MRI magistritööd – Master's theses

Permanent URI for this collection

Browse

Recent Submissions

Now showing 1 - 20 of 380
  • Item
    Preeklampsia ja rasedusaegse hüpertensiooni geneetika ning seos teiste diagnoosidega TÜ Eesti Geenivaramu ja FinnGen andmetel
    (Tartu Ülikool, 2023) Rukins, Valentina; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    Hüpertensiivsed raseduskomplikatsioonid, sealhulgas preeklampsia ja rasedushüpertensioon, on sageduselt teine rasedate surmapõhjus maailmas. Lisaks tõsistele lühiajalistele tüsistustele, võivad need raseduskomplikatsioonid negatiivselt mõjutada nii ema kui ka last hilisemas elus. Vaatamata selles vallas tehtavatele uuringutele, on preeklampsia täpsed bioloogilised mehhanismid jäänud ebaselgeks. Käesolvas magistritöös annoteeriti uuritavate haigustega seotud geneetilisi variante, mis tuvastati Eesti Geenivaramu ning FinnGen andmete meta-analüüsil. Lisaks hinnati SNP-põhist päritavust ning geneetilist korrelatsiooni preeklampsia, rasedushüpertensiooni ja mitme teise diagnoosi/tunnuse vahel. Töö tulemused toetavad teooriat, mille kohaselt preeklampsia ja rasedushüpertensioon jagavad geneetilist tausta.
  • Item
    Affinity maturation of glucose transporter SLC2A1 antibody 6F12#33 by phage display
    (Tartu Ülikool, 2023) Pau, Robin; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    Antibodies against glucose transporter SLC2A1 have high potential is cancer therapy. Thus, this master's thesis aimed to enhance the affinity of antibody 6F12#33 against glucose transporter SLC2A1, which can then be used to inhibit the glucose uptake in various cancers, essentially starving and killing the cancer cells. The lead antibody 6F12#33 was discovered at Icosagen, which was then used in affinity maturation. Antibody maturation libraries were designed and generated, leading to the screening of approximately 600 colonies using ELISA. From these 600 clones, eight promising clones were selected based on signal intensity and sequence similarity. Antibody sequences were cloned into human IgG1 format, produced in CHO cells, and purified. Comprehensive assays, including cell proliferation and various binding assays, were conducted to evaluate their efficacy. Three out of the eight affinity-matured antibodies improved binding affinity to SLC2A1 compared to the parental which translated to a significant enhancement of their inhibitory effects. The remaining five antibodies exhibited similar or decreased inhibitory effects. All eight affinity-matured antibodies displayed binding affinity towards SLC2A1 with varying specificity levels, demonstrating their potential for targeted therapies. This study successfully enhanced the affinity of antibody 6F12#33 through affinity maturation and phage display techniques, providing valuable insights for the development of glucose metabolism-related cancer treatments.
  • Item
    RBP4, FGF21, CHI3L1 ja PAI-1 vastased antikehad kui potentsiaalsed diagnostikumid NAFLD tuvastamiseks ja jälgimiseks
    (Tartu Ülikool, 2023) Kuusk, Marilin; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    Mittealkohoolne maksa rasvtõbi (NAFLD) on kiirelt leviv metaboolne haigus, mis on tugevalt seotud diabeedi ning ülekaalulisusega. Kuni 25% patsientidest võib välja areneda kaugelearenenud fibroos ja tsirroos. Hetkel on maksafibroosi tuvastamise ja staadiumi määramise kuldstandardiks maksabiopsia. Arvestades, et tegu on invasiivse protseduuriga, mille laialdast kasutamist piiravad protseduuri kulukus, sellega kaasnevad terviseriskid ning ebakõlad spetsialistide hinnangute vahel, on vaja asendada see mitte- või väheminvasiivsete meetoditega. Käesoleva magistritöö eesmärgiks oli arendada potentsiaalsete NAFLD biomarkerite RBP4, FGF21, CHI3L1 ja PAI-1 vastased antikehad diagnostikumideks, optimeerida seeläbi antikehade valideerimisprotsessi ning uurida biomarkerite taset NAFLD patsientide vereseerumis hindamaks nende sobivust haiguse diagnoosimiseks.
  • Item
    CRISPRi knockdown of acetate and 2,3-butanediol production-related genes in a gas-fermenting acetogen
    (Tartu Ülikool, 2023) Kõrgnurm, Koit; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    Gas fermentation allows to convert carbon oxide emissions into value-added products using acetogen bacteria. This thesis aimed at creating a CRISPR/Cas9-based gene knockdown (KD) system to reduce expression of two genes in the model-acetogen C. autoethanogenum: 1) alpha-acetolactate decarboxylase (budA) in the 2,3-butanediol (2,3-BDO) and 2) phosphotransacetylase (pta) in the acetate synthesis pathway. Six KD plasmids were designed where single guide RNAs (sgRNAs) targeted three unique positions per gene, plus one plasmid as a non-targeting control. Notably, KD of budA expression abolished 2,3-BDO production but showed varied effects on autotrophic growth. pta KD strains showed strong repression of pta expression, slower growth for two sgRNAs, and, surprisingly, higher acetate-to-ethanol ratios than the control strain. This work contributes towards engineering and understanding of acetogen metabolism by establishing a gene KD system for a model-acetogen.
  • Item
    DNA eraldamise ja genoomsete raamatukogude valmistamise metoodikate analüüs erinevate bioarheoloogiliste materjalide alusel
    (Tartu Ülikool, 2023) Niinemäe, Helja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    Alates esimestest vana DNA töödest on arheogenoomika teinud läbi suure arengu. Lisaks luudele ja mumifitseerunud/kuivanud pehmetele kudedele saab geneetilist informatsiooni sulgedest, koproliitidest, pinnasest, munakoortest jne. Kuna erinevatest bioarheoloogilistest materjalidest on DNA eraldamine erinev, on vaja DNA ekstraheerimise ja sekveneerimisraamatukogude loomise metoodikaid pidevalt täiustada, et väärtuslikku materjali maksimaalselt, kuid säästvalt kasutada. Käesolevas töös testiti kommertslike ning eelkõige kaasaegsete materjalide käsitsemiseks mõeldud ekstraheerimiskomplektide protokollide tingimusi erinevat päritolu bioarheoloogilisel materjalil ning leiti, et keskaegsetest nahaproovidest DNA ekstraheerimiseks valitud erinevad lüüsimisajad statistiliselt olulisi erinevusi ei andnud. Samas leiti, et keskaegse kuivanud koproliidiproovi koguse vähendamine tõstis tuntavalt DNA saagist ekstraktis. Genoomsete sekveneerimisraamatukogude loomise protokollide võrdlemisel leiti, et uus nn ühe tuubi protokoll kaasas pikemaid DNA fragmente, kuid rohkem PCR-i duplikaate, kui tavaprotokoll.
  • Item
    Bakteri Streptomyces coelicolor peroksüdaas ScDyPB esineb kineetiliselt erinevate ensüümi vormidena
    (Tartu Ülikool, 2023) Vastšjonok, Darja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    Hiljuti avastatud, värvaineid lagundavad peroksüdaasid (Dye decolorizing peroxidase, DyP) on võimelised oksüdeerima erinevaid substraate, selahulgas ligniini ning toksilisi antrakinoon- ja asovärve, mis tingib suure huvi nende ensüümide vastu. Vaatamata sarnasustele DyP-tüüpi ensüümide katalüütilises mehhanismis ja molekulaarses struktuuris, on DyP-tüüpi ensüümide vahel täheldatud märkimisväärseid erinevusi nende kineetilistes omadustes erinevate substraatide oksüdeerimisel. Selles töös uuriti ensüümi ScDyPB katalüütilisi omadusi mudelsubstraadi ABTS oksüdeerimise näitel. Leiti, et ensüüm esineb erinevate kineetiliste omadustega vormidena millede osakaal sõltus nii ensüümi kontsentratsioonist kui ka keskkonna pH-st
  • Item
    Ribosoomi peptidüültransferaasi keskuse piirkonnas paiknevate rRNA modifikatsioonide mõju pagaripärmi ribosoomi funktsionaalsusele
    (Tartu Ülikool, 2023) Põldes, Anett; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    Ribosoom on universaalne molekulaarne kompleks, mis koosneb ribosomaalsetest RNA molekulidest (rRNA) ja ribosoomi valkudest. Ribosoomi funktsiooniks on rakus läbi viia valgusünteesi, see tähendab lugeda mRNA-lt geneetilist informatsiooni ja teostada selle põhjal polüpeptiidahela sünteesi. rRNA koostise analüüs on näidanud, et paljud ribonukleotiidid on keemiliselt modifitseeritud. Need modifikatsioonid lisatakse nii transkriptsiooni ajal kui ka pärast transkriptsiooni ribosoomi biogeneesi käigus. Osad rRNA modifikatsioonidest, mis paiknevad just ribosoomis tähtsate keskuste lähedal aitavad stabiliseerida rRNA ruumilist struktuuri, tagades seeläbi translatsiooni efektiivsust ning täpsust. Käesolevas uurimistöös analüüsitakse ribosoomi peptidüültransferaasi keskuse piirkonnas paiknevate rRNA modifikatsioonide puudumise mõju ribosoomi funktsionaalsusele pagaripärmis
  • Item
    Kahekomponentse signaalsüsteemi GacS-GacA mõju mullabakter Pseudomonas putida mutatsioonisagedusele
    (Tartu Ülikool, 2022) Uusaar, Triin; Ilves, Heili, juhendaja; Jürgenstein, Karl, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    Bakterite elukeskkond on kiirelt muutuv. Keskkonnatingimuste tunnetamiseks on bakterites signaalsüsteemid, mis vastavalt keskkonnas toimunud muutustele muudavad bakteriraku füsioloogiat. Gram-negatiivsete bakterite seas on konserveerunud GacS-GacA kahekomponentne signaalsüsteem. Pseudomonaadides reguleerib GacS-GacA signaalsüsteem vastusena keskkonnastiimulitele nii sekundaarsete metaboliitide sünteesi, virulentsust kui biofilmi moodustumist. Lisaks on leitud, et Pseudomonas putida rakkudes põhjustab gacS-i defektsus mutatsioonisageduse tõusu. Käesoleva töö eesmärk oli leida, kas sensorvalgu GacS-i efekt mutatsioonisagedusele toimib läbi regulaatorvalgu GacA. Leiti, et P. putida PaW85 gacS- ning gacA-defektse tüve puhul on suurenenud mutatsioonisagedus nälgivates rakkudes ning lisaks uuriti mutatsioonisageduse tõusu põhjuseid.
  • Item
    Inimese papilloomiviiruse tüüp 5 replikatsiooniks vajalike valkude puhastamine ja fosforüleerimise uurimine
    (Tartu Ülikool, 2021) Liblekas, Lisett; Piirsoo, Alla, juhendaja; Piirsoo, Marko, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    Papilloomiviirused on väikesed DNA viirused, mis nakatavad koe- ja liigispetsiifiliselt epiteelkihi keratinotsüüte. Inimese papilloomiviirused jaotatakse vastavalt onkogeensele potentsiaalile kõrge ja madala riskiga viirusteks. Madala riskiga tüübid põhjustavad healoomulisi vohandeid nahal, kõrge riskiga tüüpe seostatakse peamiselt emakakaelavähiga. Viiruse helikaas E1 ja transkriptsioonifaktor E2 on fosfovalgud, millel on oluline roll viiruse elutsüklis. Proteiinkinaasid modifitseerivad oma märklaudvalkude aktiivsust, reguleerides mitmeid bioloogilisi protsesse, sealhulgas HPV elutsüklit. Käesoleva magistritöö eesmärk oli konstrueerida HPV5 E1 ja E2 valkude ekspressiooniplasmiidid, et analüüsida nende fosforüleerimist proteiinkinaas A (PKA) poolt ning leida põhjus PKA poolt põhjustatud E2 valgu degradatsioonile
  • Item
    Tsütokroom P450 2C19 deletsioonide esinemine Eesti populatsioonis
    (Tartu Ülikool, 2021) Maal, Kadri; Milani, Lili, juhendaja; Puurand, Tarmo, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    Tsütokroom P450 on üheks põhiliseks ensüümide perekonnaks inimestel, mis on seotud ravimite lagundamisega. Indiviididel, kellel on polümorfismid tsütokroom P450 geenides, esineb oht kogeda ravimite standardiseeritud annustamise korral kõrvaltoimeid või ravimite ebatõhusat toimet (Meyer, 2004). Personaalmeditsiini eesmärgiks on leida igale inimesele võimalikult individuaalne ennetus- või raviplaan, analüüsides inimese geeniandmeid koos keskkonna-, tervisekäitumise ja terviseandmetega (Personaalmeditsiin, 2019). Tsütokroom P450 2C on üks olulisematest P450 ensüümide alamperekondadest, kuna sinna kuuluvad ensüümid (CYP2C8, CYP2C9, CYP2C18, CYP2C19) lagundavad üle 20% kõigist terapeutilistest ravimitest (Rendic, 2002). Antud töö eesmärgiks oli leida ja katseliselt kinnitada CYP2C19 geeni deletsioone Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu (TÜ EGV) andmete põhjal, määrata kindlaks leitud deletsioonide katkekohad genoomis ning määrata nende deletsioonide esinemissagedused Eesti populatsioonis. GSA mikrokiibi genotüpiseerimise andmete analüüsimisel selgus, et CYP2C19 geeni deletsioonidega indiviidide esinemissagedus Eesti populatsioonis on ligikaudu 1,68%
  • Item
    MHC I rajas osalevate geenide ekspressiooni võrdlusuuring 129Sv ja Bl6 hiirte erinevates ajustruktuurides lipopolüsahhariidi poolt indutseeritud neuroinflammatoorses mudelis
    (Tartu Ülikool, 2021) Udumets, Johanna Liis; Piirsalu, Maria, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    129S6/SvEvTac ja C57BL/6Ntac on transgeensete hiirte loomisel enim kasutatavad hiireliinid. Nad erinevad teineteisest nii käitumuslike kui ka geneetiliste iseärasuste tõttu. Samuti on täheldatud erinevust nende immuunvastuses. Näiteks on nende toimetulek gripiviirusega erinev. 129S6/SvEvTac hiired on tundlikumad gripiviiruse poolt põhjustatud infektsioonile, põhjustades mitmeid kliinilisi sümptomeid, samas kui C57BL/6Ntac on parema vastupanuvõimega. Nende immuunsüsteemis esinevaid erinevusi on vähe uuritud. Antud magistritöös uuritakse MHC I raja geenide ekspressiooni kahe hiireliini, 129S6/SvEvTac ja C57BL/6Ntac, erinevates ajukudedes kasutades lipopolüsahhariidi poolt indutseeritud põletikumudelit.
  • Item
    Ekstratsellulaarsed vesiikulid biomarkeritena psoriaasi ja psoriaatilise artriidi korral
    (Tartu Ülikool, 2021) Guljavina, Irina; Lättekivi, Freddy, juhendaja; Stepanjuk, Artjom, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    Ekstratsellulaarsetel vesiikulitel (EV) on oluline roll rakkude omavahelise suhtluse vahendajatena ning neid on seostatud ka patoloogiliste protsessidega organismis. EV-d sisaldavad muuhulgas erinevaid valke ja aminohapete fragmente, mis võivad mõjutada retsipientrakke, ning see teeb neist potentsiaalsed biomarkerid. Psoriaasi ja psoriaatilise artriidi kontekstis on EV-sid ka varem uuritud, kuid psoriaasi- ja psoritaalise artriidi patsientide EV-de profiili on kõrvutatud väiksemal määral. Käesoleva töö raames kirjeldati EV-de omadusi psoriaasi-, psoriaatilise artriidi ja tervete inimeste grupil ning võrreldi saadud tulemusi. Erinevus tuvastati kahe EV pinnavalgu ekspressioonis psoriaasipatsientide ja kontrollgrupi vahel.
  • Item
    Dynamics of interplanar bridges and tissue morphogenesis in Drosophila melanogaster pupal wing
    (Tartu Ülikool, 2021) Antson, Hanna; Osamu, Shimmi, juhendaja; Raid, Raivo, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    Different actin and/or tubulin-based membrane protrusions have been proposed to be one of the means for intercellular communication needed for proper cell proliferation, cell fate decision, and migration. Even though existence of membrane protrusions have occasionally been described in developing tissues, their physiological roles are still poorly understood. Microtubule-based protrusions, termed interplanar bridges, have been shown to be present in Drosophila melanogaster pupal wing. To study the dynamics and function of these protrusions, 5D time lapse imaging was conducted by using α-Tubulin:GFP and centrosomal cnn:Cherry to visualize the interplanar bridges and mitotic cells. Results gathered from the thesis show, that these structures are present during pupal wing development and appear to play roles in regulating coordinated cell mitosis as the means of intercellular communication.
  • Item
    TCF7L2 geeni polümorfism rs7903146 ja gestatsioonidiabeet
    (Tartu Ülikool, 2021) Kumpel, Evelin; Tagoma, Aili, juhendaja; Adler, Priit, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    Gestatsioonidiabeet on süsivesikute ainevahetuse häire, mis tekib ainult raseduse käigus. TCF7L2 on valku kodeeriv geen, mis on peamiselt seotud β-rakkude proliferatsiooni ja proinsuliini sünteesi reguleerimisega. TCF7L2 polümorfismi rs7903146 on kõige rohkem seostatud teist tüübi diabeediga, kuid kuna teist tüüpi diabeet ja gestatsioonidiabeet on patofüsioloogiliselt sarnased, on seda polümorfismi uuritud ka gestatsioonidiabeedi patsientide seas. Selle uurimistöö eesmärgiks oli määrata TCF7L2 polümorfismi rs7903146 genotüübid gestatsioonidiabeedi riskirühma kuuluvatel rasedatel ning analüüsida polümorfismi mõju genotüübiti nii gestatsioonidiabeedi kujunemisele kui ka sellega seotud tulemitele. Uuritavate rühma moodustasid 473 naist, kellest gestatsioonidiabeedi diagnoosiga oli 181. Tulemustest selgus, et TCF7L2 riskigenotüüp T/T polnud seotud gestatsioonidiabeedi diagnoosi, veresuhkru ega C-peptiidi väärtustega, kuid suurendas insuliinravi vajaduse šanssi raseduse lõpus.
  • Item
    cAMP-sõltuva kinaasi mõju inimese papilloomiviiruse tüüp 5 replikatsioonile
    (Tartu Ülikool, 2021) Lototskaja, Elina; Piirsoo, Alla, juhendaja; Piirsoo, Marko, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    Inimese papilloomiviirused on kaheahelalise DNA genoomiga viirused, mis nakatavad naha ja limaskesta basaalkihi keratinotsüüte. Mõned HPV-d võivad põhjustada pahaloomuliste kasvajate teket. HPV elutsükli üksikasjalik uurimine aitaks töötada välja efektiivseid ravi strateegiaid. HPV replikatsioon sõltub viiruse E1 ja E2 valkudest, mille bioloogilist aktiivsust kontrollivad mitmed rakkulised valgud, sealhulgas ka proteiinkinaasid. Käesolev magistritöö raames leiti, et cAMP-sõltuv proteiinkinaas (PKA) reguleerib negatiivselt HPV tüüp 5 replikatsiooni U2OS rakkudes. PKA signaaliraja aktivatsioon erinevate farmakoloogiliste ainete (IBMX, forskoliin) lisamisel põhjustas HPV5 E2 valgu viimist proteasoomsele degradatsioonile.
  • Item
    Characterization of the TRMT112-methyltransferase network in mammalian cells
    (Tartu Ülikool, 2021) Brūmele, Baiba; Kurg, Reet, juhendaja; Mutso, Margit, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    TRMT112 is a small evolutionary conserved protein that acts as a co-factor and activator for different methyltransferases involved in rRNA, tRNA and protein methylation. In mammalian cells TRMT112 interacts with WBSCR22, N6AMT1, METTL5, ALKBH8, TRMT11, THUMPD2 and THUMPD3. During this research subcellular localisation and mutual interactions of TRMT112 and its partners were studied. TRMT112 level and localization in the cells is tightly regulated and there is a positive feedback loop between TRMT112 and its partners. TRMT112 interacts with all its partners in a similar way, but single amino acid mutations on the surface of TRMT112 reveal several differences as well. Lastly, partial genomic knockout of TRMT112 using CRISPR/Cas9 system significantly reduces WBSCR22 protein level in mammalian cells. In summary, mammalian TRMT112 can be considered as a central “hub” protein that regulates the activity of several of the methyltransferases it interacts with.