MRI magistritööd – Master's theses

Selle kollektsiooni püsiv URIhttps://hdl.handle.net/10062/34614

Sirvi

Nüüd näidatakse 1 - 20 443

Pagaripärmi ribosoomi peptidüültransferaasi keskuse piirkonnas paiknevate evolutsiooniliselt konserveerunud rRNA modifikatsioonide mõju temperatuuritundlikkusele
(Tartu Ülikool, 2025) Varik, Ronald; Leppik, Margus, juhendaja; Tamm, Tiina, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Ribosoomi koostises olevad RNA molekulid sisaldavad palju modifitseeritud nukleotiide. Ribosomaalse RNA modifikatsioonidel on tähtis roll ribosoomi funktsiooni optimeerimisel. Väikesed tuumakese RNA-d ehk snoRNA-d on üheks viisiks, kuidas rRNA modifikatsioonide muster määratakse. Eriti tähtis roll on omistatud modifikatsioonidele, mis asuvad ribosoomi funktsionaalsetes piirkondades nagu näiteks peptidüültransferaasi keskuses. PTC-s leidub nii evolutsiooniliselt konserveerunud rRNA modifikatsioone kui ka mittekonserveerunud modifikatsioone. Käesolevas töös selgitatakse, kuidas nelja konserveerunud PTC modifikatsiooni (Ψ2826, Um2921, Gm2619, m5C2870) puudumine mõjutab S. cerevisiae külmatundlikkust.
Stringent response in the infection of lytic phages of Pseudomonas putida
(Tartu Ülikool, 2025) Rikberg, Roger; Tamman, Hedvig, juhendaja; Lewańczyk, Alicja Cecylia, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
As the most abundant group of organisms on Earth, bacteria inhabit nearly every environment and are therefore frequently exposed to stress, including bacteriophage infection. Stringent response, induced by the alarmone molecule (p)ppGpp, is a common stress response in bacteria to overcome different stressful conditions. Pseudomonas putida, known for its versatile metabolism, is widely used in environmental studies and biotechnology. However, the role of stringent response in phage defence remains poorly understood. Therefore, this thesis aims to ascertain whether the stringent response influences the infection of lytic phages in P. putida, focusing on phage adsorption and burst size. The results of this study show that, in general, phage infection in liquid media are consistent with solid media results. While the stringent response does not notably affect adsorption, it can influence the length of latent period and reduce the burst size of infecting phages.
Kullerpeptiidi retseptori identifitseerimine lähiligeerimise meetodil
(Tartu Ülikool, 2025) Enno, Rasmus; Teesalu, Tambet, juhendaja; Põšnograjeva, Kristina, juhendaja; Sedman, Juhan, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Vaskulaarsed endoteelirakud avaldavad erinevaid omadusi sõltuvalt koe füsioloogilisest seisundist. Nende rakkude pinnaretseptorite sihtmärgistamiseks on välja töötatud vaskulaarsed kullerpeptiidid (ingl. vascular homing peptides, VHP), mida avastatakse in vivo faagidisplei abil. Kuna faagidisplei ei võimalda retseptorite kohest tuvastamist, kasutatakse nende leidmiseks sageli afiinsuskromatograafiat. Selle protsessi oluline etapp on rakkude lüüs, mille käigus vabanevad rakusisesed valgud, mis võivad häirida VHP-de seondumist sihtvalkudega, vähendades märgistamise spetsiifilisust. Selle piirangu ületamiseks töötati käesolevas töös välja mädarõika peroksüdaasist (HRP) sõltuv, VHP-ga suunatud lähiligeerimise meetod, mis võimaldab märgistada peptiidi läheduses paiknevaid valke elusrakkudes. Mudelsüsteemina kasutati kullerpeptiidi järjestusega RPARPAR (RPAR) ja selle retseptorit neuropiliin-1 (NRP-1). RPAR-HRP konjugaat võimaldas NRP-1 positiivsete rakkude selektiivset märgistamist AlexaFluor 647-türamiidi ja biotiin-türamiidiga. Märgistatud rakupinnavalgud isoleeriti afiinsuskromatograafia abil ning NRP-1 tuvastati Western blot’i ja massispektromeetrilise analüüsi kaudu. Antud töö tulemused näitavad, et VHP-ga juhitud lähiligeerimine on toimiv strateegia kullerpeptiidide sihtretseptorite tuvastamiseks terviklikel elusrakkudel.
Immunoglobuliin G omaduste parandamine keelemudelite abil GLUT1 vastase antikeha näitel
(Tartu Ülikool, 2025) Tilk, Raimond; van der Hoek, Ave, juhendaja; Saluri, Mihkel, juhendaja; Kurg, Reet, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Glükoosi transporter tüüp 1 (GLUT1) valku ekspresseerivate vähirakkude vastu on loodud antikeha, mis indutseerib nende apoptoosi. Immunoglobuliinil avastati ravimikandidaadiks saamist takistav omadus, nimelt ei suudetud kontsentratsiooni tõsta piisavalt kõrgeks, et säiliks selle ravitoime. Probleemi lahendamisel võeti abiks keelemudelid, mis pakkusid algmolekulile üheaminohappelisi mutatsioone. Antud magistritöös uuritakse keelemudelite võimekust pakkuda välja üheaminohappelisi mutatsioone antikeha järjestuses. Mudeli poolt pakutud molekulidel sooviti välja selgitada nende arendatavusega seotud omadused ja sobivus prekliinilisteks katseteks.
Emakakaelavähiga seotud fenotüüpide definitsiooni mõju geneetilise seoseanalüüsi tulemusele
(Tartu Ülikool, 2025) Vilbaste, Maret; Laisk, Triin, juhendaja; Võsa, Mariann, juhendaja; Dzigurski, Jelisaveta, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Emakakaelavähk on üks levinumaid günekoloogilisi pahaloomulisi kasvajaid maailmas. Viimaste aastate jooksul on ülegenoomsed seoseuuringud (GWAS) võimaldanud tuvastada emakakaelavähi ja selle eelastmetega seotud geneetilisi riskilookuseid. Selliste uuringute tulemused võivad sõltuda sellest, kuidas on uuritav fenotüüp defineeritud. Käesolevas magistritöös uuriti, kuidas erinevad fenotüübi definitsioonid mõjutavad emakakaelavähi geneetiliste seoseanalüüside tulemusi, kasutades Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu andmeid. Töös viidi läbi mitme fenotüübidefinitsiooni alusel GWAS analüüs ja selle interpretatsioon, hinnati geneetiliste variantide efektisuurusi ning tuvastati spetsiifilisi ja kattuvaid geneetilisi signaale. Leiti, et fenotüübi määratlused mõjutavad nii tuvastatud geneetilisi signaale kui geneetiliste seoste tugevust ja usaldusväärsust, mistõttu on oluline täpne fenotüübi määratlus tulevaste geneetiliste uuringute kavandamisel.
Karbapeneemresistentsuse ennustustäpsuse võrdlus Klebsiella pneumoniae isolaatidel kolme bioinformaatilise tööriistaga: PhenotypeSeeker, ResFinder, Kleborate
(Tartu Ülikool, 2025) Helde, Karita; Remm, Maido, juhendaja; Riit, Taavi, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Antimikroobne resistentsus (AMR) on kasvav rahvatervise probleem, mida süvendab antibiootikumide liigne ja vale kasutamine. Tõhusaks raviks on vajalik resistentsuse kiire ja täpne tuvastamine. Üheks paljulubavaks lähenemiseks on bakteri isolaatide resistentsusprofiili määramine täisgenoomi sekveneerimise (WGS – whole genome sequencing) abil. Magistritöö kirjanduse ülevaates kirjeldatakse AMR-i ja karbapeneemresistentsuse levikut Klebsiella pneumoniae isolaatide seas. Töö praktilises osas võrreldi kolme bioinformaatilise tarkvara – ResFinder, Kleborate ja PhenotypeSeeker – suutlikkust ennustada CRKP isolaatide resistentsust meropeneemile, ertapeneemile ja imipeneemile, kasutades WGS andmeid. Lisaks hinnati tööriistade täpsust Eesti haiglatest pärit K. pneumoniae isolaatidel.
Pseudomonas putida geeni lapG ekspressiooni regulatsioon
(Tartu Ülikool, 2025) Räis. Gea Maris; Teras, Riho, juhendaja; Hendrikson, Johanna, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Käesolevas töös uuritakse Pseudomonas putida geeni lapG ning PP_0163 transkriptsiooni regulatsiooni sõltuvust sigmafaktorist globaalsetest regulaatoritest Fis ja ArgR, samuti püüti määrata mõlema geeni mRNA 5’ otsa. P. putida on risosfäärne bakter, mis eelistab elada biofilmina taimejuurtel, kuna seal on rohkem toitaineid, kui risosfäärist eemal olevas mullas. Varasemalt on uuritud põhjalikult P. putida biofilmi jaoks oluliste lap geenide, nagu lapA posttranskripsioonilist regulatsiooni ning lapE transkriptsioonilist regulatsiooni. Samas, LapG puhul on uuritud posttranslatsioonilist regulatsiooni kuid vähem on uuritud lapG transkriptsiooni.
Töövoog fenotüüpide defineerimiseks Eesti Geenivaramu andmestikus
(Tartu Ülikool, 2025) Orumaa, Eret; Laisk, Triin, juhendaja; Läll, Kristi, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Komplekshaiguseid saab uurida ülegenoomsete assotsiatsiooniuuringutega, mille eesmärgiks on leida seoseid fenotüübi ja inimestel leiduvate geneetiliste variantide vahel. Komplekshaiguste uurimisel on tähtis, et erinevate uuringute tulemused oleksid omavahel võrreldavad ja et fenotüübid oleksid uuringutes defineeritud sarnaselt. Selleks, et võimaldada kureeritud fenotüüpide ühtset kasutamist, on loodud komplekshaiguste definitsioonide raamatukogud, millest üks tuntuim on FinnGen fenotüüpide definitsioonide raamatukogu. Assotsiatsiooniuuringute võimsust parandab suurema valimi kasutamine ning suurem valim on võimalik saada erinevate biopankade andmeid harmoniseerides. Magistritöö käigus loodi automatiseeritud töövoog juhtude ja kontrollide määramiseks Eesti Geenivaramu geenidoonorite andmestikus vastavalt erinevatele fenotüübi definitsioonidele.
Pseudomonas putida profaag 1 kodeerib RexAB tüüpi faagikaitse geene
(Tartu Ülikool, 2025) Kängsep, Anu; Hõrak, Rita, juhendaja; Rosendahl, Sirli, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Pseudomonas putida on keskkonnabakter, kelle genoomis on neli profaagi, mis tõstavad tema faagitolerantsust. Meie laboris on leitud, et profaag 1 kaitseb faagide Kompost-2 (7B) ja Konnatiik (5B) eest. Sellest lähtuvalt oli magistritöö eesmärk uurida, millised P1 geenid vastutavad selle kaitse eest ning millist tüüpi faagikaitsesüsteemiga on tegemist. Tulemused näitasid, et faagitolerantsuse eest vastutavad geenid PP_5643 ja PP_5644. Nende produktideks olevad valgud seonduvad teineteisega. Tegemist on RexAB tüüpi kaitsesüsteemiga, millele viitas nii bioinformaatiline analüüs kui ka kaksikhübriidide ja komplementatsioonitüvedega läbiviidud katsed. Lisaks viitasid tulemused, et PP_5643 on faagi sensorvalk ja PP_5644 efektorvalk, mis on võimeline inhibeerima bakteri kasvu.
PCR-meetodi ja valgusmikroskoopia võrdlev analüüs üherakuliste sooleparasiitide laboratoorses diagnostikas
(Tartu Ülikool, 2025) Rea, Anneliis; Pikta, Marika, juhendaja; Tõnissoo, Tambet , juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Üherakulised sooleparasiidid on oluline, kuid keerulise diagnostikaga grupp inimese seedetrakti patogeene, kelle tuvastamine roojast põhineb siiani peamiselt valgusmikroskoopial. Käesolevas töös võrreldi Põhja-Eesti Regionaalhaigla laboratooriumis kasutuselevõetud Seegene Allplex™ GI-Parasite Assay PCR-paneeli valgusmikroskoopiaga, analüüsides väliste võrdluskatsete tulemusi ja 399 patsiendiproovi. Leiti, et PCR-paneel võimaldas suurema tundlikkuse ja täpsusega tuvastada mitmeid kliiniliselt relevantseid parasiite, sh Blastocystis spp, Dientamoeba fragilis, Entamoeba histolytica, Giardia lamblia ja Cryptosporidium spp, pakkudes samal ajal ka tulemuste suuremat standardiseeritust ja lühemat ringlusaega.
Kõrge läbilaskevõimega sekveneerimise rakendamine viiruste tuvastamiseks Eesti seemnekartulis ja kartuli Y-viiruse tüvede identifitseerimine bioinformaatiliste meetoditega
(Tartu Ülikool, 2025) Stražev, Anette; van der Sman, Piret, juhendaja; Puurand , Tarmo, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Peamine saagikust ja saagi kvaliteeti mõjutavad tegurid on taimehaigused. Märkmismväärseid saagikadusid ja mugulate kvaliteedi langust põhjustab kartuli Y-viirus (PVY) mistõttu on selle ennetamine ja varajane tuvastamine äärmiselt oluline. Magistritöö eesmärk oli iseloomustada Eestis esinevaid PVY tüvesid, hinnata nende geneetilist mitmekesisust ja viia läbi fülogeneetiline analüüs ning tuvastada kaasnevaid RNA-viirusi RNA-sekveneerimise ja bioinformaatika abil. Tuvastati rekombinantsed tüved PVYNTN(a) ja PVYN-Wi. Fülogeneetiline analüüs näitas, et Eesti PVY isolaadid kuuluvad kahte erinevasse klastritesse koos teiste Euroopa, Lähis-Ida ja Aasia päritolu järjestustega. Lisaks PVY’le tuvastati mitmeid teisi viiruse järjestusi, kuid nende esinemine vajab täiendavat tõlgendust.
Psoriaatilise artriidi ülegenoomne assotsiatsiooniuuring
(Tartu Ülikool, 2025) Judin, Aleksandra; Reimann, Ene, juhendaja; Traks, Tanel, juhendaja; Silva, Galadriel Lucia Velazquez, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Psoriaatiline artriit (PsA) on krooniline põletikuline liigesehaigus. Siinse magistritöö eesmärk oli tuvastada PsA geneetilisi riskitegureid ning uurida haigusega seotud bioloogilisi mehhanisme suuremahulise ülegenoomse assotsiooniuuringu (GWAS) metaanalüüsi kaudu. Analüüs viidi läbi kolmes Põhja-Euroopa kohordis: Eesti geenivaramu,Soome FinnGen ja UK Biopanga andmete põhjal, hõlmates kokku ligikaudu 900 000 osalejat. GWAS-i metaanalüüsi tulemused annoteeriti FUMA platvormi abil, kandidaatgeenide prioritiseerimine tehti Open Targets Genetics (OTG) platvormil ning seda toetati täiendavalt FUMA ja Mouse Genome Informatics (MGI) andmebaasi funktsionaalsete annotatsioonidega. Leitud geneetilised signaalid annavad uusi vihjeid PsA molekulaarsete mehhanismide kohta.
Characterizing longitudinal parvalbumin-positive interneuron vulnerability in rat model of Wolfram syndrome
(Tartu Ülikool, 2025) Maksimtšuk, Varvara; Gaur, Nayana, juhendaja; Plaas, Mario, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Wolfram syndrome type 1 (WS) is a rare autosomal recessive disorder characterized by early-onset diabetes mellitus, optic nerve and brainstem atrophy, deafness and neurodegeneration. This study utilized a genetically modified rat model of WS with a deletion of exon 5 in the Wfs1 gene to investigate the disease mechanisms and identify potential new therapeutic targets. The main aim of this thesis is to characterize the longitudinal vulnerability of parvalbumin-positive (PV+) interneurons in the hippocampus of Wolfram syndrome rat model. Results showed that WS rats have a consistently lower number of PV+ interneurons across age groups compared to wild-type littermates. Additionally, an age-related loss of perineuronal nets (PNNs) accompanied by increased parvalbumin expression were observed suggesting accelerated neurobiological aging. Moreover, elevated gliosis was observed, which indicates ongoing neuroinflammation.
RNA modifikatsiooni ac4C roll inimese epidermaalsete keratinotsüütide rakulises vastuses
(Tartu Ülikool, 2025) Naumova, Valeria; Kudrin, Pavel, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
RNA reguleerib raku funktsioone ja geneetilise info ülekannet, kusjuures RNA keemilised modifikatsioonid, nagu N4-atsetüültsütidiin (ac4C), mille katalüüsijaks on ensüüm NAT10, mõjutavad oluliselt erinevaid rakulisi protsesse. ac4C on seotud translatsiooni, proliferatsiooni ja põletikuvastase regulatsiooniga. Psoriaas on krooniline põletikuline nahahaigus, mille patogeneesis osalevad aktiivselt epidermaalsed keratinotsüüdid ning põletikulised signaalirajad nagu NF-κB ja JAK-STAT. Käesoleva magistritöö eesmärk oli uurida RNA modifikatsiooni ac4C ja selle ainsa teadaoleva ensüümi NAT10 võimalikku rolli inimese epidermaalsete keratinotsüütide (NHEK) põletikulistes protsessides, keskendudes eelkõige psoriaasi arengule. Magistritöö tulemused näitasid, et psoriaasi korral on NAT10 ekspressioon suurenenud ja selle vaigistamine mõjutab JAK-STAT ja NF-κB signaaliradasid ning vähendab rakkude jagunemise ja keratinotsüütide proliferatsiooniga seotud geenide ekspressiooni.
Lõhede alfaviiruse minigenoomi konstrueerimine ning selle ristkasutamine heteroloogiliste replikaaside poolt inimese ning putukarakkudes
(Tartu Ülikool, 2025) Claesson, Hanna Carolina; Lello, Laura Sandra, juhendaja; Merits, Andres, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Lõhede alfaviirusel on positiivse polaarsusega RNA genoom ja kuulub alfaviiruste perekonda. Lõhede alfaviirus levib peamiselt Euroopas ning nakatab lõhesid ja vikerforelle. Alfaviiruste replikaasid on trans-aktiivsed, st suudavad replitseerida mistahes RNA-sid, mis sisaldavad või millele on lisatud sobivaid viirus-spetsiifilisi elemente. See on võimaldanud luua alfaviiruste trans-replikatsiooni süsteeme. Need süsteemid võimaldavad efektiivselt uurida alfaviiruste replikatsiooni, samuti erinevate viiruste minigenoomide ja replikaaside ristkasutamist. Käesoleva uurimistöö eesmärgiks oli uurida erinevate alfaviiruste replikatsioonikomplekside võimet paljundada lõhede alfaviiruse minigenoomi RNA-d, mille jaoks kasutati in vitro transkribeeritud mRNA-del põhinevat trans-replikatsiooni süsteemi.
Poomisvastuse mõju Pseudomonas putida mõõdukate faagide infektsioonitsükli valikule
(Tartu Ülikool, 2025) Mägi, Elise; Tamman, Hedvig, juhendaja; Rosendahl, Sirli, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Mõõdukad bakteriofaagid (faagid) võivad viljeleda nii lüsogeenset kui ka lüütilist elutsüklit ning on võimelised ühelt elutsüklilt teisele üle minema. Infektsioonitsükli valiku eelistust kujundavad mitmesugused nii bakterist kui ka keskkonnast lähtuvad mõjurid. Leidub viiteid, et üheks selliseks elutsükli mõjuteguriks võiks olla ka bakteri poomisvastus, mille vallandab stressitingimustes alarmoon ppGpp. On teada, et P. putida PaW85 genoom sisaldab nelja krüptilist profaagi, kuid seni pole isoleeritud ühtegi seda bakterit nakatavat mõõdukat faagi, mistõttu pole olnud võimalik ppGpp mõju neile uurida. Käesoleva töö eesmärk oli välja selgitada ppGpp ja ühtlasi ka poomisvastuse mõju P. putida profaagide lahkumissagedusele bakteri genoomist ning isoleerida keskkonnatüvedest nakatamisvõimelisi mõõdukaid faage. Tulemused näitavad, et poomisvastus soodustab lüsogeensust profaagidel P1 ja P4, kuid profaagide P2 ja P3 lahkumissagedusele ppGpp mõju ei avalda. Samuti õnnestus KAR37 tüvest isoleerida esimene P. putida PaW85 nakatav mõõdukas faag ViKa.
Comparison of RNA extraction by Arpengen kit with RNA extraction by TRIzol and the subsequent use of the kit in a gene expression study
(Tartu Ülikool, 2025) Rand, Dana-Karolin; Leidmaa, Este, juhendaja; Mohammadrahimi, Narges, juhendaja; Värv, Signe, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
RNA used in gene expression studies must be free of contaminants and sufficiently intact to obtain reliable results. This work compares the Arpengen kit with a membrane column and the Trizol solution, on tissues that are difficult to process estimating the RNA quality using spectrophotometry, gel electrophoresis and RT-qPCR. After determining that the kit isolates RNA with sufficient quality, is user-friendlier and the result more reproducible than TRIzol extraction, it was used to isolate RNA from the prefrontal cortex of mice for gene expression analysis to investigate whether the Negr1 gene interacts with selected components of the endocannabinoid system and the blood-brain barrier molecule claudin-5. The results showed that Negr1-deficiency affects the expression level of cannabinoid receptors and claudin-5 in response to acute high-fat diet exposure.
Translatsiooni täpsuse mõju mutatsioonide tekkele bakteri Pseudomonas putida ribosoomivalgu S5 mutantides
(Tartu Ülikool, 2025) Luhaäär, Carol; Ilves, Heili, juhendaja; Jürgenstein, Karl, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Kuulmislangusega seotud mitokondri RNR1 geenimutatsioonide re-sekveneerimine rakuvabast DNA-st
(Tartu Ülikool, 2025) Uusküla, Benelote; Krjutškov, Kaarel, juhendaja; Leppik, Margus, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Kuulmislangust põhjustavad kolm mutatsiooni mitokondri RNR1 geenis: m.1095T>C, m.1494C>T ja m.1555A>G. Need mutatsioonid muudavad 12S rRNA järjestuse mitokondris sarnaseks prokarüoodi 16S rRNA järjestusele, mis põhjustab aminoglükosiidide paremat seondumist ning ototoksilisust. Käesolevas töös uuriti mitteinvasiivse prenataalse testimise (NIPT) tulemustes mutatsioonide esinemissagedust täiendava PCR-amplifikatsiooni ja re-sekveneerimise läbi. Mutantne alleel kinnitati, kui selle osakaal kõigist lugemitest sekveneerimistulemustes ületas 50%. Kolme mutatsiooni kumulatiivne esinemissagedus oli 0,23%. Re-sekveneerimise kinnituse abil oli võimalik NIPT tulemustest eemaldada valepositiivsed tulemused ja kinnitada tõelised mutatsiooniga proovid 100% spetsiifilisusega. Mutatsiooni kajastamine elektroonilistes terviseandmetes aitab vältida aminoglükosiidide manustamisest põhjustatud kuulmislanguse teket riskialleelidega patsientidel.
Pseudomonas putida profaag 3 kodeerib kahte faagikaitse süsteemi
(Tartu Ülikool, 2025) Lipu, Anita; Hõrak, Rita, juhendaja; Ainelo, Andres, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Pseudomonas putida on gramnegatiivne mullabakter, mida kasutatakse laialdaselt näiteks bioremediatsioonis ja biotehnoloogias. Bakteri efektiivseks kasutamiseks on oluline, et see oleks resistentne faaginakkustele. Kuigi on teada, et profaagid kaitsevad oma peremeesbakterit sekundaarse faaginakkuse eest, ei ole P. putida profaagide kodeeritud kaitsemehhanisme sügavalt uuritud. Antud töös soovisin leida geene, mis vastutavad P. putida kolmandast profaagist sõltuva faagikaitse eest ja selgitada nende toimemehhanismi. Katsed erinevate P. putida deletsioontüvedega näitasid, et P. putida profaag 3 kodeerib kahte erinevat ühest geenist koosnevat faagikaitsemehhanismi: PP_5516 ja PP_2277.

Sirvi

Viimati lisatud