Sirvi Autor "Maran, Uko" järgi

Nüüd näidatakse 1 - 5 5

Kvantitatiivne struktuur-omadus sõltuvus raviainete lahustuvusele inimese soolevedelikes
(Tartu Ülikool, 2020) Sildoja, Tanel-Sigmar; Maran, Uko; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Keemia instituut
Lahustuvust inimese soolevedelikus dikteerib raviaine võime absorbeeruda seedetraktis ja on seega esmane parameeter raviainete ja nende kandidaatide kirjeldamisel. Selle omaduse in silico modelleerimine säästab aega ja raha raviainete väljatöötamisel ravimiarenduse varajases faasis. Seetõttu koostati ja süstematiseeriti kirjanduse baasi andmeseeria raviainete lahustuvusest inimese soolevedelikus ning modelleeriti seeriat QSAR meetodil. Leiti hea korrelatsioonikordajaga (R2≈0.8) kuueparameetriline sõltuvus 2D deskriptoritega, mida selgitati mehhanistlikest seisukohtadest lähtuvalt ja mudel valideeriti välise andmeseeriaga.
Kvantitatiivsed struktuuri-aktiivsuse sõltuvused Pseudokirchneriella subcapitata kasvu pärssivatele orgaanilistele ühenditele
(Tartu Ülikool, 2023) Tamsalu, Iris; Maran, Uko; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Keemia instituut
Kemikaalide toksilisuse hindamiseks kasutatakse üha enam ökotoksikoloogilistele testidele alternatiivseid in silico modelleerimismeetodeid, mis võimaldavad leida seoseid keemilise aine struktuuri ja selle bioloogilise aktiivsuse vahel. Töö eesmärk oli tuletada kvantitatiivsed struktuuriaktiivsuse sõltuvuse (QSAR) mudelid vetika Pseudokirchneriella subcapitata kasvu pärssivatele orgaanilistele ühenditele. Kokku tuletati viis mõõdukate kuni väga heade statistiliste parameetrite ning ennustusvõimega mudelit. Neist neli mudelit on suunatud sarnase toimeviisiga ühendite klassidele, mis sisaldavad erineva toimemehhanismiga ühendeid, ning üks kogu andmeseeriale.
Oktanool-vesi jaotustegur raviainetel: eksperimentaalne määramine ja arvutustarkvarade võrdlus
(Tartu Ülikool, 2019) Kirikmäe, Ruti; Oja, Mare; Maran, Uko; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Keemia instituut
Oktanool-vesi jaotustegur (log D) on oluline parameeter, mis näiteks raviainete korral aitab kirjeldada nende käitumist organismis. Jaotusteguri eksperimentaalne määramine on aeganõudev ja kulukas, mistõttu otsitakse sellele alternatiive arvutuseeskirjade näol, mis võimaldaksid molekuli struktuuri põhjal hinnata usaldusväärselt log D väärtust eri pH-del. Käesolevas töös mõõdeti eksperimentaalselt 122 raviaine jaotusteguri väärtused nelja erineva pH juures (pH 3, 5, 7.4 ja 9). Uuritud ühendid kuulusid nelja aineklassi: happed, alused, amfolüüdid ja neutraalid ning eksperimendi põhjal joonistusid välja aineklassidele omased pH-hüdrofiilsuse/lipofiilsuse profiilid. Saadud tulemusi võrreldi nelja erineva tarkvara 19 ennustusmeetodiga ennustatud jaotusteguri väärtustega. Võrdluses selgus, et ükski ennustusmeetod ei suuda veel pakkuda eksperimentaalsete andmetega võrdväärseid tulemusi. Hälbivate punktide analüüs näitas, et tarkvarade lõikes oli enim raskusi aluste ja amfolüütidega. Kõige paremini korreleerus eksperimentaalsete andmetega SimulationsPlusi tarkvara ADMET Predictor®.
QsarDB - first hundred DOI-s for predictive models
(2014-11-06) Maran, Uko
Struktuurselt varieeruvate orgaaniliste ühendite toksilisuse kvantitatiivsed struktuur-aktiivsus sõltuvused vetikal Pseudokirchneriella subcapitata
(Tartu Ülikool, 2018) Sildoja, Tanel-Sigmar; Maran, Uko; Tartu Ülikool. Loodus- ja täppisteaduste valdkond; Tartu Ülikool. Keemia instituut
Töös tuletati QSAR mudelid 342-le struktuurselt varieeruvale orgaanilisele ühendile. Modelleeriti toksilisust vetikale Pseudokirchneriella Subcapitata. Rakenduspiirkonnad olid määratud modifitseeritud Verhaar’i klassifikatsiooni reeglitega. Tuletati kokku viis QSAR mudelit, igale Verhaar’i klassile üks. Mudelite ennustusvõimet analüüsiti välise valideerimisega ning kõrvalekaldujad määrati ja rakenduspiirkondi analüüsiti Williams’i graafikute abiga.