Kõrge läbilaskevõimega sekveneerimise rakendamine viiruste tuvastamiseks Eesti seemnekartulis ja kartuli Y-viiruse tüvede identifitseerimine bioinformaatiliste meetoditega

Abstract

Peamine saagikust ja saagi kvaliteeti mõjutavad tegurid on taimehaigused. Märkmismväärseid saagikadusid ja mugulate kvaliteedi langust põhjustab kartuli Y-viirus (PVY) mistõttu on selle ennetamine ja varajane tuvastamine äärmiselt oluline. Magistritöö eesmärk oli iseloomustada Eestis esinevaid PVY tüvesid, hinnata nende geneetilist mitmekesisust ja viia läbi fülogeneetiline analüüs ning tuvastada kaasnevaid RNA-viirusi RNA-sekveneerimise ja bioinformaatika abil. Tuvastati rekombinantsed tüved PVYNTN(a) ja PVYN-Wi. Fülogeneetiline analüüs näitas, et Eesti PVY isolaadid kuuluvad kahte erinevasse klastritesse koos teiste Euroopa, Lähis-Ida ja Aasia päritolu järjestustega. Lisaks PVY’le tuvastati mitmeid teisi viiruse järjestusi, kuid nende esinemine vajab täiendavat tõlgendust.