MRI magistritööd – Master's theses

Permanent URI for this collection

Browse

Recent Submissions

Now showing 1 - 20 of 400
  • Item
    T-raku paneeli optimeerimine spektraalse voolutsütomeetri jaoks
    (Tartu Ülikool, 2024) Pomerants, Tuuliki; Kärner, Jaanika, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    See töö keskendub spektraalvootsütomeetria paneeli optimeerimisele T-rakkude immuunfenotüpiseerimiseks. Spektraalvootsütomeetrias mõõdetakse iga kasutatava fluorokroomi kogu emissioonispektrit. Paneel on välja töötatud perifeerse vere mononukleaarsete rakkude (PBMC) jaoks ning optimeerimisprotsessi käigus kasutati 8 erineva indiviidi rakke. Töö esimeses etapis kasutati 68 antikeha ning leiti, kas need seonduvad paremini fikseeritud või fikseerimata rakkudele. Teises etapis tiitriti 50 antikeha, et leida optimaalne kontsentratsioon signaali kõige paremaks eristamiseks. Seejärel katsetati erinevaid T-rakkude paneeli versioone, kuni leiti parim. Töö käigus optimiseeriti kaks paneeli. Üks on suunatud raku pinnal olevatele markeritele, koosnedes 23 antikehast ja teine, mis on suunatud raku sisestele markeritele, koosnedes 8 antikehast. Paneelid kokku lubavad eristada 35 erinevat T-rakkude populatsiooni. Tulevikus on paneele võimalik veelgi täiustada, parandades täpsust ja lisades uusi antikehi, suurendades tuvastavate rakupopulatsioonide arvu.
  • Item
    Diagnostic potential of extracellular vesicles in sepsis: identification of biomarkers through nanoflow cytometry analysis
    (Tartu Ülikool, 2024) Tolokonnikova, Luiza; Chahwan, Richard, juhendaja; Yim, Kevin, juhendaja; Kurg, Reet, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    This thesis investigates the diagnostic potential of extracellular vesicles (EVs) in sepsis, comparing their surface protein compositions with those of healthy individuals and patients with Acute Respiratory Distress Syndrome (ARDS). Using state-of-the-art nanoflow cytometry, this study aims to identify specific EV-based biomarkers that can facilitate the early and rapid diagnosis and effective management of sepsis, offering new perspectives in the field of critical care. The study included patients with sepsis (n=18), patients with ARDS (n=18), patients with combined sepsis and ARDS (n=18), and healthy donors (n=14). Statistical analysis revealed that several of the 17 analyzed EV surface markers differed significantly between the various groups. In the sepsis group, 10 markers were differentially expressed compared to healthy donors. In the ARDS group, a total of 12 markers were differentially expressed compared to healthy donors, with most of them overlapping with the sepsis group.
  • Item
    Soole mikroobikoosluse erinevused põletikulise soolehaigusega patsientidel
    (Tartu Ülikool, 2024) Adamson, Lisann; Klemets, Annabel, juhedaja; Org, Elin, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    Inimese soole mikrobioom on mitmekesine mikroorganismide kogum. Mikrobioom avaldab olulist mõju tervisele ja on seotud mitmete haiguste tekkega. Põletikuline soolehaigus (IBD) on seedetrakti krooniline põletikuline seisund, mille levimus on viimaste aastakümnete jooksul suurenenud. IBD puhul on oluline uurida soole mikrobioomi, et paremini mõista haiguse patogeneesi ja leida uusi ravimeetodeid. Töö käigus analüüsiti IBD-ga uuritavate ja tervete kontrollgrupi liikmete väljaheiteproovide mikroobikoosluse erinevusi. Tulemustest selgus, et uuritavate soole mikrobioomi mitmekesisus on sarnane, kuid esinevad mõned taksonoomilised erinevused IBD-ga patsientide ja kontrollide vahel. Paremate järelduste tegemiseks tuleks läbi viia metagenoomne analüüs, mis võimadaks tuvastada täpsemaid mikroobikoosluste muutusi
  • Item
    Toiduainetööstustes ringlevate bakterite biokile tekitamise võimekus, antibiootikumiresistentsus ja biokile biotsiidi tundlikkus
    (Tartu Ülikool, 2024) Kuus, Liina; Štšepetova, Jelena, juhendaja; Songisepp, Epp, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    Toiduainetööstustes ringlevad bakterid võivad moodustada biokilet, mis kinnitub tööstuse pindadele ning on vastupidav biotsiidide toimele. Biokiled loovad ka sobivad tingimused antibiootikumiresistentsuse levikuks ning seetõttu on oluline kaardistada tööstuses toimuvat. Käesoleva uuringu eesmärgiks oli toiduainetetööstuses prevaleerunud bakterite biokile tekitamise võimekuse uurimine ja nende tekitatud biokilede biotsiiditundlikkuse väljaselgitamine. Lisaks kaardistada uuritavate tüvede antibiootikumiresistentsus ning leida võimalikke seoseid antibiootikumiresistentsuse ning biokile tekitamisel. Leiti, et puu- ja köögiviljatööstuste Bacillaceae sugukonda kuuluvad tüved suutsid moodustada kõige tugevamat biokilet võrreldes teiste toiduainetööstuste tüvedega. Kõige efektiivsemaks biotsiidiks biokile massi eemaldamises ja biokiles olevate bakterite metaboolse aktiivsuse allasurumises oli aluse ja happe töötlus. Leiti, et biokile teket soodustab resistentsus kolme või enama antibiootikumi suhtes ja/või antibiootikumresistentsuse puudumine
  • Item
    Pseudomonas putida tüüp I restriktsioon-modifikatsioon süsteem faagivastases kaitses
    (Tartu Ülikool, 2024) Tamm, Kristin; Ainelo, Andres, juhendaja; Tamman , Hedvig, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    Faagid on baktereid nakatavad viirused ja nad on kõige arvukamad geneetilised elemendid biosfääris. Bakterid on evolutsiooni käigus omandanud mitmeid faagivastaseid kaitsemehhanisme. Enamus bakterite genoomis leidub restriktsioon-modifikatsioon süsteeme, mis on võimelised eristama võõr-DNA-d peremeesraku DNA-st ja neil on seega oluline roll faagivastases kaitses. Kuna Pseudomonas putida faagivastast kaitset on väga vähe uuritud siis käesoleva töö eesmärk oli uurida, kas P. putida tüüp I restriktsioon-modifikatsioon (RM-I) süsteemil on roll faagivastases kaitses või mitte. Testiti RM-I süsteemi valkude (HsdR, HsdM, HsdS) aktiivsust in vitro lõikusreaktsioonides genoomse DNA-ga ning konstrueerides RM-I deletsioontüve, mille mõju faagivastasele kaitsele testiti tilkkülvides. Töö tulemustele põhinedes on on RM-I süsteemi roll faagivastases kaitses testitud tingimustes kaheldav.
  • Item
    C1 ühendid ja Pseudomonas putida stressivastused
    (Tartu Ülikool, 2024) Linno, Kirke; Jõesaar, Merike, juhendaja; Viggor, Signe, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    Üha olulisem on leida keskkonnasõbralikke viise keemiliste ühendite tööstuslikuks tootmiseks. Üheks võimaluseks on kasutada baktereid, mis suudavad kasvada C1 ühenditel. Käesolevas magistritöös uuriti Pseudomonas putida tüve KT2440 ning antud tüve põhjal geneetiliselt muundatud tüvede KT2440_C1-S-Aux ning KT2440_C1-S-Aux_pM_C. necator (CSA_pMnec) stressivastuseid metanooli ja formiaadi lisamisel kasvukeskkonda. Madalad metanooli ning formiaadi kontsentratsioonid ei põhjustanud nendel tüvedel SOS-vastust ega oksüdatiivse stressi taseme tõusu. Kõrgematel C1 substraatide kontsentratsioonidel oli näha oksüdatiivse stressi tõusu. Mutantsete tüvede membraan oli tundlikum kemikaalide poolt põhjustatud stressi suhtes kui KT2440 membraan, samas formiaat ei mõjunud nende membraanidele kahjustavalt. Kõrgemad metanooli kontsentratsioonid muutsid rakkude membraanid läbilaskvaks. Tüve CSA_pMnec membraan on vastupidavam 25% metanoolile võrreldes teiste uuritud tüvedega. Lisaks stressivastuste tekkele oli näha ka muutusi mutantsete rakkude morfoloogias ning katalaasses aktiivsuses.
  • Item
    Indutseeritud pluripotentsete tüvirakkude valmistamine külmutatud vereproovidest
    (Tartu Ülikool, 2024) Kordemets, Katariina; Org, Tõnis, juhendaja; Trei, Annika, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    Viimase 15 aasta jooksul on tehtud laiaulatuslikke ülegenoomseid assotsiatsiooniuuringuid, et uurida genotüüpide ja fenotüüpide vahelisi seoseid, kuid keerulisem on uurida seotud variantide funktsionaalset panust fenotüübi avaldumisse. Sellisteks funktsionaalseteks uuringuteks saab kasutada indutseeritud pluripotentseid tüvirakke. Üks väheinvasiivne allikas, millest iPSCsid teha saab, on vererakud. Eesti Geenivaramus on olemas esimese 50 000 doonori külmutatud vererakud. iPSC-de tegemine on aga madala efektiivsusega ja nii pikalt külmutatud olnud vererakkudest pole tüvirakke töö autorile teadaolevalt tehtud. Sellest tulenevalt on käesoleva magistritöö eesmärgiks välja selgitada, kas ja mis protokolli kasutades on Geenivaramu külmutatud vereproovidest võimalik luua indutseeritud pluripotentseid tüvirakke.
  • Item
    Metaboliitide stabiilsuse hindamine vereplasmas vedelikkromatograafia-massispektromeetria meetodil
    (Tartu Ülikool, 2024) Kessel , Kaarina; Ilisson, Mihkel, juhendaja; Kurg, Ants, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    Metaboloomika eesmärk on tuvastada organismis sisalduv biomolekulide, metaboliitide, komplekt. Metaboliitide väärtuste reprodutseeritavust võivad mõjutada erinevad preanalüütilised tingimused. Vaatamata mitmekülgsetele uuringutele ei ole kirjanduse andmed kliinilise töövoo jaoks piisavad. Eestis on esmakordselt võimalus SA TÜK Geneetika ja personaalmeditsiini kliinikus kasutusele võtta QTOF massispektromeeter, et seda rakendada kliinilisteks analüüsideks. Seetõttu on vajalik saadavaid tulemusi kontrollida ja võrrelda kirjanduses avaldatutega. Magistritöö üldine eesmärk oli välja selgitada sobivad vereplasma säilitustingimused - säilitades alikvooditud materjali kolmel erineval temperatuuril ja analüüsides neljas erinevas ajapunktis. Töö tulemused toetavad teooriat, mille kohaselt esineb metaboliitide hulgas ebastabiilseid analüüte, mis vajavad standardiseeritud preanalüütikat
  • Item
    Probiootiliste nahatoodete mõju akne ja atoopilise dermatiidi patsientide nahale
    (Tartu Ülikool, 2024) Sinisalu, Johanne; Sepp, Epp, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    Inimese naha mikrobiootal on oluline roll naha eubioosi säilitamisel, mistõttu muutuseid mikrobioota mitmekesisuses ja arvukuses on seotud mitmete nahahaigusega, sealhulgas akne ja atoopilise dermatiidiga. Magistritöös uuritakse probiootiliste nahatoodete mõju atoopilise dermatiidi ja akne patsientide naha mikrobioomile. Selleks viidi läbi kliiniline uuring, kus analüüsiti mikroobikooslusi enne ja pärast probiootiliste nahatoodete kasutamist. Saadud tulemused varieerusid sõltuvalt nahatoote prototüübist ja uuritavast grupist. Probiootilised kreemid ei mõjutanud mikrobioomi statistiliselt oluliselt, seevastu salvi kasutamisel esines statistiliselt olulisi muutusi nii mikroobide arvukuses kui mitmekesisuses. Probiootilise akne kreemi kasutamine muutis naha mikrobioomi sarnasemaks tervete nahale, kuid atoopilise dermatiidiga patsientide puhul seda mõju ei täheldatud, kuna AD korral erineb isegi remissiooni perioodil naha mikrobioom tervete naha mikrobioomist.
  • Item
    Tolli-laadsete retseptorite agonistide ja I tüüpi interferooni mõju tümotsüütide arengule
    (Tartu Ülikool, 2024) Armulik, Elise Helena; Laan, Martti, juhendaja; Stoljar, Artur, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    Omandatud immuunsüsteemi üheks olulisemaks organiks on tüümus, kus tümotsüüdid arenevad funktsionaalseteks T-lümfotsüütideks. Tüümusele on iseloomulik toota madalates kogustes proinflammatoorseid tsütokiine, nagu I tüüpi interferoone (IFN) ja endogeenseid Tolli-laadsete retseptorite (TLR) agoniste, mis arvatakse olevat olulised tümotsüütide arengu reguleerimisel. Antud magistritöös uuriti süstemaatiliselt TLR4, TLR7 ja TLR9 agonistide ning I tüüpi IFN-i poolt põhjustatud muutusi tüümuse rakkude populatsioonides. Saadud tulemused viitavad muuhulgas TLR agonistide võimele kiirendada tümotsüütide varajaste faaside arengut, suurendades seeläbi üksikpositiivsete rakkude osakaalu. See-eest I tüüpi IFN võivad tekitada blokaadi topeltpositiivses arengufaasis, takistades rakkude edasist arengut. Antud töös kirjeldatud muutused tümotsüütide erinevates alampopulatsioonides võivad pakkuda uusi võimalusi T-rakkude arengu mõjutamiseks.
  • Item
    Gene expression profiling of endometrial polyp
    (Tartu Ülikool, 2024) Tarassova, Darja; Saare, Merili, juhendaja; Tõnissoo, Tambet, juhendaja; Pathare, Amruta, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    Endometrial polyps (EP) are benign growths of endometrial tissue that occur frequently in women, the molecular and genetic causes of which are still unclear. This study compared the transcriptomes of endometrial tissue and EP biopsies to detect changes in gene expression and analyzed cellular diversity using single-cell RNA sequencing. The results of the work showed that the transcriptome profiles of EP and endometrium in tissue biopsies are very similar and only individual differences were detected at the level of gene expression. Single-cell sequencing of the polyp confirmed that the cellular diversity of the EP and endometrium is very similar, but identified three genes (BNC2, CSMD1 and LINC01060) that were differently expressed in the perivascular cell cluster. The importance of these genes in the pathogenesis of EP needs to be confirmed by further studies.
  • Item
    Epiteeli ripsrakud noorte ja vanemate reproduktiiveas naiste endomeetriumis: immunohistoloogiline analüüs ja uue analüüsimetoodika arendus
    (Tartu Ülikool, 2024) Laanemets, Arina; Loid, Marina, juhendaja; Kask, Keiu, juhendaja; Tõnissoo, Tambet, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    Tänapäeva ühiskonnas on pereplaneerimine lükkunud 30.-40. eluaastatesse. See toob endaga kaasa vanusest tingitud viljatusprobleeme. Vanuselised muutused toimuvad nii hormonaalsel, rakulisel kui ka molekulaarsel tasandil. On leitud, et vanemate naiste endomeetriumi täiskoes on ülesreguleeritud ripsrakkudega seotud geenid, mis võib tuleneda nii ripsrakkude arvu muutusest kui ka ripsrakkude geeniekspressiooni muutustest. Käesolevas töös selgitati välja, et vanematel naistel on endomeetriumis oluliselt rohkem ripsrakke võrreldes noorematega. Seejärel töötati välja meetod ripsrakkude eraldamiseks teistest endomeetriumi rakkudest SiR-tubuliini ja LhS28 abil. Väljatöötatud metoodikat kasutatakse edaspidi nooremate ja vanemate naiste ripsrakkude geeniekspressiooni profiilide võrdlemiseks.
  • Item
    Development of a multi-platform metabarcoding bioinformatics software with an easy-to-use graphical user interface
    (Tartu Ülikool, 2024) Metsoja, Martin; Anslan, Sten, juhendaja; Tedersoo, Leho, juhendaja; Remm, Maido, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    Metabarcoding, a widely adopted technique in molecular ecology, enables the simultaneous identification of organisms from environmental samples. However, the sheer volume of sequencing data generated by metabarcoding, diverse DNA markers and sequencing platforms introduces complexity during downstream bioinformatic processing. Existing bioinformatic tools for metabarcoding data analysis often operate via command line interfaces, involve intricate installation procedures and lack cross-platform compatibility. To address these challenges, we introduce PipeCraft2, a novel software package developed using state-of-the-art tools such as Docker, Electron, and Vue.js. Key features of PipeCraft2 include straightforward installation, cross-platform support, an intuitive graphical user interface, four distinct pipelines, and a range of individual modules.
  • Item
    Seente mitmekesisus Eesti veekogude vees ja setetes
    (Tartu Ülikool, 2024) Prins, Victoria; Panksep, Kristel, juhendaja; Tedersoo, Leho, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    Kuigi veeseened täidavad veekogudes olulisi funktsioone, on nende levikut ja ökoloogiat võrreldes maismaa seentega oluliselt vähem kirjeldatud. Käesolevas töös analüüsitakse 66 Eesti veekogu ja nende setete seenekoosluseid. Töös võrreldakse setete ja vee ning erinevate veekogutüüpide seente liigirikkust ja seenekoosluseid. Uuritud veekogudes olid enimesindatud hõimkonnad Ascomycota, Rozellomycota ja Chytridiomycota. Liigirikkaimateks seltsideks osutusid Pleosporales, Helotiales ja Agaricales. Setete kooslused erinesid vee kooslustest ja olid oluliselt liigirikkamad. Mere-, seisu- ja vooluveekogude vahelised erinevused liigirikkuses ja kooslustes tulid välja vaid setteproovide puhul. Setetes moodustasid suurima osakaaluga perekonnad Malassezia, vees aga perekond Vishniacozyma.
  • Item
    Viiruste poolt kasutatavad strateegiad translatsiooni reguleerimiseks
    (Tartu Ülikool, 2024) Veeremaa, Analiis; Tamm, Tiina, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    Viirused ei kodeeri oma väikese genoomi tõttu translatsiooniaparaati. Viiruse genoomi paljundamine sõltub seega peremehe ribosoomidest. Efektiivse valkude sünteesi tagamiseks peavad viirused peremeesrakuga võistlema. Viirusvalkude sünteesi reguleerimiseks kasutavad viirused erinevaid strateegiaid. Käesoleva töö esimeses osas uuriti, milliste efektiivsustega toimub sisemiste ribosoomi seondumise järjestuste (IRES) vahendatud translatsiooni initsiatsioon erinevasse klassi kuuluvatel VI tüübi IRES-tel S. cerevisiae metsiktüüpi rakkudes. Lisaks määrati erinevate VI tüübi IRES-te efektiivsus S. cerevisiae tüves, mille ribosoomide subühikute vahelist interaktsiooni on modifitseeritud. Töö teises osas ekspresseeriti ja puhastati viiruse proteaas. Lisaks disainiti, ekspresseeriti ja puhastati mudelsubstraat, et teha kindlaks proteaasi aktiivsus ning spetsiifilisus. Selle süsteemi abil testiti viiruse proteaasi võimet protsessida ribosomaalseid valke in vitro.
  • Item
    Eesnäärmevähi riskimudeli arendamine Eesti terviseandmete põhjal
    (Tartu Ülikool, 2024) Objärtel, Telver; Kals, Mart, juhendaja; Reigo, Anu, juhendaja; Kolde, Raivo, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    Eesnäärmevähk on meeste seas üks kõige levinum ja üks kõige suurema suremusega kasvaja, mida on varajastes staadiumites raske tuvastada. Selles väitekirjas koostati statistiline mudel, mis ennustab 40–59-aastaste meeste eesnäärmevähiriski. Mudeli loomisel kasutati Eesti meeste terviseandmeid perioodist 2012–2019 (RITA MAITT andmebaas). Mudelit valideeriti Eesti geenivaramu kohordis (30 045 meest, kellest 622 olid juhud). Parim mudel kasutab riski ennustamisel teavet vanuse, eesnäärme suurenemuse ja kroonilise prostatiidi kohta. Valideerimisandmestikul oli mudeli 5–aastane ennustusvõime hea (𝐴𝑈𝑅𝑂𝐶 = 0,852; 95% usaldusintervall 84,1– 86,2; 𝐴𝑈𝑃𝑅𝐶 = 7,83). Eesnäärmevähi polügeenne riskiskoor ei suurendanud mudeli ennustusvõimet. Mudelit saab kasutada PSA mõõtmise või eesnäärme muu kliinilise uuringu näidustamiseks.
  • Item
    Escherichia coli ATCC 8739 laboratoorne evolutsioon antimikroobsetel metallpindadel
    (Tartu Ülikool, 2024) Park, Sandra; Rosenberg. Merilin, juhendaja; Ivask, Angela, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    Antimikroobseid pinnamaterjale kasutatakse patogeensete bakterite leviku vähendamiseks puutepindade kaudu, kuid nende kroonilist mõju pinnal ellu jäänud bakterite antimikroobsete ainete tundlikkuse muutustele on vähe uuritud. Käesolevas magistritöös disainiti ja viidi läbi laborievolutsiooni katsed antimikroobsetel hõbe- ja vaskpindadel reaalelulähedastes ekspositsioonitingimustes ning iseloomustati muutusi evolutsioneerunud populatsioonide fenotüübis ja genotüübis. Fenotüübilised muutused metallitundlikkuses sõltusid tugevasti ekspositsioonikeskkonnast andmata eelist klassikalistes tundlikkuse testides. Mutatsioonianalüüsist selgusid küll potentsiaalsed passiivsed kaitsemehhanismid metallide sidumise või rakku pääsemise takistamise kaudu, kuid ei leitud muutusi teadaolevates aktiivselt metallitolerantsust või antibiootikumide ristresistentsust põhjustavates geenides, sh väljavoolupumpades. Seega ei leidnud kinnitust, et hõbedast ja vasest puutepindade kasutamine võiks oluliselt tõsta antimikroobsete ainete sh antibiootikumide ja metallide ristresistentsuse tekkeriski.
  • Item
    Metüültransferaasi N6AMT1 roll β-tubuliini isotüüpide ja mikrotuubulite dünaamika regulatsioonis
    (Tartu Ülikool, 2024) Suija, Mihkel; Mutso, Margit, juhendaja; Kurg, Reet, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    N6AMT1 on evolutsiooniliselt konserveerunud metüültransferaas, mis osaleb erinevate rakuliste protsesside, nagu migratsioon, rakkude jagunemine ja apoptoos, regulatsioonis. Magistritöö käigus uuriti muutusi β-tubuliini isotüüpide osakaalus ja mikrotuubulite dünaamikas osteosarkoomi rakkudes, kus N6AMT1 oli vaigistatud. N6AMT1 vaigistamine muutis rakkudes olevate β-tubuliini isotüüpide omavahelist osakaalu läbi transkriptsiooni, kuid ei vähendanud oluliselt üldist tubuliinide sisaldust. Samuti leiti, et N6AMT1 vaigistamine suurendas mikrotuubulite kasvukiirust ja pikkust kuid aeglustas potentsiaalselt tsentrosomaalse nukleatsiooni kiirust. Lõpuks näidati läbi ko-immunopretsipitatsiooni, et N6AMT1 ja teised TRMT112-ga interakteeruvad metüültransferaasid WBSCR22, THUMPD2, THUMPD3 ja TRMT11 võivad interakteeruda tubuliinidega. Kokkuvõttes selgus töö tulemusel, et metüültransferaasil N6AMT1 on oluline roll mikrotuubulite dünaamika regulatsioonis, mille funktsioonaalne tähendus vajab aga edasist uurimist.
  • Item
    CRISPRi knockdown of acetate and 2,3-butanediol production-related genes in a gas-fermenting acetogen
    (Tartu Ülikool, 2023) Kõrgnurm, Koit; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    Gas fermentation allows to convert carbon oxide emissions into value-added products using acetogen bacteria. This thesis aimed at creating a CRISPR/Cas9-based gene knockdown (KD) system to reduce expression of two genes in the model-acetogen C. autoethanogenum: 1) alpha-acetolactate decarboxylase (budA) in the 2,3-butanediol (2,3-BDO) and 2) phosphotransacetylase (pta) in the acetate synthesis pathway. Six KD plasmids were designed where single guide RNAs (sgRNAs) targeted three unique positions per gene, plus one plasmid as a non-targeting control. Notably, KD of budA expression abolished 2,3-BDO production but showed varied effects on autotrophic growth. pta KD strains showed strong repression of ptaexpression, slower growth for two sgRNAs, and, surprisingly, higher acetate-to-ethanol ratios than the control strain. This work contributes towards engineering and understanding of acetogen metabolism by establishing a gene KD system for a model-acetogen
  • Item
    Mullabakter Pseudomonas putida fluoriiditolerantsust mõjutavad mehhanismid
    (Tartu Ülikool, 2022) Lopp, Lea; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
    Fluor on leviku poolest 13 element maakoores. Fluori ühendit NaF lisatakse hambapastadele ja mõnel pool maailmas ka joogiveele, kuna fluoriidil on kaariest ennetav toime. Juba mõne millimolaarne fluoriidi kontsentratsioon mõjub bakterite kasvule pärssivalt, samas puutuvad bakterid eri keskkondades kokku kõrgete fluori ühendite kontsentratsioonidega. Mehhanismidest, kuidas bakterid fluoriidi taluda suudavad, on vähe teada. Mullabakter Pseudomonas putida-l on fluoriidiga toimetulekuks fluoriidioonide transporter CrcB. Varasemalt on meie laboris näidatud, et P. putida tüves, kus puudub CrcB transporter, tekivad spontaansed fluoriidi taluvad mutandid, mis näitab, et lisaks CrcB transporterile leidub veel mehhanisme, mis P. putida-l fluoriidi taluda võimaldavad. Käesolevas töös uuriti P. putida fluoriiditolerantsust mõjutavaid mehhanisme, mis esinevad bakteris lisaks CrcB transporterile ning kirjeldati katsete käigus leitud transkriptsiooniregulaatori mõju P. putida fluoriiditolerantsusele.