MRI magistritööd – Master's theses
Selle kollektsiooni püsiv URIhttps://hdl.handle.net/10062/34614
Sirvi
Sirvi MRI magistritööd – Master's theses Pealkiri järgi
Nüüd näidatakse 1 - 20 420
- Tulemused lehekülje kohta
- Sorteerimisvalikud
Kirje 23S rRNA domeeni V modifikatsioonide tähtsus valgusünteesis(Tartu Ülikool, 2017) Marjak, Birgit; PhD Margus Leppik, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutRibosoomi funktsiooniks on valkude süntees aminohapetest. Escherichia coli ribosoom koosneb kahest subühikust - 30S ja 50S. Suure (50S) subühiku 23S rRNA domeenist V moodustub PTC, mis katalüüsib peptiidsideme teket sünteesitava peptiidahela ja aminohappe vahele. Enamus 23S rRNA-s asuvatest modifikatsioonidest on koondunud PTC-sse ning arvatakse, et nad on vajalikud ribosoomi peenhääletastamiseks. Eraldiseisvalt pole ükski modifikatsioon eluks hädavajalik. Käesolevas töös iseloomustatakse 23S rRNA domeeni V modifikatsioonide puudumise efekti valgu biosünteesile. Kõigi 11 modifikatsiooni kaotamine põhjustab suurenenud inaktiivsete 50S ja 30S subühikute hulga rakus ning väga madala valgu biosünteesi taseme. Võib spekuleerida, et modifikatsioonid PTC-s on vajalikud nii subühikute assotsiatsiooniks kui ka 50S subühiku peptidüültransferaasseks aktiivsuseksKirje 23S rRNA modifikatsioonide roll valgusünteesis(Tartu Ülikool, 2016) Truu, Triin; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutValgusüntees on keeruline protsess, mille mõistmiseks on ribosoomi struktuuri ja tema funktsioneerimist juba aastakümneid uuritud. Kuigi teadmised on läinud detailsemaks, ei ole siiski kõik valkude sünteesi puudutavad aspektid teada. Käesolevas töös demonstreeritakse 23S rRNA domeeni V modifikatsioonide puudumise mõju valgusünteesile. Sellest lähtuvalt tõestatakse, et peptidüültransferaasse piirkonna modifikatsioonid ei ole ribosoomi funktsio-neerimiseks hädavajalikud, kuid osalevad translatsiooniprotsessi peenhäälestamisel.Kirje 23S rRNA tertsiaarse interaktsiooni piirkonna mutatsioonanalüüs(Tartu Ülikool, 2016) Garber, Natalja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutRibosoom on keeruline ja suur kompleks, mis koosneb RNA-st ja valkudest. Ribosoom on leitud kõikidest identifitseeritud organismidest. Bakteri ribosoomi suur subühik koosneb 23S rRNA-st, 5S rRNA-st ja r-valkudest. Käesolevas töös selgitatakse, 23S rRNA domeenis II 1130 piirkonna mõju ribosoomile, suunatud punktmutageneesi abil. Kasvukiirus väheneb 23S rRNA mutatsioonide variantidel. Punktmutatsioonid põhjustavad 50S subühiku assambleerimise defekti ja polüsoomide vähenemise. Lisamutatsioon A1067T põhjustab suuremad defektid ribosoomile. Mutatsiooniga 23S rRNA hulk ribosoomi fraktsioonis on suurem 50S subühikus.Kirje 3D nahamudeli loomine kasutades detsellulariseeritud naha rakuvälist maatriksit ning selle kasutamine koe taastumist reguleeriva faktori THBS4 mõju uurimiseks(Tartu Ülikool, 2019) Brik, Evgeniy; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutNahk on selgroogsete loomade väline kate, mille peamiseks ülesandeks on organite ja kudede kaitse. Nahal on kaks peamist kihti: epidermis, mis koosneb peamiselt keratinotsüütidest ja dermis, mis koosneb peamiselt fibroblastidest ja rakuvälisest maatriksist (RVM). RVM on rakkudevaheline võrgustik mille peamised ülesanded on tagada kudede vastupidavus koormusele ning reguleerida RVM-iga kokkupuutuvate rakkude käitumist. RVM-i võib jagada basaalmembraaniks, millele ankurduvad epiteelikoe rakud ning interstitsiaalseks maatriksiks, mis on tugiraamistikuks rakkudele mitteepiteeliaalsetes kudedes. Naha kahjustuse korral RVM paraneb regeneratsioonil. Paraku ei saa kõiki kahjustusi parandada, seega tuleb siirdada naha fragmente, et parandamine oleks edukas. Alternatiivina oleks sellisete faktorite leidmine, mis aitaks organismil ise sünteesida RVM-i piisavas koguses. Selle magistritöö eesmärkideks olid luua in vitro rekonstrueeritud naha mudel ja selgitada trombospondiin 4 mõju rakkude migratsioonile ja adhesioonile kasutades loodud mudelit.Kirje ABA-toimeline õhulõhede regulatsioon teraviljadel ja osjadel(Tartu Ülikool, 2020) Meigas, Egon; Merilo, Ebe, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutStressihormoon abstsiishappe (ABA) üheks funktsiooniks on reguleerida õhulõhede, taimelehtedel asuvate väikeste pooride avatust, et tagada optimaalne transpiratsioon ja CO2 omastamine muutuvates keskkonnatingimustes. Kliimamuutuse ja inimpopulatsiooni kasvu valguses on oluline uurida õhulõhede regulatsiooni põllumajanduslikult tähtsatel liikidel, eesmärgiga tõsta saaginumbreid ja vastupidamist stressile. Sellest lähtuvalt uuriti käesolevas töös üheksa odra- ja kahe maisisordi õhulõhede reaktsioone ABA-le. Lisaks uuriti õhulõhede aktiivset regulatsiooni evolutsiooniliselt vanadel liikidel, osjadel. Töös leiti, et odra ja maisi õhulõhed sulguvad ABA toimel, sulgumise ulatus sõltus ABA kontsentratsioonist. Otrade puhul leiti ka väga suur varieeruvus ABA-vastuses. Samuti selgus, et osjadel puudub aktiivne ABA-toimeline regulatsioon, kuid CO2 lisamisele nende õhulõhed reageerisid.Kirje Abistajamolekulide kasutamine tmRNA hübridisatsioonil DNA kiibile(2008) Toome,KadriKirje Affinity maturation of glucose transporter SLC2A1 antibody 6F12#33 by phage display(Tartu Ülikool, 2023) Pau, Robin; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutAntibodies against glucose transporter SLC2A1 have high potential is cancer therapy. Thus, this master's thesis aimed to enhance the affinity of antibody 6F12#33 against glucose transporter SLC2A1, which can then be used to inhibit the glucose uptake in various cancers, essentially starving and killing the cancer cells. The lead antibody 6F12#33 was discovered at Icosagen, which was then used in affinity maturation. Antibody maturation libraries were designed and generated, leading to the screening of approximately 600 colonies using ELISA. From these 600 clones, eight promising clones were selected based on signal intensity and sequence similarity. Antibody sequences were cloned into human IgG1 format, produced in CHO cells, and purified. Comprehensive assays, including cell proliferation and various binding assays, were conducted to evaluate their efficacy. Three out of the eight affinity-matured antibodies improved binding affinity to SLC2A1 compared to the parental which translated to a significant enhancement of their inhibitory effects. The remaining five antibodies exhibited similar or decreased inhibitory effects. All eight affinity-matured antibodies displayed binding affinity towards SLC2A1 with varying specificity levels, demonstrating their potential for targeted therapies. This study successfully enhanced the affinity of antibody 6F12#33 through affinity maturation and phage display techniques, providing valuable insights for the development of glucose metabolism-related cancer treatments.Kirje AGT, ACE, ACTN3, IL6 geneetiliste polümorfismide seostamine sportlaste füsioloogiliste näitajatega(Tartu Ülikool, 2013) Sild, Kady; Veraksitš, Alar, juhendaja; Prans, Ele, juhendaja; Kurg, Ants, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogaiteaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutKirje Ahr-related effect on Fshr promoter in vitro(2011) Teino, IndrekKirje Alfaviiruste RNA sünteesiks vajalike determinantide uurimine matriits-RNAde ja replikaaside kombinatsioonide abil(Tartu Ülikool, 2020) Lello, Laura Sandra; Utt, Age, juhendaja; Merits, Andres, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutAlfaviirused on Togaviridae sugukonda kuuluv arboviiruste perekond. Alfaviiruste genoom sisaldab kahte avatud lugemisraami, millest esimene kodeerib mittestruktuurseid ning teine struktuurseid valke. Mittestruktuurselt regioonilt sünteesitakse replikaasi eellane – mittestruktuurne liitvalk, mis enne funktsionaalsuse saavutamist läbib proteolüütilise töötlemise. Alfaviiruste replikaas osaleb RNA replikatsioonil olulistes interaktsioonides ciselementidega genoomi otstes ning lugemisraamide vahelises alas. Käesolevas magistritöös kasutati usaldusväärset trans-replikatsiooni süsteemi uurimaks üheksa alfaviiruse näitel replikatsiooniks vajalike determinantide paiknemist genoomis. RNA matriitside ning replikaaside kombineerimise teel tehti kindlaks, et SFV kompleksi kuuluvad replikaasid replitseerivad ning transkribeerivad efektiivselt nii SFV kompleksi kuuluvate kui ka kompleksi välisete viiruste RNA matriitse. Samas, kompleksi väliste viiruste replikaaside käitumine oli spetsiifilisem. Sindbis viiruse/Chikungunya viiruse hübriitsete matriitside abil tehti kindlaks, et replikatsiooni ja transkriptsiooni viirus-spetsiifilisuseks vajalikud determinandid paiknevad vastavalt genoomi 5’ UTR esimeses juuksenõelastruktuuris (SL3) ja subgenoomse promootori regioonis.Kirje Kirje Alternatiivseid signaalpeptiide omava LSAMP valgu rakulisest lokalisatsioonist(Tartu Ülikool, 2018) Tarve, Liisi; Lilleväli, Kersti, juhendaja; Tõnissoo, Tambet, juhendaja; Jagomäe, Toomas, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutLimbilise süsteemiga seotud membraanvalk (LSAMP) kuulub neuraalsete adhesioonimolekulide perekonda. LSAMP geeni struktuur on evolutsiooniliselt konseveerunud ning sisaldab kahte alternatiivset esimest eksonit (1a ja 1b), mis erinevad signaalpeptiidi kodeeriva järjestuse poolest. Eksonite evolutsiooniline konserveerunumine viitab asjaolule, et alternatiivsed N-terminaalsed signaalpeptiidid võivad omada funktsionaalselt erinevaid rolle. Antud töö eesmärgiks on välja selgitada, kas alternatiivsed LSAMP N-terminaalsed signaaljärjestused muudavad valgu rakulist paiknemist ning kas FLAG-märgis rikub LSAMP liitkonstruktide antigeensust ja lokalisatsiooni. Immunohistokeemiliste analüüside tulemusena selgus, et LSAMP 1a lokalisatsioon on kontsentreerunud plasmamembraanile, samas 1b lokalisatsioon on peamiselt koondunud tsütoplasmaatilistesse vesiikulitesse. LSAMP 1a/1b-C-FLAG liitvalkude epitoop on ära tuntav anti-LSAMP antikeha poolt ning liitvalkude lokalisatsioon on sarnane natiivsete LSAMP 1a/1b valkude paiknemisele.Kirje Antibiootikumiresistentsusgeenide tuvastamine Läänemere bakterplanktonist(2012) Tiirik, KertuKirje Arüülsüsivesinike retseptori agonisti toime inimese embrüonaalsete tüvirakkude pluripotentsusele ja diferentseerumisele(Tartu Ülikool, 2020) Varik, Inge; Teini, Indrek, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutDioksiinid (sealhulgas TCDD) on keskkonnas leiduvad kemikaalid, mis avaldavad inimesele pikaaegset toksilist mõju juba väga madalas kontsentratsioonis. Arüülsüsivesinike retseptor (AHR) on transkriptsioonifaktor, mille kõige afiinsemaks agonistiks on TCDD. Inimese embrüonaalsed tüvirakud on heaks mudeliks, uurimaks keskkonnakemikaalide toksilist mõju inimese embrüonaalsele arengule. Käesoleva magistritöö eesmärgiks oli uurida TCDD toimet inimese embrüonaalsete tüvirakkude pluripotentsusele ja diferentseerumisele. Magistritöö eksperimentide tulemusena selgus, et TCDD ei mõjuta märkimisväärselt inimese embrüonaalsete tüvirakkude pluripotentsust, kuid avaldab mõju varasele endodermaalsele ja mesodermaalsele arengule, inhibeerides diferentseerumiseks vajalike geenide ekspressiooniKirje Arüülsüsivesinike retseptori ekspressioonimehhanismide uurimine hiire granuloosarakkudes(Tartu Ülikool, 2015) Matvere, Antti; Tiido, Tarmo, juhendaja; Teino, Indrek, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutKirje Assosiation of Human genome region 7q31.1-31.31 with mental retardation and language impairment(2010) Zjablovskaja, PolinaKirje Austroaasia keeli kõnelevate India rahvaste geneetiline päritolu(Tartu Ülikool, 2015) Tätte, Kai; Metspalu, Mait, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutKirje Autoantikehade teke Aire-puudulikul rotil(Tartu Ülikool, 2020) Peltser, Merili; Kisand, Kai, juhendaja; Laan, Martti, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituutKäesolevas magistritöös uuriti I tüüpi interferoonide (IFN) vastaste autoantikehade teket ja nende mõju katselooma organismis. Selleks kasutati rotte, kellel oli välja lülitatud Aire (autoimmuunne regulaator) geen. Aire-puudulikel rottidel tekkisid IFN-α vastased antikehad enne sümptomite ilmumist, keskmiselt 4 kuu vanuselt. IgG kontsentratsiooni alusel normaliseeritud anti-IFN-α väärtused olid enamasti põrna kultuuris kõige kõrgemad, järgnesid tüümuse ja luuüdi rakkude supernatandid. Autoantikehadel oli interferoone neutraliseeriv efekt. Kõrge autoantikehade tiitri puhul olid muutunud T-raku alampopulatsioonide proportsioonid põrnas ja lümfisõlmedes. T follikulaarsete regulatoorsete rakkude populatsioon suurenes ning T follikulaarsete helperite populatsioon langes võrreldes heterosügootsete rottidega. Sooritati ka geeniekspressiooni analüüs, milles leiti, et alla on reguleeritud I tüüpi IFN-ga seotud geenide ekspressioonid, mis viitab, et autoantikehad on bioloogiliselt aktiivsed lisaks in vitro-le ka in vivo