Browsing by Author "Lilleorg, Silva"

Now showing 1 - 7 of 7

Bacterial ribosome heterogeneity on the example of bL31 paralogs in Escherichia coli
(2022-07-19) Lilleorg, Silva; Liiv, Aivar, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond
Selleks, et ellu jääda, kasvada ja paljuneda, vajavad organismid sadu erinevaid valke, mis toimivad struktuursete komponentide, ensüümide, signaalivahendajate, transpordi- ja säilitusmolekulidena. Lisaks sellele on elutähtis, et valgud oleksid funktsionaalsed sobivas koguses, õigel ajal ja vajalikus kohas – seetõttu on valgusüntees ja selle regulatsioon kesksemaid eluprotsesse. Kõiki valke sünteesivad ribosoomid, RNA-st ja valkudest koosnevad kompleksid. Bakteri ribosoom, selle doktoritöö uurimisobjekt, koosneb kolmest ribosoomi RNAst ja rohkem kui 50 ribosoomi valgust, mis jagunevad kahe subühiku vahel. Eksperimentaalselt on kindlaks tehtud, et nii päris- kui eeltuumsed organismid sisaldavad mõnevõrra erineva ülesehitusega ribosoome. Samas ei ole selle nähtuse – ribosoomide heterogeensuse – bioloogiline tähtsus teada. Käesoleva doktoritöö fookuses on soolekepikese (E. coli) teatud tüüpi ribosoomi valgud (paraloogid), millel on ühine eellane, kuid mis kodeerivad erinevaid valke. Küsimus on, kas E. coli ribosoomid on paraloogide poolest heterogeensed. Mis võiks olla sellise molekulaarse mitmekesisuse roll valgusünteesil ja bakterite kasvu jaoks? E. coli ribosoomide valgulise koostise analüüs tuvastas, et nii kiire kasvu korral kui statsionaarses kasvufaasis esinevad samaaegselt ribosoomi valkude paraloogide poolest heterogeensed ribosoomid. Kasvukatsed näitasid, et ribosoomi valk bL31 paraloogid (bL31A ja bL31B) on olulised, ent mitte samaväärsed bakterite kasvuks madalamatel temperatuuridel. Nimelt annab bL31A olemasolu bakterirakkudele kiire kasvu faasis kasvueelise võrreldes bL31B-ga. bL31A ja bL31B osalevad üksteisega samaväärselt optimaalse translatsiooni initsiatsiooni etapi kiiruse ja ribosoomi subühikute ühendamise tagamisel. Samas näitavad meie tulemused, et võrreldes bL31B-d sisaldavate ribosoomidega on bL31A-d sisaldavad ribosoomid protsessiivsemad ja teevad vähem vigu valgusünteesi käigus. Doktoritöö tulemused avardavad oluliselt teadmisi ribosoomide heterogeensusest bakterites ning ribosoomi valgu bL31 tähtsusest valgusünteesil.
On Ribosome Heterogeneity on the Example of E. coli R-protein L31
(2015-08-20) Lilleorg, Silva; Liiv, Aivar; Remme, Jaanus
On the importance of bacterial ribosome heterogeneity
(2019) Lilleorg, Silva; Volõnkin, Pavel; Liiv, Aivar; Remme, Jaanus
Remodelling of the bacterial ribosome during transition into stationary growth phase
(2018) Lilleorg, Silva; Reier, Kaspar; Peil, Lauri; Liiv, Aivar; Remme, Jaanus
Ribosoomide heterogeensusest Escherichia coli L31 näitel
(Tartu Ülikool, 2014-06-16) Lilleorg, Silva; Liiv, Aivar, juhendaja; Tartu Ülikool. Loodus- ja tehnoloogiateaduskond; Tartu Ülikool. Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
The intersubunit bridge B1b of the bacterial ribosome facilitates initiation of protein synthesis and maintenance of translation fidelity
(2017) Lilleorg, Silva; Remme, Jaanus; Liiv, Aivar
The role of r-protein L31 in the bacterial ribosome
(2016) Lilleorg, Silva; Remme, Jaanus; Liiv, Aivar