacS-GacA on kahekomponendiline süsteem, mille aktivatsioon soodustab biofilmi teket. PfeR-II valgu funktsioon ei ole teada, kuid võib olla seotud raua omastamisega. Antud töö käigus tuvastati P. putida geenide gacS ja pfeR-II promootorid ning uuriti antud promootorite sõltuvust alternatiivsest sigma faktorist RpoS ja globaalse regulaatorvalgu Fis mõju. Lisaks hinnati erinevate faktorite mõju geeni pfeR-II transkriptsioonile.Item Transkriptsioonifaktori TCF4 lateraliseeritus hiire ja inimese ajus(Tartu Ülikool, 2022) Kuuskmäem, Carolin; Philips, Mari-Anne, juhendaja; Lilleväli, Kersti, juhendaja; Tõnissoo, Tambet, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutTCF4 (inimesel)/ Tcf4 (hiirel) on eluks vajalik geen (Zhuang et al., 1996), mis kodeerib põhiheeliks-silmus-heeliks domeeniga transkriptsioonifaktorit TCF4 (Sepp et al., 2011). TCF4 osaleb erinevates arengulistes protsessides, rakutsükli regulatsioonis ja keskkonna signaalidele reageerimises (Jones, 2004; Massari & Murre, 2000; Skinner et al., 2010). Varasemalt on näidatud, et Tcf4+/- hiirtel esineb parema esikäpa nõrkus (Kennedy et al., 2016; Welniarz et al., 2015). Samuti on leitud Tcf4+/- hiirte vasakus hipokampuses rohkem düsreguleeritud ekspressiooniga geene kui paremas hipokampuses (Gogliettino, 2017). See viitab, et TCF4 võib omada spetsiifilist rolli vasakus ajupoolkeras. Antud uurimistöö raames analüüsiti TCF4/ Tcf4 geeni ja TCF4 valgu ekspressiooni erinevusi parema ja vasaku ajupoolkera vahel.Item Dupuytren kontraktuuri higinäärmete valguekspressiooni profiili iseloomustamine(Tartu Ülikool, 2022) Šišmintsev, Dmitri; Jaks, Viljar, juhendaja; Mäemets-Allas, Kristina, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutKäesoleva töö raames on uuritud Dupuytren’i kontraktuuri patsientidest eraldaud higinäärmete proteoomi eesmärgiga iseloomustada higinäärmete rolli haiguse patogeneesis. Proteoomika analüüsist on järeldatud, et võrreldes kontrollproovidega Dupuytren’i kontraktuuri higinäärmetes on ülesreguleeritud mitmed TGF-β signaalraja positiivsed regulaatorid ning mõned efektorvalgud, mis soodustavad epiteliaal-mesenhümaalset transformatsiooni, rakkude migratsiooni ning transdiferentseerumist müofibroblastiks. Need leiud on kooskõlas järgneva IFA tulemustega, milles on fikseeritud müofibroblaste meenutavate rakkude esinemist Dupuytren’i kontraktuuri higinäärme lähiümbruses. Käesoleva töö alusel saab järeldada, et higinäärmed on mõjutatud Dupuytren’i kontraktuuri poolt ning omakorda omavad potentsiaali mõjutama haiguse kulgu, olles müofibroblastide allikas.Item Bakteri Streptomyces coelicolor peroksüdaas ScDyPB esineb kineetiliselt erinevate ensüümi vormidena(Tartu Ülikool, 2023) Vastšjonok, Darja; Väljamäe, Priit, juhendaja; Jalak, Jürgen, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutHiljuti avastatud, värvaineid lagundavad peroksüdaasid (Dye decolorizing peroxidase, DyP) on võimelised oksüdeerima erinevaid substraate, selahulgas ligniini ning toksilisi antrakinoon- ja asovärve, mis tingib suure huvi nende ensüümide vastu. Vaatamata sarnasustele DyP-tüüpi ensüümide katalüütilises mehhanismis ja molekulaarses struktuuris, on DyP-tüüpi ensüümide vahel täheldatud märkimisväärseid erinevusi nende kineetilistes omadustes erinevate substraatide oksüdeerimisel. Selles töös uuriti ensüümi ScDyPB katalüütilisi omadusi mudelsubstraadi ABTS oksüdeerimise näitel. Leiti, et ensüüm esineb erinevate kineetiliste omadustega vormidena millede osakaal sõltus nii ensüümi kontsentratsioonist kui ka keskkonna pH-st.Item T-raku paneeli optimeerimine spektraalse voolutsütomeetri jaoks(Tartu Ülikool, 2024) Pomerants, Tuuliki; Kärner, Jaanika, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutSee töö keskendub spektraalvootsütomeetria paneeli optimeerimisele T-rakkude immuunfenotüpiseerimiseks. Spektraalvootsütomeetrias mõõdetakse iga kasutatava fluorokroomi kogu emissioonispektrit. Paneel on välja töötatud perifeerse vere mononukleaarsete rakkude (PBMC) jaoks ning optimeerimisprotsessi käigus kasutati 8 erineva indiviidi rakke. Töö esimeses etapis kasutati 68 antikeha ning leiti, kas need seonduvad paremini fikseeritud või fikseerimata rakkudele. Teises etapis tiitriti 50 antikeha, et leida optimaalne kontsentratsioon signaali kõige paremaks eristamiseks. Seejärel katsetati erinevaid T-rakkude paneeli versioone, kuni leiti parim. Töö käigus optimiseeriti kaks paneeli. Üks on suunatud raku pinnal olevatele markeritele, koosnedes 23 antikehast ja teine, mis on suunatud raku sisestele markeritele, koosnedes 8 antikehast. Paneelid kokku lubavad eristada 35 erinevat T-rakkude populatsiooni. Tulevikus on paneele võimalik veelgi täiustada, parandades täpsust ja lisades uusi antikehi, suurendades tuvastavate rakupopulatsioonide arvu.Item Diagnostic potential of extracellular vesicles in sepsis: identification of biomarkers through nanoflow cytometry analysis(Tartu Ülikool, 2024) Tolokonnikova, Luiza; Chahwan, Richard, juhendaja; Yim, Kevin, juhendaja; Kurg, Reet, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutThis thesis investigates the diagnostic potential of extracellular vesicles (EVs) in sepsis, comparing their surface protein compositions with those of healthy individuals and patients with Acute Respiratory Distress Syndrome (ARDS). Using state-of-the-art nanoflow cytometry, this study aims to identify specific EV-based biomarkers that can facilitate the early and rapid diagnosis and effective management of sepsis, offering new perspectives in the field of critical care. The study included patients with sepsis (n=18), patients with ARDS (n=18), patients with combined sepsis and ARDS (n=18), and healthy donors (n=14). Statistical analysis revealed that several of the 17 analyzed EV surface markers differed significantly between the various groups. In the sepsis group, 10 markers were differentially expressed compared to healthy donors. In the ARDS group, a total of 12 markers were differentially expressed compared to healthy donors, with most of them overlapping with the sepsis group.Item Soole mikroobikoosluse erinevused põletikulise soolehaigusega patsientidel(Tartu Ülikool, 2024) Adamson, Lisann; Klemets, Annabel, juhedaja; Org, Elin, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutInimese soole mikrobioom on mitmekesine mikroorganismide kogum. Mikrobioom avaldab olulist mõju tervisele ja on seotud mitmete haiguste tekkega. Põletikuline soolehaigus (IBD) on seedetrakti krooniline põletikuline seisund, mille levimus on viimaste aastakümnete jooksul suurenenud. IBD puhul on oluline uurida soole mikrobioomi, et paremini mõista haiguse patogeneesi ja leida uusi ravimeetodeid. Töö käigus analüüsiti IBD-ga uuritavate ja tervete kontrollgrupi liikmete väljaheiteproovide mikroobikoosluse erinevusi. Tulemustest selgus, et uuritavate soole mikrobioomi mitmekesisus on sarnane, kuid esinevad mõned taksonoomilised erinevused IBD-ga patsientide ja kontrollide vahel. Paremate järelduste tegemiseks tuleks läbi viia metagenoomne analüüs, mis võimadaks tuvastada täpsemaid mikroobikoosluste muutusiItem Toiduainetööstustes ringlevate bakterite biokile tekitamise võimekus, antibiootikumiresistentsus ja biokile biotsiidi tundlikkus(Tartu Ülikool, 2024) Kuus, Liina; Štšepetova, Jelena, juhendaja; Songisepp, Epp, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutToiduainetööstustes ringlevad bakterid võivad moodustada biokilet, mis kinnitub tööstuse pindadele ning on vastupidav biotsiidide toimele. Biokiled loovad ka sobivad tingimused antibiootikumiresistentsuse levikuks ning seetõttu on oluline kaardistada tööstuses toimuvat. Käesoleva uuringu eesmärgiks oli toiduainetetööstuses prevaleerunud bakterite biokile tekitamise võimekuse uurimine ja nende tekitatud biokilede biotsiiditundlikkuse väljaselgitamine. Lisaks kaardistada uuritavate tüvede antibiootikumiresistentsus ning leida võimalikke seoseid antibiootikumiresistentsuse ning biokile tekitamisel. Leiti, et puu- ja köögiviljatööstuste Bacillaceae sugukonda kuuluvad tüved suutsid moodustada kõige tugevamat biokilet võrreldes teiste toiduainetööstuste tüvedega. Kõige efektiivsemaks biotsiidiks biokile massi eemaldamises ja biokiles olevate bakterite metaboolse aktiivsuse allasurumises oli aluse ja happe töötlus. Leiti, et biokile teket soodustab resistentsus kolme või enama antibiootikumi suhtes ja/või antibiootikumresistentsuse puudumineItem Pseudomonas putida tüüp I restriktsioon-modifikatsioon süsteem faagivastases kaitses(Tartu Ülikool, 2024) Tamm, Kristin; Ainelo, Andres, juhendaja; Tamman , Hedvig, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutFaagid on baktereid nakatavad viirused ja nad on kõige arvukamad geneetilised elemendid biosfääris. Bakterid on evolutsiooni käigus omandanud mitmeid faagivastaseid kaitsemehhanisme. Enamus bakterite genoomis leidub restriktsioon-modifikatsioon süsteeme, mis on võimelised eristama võõr-DNA-d peremeesraku DNA-st ja neil on seega oluline roll faagivastases kaitses. Kuna Pseudomonas putida faagivastast kaitset on väga vähe uuritud siis käesoleva töö eesmärk oli uurida, kas P. putida tüüp I restriktsioon-modifikatsioon (RM-I) süsteemil on roll faagivastases kaitses või mitte. Testiti RM-I süsteemi valkude (HsdR, HsdM, HsdS) aktiivsust in vitro lõikusreaktsioonides genoomse DNA-ga ning konstrueerides RM-I deletsioontüve, mille mõju faagivastasele kaitsele testiti tilkkülvides. Töö tulemustele põhinedes on on RM-I süsteemi roll faagivastases kaitses testitud tingimustes kaheldav.