Karbapeneemresistentsuse ennustustäpsuse võrdlus Klebsiella pneumoniae isolaatidel kolme bioinformaatilise tööriistaga: PhenotypeSeeker, ResFinder, Kleborate

Abstract

Antimikroobne resistentsus (AMR) on kasvav rahvatervise probleem, mida süvendab antibiootikumide liigne ja vale kasutamine. Tõhusaks raviks on vajalik resistentsuse kiire ja täpne tuvastamine. Üheks paljulubavaks lähenemiseks on bakteri isolaatide resistentsusprofiili määramine täisgenoomi sekveneerimise (WGS – whole genome sequencing) abil. Magistritöö kirjanduse ülevaates kirjeldatakse AMR-i ja karbapeneemresistentsuse levikut Klebsiella pneumoniae isolaatide seas. Töö praktilises osas võrreldi kolme bioinformaatilise tarkvara – ResFinder, Kleborate ja PhenotypeSeeker – suutlikkust ennustada CRKP isolaatide resistentsust meropeneemile, ertapeneemile ja imipeneemile, kasutades WGS andmeid. Lisaks hinnati tööriistade täpsust Eesti haiglatest pärit K. pneumoniae isolaatidel.