Poomisvastuse mõju Pseudomonas putida mõõdukate faagide infektsioonitsükli valikule

Abstract

Mõõdukad bakteriofaagid (faagid) võivad viljeleda nii lüsogeenset kui ka lüütilist elutsüklit ning on võimelised ühelt elutsüklilt teisele üle minema. Infektsioonitsükli valiku eelistust kujundavad mitmesugused nii bakterist kui ka keskkonnast lähtuvad mõjurid. Leidub viiteid, et üheks selliseks elutsükli mõjuteguriks võiks olla ka bakteri poomisvastus, mille vallandab stressitingimustes alarmoon ppGpp. On teada, et P. putida PaW85 genoom sisaldab nelja krüptilist profaagi, kuid seni pole isoleeritud ühtegi seda bakterit nakatavat mõõdukat faagi, mistõttu pole olnud võimalik ppGpp mõju neile uurida. Käesoleva töö eesmärk oli välja selgitada ppGpp ja ühtlasi ka poomisvastuse mõju P. putida profaagide lahkumissagedusele bakteri genoomist ning isoleerida keskkonnatüvedest nakatamisvõimelisi mõõdukaid faage. Tulemused näitavad, et poomisvastus soodustab lüsogeensust profaagidel P1 ja P4, kuid profaagide P2 ja P3 lahkumissagedusele ppGpp mõju ei avalda. Samuti õnnestus KAR37 tüvest isoleerida esimene P. putida PaW85 nakatav mõõdukas faag ViKa.